Cuando una horrible criatura con apariencia de murciélago aterroriza Gotham, las autoridades concluyen que debe ser Batman. Mientras tanto, la investigación de Batman lo lleva al laboratorio de Kirk Langstrom, un zoólogo que ha estado experimentando con una fórmula que lo convierte en un hombre murciélago. Bullock dirige un escuadrón especial de policías para detener a Batman, que es sospechoso por los ataques perpetuados por Langstrom. Batman no sólo tiene que capturar Man-Bat para salvar a Langstrom, sino también para limpiar su nombre.

Un envejecido Arnold Stromwell, jefe de la mafia, está a punto de ser borrado por un jefe rival, Rupert Thorne. Batman debe salvar a Stromwell de los hombres de Thorne y mantener a este jefe de la delincuencia un paso por delante de sus enemigos.

Charlie Collins, contador anodino, accidentalmente insulta al Joker en una autopista. Deseoso por conservar su vida, él le promete al payaso hacerle cualquier tipo de favor con tal que lo dejara marcharse. El joker acepta por lo que tiempo después lo visita para que cumpliera con su deuda y distrajera a Batman mientras él se infiltraba en una fiesta de celebración en honor al Comisionado Gordon para plantar una bomba.

El fiscal de distrito Harvey Dent se enamora perdidamente de la Dra. Pamela Isley, una botánica cuyo afecto esconde una letal ira contra Dent. Cuando su beso deja a Dent en coma, Batman los peligrosos jardines de Hiedra Venenosa para encontrar una cura.

La Universidad de Ciudad Gótica ha sido el blanco de múltiples llevados adelante por un criminal conocido como el Espantapájaros. Batman debe encontrar al Espantapájaros y detener su estela de crímenes, pero antes de eso, él debe sobreponerse a sus mayores miedos con las formas de sus padres asesinados.

Cuando Bullock estropea una operación policial; él, la Oficial Montoya y el novato Wilkes; son investigados por Asuntos Internos. Bullock pretende salvarse dando una versión contradictoria a los hechos, terminando esto con la suspensión de los tres. Ansiosa por limpiar su nombre, Montoya sigue algunas pistas que la conducen a la guarida de los criminales detrás de este incidente.

El Detective Bullock es arrestado por secuestro y asesinato. Batman, a quien Bullock le desagrada pero cree que es un buen hombre, investiga y descubre la identidad del verdadero criminal: Killer Croc, como venganza por su captura en los muelles hace tiempo.

Batman se encuentra frustrado sintiendo que está perdiendo su guerra contra el crimen. A su vez, mientras él se encontraba en su reunión anual con la Dra. Leslie Thompkins dejando un par de rosas en el callejón del crimen, el Comisario Jim Gordon resulta gravemente herido en un peligroso allanamiento en el cual Batman había prometido estar. Esto hará que Batman se replantee sobre si continuar o no con su cruzada.

Batman investiga la apariencia de una criatura parecida a un Hombre lobo en Gótica, sin darse cuenta de que el monstruo pasa a ser uno de los asociados de Bruce Wayne - Anthony Romulus, ex campeón olímpico quien está siendo chantajeado a cumplir órdenes para así poder tener el antídoto de una fórmula que ha tomado y que le convierte en un «Hombre Lobo», solo Batman puede detener al desdichado.

Luego de escapar del Asilo Arkam, el Joker toma el control de la TV de Gotham City para aterrorizarla en Navidad; tomando como rehenes al Comisionado James Gordon, el Detective Bullock y la reportera Summer Gleason retando a Batman y Robin a que los encuentren y liberen antes de medianoche o él les deseara una muy triste navidad.

Batman logra liberarse de la Batcueva, y la devuelve a su control, aunque no logra controlar a Duane. Bárbara Gordon se acerca a Batman para informarle del cambio repentino de comportamiento de su padre. Una batalla brutal entre Batman y el detective Bullock se produce, durante la cual Batman empuja a Bullock en la señal del murciélago, y revela que él es realmente un androide, resolviéndose que el Bullock verdadero y James Gordon han desaparecido, y Batman sabe quién es el culpable: H.A.R.D.A.C.

En New York, Batman sigue la pista de una misteriosa organización terrorista llamada La Liga De Las Sombras. Esta posee muchos miembros y asociados, y uno de ellos, conocido como Vértigo, descubre su propio potencial criminal y abandona la organizaión. Ya en Gótica, Vértigo roba un aparato de WayneTech con el que planea provocar un caos sísmico. Mientras sigue el rastro del Conde Vertigo, Batman encuentra a Talia, hija del jefe de la Liga de las Sombras, quien fue enviada por su padre para impedir la captura del taladro sónico que el Conde robó. Batman junto a una nueva aliada acudirán a la captura del ladrón, permaneciendo fuera de balance en cuanto a donde se encuentra su verdadera lealtad.

Sidney el calamar es un matón tímido de Rupert Thorne cuyo sueño es ser respetado en el mundo criminal. Dos sicarios lo invitan a formar parte de un negocio (en realidad es la carnada para Batman) y el acepta. Batman llega y lo encuentra, Sid pelea tímidamente pero tropieza y Batman lo salva cayéndose el a una cámara de gas que explota. Sid baja del tejado con la capucha del murciélago; Sidney el calamar es ahora conocido como «el hombre que mató a Batman».

El Pingüino ha robado un helicóptero militar sumamente peligroso. Con él se encuentra volando sobre Gotham demandando 100 millones de dólares a cambio o atacará cualquier parte de Gotham que desee. En el primer ataque que hizo Bruce Wayne se encontraba presente y resultó herido quedando temporalmente ciego. Ahora como Batman deberá ingeniárselas para detener al Pingüino sin importar su condición.

El comisionado Gordon es acusado de llevar años cooperando con el líder mafioso Rupert Thorne. Como consecuencia es destituido de su cargo y apresado temporalmente. Barbara Gordon, su hija, le pide a Batman que se presente ante una conferencia de prensa ya que con su presencia le estaría indicando a todos que lo consideraba inocente. Él decide no asistir ya que considera mejor investigar por otro lado la manera de solucionar el asunto. Barbara no se queda tranquila y lo que hace es utilizar un disfraz de Batman para hacerse pasar por él. Una serie de circunstancias suceden que hacen que la consideren la Batgirl.

Batman ha sido capturado por Dos Caras y depende de Robin y Batgirl limpiar la reputación del comisario Gordon y encontrar a Batman antes de que sea demasiado tarde.

Varias excelebridades comienzan a ser secuestradas. Casualmente todos pertenecieron a un viejo show llamado «Muñequita». La responsable de todo es la protagonista del espectáculo quien busca venganza.

Harley Quinn es liberada de Arkham. Ya libre, hace cosas bizarras y secuestra a Verónica Vreeland, por lo cual vuelve a ser apresada.

Lyle Bolton, un guardia de Arkham, es despedido por torturar a más de un villano, lo cual lo lleva a convertirse en Lock Up y a secuestrar a funcionarios importantes. Batman y Robin deben encontrar la guarida de Lock Up y vencerlo.

Alguien quiere matar a Bullock y a pesar de sus diferencias personales con Batman, solicita su ayuda, sabiendo que el Caballero de la Noche es el único que puede ayudarlo.