魔王を倒し王都へ凱旋した勇者ヒンメル一行。各々が冒険した10年を振り返りながらこれからの人生に想いを馳せる中、エルフのフリーレンは感慨にふけることもなく、また魔法探求へと旅立っていく。50年後、皆との約束のためフリーレンは再び王都へ。その再会をきっかけに、彼女は新たな旅へと向かうことに―。

森深くに暮らすハイターを訪ねたフリーレンは、彼と共に暮らす孤児フェルンと出会う。ハイターから頼まれ彼女に魔法を教えるフリーレン。そしてある出来事を機に、共に旅立っていく。旅先でヒンメルの銅像がある村を訪れたフリーレンは、生前彼が好きだと言っていた花のことを思い出し…。

交易都市ヴァルムへとやって来たフリーレンとフェルン。買い出しを手分けしようと言うフリーレンの様子を怪しむフェルンは彼女の後をつけることに。果たしてフリーレンの目的は…。その後、2人はとある村にやってくる。そこにはかつてフリーレンとヒンメルが戦った魔族・クヴァールが封印されていた。

フリーレンとフェルンはアイゼンを訪ねる。旧交を温める中、「大魔法使いフランメの手記」を探すことを手伝ってほしいと頼むアイゼン。3人は、ハイターが生前に割り出した手記が眠る場所がある森奥深くへ。フランメの手記と呼ばれるものはほとんどが偽物だというが、その場所にあるのは偽物か、それとも…?

フランメが残した手記に記されていた“魂の眠る地＜オレオール＞”を目指すことに決めたフリーレンとフェルンは、アイゼンと別れ旅路を歩んでいく。今は魔王城があるその場所で、ヒンメルと話すことができるのか…。ある村を訪れると、村人が何人も幽霊に連れ去られ行方不明になっているという。

第1回は“考えていることを言ってしまう魔法”。ハイターの指摘どおり、かなり危険な魔法かも？　試しに勇者ヒンメルに使ってみると……!?

リーゲル峡谷沿いの村で暮らすシュタルクは、紅鏡竜から村を守ったことで村の英雄として讃えられているが、実はとにかく臆病だった。それでも彼の実力を見込むフリーレンは、共に紅鏡竜を倒そうと声をかける。大岩を切り裂くほどの力を持つシュタルクだが、手の震えは止まらない。果たして戦いの場に現れるのか―。

フリーレンたちは解放祭と呼ばれるお祭り前日の街にやってくる。そこはかつてフリーレンやヒンメルたちが魔族から守った町だった。町に建てられた自分たちの銅像を見るフリーレンはあることを思い出す―。その後に訪れたグラナト伯爵が治める街で、フリーレンは突然ある人物に杖を構える―！

第2回は“お酒からアルコールだけを抜く魔法”。現実のノンアルコール飲料とは異なり、いっさい味を変えることなくアルコールを抜けるようですが……。

グラナト伯爵に和睦を申し入れてきた魔族アウラに仕えるリュグナーたちに魔法を放とうとしたことで、フリーレンは捕らえられ牢に入れられる。そんなフリーレンをリュグナーは危険視し、同じくアウラ配下のドラートがフリーレンの命を狙う。そしてフェルンとシュタルクもフリーレンを救うため行動を起こす。

ひとり街を出たフリーレンは、七崩賢“断頭台のアウラ”と対峙していた。膨大な魔力を持つアウラは、死者の軍勢を次々とフリーレンにぶつけていく。一方、グラナト伯爵を救出したフェルンとシュタルクだったが、ふたりにもリュグナー、リーニエの魔の手が迫り…。フリーレン一行とアウラ軍の戦いが加速する。

大魔法使いフランメ。千年以上前に生き、人間でありながら歴史上でも“英雄”と称される魔法使いだった彼女は、ある日魔王軍に襲われ全滅したエルフの集落で、ひとり生き残ったフリーレンと出会う。フランメがフリーレンに教えたものとは…。そして、フリーレンとアウラの戦いに決着がつく。

アウラたちを倒したフリーレン、フェルン、シュタルク。平穏が訪れ、死後もアウラに操られていた自身の配下を弔い、グラナト伯爵は最大限の感謝をフリーレンに伝える。フリーレンたちは旅立つが、北側諸国の冬の道は想像以上に厳しく…。そこで彼らはひとりの武道僧(モンク)に出会う。

剣の里にやって来たフリーレンたち。そこは80年前に、世界を滅ぼす災いを撃ち払う者しか抜けない“勇者の剣”をヒンメルが抜いた場所。この里の周辺に湧いてくる魔物を対峙するという役目を務めるために訪れたのだった。そしてフリーレンの脳裏には、80年前当時のことが蘇ってきて…。

北側諸国アルト森林の村の教会で出会った、神父の弟・ザイン。治癒の難しい毒をいとも簡単に解毒する彼の高度な魔法を目の当たりにし、フリーレンは驚く。聞くと、ザインはかつて冒険者を夢見ていたが、旅に出ることなく、村にとどまっているという。ザインの兄は彼を連れ出してほしいと頼み…。

僧侶ザインが仲間になり、ラート地方を訪れたある日、フェルンとシュタルクが喧嘩をしていた。聞くと、シュタルクがフェルンの誕生日に何も用意してなかったことが原因だという。ザインはふたりの仲直りをさせようとアドバイスを送る。そんなザインにフリーレンが言葉をかけて…。

ラオブ丘陵の村にやって来たフリーレンたちだったが、村の人々は何らかの“呪い”によって眠らされていた。フリーレンによると、僧侶は女神様の加護により“呪い”が効きづらいという。“呪い”への耐性と知識を持つザインがその種類と発信源を割り出し、4人は原因である魔物の退治に向かう。

かつてフリーレンがヒンメルたちと冒険をしていた時に出会ったドワーフの戦士・フォル爺を訪ねた4人。彼はある村をずっと魔物から守っていた。フリーレンは会話を交わす中で、過去のヒンメルの言葉を思い出す…。その後、ある集落を訪れると、そこにはザインが昔共に冒険者になろうと約束した親友の足跡があった。

ザインは親友の戦士ゴリラの手がかりを得るも、彼が向かった先はフリーレンたちの目的地とは別の道だった。そんな中、滞在する集落に寒波が到来し、ひと月の足止めを余儀なくされた4人だが、それぞれの過ごし方で日々を楽しむ。ある日、フェルンとシュタルクが喧嘩をし、フリーレンはザインを頼るが…。

ザインと別れ、魔法都市オイサーストにやって来たフリーレンたち。この先の北部高原に入るには一級魔法使いの同行が義務付けられる。一級魔法使い試験は合格者が一人も出ない年もあり、そして死傷者が出ることもある難関。フリーレンとフェルンが向かった試験の会場には手練れの魔法使いたちが集まっていた。

一級魔法使い試験の第一次試験は、3人ずつのパーティーに分かれ、試験場に生息する隕鉄鳥＜シュティレ＞を日没までに捕獲し、さらにパーティー全員が揃っていることが合格の条件。シュティレは捕獲が困難なため受験者同士の争奪戦＝サバイバルの様相を呈していく。カンネとラヴィーネと組んだフリーレンの作戦は…。

一級魔法使い試験の第一次試験、フェルンはエーレと、ヴィアベルはユーベルと、ラントはシャルフと対峙する。ヴィアベルはユーベルとそれぞれ自身の魔法で戦う中で、彼女から危険なにおいを感じ取り…。一方、シュティレを捕獲したフリーレン組だったが、そこにデンケン・リヒター・ラオフェン組が狙いを定める。

一級魔法使い試験の第一次試験、シュティレをデンケンのパーティーに奪われたフリーレンたち。カンネとラヴィーネは圧倒的に魔力に差のあるリヒターに苦戦する。そしてフリーレンはデンケンとの戦闘の中である策を考えていた。日没が、第一次試験のタイムリミットが迫る。果たして二次試験に進むのは―!?

第一次試験は18人が合格し、フリーレンとフェルンも二次試験へ。試験は3日後、合格者たちは解散し、各々でその時を待つ。フリーレンたちも宿へと戻るが、シュタルクがあることでフェルンの機嫌を損ねてしまい、機嫌を直してもらおうと3人はオイサーストの街へと繰り出す。すると偶然受験者たちと顔を合わせて…。

一級魔法使い選抜第二次試験、試験官のゼンゼが用意したのはダンジョン攻略。「零落の王墓」の最深部に辿り着いた者は全員合格という。しかしそこは未踏破の難攻不落のダンジョンだった。フリーレンたち受験者はそれぞれ内部へと入っていくが、待ち受けていたのは魔物やトラップ、そして驚きの“魔法”だった。

第二次試験でダンジョン「零落の王墓」に入った受験者たちの前に、彼らの複製体が立ちふさがる。その複製体は魔法によりそれぞれの実力・魔力・技術などを完全にコピーした実体だった。その中で、ユーベルたちは自身の複製体に遭遇してしまう。一方、デンケンたちはフリーレンの複製体を前に足止めを食らい…。

第二次試験の合格条件であるダンジョン最深部に行くには、フリーレンの複製体を倒さねばならなかった。複製体を前にしたデンケンやラヴィーネたちと合流したフリーレンとフェルンは、魔法使いたちそれぞれが持つ情報や知識で、複製体打倒の作戦を立てる。その中でフリーレンの脳裏に浮かぶ記憶とは…。

零落の王墓に住まう神話の時代の魔物シュピーゲルが作った、王墓に入った者の複製体たち。シュピーゲルを倒すため、フリーレンとフェルンはフリーレンの複製体と戦うが苦戦する。一方、デンケンやラヴィーネたちも複製体と戦うが、試験官である一級魔法使いゼンゼの複製体の魔法が猛威を振るう。

零落の王墓を攻略し、フリーレンやフェルンをはじめとする12名が第二次試験に合格した。その二次試験で粉々になってしまったフェルンの杖を直そうとフリーレンはある場所を訪ねる…。そして一級魔法使い選抜試験の最終試験、その合否のカギは、フランメの師匠で大陸魔法協会の創始者であるゼーリエが握っていた。

一級魔法使い試験の最終試験、フェルンはゼーリエから合格を告げられた。続くデンケン、ヴィアベル、ユーベルたちの合否は…。そして試験を終えた受験者同士の間には、始まる前にはなかった不思議な感情が…。そして、フリーレンたちが魔法都市オイサーストを旅立つ時が近づく―。