Japan ligt in puin na de Grote Ramp. Kiruko moet een jongen, genaamd Maru, naar een plek brengen die de Hemel wordt genoemd. Ondertussen leven er kinderen in een crèche in een weelderig groene omgeving. Tokio ontvangt een mysterieus bericht, begint hij te twijfelen aan zijn omgeving.

In een vreemde herberg vallen Maru en Kiruko in een diepe slaap. Als ze wakker worden, zien ze in het zwakke maanlicht een monsterachtige verschijning. Op het kinderverblijf begint Tokio te twijfelen aan de wereld om hem heen. Ondertussen ontvangt Shiro een onverwacht bericht.

Vijf jaar geleden woonden Robin, Haruki en zijn zus, de kartcoureur, in Asakusa gelukkig in een weeshuis. Wanneer een menigte zich verzamelt om naar een elektrokartrace te kijken, probeert er iets verschrikkelijks de race te verstoren en wordt Haruki geconfronteerd met een verwoestende situatie.

Tokio wordt meegenomen naar een plek waar hij enkele bizarre baby's aantreft. Hij beseft hoe weinig hij weet over zijn omgeving. Maru en Kiruko zitten vast op een boot en worden dan ook nog eens aangevallen. Terwijl alles om haar heen lijkt in te storten, moet Kiruko een nieuwe strategie bedenken.

Maru en Kiruko keren terug naar Tokio en ontdekken een buurt die volstaat met tenten. Maru gaat naar een speelhal, dus is het aan Kiruko om informatie te verzamelen. In haar zoektocht hoort ze een eng gerucht. In het kinderverblijf gaat Tarao achteruit en ontdekt dokter Sawatari een voetafdruk.

Maru en Kiruko zijn op zoek naar de Onsterfelijke Orde. Onderweg logeren ze in een hotel dat wordt gerund door een meisje, Totori. Ze laten hun bagage achter, gaan op zoek naar veilig drinkwater en vinden een zwaargewonde man. Intussen wordt Tokio verrast door een onverwachte gast.

Maru en Kiruko denken de dokter en de Onsterfelijke Orde te hebben gevonden, maar het is een vijandige groepering die sterk gekant is tegen de behandeling die de Orde aanbiedt. Kiruko en Mari nemen werk aan, maar Kiruko begint haar geduld te verliezen.

Nadat ze de Menseneters hebben gedood, ontmoeten Maru en Kiruko eindelijk dokter Usami. Hij vraagt ze om iets moeilijks te doen, en leidt hen naar een kamer waar een verschrikkelijk tafereel op hen wacht.

Maru en Kiruko ontdekken dat Dr. Usami een knop had met hetzelfde patroon als het symbool op de Kiru-Straal. Ze besluiten deze aanwijzing te volgen en ontmoeten onderweg een mysterieuze informant. Op de kinderopvang wordt een noodvergadering bijeen geroepen.

Maru en Kiruko besluiten om naar de Ibaraki-vestiging van de Takahara-academie te gaan. Ze besluiten om een tussenstop te maken en om Juichi te helpen bevestigen of de baby nog leeft. Eenmaal aangekomen bij de Versterkte Stad loopt alles moeilijker dan verwacht.

Maru en Kiruko gaan naar de Ibaraki-vestiging nadat Juichi hen z'n auto geeft. Er komen nieuwe vijfdejaarsstudenten op de academie. Mimihime ziet dat een kind genaamd Ohma nogal eenzaam is en probeert vrienden te worden. Maar Ohma heeft een reden om uit de buurt te blijven van de andere kinderen.

Maru en Kiruko belanden op een welvarende markt. Het is de stad waar het vermeende Ministerie van Reconstructie de boel runt. Ondertussen wordt de academie plotseling aangevallen. Terwijl ze proberen te schuilen, vinden de kinderen een gat in de muur.

Mimihime, Shiro, Anzu en Taka gaan allemaal naar buiten door een gat in de muur, op zoek naar de oplossing voor de test van hun leraar. Ondertussen is Kiruko in tranen nadat Robin iets vreselijks heeft gedaan.