Эдварда Нигму — создателя популярнейшей компьютерной игры «Загадка Минотавра», увольняет его алчный начальник Дэниел Мокридж, который благодаря ловко составленному контракту становится обладателем авторских прав на «Минотавра». Через два года несправедливо уволенный работник даёт о себе знать бывшему боссу, делая ему деловое предложение, а на самом деле заманивая в смертельную ловушку. Но при этом он случайно привлекает внимание Брюса Уэйна, который быстро вычисляет, кем является новый суперзлодей. Теперь цель Нигмы-Загадочника — уничтожить Бэтмена и Робина, заставив их искать Мокриджа в огромном лабиринте, полном роботов-убийц.

Загадочник возвращается в Готэм, выводит из строя все городские компьютерные системы и уничтожает полицейские досье на себя. Для того, чтобы стать недосягаемым для закона, ему остаётся расправиться с Бэтменом и Робином, двумя свидетелями его прошлых деяний. Злодей заманивает в созданную им «виртуальную реальность» комиссара Гордона и делает его своим заложником

После освобождения Загадочник нанят игрушечной компанией для разработки головоломок, поклявшись начать новую жизнь. Бэтмен и Робин сомневаются в том, что он изменился, и Эдвард Нигма вскоре понимает, что всё ещё поглощён миром криминала.