這是個怪獸已成為日常威脅的日本。曾立志加入「日本防衛隊」討伐怪獸的日比野卡夫卡，放棄了這個夢想在專營怪獸清潔公司裡工作。在對無法與兒時玩伴、現在活躍於防衛隊的第3部隊隊長．亞白米娜完成一同消滅怪獸諾言的自己感到失望的日子裡，他遇見了立志加入防衛隊的後輩．市川雷諾。

被小型怪獸所寄生而變身成怪獸的卡夫卡，害怕被防衛隊撲殺，於是跟雷諾一同自醫院逃出。就在這時，他們發現有對被怪獸襲擊的母子。不顧自身安危的卡夫卡，鼓起渾身之力揮出全力的一拳。

身為「怪獸8號」被防衛隊所追捕的卡夫卡，在雷諾的幫助下隱藏身分，參加防衛隊員選拔的第二次測驗。卡夫卡對來到會場的臭屁女孩、四之宮琪歌露誇下海口，卻在體能檢定裡慘遭滑鐵盧。卡夫卡打起精神決定要在接下來的最終評選裡扳回一城，但其測驗內容居然是「討伐怪獸」！

測驗一開始就被發現實力不如人的卡夫卡在雷諾的幫助下再次站了起來，但在琪歌露的活躍下，轉眼間最終評選就已結束。所有考生都被琪歌露的驚人實力所輾壓。就在這時，考場裡出現了神秘怪獸。這個意外狀況，讓現場陷入一片混亂。

在防衛隊入隊儀式上沒看見卡夫卡的身影，琪歌露露出了失落的神情。就在這時遲到的卡夫卡出現了。雖然沒能通過測驗，但他在第3部隊副隊長．保科的推薦下成為了防衛隊的候補隊員。伴夥們因卡夫卡的加入而元氣大增。但保科心裡卻有著其他想法。

相模原出現怪獸！新進隊員的初次任務，是在大部隊後方討伐餘獸。被點名「若在三個月內沒有表現的話就要被開除」的卡夫卡充滿幹勁，難掩對這份夢幻工作的興奮之情，雷諾被這樣的卡夫卡所打動也士氣大振。怪獸討伐作戰開始了！

突然出現的神秘人型怪獸毫不留情地對雷諾與伊春展開攻勢。為了保護受到致命傷害的伊春，雷諾勇敢地與其對峙。因得到琪歌露在選拔測驗時與之交戰後的資訊，讓雷諾得以勉強和牠周旋，但戰況還是逐漸落於下風。

卡夫卡為了拯救雷諾他們，變身成怪獸8號。但就在擊退人型怪獸之後，怪獸8號隨即遇上了保科！卡夫卡苦於抵擋保科的猛攻，卻也害怕他的反擊會傷到對方，使得他打得極為保守。卡夫卡在千鈞一髮之際成功逃走，但保科卻在這場戰鬥裡感到了一股異樣感。

防衛隊依然在搜查能化身人類、潛伏於社會的「怪獸9號」，然而這時怪獸們卻突襲了米娜不在的立川基地！統領著從不集體行動的翼龍系怪獸的，是會說人類語言、擁有智力的新＂大怪獸＂。而那隻怪獸像是在享受戰鬥般，盯上了現場最強隊員、保科。

新進隊員不斷發揮訓練成果逐漸擊退來襲的翼龍系怪獸，另一方面，巨大化後的「怪獸10號」攻勢愈發猛烈！雖然保科不斷應對敵人動作並確實給予傷害，但終究是來到了極限。這時保科心裡浮現的，是米娜認同自己的劍技，將自己的背後託付給保科的話語。

卡夫卡終於因為暴露其怪獸8號的身分而遭到逮捕，在日本防衛隊長官．四之宮功的命令下被移送至總部基地。卡夫卡加入防衛隊的夢想破滅，內心也因背叛夥伴而自責不己。在肅殺的押送過程中，與卡夫卡獨處的米娜慢慢打破沉默。

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