Po Wielkiej Katastrofie Japonia upadła. Kiruko podejmuje się zadania, by eskortować Maru do miejsca zwanego Niebem. Tymczasem za murem, w ośrodku pośród bujnej zieleni, mieszkają dzieci. Po otrzymaniu tajemniczej wiadomości Tokio zaczyna powątpiewać w otaczający go świat.

Pięć lat temu w Asakusie Robin, Haruki i jego siostra Kiriko, która była kierowczynią wyścigową, spędzali beztroskie chwile, mieszkając w sierocińcu. Podczas wyścigów elektrycznych gokartów doszło do potwornego wydarzenia, a Haruki został postawiony w sytuacji bez wyjścia.

Po tym, jak Tokio widzi nienaturalnie wyglądające dzieci, zdaje sobie sprawę, że niewiele wie o otaczającym go świecie. Kiruko i Maru znajdują się w potrzasku, gdy łódź, którą podróżują, zostaje zaatakowana. Kiedy wszystko inne zawodzi, Kiruko musi wymyślić nową strategię.

Maru i Kiruko myślą, że odnaleźli lekarza oraz Zakon Nieśmiertelnych. Okazuje się jednak, że znaleźli się pośród członków wrogiej organizacji, która stanowczo sprzeciwia się leczeniu stosowanemu przez Zakon. Kiruko i Maru przyjmują zlecenie, ale Kiruko zaczyna tracić cierpliwość.

Maru i Kiruko postanawiają udać się do ośrodka Akademii Takahara w Ibaraki. Po drodze chcą sprawdzić, czy dziecko Juichiego nadal żyje. Gdy docierają do Miasta za Murami muszą zmierzyć się z czymś zgoła innym, niż zakładali.