引きこもりから異世界の王子の赤ちゃんとして転生したハルト。 転生の際、女神から強大な魔力を与えられたものの、 強大すぎるが故に測りきれず“魔法レベルが低い”と勘違いされ、転生早々森に捨てられてしまう。その後、森で出会った魔族のフレイと共にゴルド・ゼンフィス辺境伯に拾われ、不自由のない引きこもり生活を送ることになるが… そこには“強大な魔力を有する”ハルトの秘密に迫ろうとする妹・シャルロッテの姿があった。

近頃、ゴルド辺境伯領内で盗賊による被害が多発していた。領内で不穏な空気が漂う中、シャルロッテと母・ナタリアが謎の集団に襲われてしまう。族を狙った敵に怒り狂うハルトは、間一髪でシャルロッテとナタリアを救出。 だが、この事件をきっかけに、ハルトとシャルロッテの距離は一気に縮まることになった。 一方ハルトは、盗賊被害やシャルロッテたちを襲った敵の正体について、領内に裏切者が存在することに気付き始め…

帝国兵に襲われた一件からシャルロッテはハルトを慕い、常に一緒にいる仲良し兄妹となっていた。そんなある時、ハルトはシャルロッテに“アニメ”の存在を教える。見てみたいと言われ、苦労の末、現代日本のネット世界と転生後の世界を繋げることに成功したハルト。そしてそこには、初めて目にしたアニメに夢中になるシャルロッテの姿があった…一方でハルトは、アニメに影響されたシャルロッテの願いで正義の味方・シヴァとして活動を始めることになるのだが…

ある日、シャルロッテが王子・ライアスの視察に同行することになった。それを心配したハルトが視察ルートを監視していると、なにやら怪しい召喚士部隊がいることに気が付く。シヴァとして召喚士部隊に接触したハルトは、リーダーらしき男から衝撃の目的を告げられる。それは王妃・ギーゼロッテの命令でシャルロッテを暗殺する…というものであった。自分を捨てたうえ、大切な家族の命を狙うギーゼロッテに怒りが込み上げるハルトは反撃を決意するのであった…

シャルロッテ暗殺失敗に怒るギーゼロッテの前に、反撃を目論むシヴァが現れた。 強大な魔法力で圧倒したシヴァは、ギーゼロッテの首に簡単には外れない特殊な首輪を付 ける。そしてそれは屈辱の証でもあった… ギーゼロッテの一件も落ち着いて5年が経ったある日、ハルトはゴルドから王都の魔法学 校に通うよう言われてしまう。 夢見る引きこもりライフとはかけ離れた提案に戸惑うハルトだったが、自身を拾い大切に 育ててくれた父親への恩返しとして学校に通うことを決意するのであった。

ハルトが通うことになった魔法学校では、従者を1人連れていく必要があった。 しかし、適した従者を見つけることにハルトは苦戦していた。 一方その頃、国境付近で手負いのドラゴンが出現したという情報がハルトの元に入る。 ハルトとフレイが急いで現場へ向かうと、そこには兵士に襲われて負傷したブリザード・ドラゴンが倒れていた。 その後、ハルトたちの手により無事保護されたドラゴンは、“リザ”として新たな仲間に迎えられることになった。

ハルトの計らいによりゼンフィス家のメイドとなったリザ。 真面目で優しくメイドとしての仕事も完璧にこなすその姿は、ハルトの従者として最も適した存在であった。 しかし、従者にしてしまうと王都まで同行させなければならず、仲良しなシャルロッテとリザを離れ離れにしてしまうことになる…。 可愛い妹とリザを傷つけるわけにはいかない！ そんな葛藤を抱く中で、ハルトはある秘策を思いつくのだった…。

その2人のもとにギーゼロッテが現れ、ライアスにとある任務を課した。それは「ハルトから黒い戦士・シヴァに関する知り得る限りの情報を聞き出す」というもの。自分のせいでハルトを大変なことに巻き込んでしまったのではないか…と罪悪感を隠せないライアス。一方で王都に着いたハルトは、シャルロッテが提案した調査（という名のデート）への付き添いで王都内を巡っていたが、そこで謎の少女と出会う。

理想の引きこもりライフとは程遠い学院生活を送ることになったハルトは、入学早々に退学の道を模索し始める。 そんなハルトの魔法に興味を抱き、自分の研究室へと執拗に勧誘するティアリエッタ教授は、古代魔法の研究者としてとても有名だった。 そしてハルトはティアリエッタによる執拗な勧誘から逃れている最中、以前王都で出会った少女が学院の上級生に絡まれているところを目撃するが…。

シュナイダルの一件以降、学院内でも噂となったハルト。そんなある日、ティアリエッタやライアス達からの執拗な勧誘に苦悩しているハルトの所に偶然にも謎の少女が通りかかる。「こいつと約束がある」という口実で何とかその場から逃れたハルトは、謎の少女と初めて真面に言葉を交わすことになる。彼女の話によるとハルトと同様に生まれた時に捨てられ、閉鎖的で孤独な生活を送っていたという。そして彼女は”イリスフィリア”と名乗ったのだった…。

入学して初めてのクラス分けでCクラスとなったハルトは、最初のテストでいきなり高得点を叩き出してしまい早々にAクラスへの昇格が決定する。 早速、属性論を専門とするオラトリア教授による講義が始まるが、ハルトのひょんな発言から、ここでも自身の優秀さが露呈し再び注目を集める結果となってしまった。 しかしハルトは自分が優秀なのではなく、いつも時間を共にしているシャルロッテが優秀すぎるが故に、自分も優秀になりつつあることに気付くのだった…。

ティアリエッタの研究室への所属が決まり、新人歓迎会で温かく迎えられたハルトとイリスフィリア。この研究室に入ったことで強くなれるかもしれないとイリスフィリアに感謝され、照れるハルト。実は彼女は魔法レベルが低いまま止まってしまったことを気にして古代魔法にかけていたのだった。 しかしその裏でシュナイダルが先日の復讐をしようとハルト達を狙っていた…！ そしてとある日、円卓会議のメンバーと熱い議論を交わすシャルロッテ達の姿があった。その内容にハルトは…？