魔女を憎むギドは、棺桶を背負った男 アシャフとともにある目的のため、魔女探しをしている。汽車に揺られ、たどり着いた先は「魔女・イオーネ」が人々の崇拝を集める街であった。その日はイオーネにとって「記念日」であり、屋敷でパーティーがあることを知る2人。しかしその「記念日」に疑念を抱いたアシャフは、イオーネについて調べるが――。

平和な日々を過ごすギドとアシャフ。しかしギドは魔女絡みの依頼がないことに不満が募る。そこに教団から黒い封筒が届きハイデンに急行することに。魔女による連続殺人が起きており、さらにその事件では「あるモノ」が関与していると知る。ハイデン到着後、2人は市警の前に姿を現し――。

「魔女の戯れ事件」の犠牲者が増え続ける中、突如ギドとアシャフの前に魔女が姿を現し交戦状態に。魔女に尾けられていたことを知った2人は、ヘインスに心当たりがないか尋ねる。魔女は自分の親しい人間ばかりを狙っている事と、ヘインスが自身の悲しい過去を打ち明ける中、再び魔女から「予告状」が届く。魔女の正体を掴むため、アシャフは策略を巡らす――。

魔響教団随一の死霊魔術師であるファノーラと助手のヨハンは、アシャフの紹介により死屍人＜アンデッド＞が暴走する事件に派遣される。現地で警察から詳細を聞き、ファノーラは暴走する死屍人は、違法に蘇生された「野良」ではないかと疑いを持つ。「野良」の数を把握するため廃墟の教会に移動し、正気を失った死屍人を呼び寄せる。そこには大量の死屍人が姿を現し――。

ヨハンを傷つけられ、屋敷の中に招かれたファノーラ達は、死霊魔術師と対面する。死霊魔術師は過去に大事な人を亡くし、彼女を蘇させるための練習台として死屍人を大量に生み出し、そして今度はファノーラを蘇生のパーツとして使いたいと言う。あまりにも身勝手な言い分に怒りを爆発させたファノーラは、自身の能力を開放。戦いが始まる...!!

舞台は第四大陸から第三陸へ。そこは世界聖教会教団の聖都に近い大陸。それ故今回の事件は魔女との接触において、魔女狩りのエキスパート「聖騎士団」が障害になるとアシャフは予想する。胸騒ぎを覚えつつもギドとアシャフは街の潜入に成功。するとそこには聖騎士団に襲われる魔女ヘルガの姿が。ギドはヘルガのあまりの弱さに疑問を抱きつつも、苛烈な魔女の奪い合いが始まる....‼

クーガと対峙するギドとヘルガ。ヘルガは戦いの最中魔剣を手放してしまうが、アシュガンが求めたのはクーガだった。それでも魔剣を奪還しようとするギドだったが、クーガの精霊魔術によってヘルガと供に拘束されてしまう。そんな中アシャフは一連の事件の真犯人について、クーガに接触を試みるが——。

ギドは魔剣を持って聖騎士団の城＜ベース＞から逃げ出し、アシャフとの合流を目指す。処刑人の罠にはめられ、満身創痍になったアシャフとクーガを見つけた直後、ギド達の前に処刑人と禁具によって洗脳操作された騎士団が現れる。その中にはヘルガの姿も。魔剣を奪われないよう、アシャフとクーガは力を振り絞り、抵抗。ギドにヘルガを連れて逃げろというが……。

数百年ぶりに封印から解き放たれた魔剣アシュガン。その力はあまりにも強大で、周囲を破壊しつくしていく。アシュガンに対抗すべく、ギドはヘルガとの接触によって本体を取り戻す。そこにクーガも大聖霊の力をもって応戦しようとするが、大聖霊は魔剣以上にギドを警戒していて....。2つの「世界を滅ぼす力」がぶつかり、魔剣アシュガン篇、遂に決着!!

アシャフがヘルガを教団までの特別な道──廻廊へ案内する一方、ギドは町の子供たちとともに魔女がいるとおぼしき家を訪ねる。魔女ではないと分かり肩透かしをくらったギドだったが、その直後処刑人に襲われ、彼の術によって異次元へ連れていかれる。処刑人がギドに魔剣事件の顛末を尋ねる中、ある少女が話しかける。それはギドの宿怨の魔女であった...‼

怨敵である魔女アンジェラが現れたことで、隠れ家に戻った後も殺気が収まらないギド。その姿を目にしたアシャフは、ギドとの出会いを思い出す。3年前、第五大陸のとある村に魔女を保護すべくやってきたアシャフ。偶然に魔女ハルベルを見つけたものの、突如、棺を担いだギドに襲われる。さらに、アシャフたちは奇怪な事件に巻き込まれ……。

アシャフはギドに魔女を守ることと引き換えに、呪いを解く方法を教える。事件の首謀者である処刑人は、魔女の力を奪うべく村人をたきつけ、ハルベルを捕らえていた。そこにギドが到着し、ハルベルを助けようと試みるが、本来の力を発揮できず、処刑人にやられてしまう。追い詰められたギドだったが、ハルベルとのキスでギドの本体が目を覚ます……‼