Der Angestellte Charlie Collins beschimpft auf der Straße Joker, weil der rücksichtslos durch die Gegend rast. Das lässt sich der Verbrecherclown nicht gefallen. Er schnappt sich Charlie und erklärt ihm, dass er ihm für sein Verhalten einen Gefallen schuldig ist. Zwei Jahre später ist es soweit. Charlie soll eine Bombe auf eine Veranstaltung schmuggeln, auf der Commissioner Gordon eine Rede hält.

Bürgermeister Hills Sohn Jordan ist oft unglücklich. Der arme Junge wird noch trauriger, als sein Vater seine Geburtstagsfeier als politische Veranstaltung nutzen will. Am Ende versteckt sich der Kleine im Auto des Partyclowns, den Hill für die Party engagiert hatte. Was keiner ahnt: Bei dem Clown handelt es sich um Joker. Und der hat ganz eigene Vorstellungen einer gelungenen Feier.

Der Joker überzieht ganz Gotham City mit einer Wolke Lachgas und beginnt im Anschluss damit, die verrückt gewordene Stadt auszuplündern. Batman muss den Schurken sofort aufhalten! Als auch Alfred etwas von dem Lachgas abbekommt, ist Batman persönlich betroffen und setzt alles daran, ein Gegenmittel gegen das Lachgas zu finden, bevor ganz Gotham mit einem Lächeln auf den Lippen stirbt.

Scarecrow hat sich etwas Perfides ausgedacht, um Sportwetten zu manipulieren. Mit einer Chemikalie, die durch Adrenalin ausgelöst wird, will er einzelne Sportler unbemerkt in Angstzustände versetzen. So weiß er schon vor dem Ausgang eines Wettrennens oder eines Turniers, welche Sportler verlieren werden. Batman und Robin müssen ihn schleunigst aufhalten.

Bruce Wayne ermittelt in einem neuen Fall und trifft sich mit dem Psychiater Dr. Hugo Strange, der darin verwickelt sein könnte. Wie sich zeigt, hat Strange eine Maschine erfunden, mit der er Geheimnisse von Leuten auslesen und auf Video bannen kann. Nach einer Sitzung hat Strange den Beweis, dass Bruce in Wahrheit Batman ist – wertvolles Wissen, das er an den Meistbietenden verkaufen will.

Joker, Killer Croc, der Pinguin, Two-Face und Poison Ivy sitzen zusammen an einem Pokertisch. Nach und nach gibt jeder von ihnen die Geschichte zum Besten, wie es ihm oder ihr einmal fast gelungen wäre, Batman zu besiegen. Zur gleichen Zeit versucht Harley Quinn, Catwoman zu töten, nachdem diese Batman vor Jokers elektrischem Stuhl retten konnte.

Dem Joker gelingt es an Weihnachten, aus der Psychiatrie auszubrechen. Kurze Zeit später hat er das Fernsehen von Gotham City unter seine Kontrolle gebracht. Er fordert Batman und Robin heraus, sein Fernsehstudio zu finden, das gut versteckt ist. Dort hält er drei Geiseln gefangen: Commissioner Gordon, Detective Bullock und Summer Gleeson. Die beiden Superhelden haben Zeit bis Mitternacht.

Cameron Kaiser hat ein Kasino gebaut, dem er den Namen „The Joker’s Wild“ gegeben hat und das vom Aussehen her an den Joker erinnert. Als der Verbrecherclown das erfährt, ist er so verärgert, dass er aus Arkham ausbricht und nur einen Gedanken hat: das Kasino zu zerstören. Doch genau das war Kaisers Plan, denn so kann er von seiner Versicherung eine hohe Schadenssumme einstreichen.

Joker hat ein Gift entwickelt, das Fische angreift und sie in grinsende Joker-Fische verwandelt. Als das Büro für Markenrechte in Gotham City sich weigert, die Tiere urheberrechtlich zu schützen, wird er stinksauer und will sich an den Mitarbeitern der Behörde rächen. Zudem nimmt er Harvey Bullock gefangen. Batman muss sich beeilen, um die verrückten Pläne des Verbrecherclowns zu durchkreuzen.

Der Joker hat genug von Harley Quinn und will nicht mehr mit ihr zusammenarbeiten. Es dauert nicht lange, bis Harley sich mit Poison Ivy zusammentut. Gemeinsam legen sie Gotham in Schutt und Asche und werden zu den Königinnen des Verbrechens. Das wiederum gefällt dem Joker gar nicht.

Sidney „The Squid“ Debris ist ein unbedeutender Kleinganove, dem eines Tages mehr Aufmerksamkeit geschenkt wird als ihm lieb sein kann. Bei seinem jüngsten Coup ging allerhand schief und am Ende scheint es so, als hätte er Batman getötet. Die anderen Superschurken sind hiervon wenig begeistert, schließlich ist es ihnen jahrelang nicht gelungen, Batman zu vernichten.

Janet Van Dorn, die neue Staatsanwältin in Gotham City, landet gemeinsam mit Batman vor Gericht, nachdem die beiden von Batmans Feinden entführt wurden. Im Gerichtssaal wird den beiden durch Richter Joker und Staatsanwalt Twoface vor der Jury mit Poison Ivy, Harley Quinn, Mad Hatter, Killer Croc, Scarecrow und dem Riddler der Prozess gemacht.

Der Joker hat eine Atombombe gestohlen. Batman und Robin müssen den verrückten Verbrecher so schnell wie möglich finden und aufhalten. In ihrer Not nehmen die beiden die Hilfe von Harley Quinn in Anspruch, die ihnen beim Aufstöbern des Superverbrechers helfen soll. Endlich erfahren wir auch, wie Harley einst Joker kennengelernt hat.

Der Joker setzt Mikrochips ein, die er von Mad Hatter gestohlen hat, um berühmte Komiker so zu manipulieren, dass sie verrückte Verbrechen begehen und ihre Karriere zerstören. Wie sich herausstellt, waren die Comedians die Richter einer Jury, die den Joker vor einem Jahr bei einem Talentwettbewerb abgelehnt hatten. Nun sinnt der Verbrecherkönig auf Rache.