일상적인 괴수의 위협에 노출된 일본. 괴수를 토벌하는 「일본 방위대」 입대를 지망했던 히비노 카프카는 꿈을 포기하고 괴수 전문 청소업자로서 일하고 있었다. 방위대 제3부대의 대장으로서 활약하는 소꿉친구 아시로 미나와 나눴던 함께 괴수와 싸우자는 약속을 떠올리며 안타까움을 느끼는 나날을 보내던 중, 카프카는 방위 대원을 지망하는 후배 이치카와 레노를 만났는데.

수수께끼의 소형 괴수에게 기생당해 괴수로 변하고만 카프카는 방위대에게 토벌될까 우려하여 레노와 함께 병원에서 도주했다. 그리고 도주하던 도중, 괴수에게 습격당한 모녀를 발견한다. 위험을 무릅쓰고 괴수에게 맞선 카프카는 혼신의 힘을 담은 주먹을 휘둘렀는데.

시험 시작과 동시에 실력 차를 실감한 카프카는 레노의 도움으로 다시 한번 일어났지만 키코루의 활약으로 최종 심사는 순식간에 종료됐다. 지원자들은 키코루의 무시무시한 전투력에 압도당할 뿐이었다. 그러던 중, 갑자기 시험장 안에 수수께끼의 괴수가 출현했다. 예상 밖의 상태에 시험장은 혼란에 빠졌는데.

방위대 대원 임명식이 시작됐지만 카프카의 모습은 보이지 않았고 키코루의 얼굴도 밝지 않았다. 그때, 뒤늦게 카프카가 나타났다. 시험에는 떨어졌지만 제3부대 부대장 호시나의 추천으로 부대의 후보생이 된 것이다. 카프카의 입대 소식에 활기를 띠는 동료들. 하지만 호시나에게는 어떤 의도가 있었는데.

사가미하라에 괴수 발생! 신입 대원들은 첫 임무로서 부대 후방에서의 여수 토벌 임무를 부여받았다. '3개월 이내에 활약하는 모습을 보이지 못하면 잘린다'라는 말을 들은 카프카는 부담도 느꼈지만 계속 꿈꿔왔던 일을 할 수 있게 된 흥분을 감추지 못했다. 그런 카프카에게 자극받아 긴장하는 레노. 그리고 드디어 토벌 작전이 시작되는데!

갑자기 나타난 수수께끼의 인간형 괴수는 가차 없이 레노와 이하루를 공격했다. 치명상을 입은 이하루를 보호하며 과감하게 맞서 싸우는 레노. 선발 시험 때 같은 괴수와 조우했던 키코루에게서 들었던 정보에 의지해 레노는 간신히 괴수와 싸웠지만 서서히 궁지에 몰리고 있었는데.

레노와 이하루를 수수께끼의 인간형 괴수로부터 구하기 위해 괴수 8호로 변신한 카프카. 인간형 괴수를 물리치는 데 성공하자마자 괴수 8호를 쫓고 있던 호시나와 대치하게 되었는데! 호시나의 맹공에 고전하면서도 반격하면 호시나가 다칠까 봐 카프카는 전투를 주저했다. 간신히 도망친 카프카였지만, 그 싸움에서 호시나는 위화감을 느끼고 있었는데.

인간으로 의태하여 잠복한 '괴수 9호'의 수색이 계속되는 가운데, 미나가 부재중인 타치카와 기지를 갑자기 괴수 무리가 습격해왔다! 무리 짓지 않는 익룡계 괴수들을 통솔하는 수괴는 사람의 말을 이해하는 지성을 가진 새로운 '대괴수'였다. 그 괴수는 전투를 즐기는 듯이 기지에서 가장 강한 대원=호시나를 노렸는데.

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