Kafka Hibino s’était juré de rejoindre les Forces de Défense japonaises et d’exterminer tous les kaiju. Les aléas de la vie en ont voulu autrement, et il occupe désormais un poste de nettoyeur. L’arrivée du jeune Reno Ichikawa dans son équipe va réveiller ses ambitions oubliées.

Sous l’influence du jeune Reno Ichikawa, Kafka Hibino a décidé de retenter sa chance au concours de recrutement des Forces de Défense. Un obstacle inattendu se dresse sur sa route : il a été transformé en kaiju !

La base où se trouvent Kafka et ses amis est soudainement attaquée par des dizaines de kaiju. Est-ce un hasard ou ces monstres en ont-ils spécifiquement après les Forces ?