一級魔法使い試験の第一次試験、シュティレをデンケンのパーティーに奪われたフリーレンたち。カンネとラヴィーネは圧倒的に魔力に差のあるリヒターに苦戦する。そしてフリーレンはデンケンとの戦闘の中である策を考えていた。日没が、第一次試験のタイムリミットが迫る。果たして二次試験に進むのは―!?

第二次試験の合格条件であるダンジョン最深部に行くには、フリーレンの複製体を倒さねばならなかった。複製体を前にしたデンケンやラヴィーネたちと合流したフリーレンとフェルンは、魔法使いたちそれぞれが持つ情報や知識で、複製体打倒の作戦を立てる。その中でフリーレンの脳裏に浮かぶ記憶とは…。

零落の王墓を攻略し、フリーレンやフェルンをはじめとする12名が第二次試験に合格した。その二次試験で粉々になってしまったフェルンの杖を直そうとフリーレンはある場所を訪ねる…。そして一級魔法使い選抜試験の最終試験、その合否のカギは、フランメの師匠で大陸魔法協会の創始者であるゼーリエが握っていた。

一級魔法使い試験の最終試験、フェルンはゼーリエから合格を告げられた。続くデンケン、ヴィアベル、ユーベルたちの合否は…。そして試験を終えた受験者同士の間には、始まる前にはなかった不思議な感情が…。そして、フリーレンたちが魔法都市オイサーストを旅立つ時が近づく―。