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全てを“くじびき”によって決める立橋院学園。卒業生は政財界の要人を占め、生徒会の権力たるやあらゆる国家権力をも凌ぐほどの学園である。そんな学園に何の因果か合格してしまった榎本千尋は、さらに次期生徒会会長候補のくじまで引き当ててしまった！生まれてこのかた幸運続き、天真爛漫な幼馴染秋山時乃が副会長候補を引き当て、天才マッド・サイエンティストの上石神井蓮子が書記候補として加わり、彼らの次期生徒会を目指しての学園生活が始まるのだった。

ついに現生徒会と対面した千尋たち。ようやく現れた生徒会会長は、なんと千尋や時乃の幼馴染である律子・キューベル・ケッテンクラートだった。10年ぶりの再会にも笑みひとつこぼさない律子に釈然としない千尋と時乃。そんな彼らに次期生徒会への試練として悪質同好会を強制退去させるというやっかいな任務が下るが、悪質同好会の中には生徒会に対する不穏な動きがあって・・・。

朝、目覚めると千尋に覆いかぶさる影、それは立橋院学園の先生でもある姉の忍であった。千尋が大好きな忍は、毎朝スキンシップを求めるが、千尋はそれに応じない。生徒会の仕事があるのだと、忍を振り払って学校に行く千尋。次期生徒会候補の女の子たちと行動を共にする千尋を見て、忍はイライラを募らせる。そしてついにキレてしまった忍は、同僚の楠木先生にある薬を作らせて千尋を振り向かせようとする。そんなとき千尋たちには過酷な試練が与えられていた。

千尋は幼かった頃の律子と生徒会長である律子のギャップにとまどいつづけていたそんなある日、時乃に連れられて、日曜日の学校に行く千尋。あまりに広い校内を探検するうち、二人は生徒会室に迷い込んでしまう。そこにはヴァイオリンを弾く生徒会会長、律子がいた。幼馴染の3人きりになり、嬉しそうに話しかける時乃だったが、やはり律子はかたくなに心を閉ざしたまま、あくまで会長として二人に接する。そして仕事に戻ろうとする律子に、千尋と時乃は｢仕事を手伝う｣と言うが・・・。

いろいろあった一学期も終わり、ようやく夏休みに入る千尋たち。そんな中、ささいな行き違いで喧嘩をしてしまう時乃と蓮子。4人でどこかに遊びに行くと約束していたはずの計画が台無しに。しかたなく、千尋は時乃、小雪と一緒に立橋院学園のセミナーハウスがある海に蓮子抜きで遊びに行くことに。だがそこで出会った人物は・・・。

夏休みも終わり、二学期が始まる立橋院学園。小学部に通う小雪には、みんなに言えない秘密があった。それがもとで誤解され、小雪はクラスメイトにいじめられてしまう。千尋たちに相談もできず悩んでしまう小雪。そんな中、生徒会室に呼ばれ、新たなる試練を与えられる千尋たち。それは部数の落ちた立橋院学園新聞を立て直すというものだった・・・。

あらゆる国家機密が集中している立橋院学園。学園内にはそれを狙うスパイが100人以上潜伏しているという。千尋たちに与えられた次なる試練は、そのスパイ狩りだった。学園の級友たちを疑うことに抵抗を覚える千尋たち。現生徒会はそんな彼らにサポートをつけるのだが、それは時乃のクラスメイトの橘いづみだった。

今日は律子の誕生日。千尋と時乃はそれぞれのプレゼントを用意して律子の家に向かう。ケッテンクラート家では盛大な誕生日パーティが開かれており、正式な招待を受けていない千尋たちは追い返されてしまう。しかしそこに織部と名乗る男が通りかかり、千尋たちを中に入れてくれるのだった。場違いな空気に戸惑う中、律子を見つける千尋たち。そのとき会場には律子の父親による衝撃的な挨拶が響く・・・。

千尋に対する自分の気持ちにとまどう時乃。いづみにそのことを相談しても、解決の糸口は見つからない。そのとき現生徒会からの呼び出しがかかる。生徒会室に集まる千尋たちだが、なぜか蓮子がいない。それでも千尋たちに、本日行われる花火大会の来賓VIPの警護と接待せよ、という指令は下るのだった。全員で来ないと任務放棄となる、と釘をさされる千尋。部屋を出てすぐに蓮子の携帯に電話するが、蓮子とは連絡がとれないのだった。

ある日、小雪は1人でいるところを怪しげなマフラーをした男に襲われる。その場にかけつけたいづみであったが、その男に強烈な一撃をくらい、気を失ってしまう。時乃の呼びかけで目覚めたとき、そこは保健室のベッドの上だった。小雪がさらわれたことを千尋たちに告げるいづみ。生徒会室に駆け込み、抗議する千尋たちだったが、現生徒会はそれに応じず、この件は自分たちで対処すると言い、千尋たちを追い返してしまう。

千尋たちの活躍により、小雪を助け出し、学園をまもった次期生徒会候補の面々。しかし現生徒会は学園を危険にさらしたとして、彼らに停学処分を下す。それでも処分が甘いと香澄は律子に不満げな態度を見せる。揺らぐ律子。｢ブレたらあかん｣と律子に言い放つリサ。そして一人、如月家の能舞台で思いにふける香澄は、律子やリサと出会った頃の記憶を思い起こすのだった。

｢俺、辞退しようと思う｣--突然の千尋の告白に唖然とする次期生徒会候補たち。ギクシャクとしていた千尋と時乃の関係も悪化するばかり。立ち去ろうとする千尋を止められない時乃。蓮子も小雪もそんな二人に納得がいかない。すれ違う思いに終止符を打つため、時乃はついに律子の下へ単身赴き、泣きながら｢千尋ちゃんを助けてあげて｣と願うのだが・・・。