이야기의 무대는 유희가 있던 시대에서 수 십 년이 흐른 계층 사회를 형성하고 있는 미래 도시, 네오 도미노 시티다. 네오 도미노 시티에서는 D∙휠이라고 하는 바이크 형 듀얼디스크를 사용한 라이딩 듀얼이 유행하고 있다. 듀얼 스타디움에서는 제143회 듀얼 킹 쟁탈전이 열리고 있고, 킹의 자리를 군림하고 있는 잭 아틀러스는 도전자를 물리치며 자신이 킹이라는 사실에 자부심을 느낀다. 한편, 네오 도미노 시티의 최하층 지대인 새틀라이트에서는 유성이가 새로 만든D∙휠을 점검하고 있다. 그의 목적은 잭이 있는 시티로 가는 것. 그런 유성을 위해 랠리가 새로운 칩을 가지고 온다. 덕분에 D∙휠의 성능은 좋아지지만 그 칩은 도난품으로 시큐리티의 추적을 받게 된다. 유성은 친구들을 안전한 곳으로 대피시키기 위해 D∙휠을 타고 시큐리티를 따돌린다. 막다른 곳에 이르자 유성은 시큐리티 대원인 우시오에게 듀얼을 제안하고 듀얼리스트인 그는 유성의 제안을 받아들인다.

유성이가 만든 D휠은 랠리가 준 칩 덕분에 빠른 속도를 가지게 된다. 친구들은 유성이가 시티에 가는 것을 만류하지만 유성이는 자신과 친구들의 꿈이었던 카드를 되찾아야 한다고 한다. 그것은 바로 잭이 가지고 간 유성이의 에이스 카드인 ‘스타더스트 드래곤’. 유성이가 모두의 꿈이 담긴 카드를 반드시 찾아와야 한다고 하자 친구들도 더 이상은 그를 붙잡지 못한다. 하지만 이때, 유성이의 친구들에게 시비를 걸었던 야기가 나타나 유성이에게 D휠을 걸고 듀얼을 하자고 한다. 곤충족 군단으로 공격을 해오는 야기. 초반에 유성이는 엄청난 공격력에 밀리는 듯하지만, 듀얼리스트의 정신으로 야기를 물리치는데 성공한다.

드디어 유성이가 시티로 출발하는 날. 랠리는 그의 소중한 카드 ‘원샷 부스터’를 부적으로 준다. 친구들의 배웅을 받으며 유성이는 쓰레기 처리장에 있는 파이프 라인을 향해 떠난다. 하지만 유성은 곧 그와의 듀얼을 고대하던 우시오의 추적을 받게 되고 우시오는 상관에게 받은 특수 추적 덱으로 강제로 유성이와의 듀얼을 시작한다. 우시오는 제한 카드인 게이트 블록커를 사용하며 유성이의 앞 길을 막지만 시티로 가려는 유성이의 굳은 의지와 랠리가 준 ‘원샷 부스터’ 덕분에 게이트 블록커를 파괴하는데 성공한다. 파이프 라인 안까지 따라온 우시오는 그가 새틀라이트를 탈출하려는 것을 알고 제지하려고 하지만 듀얼에서 이긴 유성을 막지 못한다.

시티에 도착한 유성은 그를 기다리고 있던 잭을 만난다. 유성은 잭에게 그가 타고 간 D휠이 어디 있는지 묻지만 잭은 이미 고장이 났다고 한다. 이 말에 화가 난 유성은 가져간 카드를 돌려달라고 하자 잭은 킹이 된 자신에게는 필요 없는 카드라며 유성에게 스타더스트 드래곤 카드를 던진다. 하지만 유성과 새틀라이트에 있는 친구들의 꿈이었던 그 카드를 함부로 취급하는 그의 모습에 유성은 화가 나고 라이딩 듀얼을 제안한다. 이렇게 해서 스타더스트 드래곤을 건 유성과 잭의 듀얼이 시작된다. 하지만 초반부터 잭의 페이스에 말려든 유성은 고전을 면치 못한다. 이에 잭은 자신의 분신인 레드 데몬즈 드래곤을 소환하고 유성의 에이스 카드인 스타더스트 드래곤을 소환해 유성을 궁지로 몰아넣는다.

스타더스트 드래곤과 레드 데몬즈 드래곤을 능숙하게 다루는 잭. 그리고 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 고군분투하는 유성. 초반에는 유성이 밀리는 듯 했지만 함정 카드인 하르모니아의 거울 덕분에 스타더스트 드래곤을 자신의 필드 위로 특수 소환하는데 성공한다. 그러자 잭이 드래곤끼리의 맞대결을 제안하고 레드 데몬즈 드래곤으로 스타더스트 드래곤을 공격한다. 하지만 그 두 마리의 드래곤이 부딪히는 순간, 유성과 잭은 팔에서 찌를듯한 극심한 고통을 느낀다. 그리고 카이바 코퍼레이션 지하에 있는 모멘트가 제어 불능 상태가 되기 시작한다. 팔에서 느껴지는 고통이 극에 달할 즈음, 듀얼 스타디움에 갑자기 붉은 용이 나타나더니 도시는 암흑에 휩싸이고 만다. 그리고 유성은 자신의 팔에 어떤 반점이 생긴 것을 보고 놀라게 된다.

시큐리티에 붙잡힌 유성은 얼굴에 부적합자의 마커가 찍힌 채 수용소로 보내진다. 거기서 유성은 보물 카드뭉치를 가지고 있는 텐진 할아버지를 만난다. 하지만 카이너는 신참 환영회를 한다며 텐진 할아버지와 유성에게 듀얼을 제안한다. 자신의 보물 카드뭉치를 보여주고 싶었던 텐진 할아버지는 그의 제안을 받아들이고 카이너와 듀얼을 하게 된다. 하지만 카드의 효과를 몰랐던 텐진 할아버지는 카이너에게 지고 만다. 그러자 카이너는 텐진 할어버지의 카드를 쓸모 없는 쓰레기라고 말하며 짓밟는다. 그런 카이너의 모습에 화가 난 유성은 텐진 할아버지에게 카드뭉치를 빌리고, 카이너에게 듀얼을 하자고 한다.

텐진 할아버지를 위해 카이너와 듀얼을 하는 유성. 플레이어에게 데미지를 주는 수정해골과 아쇼카 필라를 소환하는 유성의 모습에 죄수들은 비웃지만, 카이너는 유성이가 듀얼을 알고 있다는 사실을 눈치챈다. 그리고 점점 유성과의 듀얼에 흥미를 느끼며 자신의 과거를 돌아본다. 듀얼에 대한 열정을 되찾게 된 카이너는 유성과의 듀얼에서 지지 않기 위해 혼신을 다해 싸운다. 하지만 결국 유성에게 지게 되고 카이너는 유성과의 멋진 듀얼에 진심으로 감사의 표시를 한다. 한편, 잭은 고드윈에게서 네오 도미노 시티 치안유지국의 진짜 모습인 일리아스텔, 붉은 용에 관한 이야기를 듣는다. 그리고 자신이 이 세계의 평화를 지켜주는 붉은 용을 소환하는 자, 시그너라는 사실을 알게 된다.

고드윈에게서 시그너에 대한 이야기를 들은 잭. 하지만 그는 유성과의 듀얼에서 패배한 충격 때문에 자신감을 잃고 만다. 다음 날, 엔조 무크로와의 라이딩 듀얼이 시작되고 복수심에 불타는 엔조 무크로의 최강 덱은 잭을 점점 궁지로 몰아넣는다. 그것도 잠시 그의 듀얼이 마음에 들지 않았던 잭은 레드 데몬즈 드래곤을 소환해 엔조 무크로의 데미지를 순식간에 줄이며 킹의 자리를 지킨다. 하지만 잭은 관중들의 함성 속에서 전에는 몰랐던 허무함을 느낀다. 한편, 수용소에서 유성을 만난 고드윈은 용의 반점에 대한 이야기를 꺼낸다. 그리고 유성의 행동이 새틀라이트의 주민들에게까지 고통을 안겨줄 수 있다는 알 수 없는 말을 하며 유성을 혼란스럽게 한다.

다카스 소장에 의해 유성과 카이너, 텐진은 장기 수용자들만 있는 감방으로 보내진다. 그곳에서 유성은 아오야마를 만나고 아오야마는 유성에게 수용소를 함께 탈출하자고 한다. 하지만 수용소를 탈출하기로 한 날, 카이너가 다카스 소장에 의해 누명이 씌워지고 다카스는 모든 죄수들에게 1년 동안 자유 시간과 감방에서 나오는 것을 금지시키겠다고 한다. 죄수들을 필요 없는 인간 취급하는 다카스 소장의 말에 화가 난 유성은 카이너의 무죄를 입증하기 위해 다카스와 듀얼을 하게 된다. 하지만, 다카스 소장의 음모에 말려들게 된 유성은 조작된 듀얼디스크를 착용한 채 듀얼을 시작한다. 그리고 공격으로 받은 데미지와 함께 동반되는 전기 충격의 고통. 유성은 힘을 잃고 주저앉고 만다.

다카스 소장과 듀얼을 하던 유성은 데미지와 동반되는 전기 충격으로 몸을 가누지 못한다. 그럼에도 불구하고 계속해서 체인 몬스터로 유성을 공격하는 다카스 소장. 하지만 다카스 소장은 교도관 부하가 감시 카메라로 유성의 카드를 훔쳐보고 그가 가르쳐주는 대로 듀얼을 하고 있었던 것이다. 이때, 갑자기 수용소는 정전에 휩싸이고 제어 시스템 마저 파괴되며 다카스 소장의 듀얼디스크에도 전류가 흐르기 시작한다. 당황하는 다카스 소장을 유성은 거침없이 공격하며 정전이 났을 때 바꿔 치기를 한 마지막 카드로 소장의 생존 점수를 0으로 만든다. 하지만 다카스 소장은 듀얼의 승부에 승복하지 않으며 유성을 체포하려고 하자 고드윈이 나타나 다카스 소장에게 수용소를 떠나라고 한다. 유성은 고드윈 덕분에 위기를 모면했지만 그런 고드윈의 행동에 의문을 품는다.

부트레그로 사이가를 찾아간 유성. 부트레그의 마스터는 유성이 가지고 온 카이너의 카드를 보고 사이가를 만나게 해준다. 사이가와 유성은 유성을 미행하던 시큐리티들을 따돌리고 무사히 사이가의 사무실에 도착한다. 유성은 그에게 시큐리티의 보관 창고에 잠입해 자신의 디휠을 찾아오겠다는 계획을 밝힌다. 하지만 위험한 곳으로 가려는 유성을 이해할 수 없는 사이가. 그 이유를 묻자 유성은 친구와의 우정을 되찾기 위해서라고 한다. 지난 날의 상처 때문에 우정에 대한 반감이 있는 사이가는 그런 그를 이해할 수가 없다. 한편, 보관 창고의 잠입에 성공한 유성은 자신의 디휠이 있는 곳에 도착한다. 이때 그를 미행하던 우시오가 나타나 유성을 잡으려고 하고 유성은 디휠을 타고 탈출을 감행한다. 하지만 우시오가 특수 추적 덱으로 강제로 듀얼을 시작하고 유성은 또 다시 위기에 빠진다.

우시오의 추격을 받던 유성은 사이가의 도움으로 위기를 모면한다. 친구들의 우정을 찾기 위해 자신의 목숨을 거는 유성을 사이가는 이해할 수 없다며 옛날 자신에 대한 이야기를 꺼낸다. 태그 듀얼에서 일어났던 사고, 자신의 목표를 위해 친구를 버리려고 했다는 이야기. 그런 자신을 유진은 용서하지 않을 거라고 한다. 하지만 유성은 유진이 사이가에게 그들의 카드인 ‘머시너즈 스나이퍼’를 보낸 건 그와의 우정을 지키고 싶어서일 것이라고 한다. 유성의 말에 유진의 진심을 깨달은 사이가는 유성이의 우정을 지켜주기 위해 끈질기게 추격하는 우시오를 따돌리고 그의 탈출을 돕는다.

루아와 루카의 집에 오게 된 유성. 루아는 유성이 듀얼리스트라는 사실을 알고 듀얼을 하자고 제안한다. 유성은 망설이지만 루아의 허둥대는 모습에서 랠리의 모습을 느끼고 듀얼을 하기로 한다. 루아는 자신의 자랑인 디포머 덱으로 다양한 몬스터들을 소환하지만, 자신의 몬스터들에게 만족한 나머지 유성의 공격을 읽지 못해 단숨에 지고 만다. 풀이 죽어있는 루아에게 유성은 자신의 몬스터에게만 빠지지 말고 상대방의 공격을 읽을 줄 아는 듀얼을 하라고 조언을 한다. 한편, 탑스에 있는 유성을 잡기 위해 잠복을 하고 있는 우시오. 늦은 밤 유성이 탑스에서 나오자 그를 따라잡는다. 하지만 이때, 예거가 나타나 유성의 신병을 치안 유지국으로 넘기라고 하며 유성에게 듀얼 오브 포츈 컵의 초대장을 건네준다.

사이가의 빌딩에서 디휠을 고치고 있던 유성은 오랜만에 카이너와 텐진을 만난다. 카이너는 유성의 덱을 보자 듀얼을 하자고 제안한다. 하지만 그때 잭이 나타나 유성에게 스타더스트 드래곤의 카드를 돌려주며 붉은 용의 등장은 시작일 뿐이라는 알 수 없는 말을 남긴 채 떠난다. 한편, 새틀라이트의 친구들에 대해 알아봐주겠다는 사이가와 함께 다이몬 에리어에 간 유성 일행은 그곳에서 루아와 경명이를 만나게 된다. 다이몬 에리어에 ‘흑장미 마녀’가 나타난다는 소문을 듣고 그 마녀와 듀얼을 하기 위해 온 루아와 경명이. 경명이는 얼굴에 마커가 있는 유성을 경계하지만 그가 듀얼 오브 포츈 컵의 초대장을 가지고 있는 것을 보며 경계심을 푼다. 이때 사람들이 동요하기 시작하고 용이 나타나며 순식간에 다이몬 에리어는 아수라장이 된다. 흑장미 마녀의 등장. 그 마녀는 유성의 팔에 나타난 용의 반점을 보며 거센 공격을 하더니 사라진다.

루카의 행세를 하며 듀얼 오브 포츈 컵에 참가하게 된 루아. 루아는 고드윈 측에서 심어 놓은 자객인 보머와 첫 번째 경기를 하게 된다. 루아는 유성의 충고를 가슴 속 깊이 새기며 듀얼에 임하지만, 보머의 공격을 읽지 못해 몬스터를 소환하고 함정, 마법 카드를 발동할 때마다 생존 점수가 줄어드는 위기에 몰리게 된다. 초조해진 루아는 카드를 믿으라는 유성의 말을 떠올리며 다시 한 번 용기를 내어 위기를 물리치는데 성공한다. 하지만 보머는 덮어두었던 함정 카드를 발동하며 자이언트 보머 에어레이드를 소환하고, 몬스터의 공격으로 루아의 생존점수는 0이 되고 만다. 한편, 시그너의 반응을 찾기 위해 D센서를 개발한 브루노는 루아에게서 그 반응을 찾으려고 하지만 좀처럼 센서가 반응하지 않아 당황한다. 하지만 이때 관중석에서 희미한 반응을 포착하고, 그 반응이 루카를 가리키고 있다는 사실을 발견한다.

포츈 컵의 그 두 번째 경기는 흑장미 마녀라 불리는 아키와 고드윈 측의 자객인 질의 대결이다. 질의 계속된 공격으로 초반부터 큰 데미지를 받은 아키지만 곧 블랙 로즈 드래곤을 소환하며 그에 맞선다. 듀얼에서의 데미지를 현실화시키는 아키의 힘에 질은 상처를 받고 모든 관중들은 그녀가 마녀라는 사실에 동요하게 된다. 질은 자신의 몬스터인 마스크드 나이트를 레벨 7까지 올리며 아키에게 맞서지만 마지막 순간 아키가 소환한 블랙 로즈 드래곤으로 마스크드 나이트 레벨 7의 공격력은 0이 되고 질도 그 데미지를 받고 쓰러지고 만다.

부활한 사신이라 불리는 시라와 라이딩 듀얼을 하게 된 유성. 하지만 정작 경기가 시작됐을 때 나타난 건 엔조 무크로였다. 킹을 타도하는 건 빠른 스피드밖에 없다고 생각한 엔조 무크로는 스피드 액셀 덱을 개발하고 스피드 스펠로 유성과 승부를 겨룬다. 그 덱 덕분에 엔조 무크로는 스피드 카운터를 12개나 올리며 유성을 따돌리는데 성공한다. 스피드 부스터의 효과로 유성은 계속 데미지를 받으며 위기에 몰리고, 마침내 엔조 무크로가 소환한 스피드 킹 스컬 프레임의 효과로 겨우 400점의 생존 점수만 남게 된다. 하지만 침착하게 경기에 임하는 유성은 엔조 무르코가 걸어둔 모든 마법, 함정 카드를 파괴하며 듀얼에서 승리를 거두는데 성공한다.

듀얼 오브 포츈 컵에서 예정에 없던 패자부활전이 시작된다. 그 패자부활전에 루카가 출전을 하게 되고 듀얼 카운셀러라고 알려진 프랭크가 그에 맞서게 된다. 하지만 패자부활전은 고드윈과 예거의 음모로, 3세 때 듀얼 몬스터즈의 정령 세계에 간 적이 있는 루카를 다시 그 정령 세계로 보내기 위한 것이었다. 그 상황을 모르는 루카는 얼떨결에 듀얼을 시작하고, 프랭크에게서 이상한 기운을 느낀다. 심리적으로 루카를 압박해오는 프랭크. 마침내 루카는 의식의 깊은 곳에 봉인되었던 듀얼 몬스터즈의 정령 세계로 들어간다. 하지만 어렸을 때 정령 세계에 왔던 기억을 잊어버린 루카는 그곳이 어딘지 몰라 어리둥절하기만 하다. 루카는 그곳에서 평화롭지만 알 수 없는 두려움을 느낀다. 이윽고 루카를 알고 있는 목소리가 들려오고 그 목소리는 루카와 했던 약속에 대한 이야기를 하지만 기억을 하지 못하는 루카는 혼란에 빠지게 된다.

듀얼 몬스터즈 정령 세계에서 에인션트 페어리 드래곤을 만난 루카는 3세 때 정령 세계를 사악한 의지로부터 지켜주겠다고 한 약속을 기억하게 된다. 하지만 혼자 정령 세계에 있어야 한다는 사실이 무서웠던 루카는 루아가 자신을 부르는 목소리를 듣고 그 세계를 떠나게 된다. 자신의 깊은 의식 속에 봉인해두었던 기억. 루카는 그 기억을 떠올리며 알 수 없는 두려움에 사로잡힌다. 그리고 이때 프랭크도 정령 세계 속으로 들어오고 점점 정령 세계를 파괴하며 루카를 공격한다. 그 순간, 루아의 목소리가 들리며 루카에게 정령 세계를 지키라고 한다. 그 목소리에 의식이 돌아온 루카는 프랭크에 맞서 듀얼을 시작한다. 하지만 프랭크가 정령 세계를 파괴하려고 하자 분노를 참지 못한 에인션트 페어리 드래곤은 프랭크를 공격하고 그가 위기에 빠지자 루카는 듀얼을 중지한다.

루아는 유성이 준결승전에서 보머와 라이딩 듀얼을 한다는 사실을 알고 유성을 위해 보머의 D휠을 탐색하러 가지만 보머의 차고에서 이상한 형체를 보고 기절한다. 집에서 루아를 기다리던 유성과 루카는 루아를 찾으러 나가고, 우연히 루아를 데리고 오는 보머를 만나 같이 집으로 온다. 보머는 유성에게 싸우는 이유를 물으며 자신의 이야기를 꺼낸다. 오랫동안 가난과 차별 속에서 고통 받아온 일족을 위해, 자신의 힘을 빌려주면 고드윈은 자신의 마을을 지원해주겠다는 약속을 했다는 것. 유성은 고드윈을 믿지 말라고 하지만 보머는 자신의 믿음과 사명을 위해 듀얼에서 꼭 이기겠다고 한다. 다음날, 준결승전이 시작되고 유성과 보머는 스타디움에서 다시 만난다. 엄청난 크기의 D 휠을 타고 나타난 보머. 그는 두 번째 차례에서 자이언트 폭탄 에어레이드를 소환하며 유성을 압박하기 시작한다.

자이언트 폭탄 에어레이드의 효과로 유성은 몬스터를 소환할 때마다 데미지를 받고 몬스터가 파괴당하는 위기에 몰린다. 하지만 유성은 보머의 공격을 읽고 몬스터가 파괴된 뒤 카드를 세트한다. 이 작전을 이용해 유성은 자이언트 폭탄 에어레이드를 파괴하는데 성공한다. 이에 자신의 사명을 다하기 위한 보머는 채리어트 파일을 발동시켜 유성을 막아보려고 하지만 결국 유성에게 지고 만다. 유성의 승리가 확정된 순간, 보머는 스타디움에서 고드윈이 자신의 마을에 저지른 만행을 알린다. 붉은 용의 부활이란 명목으로 실험 소재가 된 마을이 파괴되어 마을 사람들은 물론 보머의 동생들까지 행방불명이 된 것. 보머는 고드윈에게 복수를 하기 위해 D휠을 타고 그에게 달려든다. 하지만 그 순간 유성이 그를 말리고 슬픔을 견디지 못한 보머는 울부짖는다.

키노미야와 아키의 준결승전 두 번째 경기가 시작된다. 듀얼 프로파일러인 키노미야는 아키에 대한 모든 정보를 수집하고 그녀의 과거를 들추며 아키를 자극한다. 아키가 가진 초능력의 힘은 주변을 파괴할 뿐만이 아니라, 가족과 친구들의 마음까지 파괴하며 그녀를 고립시켜왔다. 모두가 마녀라고 두려워하는 모습에 자신을 점점 자신의 세계에 가둬 둔 아키. 이때 아키에게 구원의 손길을 내민 건 그녀와 같은 능력을 가진 아르카디아 무브먼트의 디바인이었다. 아키는 그 사실을 생각하며 자신을 믿어주는 디바인을 위해 싸운다. 평정심을 잃지 않으려는 아키지만 결국 키노미야의 자극적인 말에 분노를 참지 못하게 되고, 시그너의 반점이 빛을 낸다. 고드윈과 예거는 시그너의 힘이 각성된 사실에 흐뭇해하지만, 자객인 키노미야는 아키의 공격을 받고 쓰러지고 만다.

아키의 카드에서 거부와 분노를 느낀 유성. 하지만 유성은 그 안에 숨겨져 있는 아키의 또 다른 감정을 느낀다. 그 감정을 찾기 위해, 그리고 시그너인 자신들이 고드윈과 디바인의 무리들에게 이용당하는 것을 막기 위해 유성은 아키의 마음을 열기로 결심한다. 드디어 시작된 파이널 매치. 아키를 향한 관중들의 야유 속에서 듀얼이 시작된다. 아키의 실제 데미지를 피할 수 없는 유성. 끔찍한 고통으로 괴로워하는 바로 그 순간, 유성은 자신의 고통을 즐기고 있는 아키의 미소를 본다.

유성은 아키의 거부와 분노, 그리고 그 안에 감춰져 있는 또 다른 감정을 찾기 위해 스타더스트 드래곤을 소환한다. 아키는 모두가 두려워하는 힘을 갖게 된 건 팔에 있는 반점 때문이라고 여기며 그 반점을 증오해왔다. 그리고 파괴를 즐기는 자신을 잊기 위해 또 다른 모습, 가면의 마녀가 된 것이다. 하지만 이때 디바인이 나타나 아키를 어둠 속에서 구해주고, 아키는 그런 디바인에게 자신의 생각을 맡긴 채 모든 것을 의지하며 살아왔다. 하지만 아키는 유성과의 듀얼을 통해 고통 속에서 알 수 없는 슬픔을 느끼고 괴로워한다. 유성과 잭, 루카, 아키를 이어주는 시그너의 반점. 그리고 그들이 함께 느끼는 반점의 고통. 감정의 혼란 속에서 아키는 유성에게 지고 눈물을 흘리며 퇴장한다.

아키와의 듀얼로 스타디움은 엉망이 되고, 관중들 사이에도 부상자가 속출하는 상황. 더 이상의 피해를 막기 위해 유성은 듀얼을 중지하려고 고드윈을 찾아간다. 하지만 유성은 그곳에서 잭이 2년 전 자신의 스타더스트 드래곤 카드와 D휠을 가져간 이유에 대해 듣게 된다. 잭 역시, 유성을 새틀라이트에서 끌어내기 위해 이용당했던 것. 잭은 자신을 이용한 대가로 감금된 친구들을 풀어달라고 한다. 영문도 모른 채 감금됐던 유성의 친구들은 무사히 풀려나고, 그곳에서 우연히 텔레비전으로 잭과 유성의 듀얼을 보게 된다. 킹의 길을 가기 위해 고향과 친구를 모두 버린 잭. 하지만 그 무엇도 버리지 않고 잭과 같은 길을 가려고 하는 유성. 누가 진짜 킹의 증표를 가진 자인지, 그들의 파이널 매치가 시작된다.

스타디움에 있는 4명의 시그너와 의문의 다섯 번째 시그너. 그리고 스타더스트 드래곤과 레드 데몬즈 드래곤의 전투로 붉은 용이 나타난다. 하지만 그 순간, 유성과 잭, 루카, 아키는 새로운 차원으로 들어간다. 그곳에서 그들은 별의 민족과 시그너, 새틀라이트가 파괴되는 모습을 지켜본다. 그리고 새틀라이트에 그려진 거미 모양의 지상 그림. 유성은 그것의 의미를 알지 못해 혼란에 빠진다. 하지만 이때 잭은 차원에서 빠져나가기 위해선 듀얼을 끝내야 한다며 듀얼을 계속 진행시킨다. 그곳에서의 듀얼은 그들에게 실제 데미지를 주고, 한 치의 양보도 없는 전투의 결과, 잭은 생존 점수가 0이 되며 부상을 입고 쓰러진다. 새로운 듀얼 킹의 탄생. 하지만 유성은 차원 속에서 본 영상 때문에 알 수 없는 불안함을 느낀다.

듀얼 킹이 된 유성은 그에게 달려드는 기자들을 피해 동료들과 함께 사이가의 아지트로 간다. 그곳에서 유성 일행은 텐진에게 반점에 관한 이야기를 듣고, 마지막 다섯 번째 시그너가 누구인지 궁금해한다. 모두가 잠든 깊은 밤. 유성은 반점의 고통을 느끼고, 자신과 같은 반점이 있는 자를 발견한다. 유성은 그 자가 다섯 번째 시그너라고 생각하고 따라가지만 그는 유성에게 어둠의 듀얼을 제안한다. 한 번도 본적 없는 다크 튜너와 레벨 마이너스 5의 다크 싱크로 몬스터. 유성은 정체를 알 수 없는 듀얼리스트와 실제 데미지를 받아가며 듀얼을 계속한다. 한편, 칼리는 유성의 인터뷰에 실패하자 유성의 팔에서 빛난 빛의 정체를 알아내기 위해 취재를 다닌다. 그때 듀얼디스크 탐지기가 반응하고 칼리는 그곳으로 향한다.

유성과 반점을 가진 듀얼리스트와의 어둠의 듀얼은 계속된다. 유성은 빙결의 피츠제럴드를 파괴하지만 그것은 계속 소환되며 유성의 몬스터를 파괴한다. 그리고 그 듀얼리스트는 자신은 다크 시그너이며 새틀라이트는 곧 멸망할 것이라고 한다. 잭과의 듀얼에서 본 영상이 떠오른 유성은 불안감을 느낀다. 마침내 유성은 니트로 워리어를 소환하며 빙결의 피츠제럴드를 물리치는데 성공하고 의문의 듀얼리스트도 데미지를 받으며 쓰러진다. 유성은 그 자에게 새틀라이트에 무슨 일이 일어나는지 묻지만 그 자는 자신이 무엇을 했는지 전혀기억을 하지 못한다. 그와 동시에 그 자의 덱에서 다크 튜너와 다크 싱크로 몬스터의 카드도 사라진다. 이렇게 해서 자신들의 진짜 적은 다크 시그너일지도 모른다는 생각을 한 유성은 진실을 알기 위해 새틀라이트로 돌아갈 결심을 한다.

유성의 듀얼을 지켜보던 칼리는 시큐리티의 출동으로 유치장으로 끌려간다. 하지만 특종을 찍은 카메라를 잃어버리고 망연자실하고 있던 찰나, 잭의 로드 오브 더 킹 시사회를 취재하기 위해 다시 한 번 힘을 낸다. 시사회도중 안젤라는 잭이 탑스의 출신이 아닌 새틀라이트 출신이란 사실을 밝히며 고드윈을 추궁한다. 칼리는 그 사실을 확인하려고 잭이 있는 병원에 잠입하기 위해 시사회장을 빠져나간다. 한편, 예거의 명령으로 잭을 데리고 가기 위해 병원을 찾은 우시오. 하지만 거미 한 마리가 우시오의 옷 속으로 들어가더니 우시오는 다크 시그너로 변하고 만다. 이렇게 해서 잭과 우시오 그리고 칼리의 듀얼이 시작되고, 부상을 당해 오른 팔을 쓸 수 없는 잭은 칼리의 도움으로 우시오를 물리치는데 성공한다.

새틀라이트에 있는 시큐리티의 보관창고. 크로우는 보관창고에서 물건을 훔치다가 시큐리티들이 가지고 온 자신의 블랙 버드를 타고 탈출한다. 우시오의 후한이 두려운 시큐리티들은 전력을 다해 크로우를 쫓지만 크로우는 멋지게 그들을 따돌리는데 성공한다. 한편, 고드윈을 찾아간 유성은 그에게서 다크 시그너에 대한 이야기를 듣는다. 오 천 년을 주기로 계속 반복되고 있는 시그너와 다크 시그너의 전투. 고드윈은 새틀라이트에 있는 제1호 모멘트가 다크 시그너의 저승의 문이며, 새틀라이트의 재앙을 막기 위해서는 그 문지기인 다크 시그너를 없애야 한다고 한다. 유성은 그렇게 다섯 번째 시그너의 존재를 알지 못한 채, 새틀라이트로 향한다.

새틀라이트로 돌아온 유성은 크로우를 만난다. 유성은 크로우와 함께 자신의 아지트로 가고, 다른 친구들이 모두 무사한 것을 보며 안심한다. 그렇게 재회의 기쁨을 나누는 순간, 크로우를 잡으려는 시큐리티가 나타난다. 크로우는 다이달로스 브릿지에서 만나자는 말을 남긴 채 시큐리티를 따돌리기 위해 나간다. 유성도 크로우를 돕기 위해 합류하고 시큐리티와의 태그 라이딩이 시작된다. 한편 잭은 킹의 자리마저 잃어버리고 자신을 지탱해준 것이 무엇이었는지를 깨닫게 된다. 의기소침해 있는 잭에게 칼리는 지금까지의 잭은 잊어버리고, 이제부터 진짜 잭의 모습으로 살아가라고 한다. 칼리의 말에 용기를 얻은 잭은 새롭게 다시 시작할 것을 약속한다.

다이달로스 브릿지에 있는 크로우의 아지트에서 합류한 유성과 친구들. 친구들은 유성에게서 새틀라이트의 멸망에 관한 이야기를 듣는다. 그날 밤, 유성은 친구들이 자고 있는 틈을 타 다크 시그너가 있는 배드로 가려고 한다. 하지만 이때 크로우가 자신도 아이들을 지켜야 할 의무가 있다며 유성을 따라 나선다. 안개가 자욱한 배드. 유성의 반점이 갑자기 빛을 내기 시작하자, 시티에 있던 잭과 루카, 아키의 반점도 빛을 내고 그들은 위험한 상황을 감지한다. 한편 배드에서 유성을 기다리고 있던 키류. 유성과 크로우는 죽은 줄 알았던 키류가 살아있다는 사실에, 그리고 그가 새틀라이트를 멸망시킬 다크 시그너라는 사실에 당황한다.

새틀라이트의 배드. 고드윈의 명령으로 새틀라이트에 오게 된 잭도 키류를 발견하고 놀라움을 금치 못한다. 과거에 팀 새티스팩션으로 명성을 떨치던 키류와 유성, 잭, 크로우. 키류는 무의미하게 하루하루를 살던 유성과 잭, 크로우 앞에 구세주처럼 나타나 새틀라이트에서 만족하며 살자고 한다. 그렇게 해서 결성된 팀 새티스팩션. 그들은 각각의 구역을 관리하던 듀얼 갱들을 무찌르며 새틀라이트의 통일을 꿈꾼다. 하지만 지금은 깊은 믿음과 우정으로 뭉쳐있던 그들의 모습은 온데간데 없고 유성에 대한 복수에 불타는 키류만이 있을 뿐이다. 유성은 키류가 왜 다크 시그너인지 알고 싶어하지만 키류는 강제로 스피드 월드를 발동시키며 듀얼을 시작한다.

유성의 목숨을 노리는 키류의 듀얼. 그는 원 헌드레드 아이 드래곤을 소환하며 유성의 숨통을 점점 더 죄어온다. 키류의 달라진 덱과 듀얼 방식. 그리고 무엇보다 완전히 다른 사람이 된 키류. 팀 새티스팩션 시절에는 자신의 목숨도 아까워하지 않으며 유성을 구했던 키류가 지금은 유성의 목숨을 노리고 있다. 그 이유를 알 수 없는 유성은 괴롭기만 하다. 그리고 무엇이 키류를 그렇게 달라지게 했는지 괴로워하는 순간, 유성은 과거에 있었던 사건을 떠올린다. 자신을 배신자라고 부르는 키류. 그 원한 가득한 목소리에 유성은 괴로워한다.

유성은 원 헌드레드 아이 드래곤을 파괴하며 위기를 모면한다. 하지만 원 헌드레드 아이 드래곤이 파괴된 효과로 카드를 드로우한 키류. 그의 패에는 지박신 코카파크 아프의 카드가 추가된다. 이렇게 해서 키류는 다크 시그너 최강의 카드, 지박신 코카파크 아프를 소환하고 유성은 스타더스트 드래곤과 고철의 허수아비로 공격을 막으려고 하지만 어떤 카드도 먹히질 않는다. 코카파크 아프의 공격을 받는 순간, 유성의 D휠이 고장이 나며 유성은 쓰러지고 다행히 목숨은 건진다. 상처를 입고 쓰러진 유성을 크로우가 마사의 하우스로 데리고 간다. 그리고 랠리와 친구들은 유성의 D휠을 끌고 하우스로 향한다. 배드의 부랑자들이 D휠을 탐내지만 친구들은 끝까지 D휠을 지키고 사이가의 도움으로 무사히 하우스에 도착한다.

키류와의 듀얼에서 부상을 당한 유성. 하지만 다행히 상처는 깊지 않고 마사의 하우스에서 안정을 취한다. 한편 시티에서는 루아와 루카, 텐진과 카이너가 아키의 도움을 얻기 위해 아르카디아 무브먼트를 찾는다. 그들의 이야기를 들은 디바인은 다크 시그너와의 전투에 협조하겠다고 한다. 그의 말에 모두가 기뻐하지만 그것도 잠시 디바인이 나가자 모두들 갑자기 잠에 빠지고 만다. 잠에서 깬 루카는 디바인과 듀얼을 준비하는 루아를 발견한다. 루아에게도 루카와 비슷한 잠재 능력이 있는지 테스트를 하려는 디바인. 루아는 자신들을 속였다는 사실에 분노하며 디바인과 듀얼을 시작한다. 루카를 지키려는 마음에 전력을 다해 싸우는 루아. 자신의 파워 툴 드래곤을 소환하며 디바인에 맞서지만 그의 멘탈스피더 데몬의 공격에 루아는 쓰러지고 만다.

잭을 못 본다는 사실에 슬픔에 잠긴 칼리. 하지만 칼리는 포기하지 않고 붉은 용의 반점에 대한 취재를 계속한다. 시그너 중의 한 명인 아키에 대해 알게 된 칼리는 아르카디아 무브먼트의 자료를 조사하던 중 미스티에 대한 내용을 보고 미스티를 찾아가 정황을 물어본다. 그리고 미스티의 동생이 아키 때문에 목숨을 잃고 그녀가 아키에게 강한 원한을 품고 있다는 사실을 알게 된다. 미스티는 칼리에게 아르카디아 무브먼트에 접근하지 말라고 충고하지만 칼리는 잭에 대한 감정을 누를 수 없어 잠입을 하고 만다. 아르카디아 무브먼트의 약점을 잡기 위해 디바인의 방을 뒤지던 칼리는 이를 눈치챈 디바인에게 들키고 만다. 그리고 디바인은 칼리에게 듀얼을 제안하고 이에 맞서 듀얼을 시작하지만 사이코의 힘을 감당하지 못한 칼리는 건물 밖으로 추락하고 만다.

칼리의 죽음. 하지만 그녀의 살고자 하는 강한 의지가 그녀를 다크 시그너로 부활시킨다. 건물이 흔들리고 대지가 요동치는 혼란 속에서 디바인을 찾아온 칼리. 다시 살아 돌아온 칼리의 모습에 디바인은 놀라움을 감추지 못한다. 그리고 칼리는 디바인에게 어둠의 듀얼을 제안한다. 한층 더 강해진 칼리의 위력 앞에 디바인은 속수무책으로 당한다. 한편, 디바인을 찾아나선 아키는 미스티를 만난다. 아키에게 강한 원한을 품고 있던 미스티는 다크 시그너로 변하고 아키에게 듀얼을 제안한다. 이렇게 해서 시티에는 두 개의 지상 그림이 나타나고 잭과 유성도 다크 시그너의 출현을 감지한다.

미스티는 아키에게 자신이 원한을 품게 된 이유를 말한다. 아키의 듀얼을 보기 위해 다이몬 에리어에 간 뒤 죽은 모습으로 발견된 미스티의 동생. 미스티는 자신의 동생을 죽인 건 아키라고 한다. 미스티의 말에 충격을 받은 아키. 그리고 미스티는 아키를 향한 강한 원한과 함께 지박신 코카라이아를 소환한다. 한편 칼리도 지박신 아스라 피스크를 소환하며 디바인을 물리친다. 디바인의 비명을 들은 아키는 그가 추락하는 모습을 보고 충격을 받는다. 건물이 무너지는 위험한 상황. 잭은 아키가 건물 안에 있다는 말에 아키를 찾으러 들어가고 그곳에서 칼리의 안경을 발견한다.

미스티와의 듀얼 후 정신을 잃고 쓰러진 아키는 병원에 입원하지만 좀처럼 의식이 돌아오지 않는다. 그 소식에 아키를 보기 위해 달려온 그녀의 부모님. 히데오는 유성이라면 아키를 도와줄 수 있을 거라는 잭의 말을 듣고 그가 있는 새틀라이트로 간다. 키류와의 듀얼로 자신감을 잃은 유성은 그의 부탁을 거절하지만 용기를 주는 마사의 말에 자신감을 찾고 시티로 향한다. 병원에 도착한 유성이 아키의 눈에서 흐르던 눈물을 닦자, 아키와 유성의 반점이 빛나기 시작하더니 아키가 깨어난다. 하지만 아키는 부모님의 모습을 보고 평정심을 잃고 만다. 그리고 그런 아키를 진정시키기 위해 유성은 듀얼을 시작한다.

자신을 버린 부모님에 대한 증오심 때문에 아키의 공격은 점점 더 세져 간다. 이때 유성은 다른 사람들이 위험해지자 스타더스트 드래곤을 소환해 그들을 막아준다. 상처받는 것을 두려워하지 않고 자신을 희생하며 아키에게 맞서 싸우는 유성을 모습을 본 히데오는 자신의 어리석음과 잘못을 뉘우친다. 그리고 유성을 대신해 아키의 공격에 정면으로 맞서며 자신의 진심을 말한다. 하지만 힘을 제어하지 못하는 아키. 히데오가 위험한 상황에 빠지려는 순간, 아키는 자신의 힘을 제어하며 히데오를 구한다. 이렇게 해서 히데오의 진심을 알게 된 아키는 부모님의 곁으로 돌아가겠다고 약속한다.

드디어 모인 네 명의 시그너. 그들은 고드윈의 초대를 받고 그의 저택으로 향한다. 고드윈은 그들에게 붉은 용과 시그너에 대한 이야기를 해준다. 그리고 유성과 잭이 시티에 오게 된 것도 모두 붉은 용의 뜻이며 그들의 정해진 운명이라고 한다. 아키가 초능력의 힘을 가진 것도 시그너를 만나기 위한 그녀의 운명이었고, 루카가 듀얼 몬스터즈의 정령 세계에 가서 고대 요정 드래곤을 만난 것도 그 드래곤을 구하기 위한 루카의 운명이었던 것이다. 앞으로 시작될 시그너와 다크 시그너의 전투. 고드윈은 다크 시그너에게 맞서 싸울 것인지, 아니면 이 세계가 멸망하는 것을 지켜볼 것인지, 그들에게 판단을 맡긴 채 퇴장한다.

유성은 키류의 죽음에 책임감을 느끼고 괴로워한다. 그런 그를 보다 못한 잭은 유성에게 죽은 건 키류가 아니라 유성 자신이라고 한다. 그 말에 정신을 차린 유성은 자신의 소중한 것을 지키기 위해 다크 시그너와 싸울 각오를 다진다. 이렇게 해서 루카는 고대 요정 드래곤을 구하기 위해, 아키는 시그너로서 해야될 일을 하기 위해, 잭은 칼리를 지키기 위해 새틀라이트로 향할 결심을 한다. 한편, 새틀라이트에서는 크로우가 다크 시그너를 사냥하기 위해 배드의 심층부로 향한다. 그곳에서 예거를 본 크로우는 그가 다크 시그너인 줄 알고 쫓기 시작하고, 예거와 크로우의 듀얼이 시작된다.

한치 앞을 내다볼 수 없는 예거와 크로우의 듀얼. 팽팽한 긴장감 속에서 진행되던 듀얼은 지진이 난 듯 대지가 요동치자 중단된다. 위기를 느낀 예거는 도망을 가고 검은 연기가 몰려오는 것을 본 크로우도 이를 피하기 위해 급히 도망을 치지만 결국 연기에 휩싸이고 만다. 그리고 새틀라이트는 순식간에 정체를 알 수 없는 검은 연기로 뒤덮이고 그곳에 있던 사람들 모두가 사라진다. 한편, 시티에서 이 현상을 알게 된 유성 일행은 새틀라이트에 가기로 한다. 유성은 떠나기 전 고드윈에게 다크 시그너와의 전투에서 이기면 새틀라이트와 시티 사이에 있는 다이달로스를 연결해달라고 한다. 그의 의지에 고드윈은 그렇게 하기로 약속하고, 유성은 자신의 각오를 다진다.

마사의 하우스에 도착한 유성 일행은 새틀라이트에 덮친 검은 연기에 대한 이야기를 듣는다. 검은 연기 때문에 새틀라이트의 많은 사람들이 사라졌다는 것. 그리고 크로우와 랠리, 너브, 다카, 브리츠가 아직도 하우스에 돌아오지 않고 있다는 이야기를 듣고 불안감에 휩싸인다. 그들은 마사의 하우스에서 머물고 다음 날 다크 시그너의 본거지로 출발하기로 한다. 모두가 모여 저녁을 먹고 있을 때 다크 시그너, 루드거가 찾아온다. 유성은 하우스의 사람들을 보호하기 위해 멀리 떨어진 곳으로 가서 그와 듀얼을 시작한다. 듀얼이 진행되고 있는 가운데 화염의 지상 그림 안으로 들어온 미키와 준. 유성은 아이들을 구하기 위해 루드거가 지박신을 소환하기 전에 그를 이겨야겠다고 결심한다.

유성은 지박신 카운터가 모두 점등되는 걸 막기 위해 노력을 하지만 결국 루드거의 함정 카드로 카운터는 모두 점등되고 지박신이 소환된다. 미키와 준은 영혼을 빼앗길 위기에 처하지만 이때 나타난 잭 덕분에 위기를 모면한다. 모두가 안도하고 있는 찰나, 건물의 옥상에서 타쿠야의 비명 소리가 들린다. 마사는 타쿠야를 구하지만 건물이 기우는 바람에 옥상에서 떨어지고 만다. 마사를 잃은 슬픔에 루드거에 대한 유성의 분노는 점점 커지고 지박신을 향해 다이렉트 어택을 시도한다. 하지만 이때 루드거의 모습이 랠리로 바뀌고, 유성은 랠리와 듀얼을 하는 상황에 처한다. 패한 사람은 목숨을 잃게 되는 듀얼. 랠리는 유성을 위해 자신의 목숨을 바쳐 필드에 있는 지박신 우르를 파괴하며 사라져간다.

다크 시그너와의 결전을 앞두고 시그너가 한 자리에 모인다. 그들은 서유리를 통해 제1호 모멘트를 제어하기 위한 제어 장치가 4개 있었다는 것, 시그너들의 드래곤 카드가 제어 장치를 봉인하기 위해 쓰였다는 것, 하지만 누군가로 인해 봉인은 해제됐고 유성의 아버지가 그 카드를 빼앗아 고드윈에게 맡겼다는 사실도 알게 된다. 그렇게 해서 제1호 모멘트를 봉인하기 위해, 유성은 키류가 있는 곳으로, 잭은 칼리, 아키는 미스티, 루카는 디마크가 있는 곳으로 향한다. 하지만 디마크가 있는 곳으로 가던 루카는 정령의 목소리를 듣고 정령 세계로 가게 된다. 영문을 알 수 없는 루아와 우시오는 루카를 찾으러 다니고, 원숭이의 문장이 있는 제어 장치 쪽으로 간 루아는 디마크와 듀얼을 하게 된다.

디마크에 맞서 싸우는 루아는 엄청난 데미지를 받고 고통스러워한다. 그럼에도 불구하고 루아는 루카가 정령 세계에서 돌아오기 전까지 디마크를 물리치겠다고 다짐한다. 파워 툴 드래곤을 소환하며 루아는 자신감을 회복하지만 이어 디마크는 필드 마법을 발동시키며 지박신을 소환하기 위한 조건을 갖추게 된다. 한편 정령 세계에 간 루카는 모든 사물이 반대로 움직이는 현상에 이상한 느낌을 받는다. 그리고 이때 나타난 한 무리의 원숭이 병사들. 그들을 피해 도망가던 루카는 토룬카라는 정령을 만나 다행히 목숨을 건진다. 레굴루스를 알고 있다는 토룬카. 그렇게 해서 루카는 토룬카와 함께 레굴루스가 숨어 지낸다는 포야르 숲으로 향한다.

레굴루스를 만난 루카와 토룬카는 무슨 말을 해도 화만 내는 레굴루스의 모습에 어쩔 줄을 몰라 한다. 하지만 바로 그때 루카는 레굴루스의 발에 마이너스가 된 커스드 니들이 있는 것을 본다. 그리고 그것 때문에 레굴루스는 자신들의 말을 모두 반대로 이해하고 공격을 했다는 사실도 알게 된다. 루카는 바늘을 플러스로 돌리기 위해 레굴루스에게 접근하고 마침내 그에게 걸린 저주를 푸는데 성공한다. 루카가 시그너란 것을 알아본 레굴루스는 자신의 실수를 사과하고 고대 요정 드래곤을 구하기 위해 루카, 토룬카와 함께 제만이 있는 성으로 잠입한다.

제만을 없애기 위해 성에 잠입한 루카 일행. 루카는 레굴루스를 잡아온 방랑의 마도사라고 자신을 소개하고 고대 요정 드래곤의 봉인을 풀어야만 레굴루스와 고대 요정 드래곤 모두 마이너스화를 할 수 있다고 한다. 그 말에 속은 제만은 고대 요정 드래곤의 봉인을 풀 준비를 하지만, 이때 커스드 니들이 마이너스가 되는 바람에 토룬카는 제만을 속였다는 사실을 말하게 된다. 이에 격분한 제만은 루카 일행을 잡으라고 명하고, 레굴루스는 커스드 니들을 플러스 에너지로 바꾸며 제만을 물리치는데 성공한다. 한편, 디마크는 지박신 쿠시르를 소환하고 루아는 위기에 빠진다. 정령 세계에서 원숭이 지상 그림을 본 루카는 지박신이 소환됐다는 사실을 알고 토룬카의 도움으로 새틀라이트로 돌아간다. 그리고 루아와 힘을 합쳐 지박신을 물리치기 위해 전력을 다한다.

디마크를 물리치는데 성공한 루카는 고대 요정 드래곤의 카드를 찾게 된다. 그렇게 해서 루카 일행은 원숭이의 탑에 고대 요정 드래곤 카드를 설치하고 탑을 작동시키는데 성공한다. 앞으로 남은 탑은 세 개. 유성은 키류가 있는 거인의 탑으로 향한다. 한편 루드거는 디마크의 죽음을 알고 보머를 다크 시그너로 만든다. 그리고 그에게 고드윈에게 복수를 하기 위해선 먼저 유성을 처리하라고 명령한다. 검은 연기를 피해 목숨을 건진 크로우는 아지트로 간다. 하지만 아이들이 모두 검은 연기 때문에 사라진 것을 알고 다크 시그너에게 복수를 하기로 결심한다. 그러던 중 보머를 만나고 크로우와 보머의 라이딩 듀얼이 시작된다.

하늘에 범고래의 지상 그림이 나타난 것을 본 유성 일행은 서둘러 그곳으로 향한다. 그리고 유성은 크로우와 보머가 라이딩 듀얼을 하고 있는 것을 발견한다. 유성은 크로우에게 듀얼을 중지하라고 하지만 크로우는 자신의 어릴 적 이야기를 하며 다크 시그너의 손에 사라져간 아이들을 위해서 반드시 복수를 해야 한다고 한다. 크로우의 마음을 알아챈 유성은 더 이상 말리지 않고 크로우와 보머의 듀얼을 지켜보기로 한다. 보머는 자신의 에이스 몬스터, 자이언트 폭탄 에어레이드를 소환하며 크로우를 궁지에 몰아넣지만 그 몬스터의 효과를 알고 있던 크로우는 자이언트 폭탄 에어레이드를 파괴하는데 성공한다. 하지만 보머는 다크 튜닝을 하며 다크 플랫 탑을 소환하고 또 다시 크로우를 궁지에 몰아넣는다.

보머의 거대한 몬스터의 공격을 잘 막아내는 크로우. 하지만 보머는 지박신 챠크 챠루아를 소환하며 크로우를 압박한다. 크로우가 실드 윈드로 챠크 챠루아를 파괴하려는 순간, 챠크 챠루아 안에서 괴로워하는 맥스와 애니의 얼굴이 나타난다. 이 모습을 본 보머는 마을을 파괴한 것이 붉은 용이 아니라 다크 시그너였다는 사실을 알게 되고 큰 혼란에 빠진다. 다크 시그너의 어둠의 힘을 이겨내려는 보머. 마침내 크로우에게 자신을 쓰러뜨려 마을 사람들의 영혼을 구하라고 한다.

팀 새티스팩션 시절. 키류와 유성, 잭, 크로우는 함께 싸우지만 키류의 도를 넘어선 행동 때문에 잭과 크로우는 참다 못해 그의 곁을 떠난다. 유성은 끝까지 남지만 시큐리티를 처리하자는 키류의 말에 그를 단념시키고자 그의 곁을 떠난다. 하지만 키류가 혼자서 시큐리티에 대항해 쫓기는 몸이 되자 이 사실을 안 유성과 잭, 크로우는 그의 곁으로 돌아온다. 한편 다크 시그너가 된 키류는 유성이 자신을 배신했다며 유성에 대한 복수의 의지를 불태운다. 그리고 유성은 과거에 그를 구하지 못했다는 죄책감 때문에 그에 맞서 싸운다.

팀 새티스팩션 시절. 키류가 시큐리티에게 잡힐 위기에 처하게 되자 유성은 키류를 대신해 체포되려고 한다. 하지만 시큐리티가 한 발 앞서 키류를 체포하고, 키류는 시큐리티와 함께 있는 유성을 보며 자신을 배신했다고 울부짖는다. 형무소에 갇힌 키류는 사악한 신의 목소리를 듣고 유성에 대한 복수를 맹세하며 다크 시그너가 되기로 결심한다. 한편 유성은 다크 시그너의 손에서 키류를 구하기 위해 전력을 다해 듀얼을 한다. 키류를 위해, 동료들을 위해 싸우려는 유성이 마음이 시그너의 반점을 하나로 모으고 마침내 세이비어 스타 드래곤을 소환하는데 성공한다.

지박신 코카파크 아프를 물리치자 지박신에 잡혀있던 사람들의 영혼이 풀려난다. 이 모습을 지켜보고 있던 유성 일행은 기뻐하지만, 그때 거미에게 조종을 당하게 된 우시오가 자신을 찾아오라는 루드거의 말을 전한다. 이렇게 해서 유성 일행은 루드거가 있는 제1호 모멘트로 향한다. 루드거를 만난 유성. 드디어 듀얼이 시작되고, 지박신의 공격에도 유성은 용감하게 맞서지만 루드거의 지박파로 인해 대항할 수 있는 함정 카드는 파괴되고 유성은 위기에 처한다.

유성은 루드거를 통해 그의 아버지에 대한 이야기를 듣는다. 양자물리학계의 일인자였던 유 박사는 유성 입자를 발견하게 되고 이를 토대로 모멘트를 개발하지만 모멘트가 시티의 기상이변과 관련이 있다는 사실을 알고 연구를 중지하려고 한다. 그러나 MIDS는 유 박사를 제명하고 새로운 후임으로 루드거를 임명한다. 유 박사를 배신한 루드거는 사악한 신의 길을 선택하며 다크 시그너가 된다. 한편, 유성은 아버지의 연구로 인해 친구들의 인생이 엉망이 되었다고 죄책감을 느끼며 괴로워한다. 하지만 자신들을 위해 이겨달라는 크로우의 말에 용기를 얻어 마침내 지박신 우르를 물리치는데 성공한다.

저승의 세계로 떨어진 유성은 그곳에서 자신에게 원한을 품고 있는 망령들을 본다. 제로 리버스로 안타깝게 목숨을 잃은 생명들. 그들은 원한을 풀기 위해 유성을 공격하고, 이때 빛과 함께 한 남자의 목소리가 들리더니 유성을 위험에서 구한다. 한편, 칼리와 만난 잭. 그는 칼리가 왜 다크 시그너가 되었는지 그 이유를 듣고 충격을 받는다. 모든 것이 완전히 변해버린 칼리. 그는 예전의 순수하고 착했던 칼리의 모습을 떠올리며 그녀를 구하기 위해 전력을 다해 맞서 싸운다.

잭은 거짓된 운명에 속아 절망의 늪에 빠져있을 때 칼리 덕분에 살 수 있었던 사실을 떠올리며, 칼리를 구하기 위해 전력을 다한다. 그런 노력 끝에 칼리가 원래 자신의 모습으로 돌아오지만 그것도 잠시, 사악한 신이 그녀의 몸 속으로 들어가 칼리를 조종한다. 그리고 이 싸움을 끝내달라고 부탁하는 칼리의 목소리. 잭은 칼리와 함께 죽음을 맞이하기로 결심하고 마지막 함정 카드를 발동시키려 한다. 하지만 이때 칼리가 자신의 함정 카드를 발동시키며 데미지를 받고 쓰러진다.

해가 지기 전까지 마지막 남은 제어 장치를 봉인해야 되는 유성 일행. 그들은 서둘러 아키가 있는 곳으로 향한다. 미스티와 만난 아키는 그녀의 원한에 맞서 듀얼을 시작한다. 하지만 미스티는 듀얼을 하면서 과거에 왜 자신의 동생이 죽었는지, 그리고 자신이 어떻게 죽게 됐는지를 보여주며 아키를 혼란에 빠뜨린다. 한편, 아키를 찾던 유성은 치안유지국에서 나온 한 남자를 만난다. 하지만 그의 진짜 정체는 디바인. 아키는 디바인이 살아있었다는 사실에 기뻐하지만, 디바인은 그녀에게 봉인되어 있는 잠재 능력을 풀며 그녀를 흑장미의 마녀로 만들고 만다.

디바인의 등장과 함께 아키는 봉인이 풀리고 흑장미 마녀로 돌아온다. 하지만 이때 유성은 디바인을 발견하고 그를 막으려고 한다. 유성은 디바인과의 대화를 멀티 듀얼용 음성 네트워크를 통해 미스티에게 들려준다. 미스티는 토비를 죽음에 이르게 한 것은 아키가 아니라 디바인이었다는 사실을 알고 그에게 복수를 한다. 복수를 끝낸 미스티는 원래의 모습을 되찾고 듀얼을 끝내려고 한다. 하지만 이때 사악한 신이 그녀를 다시 조종하기 시작한다.

해가 지기 전까지 탑을 봉인하지 못하자 저승의 왕이 깨어난다. 그 순간 유성 일행은 붉은 용을 통해 시티로 날아가고 고드윈을 만난다. 하지만 이미 다크 시그너가 된 고드윈. 고드윈은 저승의 왕의 힘을 빌려 자신이 신이 되어 이 세상을 새롭게 창조하려고 한다. 저승의 왕을 맞기 위한 의식으로 고드윈은 듀얼을 시작하고 유성과 잭, 크로우는 그에 맞서 싸운다.

고드윈은 운명을 이길 수 있는 방법은 자신이 직접 신이 되어 새로운 세계를 창조하는 것이라고 한다. 하지만 유성과 잭, 크로우는 서로의 믿음만이 운명을 이길 수 있는 길이라 생각하며 힘을 합쳐 고드윈에 맞서 싸운다. 크로우는 다이달로스 다리를 날아오른 전설의 남자의 뜻을 이루기 위해 용감하게 맞선다. 하지만 위라코챠 라스카의 효과로 생존 점수가 1이 되어 쓰러지고 만다.

잭마저 위라코챠 라스카의 효과로 생존 점수가 1이 되어 쓰러지고 만다. 유성은 동료들의 믿음을 느끼며 고드윈에게 맞서 싸우지만 위라코챠 라스카의 위력을 당해낼 수가 없다. 한편 신전을 향해 점점 다가오는 저승의 왕. 유성은 잭과 크로우가 자신을 위해 남긴 함정 카드를 발동시키며 위기에서 벗어나고, 동료들의 믿음으로 세이비어 스타 드래곤을 소환하는데 성공한다.

다크 시그너를 물리치고 반년이 흘렀다. 네오 도미노 시티는 평화를 되찾고 유성과 잭, 크로우는 월드 라이딩 듀얼 그랑프리 우승이라는 새로운 꿈을 향해 D휠 개발에 힘쓴다. 하지만 시티에서는 매일 밤 고스트가 나타나 D휠러들이 사고를 당하는 사건이 발생한다. 고스트를 체포하기 위해 직접 나선 우시오는 고스트와의 듀얼에서 큰 부상을 입고 만다. 이 모습을 지켜본 유성과 잭, 크로우는 우시오의 복수를 하기 위해 고스트를 찾아 나선다.

기황제 와이젤을 소환한 고스트는 유성의 스타더스트 드래곤을 빼앗으며 유성에게 다이렉트 어택을 시도하지만, 그때마다 유성은 고철의 허수아비로 위기를 모면한다. 하지만 그것도 한 차례에서 한 번뿐. 다시 한 번 유성에게 위기의 순간이 닥치자, 동료들의 반점과 함께 유성은 세이비어 스타 드래곤을 소환하는데 성공한다. 고스트를 물리치는 것에는 성공했지만, 고스트가 시큐리티에서 도난 당한 라이딩 로이드라는 로봇이란 사실을 알게 된 유성 일행은 새로운 적의 위협을 느끼며 함께 싸울 것을 다짐한다.

듀얼 아카데미에서 듀얼을 공부하며 즐겁게 생활하고 있는 루아와 루카. 하지만 교감 선생님은 듀얼 아카데미의 표준 점수가 떨어진 이유가 루아와 루카의 반 성적이 형편없다고 판단해 반 학생들 전체를 퇴학시키기로 한다. 퇴학의 위기를 맞게 된 루아와 루카. 하지만 이때 유성이 수리 의뢰를 받아 듀얼 아카데미를 찾아오고, 그 수리 대상이 교감인 하이트만이란 사실을 알게 된다. 이렇게 해서 유성은 아이들이 퇴학당하는 것을 막기 위해 하이트만과 듀얼을 시작한다.

오랜만에 마사를 찾아간 유성과 잭, 크로우. 마사는 시내 변두리에 혼자 살고 있는 할아버지 한 분을 모셔오고 싶은데 할아버지가 고집을 부리고 있어 고민을 한다. 그러자 크로우는 자신이 모셔오겠다고 하며 유성과 잭, 사이가와 함께 할아버지를 찾아간다. 쓰레기더미 같은 집에서 홀로 아들을 기다리고 있는 할아버지. 온갖 함정들이 크로우를 기다리고 있고, 우연히 듀얼 링을 발견한 크로우는 할아버지에게 듀얼을 하자고 한다.

크로우는 생활비가 적자가 나자 초조해진다. 반면에 일할 생각도 않고 한가롭게 커피를 마시고 있는 잭. 이 모습을 본 크로우는 잭에게 돈을 벌라며 심하게 다그친다. 일자리를 구하러 나선 잭은 그 성격 탓에 번번히 잘리고 만다. 풀이 죽어 있던 잭은 우연히 마르코를 보고, 그가 사채업자인 가로메에게 시달리고 있다는 사실을 안다. 자신이 처한 환경 때문에 D휠러의 꿈을 포기하려는 마르코. 잭은 마르코를 돕기 위해 가로메를 찾아간다.

루아, 경명이와 함께 숲을 탐험하던 루카는 숲에서 이상한 기운을 느낀다. 루카는 일행과 떨어져 혼자가 되고 악령들로 인해 위험에 빠지려는 찰나, 미셸이 나타나 그녀를 구해준다. 그렇게 해서 미셸은 혼자 있는 건 위험하다며 자신의 집으로 루카를 데리고 간다. 한편 루아는 루카를 찾던 중에 숲 속에서 우연히 미셸의 집을 발견한다. 미셸의 집에 갇혀있는 루카를 발견한 루아. 미셸은 루아가 집으로 들어가는 것을 막기 위해, 그리고 루아는 루카를 되찾기 위해 듀얼을 시작한다.

유성은 WRGP에 출전하려는 한 조직의 무리에게 납치를 당한다. 하지만 어떤 남자가 유성의 납치 소식을 친구들에게 알리고 아키도 서유리와 함께 유성을 찾아 나선다. 아키는 붉은 용의 반점으로 유성이 달리는 트럭 안에 갇혀 있다는 사실을 알고 그를 구하기 위해 뛰어든다. 하지만 이때 또 다른 D 휠러가 나타나 유성에게 듀얼을 제안한다. 그렇게 해서 유성은 의문의 D 휠러와 듀얼을 시작한다.

일리아스텔에 대한 복수를 꿈꾸는 셰리. 카드 산업을 하는 집안에서 태어난 셰리는 어렸을 때 부모님이 의문의 죽음을 당한 현장을 목격한다. 셰리는 부모님의 죽음에 일리아스텔이 연관되어 있다는 사실을 알고, 일리아스텔에 접근하기 위해 WRGP에 참가하려고 한다. 누구보다 WRGP에서의 우승이 절실한 셰리. 그녀는 유성에게 자신과 팀이 되자고 제안한다. 한치 앞을 예측할 수 없는 유성과 셰리의 듀얼은 계속된다. 하지만 유성을 납치했던 조직의 방해로 듀얼은 중단되고 유성과 셰리는 다음 승부를 기약하며 헤어진다.

유성은 고스트를 이길 수 있는 방법을 찾지 못해 고민에 빠진다. 그러던 중 유성 일행은 WRGP 프리미어 이벤트에 참석하고, 이때 한 불량배의 난동으로 이벤트는 엉망이 된다. 시큐리티에게 쫓기던 불량배에게 고스트가 나타나고, 이 소식을 들은 유성 일행은 그쪽으로 향한다. 하지만 한 남자가 나타나 유성에게 자신의 한계를 뛰어넘지 못하면 고스트를 절대로 물리칠 수 없다는 말을 한다.

의문의 D휠러는 유성에게 고스트를 이길 수 있는 새로운 전술을 가르쳐주겠다고 한다. 그렇게 해서 시작된 유성의 듀얼. 의문의 D휠러는 한 차례에서 싱크로 몬스터를 2번 소환하며 싱크로 튜너 몬스터와 싱크로 몬스터를 싱크로한 새로운 액셀 싱크로를 보여준다. 하지만 유성의 몬스터가 액셀 싱크로 몬스터를 공격하려는 찰나, 그 D휠러는 액셀 싱크로 몬스터를 게임에서 제외하며 자신의 생존 점수를 희생해 듀얼을 끝낸다.

라이딩 듀얼의 세계에 매력을 느낀 아키는 자신도 D휠러가 되기로 결심한다. 유성은 아키를 위해 D휠을 만들어주고 D휠에서 중요한 균형 감각과 필요한 기술을 가르쳐주며 아키를 도와준다. 드디어 시험 당일. 아키는 시험 교관인 우시오와 라이딩 듀얼을 시작한다. 긴장을 한 탓에 초반부터 실수를 하는 아키. 하지만 아키는D휠러가 되어야 한다는 강한 의지로 어려움을 이겨나가며 무사히 시험에 통과한다.

월드 그랑프리의 개최가 확정되자 D휠 절도단이 활개를 치고 다닌다. 이 소식을 들은 잭은 칼리와 함께 D휠 절도단의 뒤를 밟고, D휠을 훔쳐 달아나는 절도단의 뒤를 쫓는다. 시드가 잭에게 총을 쏘려고 하자 카자마가 이를 막고, 그러던 중 사고로 카자마는 의식 불명 상태에 빠진다. 잭은 우시오를 통해 그가 절도단을 체포하기 위해 잠입한 시큐리티였다는 사실을 알게 된다. 디휠러의 자부심을 지키려는 카자마의 뜻을 알게 된 잭은 카자마의 카드를 지니고 절도단의 아지트로 간다.

루카의 반에 루치아노가 전학을 온다. 루치아노는 시그너인 루카의 힘을 끌어내기 위해 그녀에게 접근한다. 루치아노는 루아를 따돌리고 루카를 자신의 집으로 데리고 가 듀얼 보드를 선물하며 라이딩 듀얼을 하자고 한다. 한편 루치아노의 집에 잠입한 루아는 듀얼 보드를 보고 유성에게 만들어달라고 한다. 루치아노를 반드시 이겨야 한다는 일념으로 듀얼 보드를 열심히 연습하는 루아와 그런 루아를 응원하는 루카. 이때 갑자기 의문의 듀얼 보더가 나타나고, 일방적으로 라이딩 듀얼을 시작한다.

기황제 스키엘을 소환한 루치아노. 기황제의 특성을 모르고 있는 루카는 고대 요정 드래곤을 소환하고, 결국 고대 요정 드래곤은 스키엘에게 흡수되고 만다. 하지만 곧 루아가 파워 툴 드래곤을 소환해 고대 요정 드래곤을 되찾아오는데 성공한다. 더욱 더 강력해진 기황제 스키엘을 상대로 루아는 용감하게 싸우지만, 결국 그 힘을 이기지 못하고 루아의 생존 점수는 0이 된다. 혼자 남겨진 루카도 결국 생존 점수가 0이 되지만, 듀얼 몬스터즈 정령들의 도움으로 위기를 모면한다.

유성은 고스트를 이길 수 있는 새로운 엔진을 만들려고 하지만 잘 풀리지 않아 고민에 빠진다. 걱정이 된 잭과 크로우는 유성을 찾아 나서고, 유성에게 일리아스텔이란 조직이 월드 그랑프리의 배후에 있다는 이야기를 듣게 된다. 그리고 고스트도 일리아스텔이 조종하는 것일지도 모른다는 결론을 내린다. 이렇게 해서 유성과 잭, 크로우는 고스트를 극복할 수 있는 유일한 방법, 즉 지금까지의 스피드를 초월할 수 있는 새로운 엔진을 만들기 위해 다시 한 번 결의를 다진다.

유성 일행은 우시오와 서유리의 부탁으로 기억상실증에 걸린 제이드를 맡게 된다. 디휠에 대한 뛰어난 지식을 가지고 있는 제이드는 유성이 만들고 있던 제어 프로그램의 작업을 돕는다. 둘은 며칠 동안 밤을 새며 프로그램을 완성시키지만 다음 날, 그 데이터가 도난을 당하게 된다. 컵라면에 묻은 지문을 바탕으로 치안 유지국 시스템에 들어가 범인을 찾아내려는 유성 일행. 패스워드인 퍼즐 듀얼을 뚫고 지문을 조회하자 뜻밖에도 예거의 얼굴이 화면에 나온다.

프로그램을 훔쳐간 범인이 예거란 사실을 알게 된 유성 일행은 예거를 미행한다. 프로그램을 갖고 플라시도가 있는 곳으로 가던 예거는 유성 일행이 미행을 하고 있다는 사실을 눈치채고 그들을 따돌린다. 예거의 미행에 성공한 유성과 제이드는 그를 따라 한 공장으로 들어가지만, 이를 본 플라시도가 모든 출입문을 봉쇄하며 유성을 가둔다. 이때 나타난 가드 로봇. 유성은 출입문의 잠금 장치를 풀기 위해 가드 로봇과 듀얼을 시작한다.

플라시도는 유성의 프로그램을 라이딩 로이드에 설치한다. 성공적으로 설치가 끝나자, 플라시도는 증거를 남기지 않기 위해 공장을 폭파하기 위한 기폭 장치를 작동시킨다. 한편 가드 로봇의 로크 덱으로 인해 손쓸 방법을 잃은 유성은 10분간의 카운트다운으로 더욱 더 초조해진다. 하지만 이내 침착을 되찾은 유성은 패닉 웨이브를 발동시키며 스타더스트 드래곤을 소환하는데 성공한다. 유성의 승리로 로크는 해제되고 유성과 예거는 무사히 공장을 탈출한다.

잭은 생명을 위협하는 난폭한 듀얼을 했다는 혐의로 시큐리티에 체포된다. 잭은 자신의 결백을 주장하지만 감시 카메라에 잭의 디휠과 레드 데몬즈 드래곤이 찍혀 있어 꼼짝없이 갇히는 신세가 된다. 유성 일행도 잭을 도와줄 수 있는 방법을 찾지 못해 고민에 빠진다. 하지만 이때 잭이 갇혀있던 감옥의 문이 폭발하고, 잭은 탈출을 감행한다. 하이웨이를 달리던 잭은 진짜 범인인 또 한 명의 잭과 마주치고 듀얼을 시작한다.

유성과 크로우는 잭의 D휠이 2대가 있다는 이야기를 듣고 지난 밤에 봤던 잭은 가짜였다는 사실을 알게 된다. 잭이 하이웨이에 있다는 연락을 받은 유성과 크로우. 하지만 그 잭은 가짜 잭이었고, 그곳에서 죽은 줄로만 알았던 진짜 잭을 만난다. 기쁨도 잠시. 잭과 가짜 잭은 듀얼을 시작하고 가짜 잭은 레드 데몬즈 드래곤을 연달아 소환하며 잭을 궁지로 몰아넣는다. 하지만 동료들의 믿음으로 세이비어 데몬 드래곤을 소환한 잭은 가짜 잭을 물리치는데 성공한다.

어느 날 조라의 아들 레오가 나타난다. 3년 전, 아버지가 만든 시계를 고장 내고 집을 뛰쳐나간 레오는 시계 수리 일을 배우고 돌아왔다. 하지만 자신감이 부족한 레오는 조라의 앞에서 기를 피지 못하고 다시 집을 나가려고 한다. 이 모습을 본 크로우는 레오의 마음속에 있는 본심을 일깨워주기 위해 그에게 듀얼을 제안한다. 크로우와의 듀얼에서 자신이 정말 하고 싶은 일이 무엇이었는지를 깨달은 레오는 아버지의 시계를 수리하고 조라와 화해를 한다.

유성은 친구를 구해달라는 바바라의 편지를 받고 크래시 타운으로 향한다. 그곳은 죽음의 그림자가 감도는 듀얼리스트의 마을. 매일 해질 무렵, 말콤파와 라몬파는 광석을 캐기 위한 인부를 걸고 듀얼을 한다. 라몬파의 듀얼리스트로 키류가 나온 것을 보고 유성은 바바라가 자신을 부른 이유를 알게 된다. 하지만 예전과는 다르게 생기를 잃은 키류. 키류를 구할 수 있는 방법은 듀얼로 키류는 이기는 것. 그렇게 해서 유성은 말콤파에 가서 자신을 고용해달라고 한다.

유성은 말콤파의 듀얼리스트로 키류와 듀얼을 한다. 키류는 자신이 다크 시그너였을 때를 기억하며 친구들을 죽음으로 몰아넣으려고 했다는 죄책감을 가지고 살아왔다. 그 죄책감에서 벗어나지 못하는 키류. 그래서 키류는 살아도 죽은 것처럼, 듀얼의 노예가 되어 자신을 점점 죽음의 지옥 속으로 몰아넣게 된 것이다. 유성은 키류를 설득하지만 키류는 친구인 유성의 손에 자신의 운명을 맡기려고 한다.

키류를 구하기 위해 반드시 이겨야만 하는 유성. 막상막하의 실력이지만 결국 유성이 이기게 된다. 키류가 광산으로 끌려가게 된 순간, 바바라는 유성과 한 약속을 깨고 유성에게 충격총을 발사한다. 키류를 위해서가 아니라 말콤을 위해 유성을 마을로 오게 했다는 말에 유성은 심한 배신감을 느낀다. 이때 말콤의 동생 로튼이 등장하며 라몬을 듀얼로 물리치고 마을을 자신들의 것으로 만든다. 그렇게 해서 유성과 키류는 광산으로 끌려가게 된다.

웨스트와 니코는 유성과 키류의 탈출을 돕기 위해 광산으로 디휠을 끌고 간다. 탈출하지 않겠다고 고집을 부리는 키류를 무력으로 끌고 나온 유성은 웨스트와 니코를 만나게 된다. 하지만 로튼의 추격으로 유성은 로튼과 라이딩 듀얼을 시작한다. 키류는 목숨을 걸고 자신을 구하려는 웨스트와 니코를 이해하지 못한다. 하지만 아이들의 진심을 알고, 이번에는 살기 위한 수단으로 싸움을 선택한다.

세르지오를 데리고 탈출을 시도하는 키류 일행은 말콤파의 추격을 받는다. 그들의 맹렬한 추격으로 키류 일행은 점점 궁지에 몰리고 운반차가 낭떠러지에 떨어질 위기를 맞는다. 이때 세르지오가 아이들을 구하기 위해 자신의 목숨을 바쳐 선로의 방향을 바꾼다. 키류에게 마지막으로 아이들을 부탁한 세르지오. 키류는 세르지오의 의지를 느끼며 아이들을 끝까지 지키겠다고 굳게 다짐한다. 하지만 로튼의 공격으로 유성과 키류, 웨스트, 니코는 산 밑으로 떨어져 정신을 잃고 만다.

마을을 장악한 로튼과 바바라의 포악함이 극에 달한다. 로튼과 바바라는 광산으로 보낼 인부가 없자 라몬파였던 이들끼리 서로 듀얼을 하게 한다. 두려움에 떠는 사람들. 바로 이 순간. 죽은 줄로만 알았던 유성과 키류가 살아 돌아오고, 그들은 로튼에게 듀얼을 제안한다. 로튼의 몬스터 효과로 키류의 생존 점수는 0이 되지만 극한 상황 속에서도 키류는 자신을 믿어주는 사람들을 위해 목숨을 바쳐 싸울 것을 다짐한다.

유성과 키류는 자신들의 신념을 걸고 최선을 다해 싸우지만 로튼이 롱배럴 오우거를 소환하며 그들을 궁지에 몰아넣는다. 막상막하의 대결이 계속되는 가운데 바바라가 듀얼을 중지시키고 웨스트와 니코를 인질로 삼아 듀얼을 포기하라고 협박한다. 하지만 이때 잭과 크로우와 함께 시큐리티가 나타나 말콤파였던 사람들을 잡아간다. 혼란의 틈을 타 로튼은 도망치고 키류가 그를 쫓아가 마지막까지 듀얼을 한다. 이렇게 해서 키류의 승리로 마을은 평화를 찾게 된다.

우시오와 서유리를 만나기 위해 치안유지국에 온 유성과 제이드는 사건에 휘말려 치안유지국에 갇히게 된다. 유성은 거기서 우연히 셰리와 미조구치를 만나게 되고, 사건을 일으킨 범인이 그들이란 사실을 알게 된다. 유성은 셰리를 말리려고 하지만 미조구치가 이를 막고 둘은 듀얼을 시작한다. 한편 셰리를 따라간 제이드는 셰리의 진심을 알고 카드 분석을 도와준다. 하지만 분석이 끝나자 카드에서 빛이 나기 시작하더니, 그들은 정신을 잃고 쓰러지고 만다.

우시오와 서유리는 한 장의 사진을 들고 크로우를 찾아온다. 크로우의 옛 친구인 피어슨의 죽음과 관련된 카드인 블러드 메피스트. 크로우는 볼거를 찾아 카드에 대해서 묻는다. 카드에 대해 알고 있는 볼거는 크로우에게 듀얼을 해서 자신을 이기면 가르쳐주겠다고 한다. 고민을 하던 크로우는 자신의 방식대로 피어슨의 뜻을 잇기 위해 볼거와 듀얼을 하기로 결심한다.

볼거는 블랙 페더 드래곤을 빼앗기 위해 블러드 메피스트를 소환한다. 크로우는 피어슨을 살해한 범인이 볼거였다는 사실에 당황한다. 누구보다 아이들을 사랑하고 이해했던 피어슨. 피어슨은 그런 새틀라이트의 아이들에게 꿈을 심어주기 위해 디휠을 완성시키려고 했다. 하지만 볼거는 피어슨이 시티의 자금 지원을 거부하자, 자신의 명성을 높인다고만 생각해 그를 죽음에 이르게 한 것이다. 뒤늦게 피어슨의 깊은 뜻을 알게 된 볼거는 깊은 후회를 하며 블랙 페더 드래곤의 공격을 받는다.

볼거 회사의 도움으로 새로운 디휠을 완성한 유성 일행은 팀 이름을 파이브디즈로 짓고 월드 그랑프리 예선을 위한 연습 주행에 들어간다. 새로운 엔진의 파워에 신난 크로우는 다음 연습 시간에 들어오던 팀 유니콘의 브레오와 부딪혀 사고가 난다. 이 모든 건 유성 팀을 견제하기 위한 유니콘의 계획적인 일이었다. 하지만 이 사실을 알 리가 없는 유성은 안드레의 제안에 따라 라이딩 듀얼을 시작하게 된다.

유성은 안드레와 막상막하의 듀얼을 펼친다. 하지만 연습 주행 시간이 종료되고, 유성은 팀 유니콘이 자신들의 강력한 라이벌이 될지도 모른다는 사실을 느끼게 된다. 예선을 앞두고 팀 파이브디즈는 마지막 연습에 들어간다. 하지만 아침 일찍 연습하러 나갔던 크로우가 사고로 큰 부상을 입고 대회에 나가지 못하게 된다. 그렇게 해서 크로우 대신 아키가 대회에 나가기로 한다.

드디어 WRGP의 개막. 메모리얼 서킷에서는 A블록의 팀 5D’s와 팀 유니콘의 경기가 펼쳐진다. 유성 팀은 첫 번째 주자로, 안드레의 파워 덱을 상대할 수 있는 잭을 내보낸다. 하지만 정작 경기에서 사용된 안드레의 덱은 파워 덱이 아니었던 것. 유성 팀은 이 사실을 알아채고 자신들이 팀 유니콘의 함정에 걸려들었다는 사실을 깨닫게 된다. 잭의 파워 덱을 철저하게 막아내는 안드레. 그런 안드레 앞에 잭은 속수무책으로 당하고 만다.

잭은 디휠의 고장으로 부상을 입고 만다. 하지만 끝까지 포기하지 않고 피트로 들어와 두 번째 주자인 아키와 교대를 한다. 듀얼을 시작한 아키는 페니키시안 클러스터 아마릴리스를 소환하며 속공으로 밀어붙인다. 그리고 모두의 예상을 뒤엎고 아키가 스타더스트 드래곤을 소환하자 팀 유니콘은 혼란에 빠진다. 하지만 그것도 잠시. 안드레는 스피드 월드2의 효과로 아키에게 데미지를 주려고 한다. 그러자 아키는 다음 주자인 유성을 위해 자신의 생존 점수를 0으로 만들며 스타더스트 드래곤을 필드에 남긴 채 코스를 벗어난다.

유성은 안드레가 디 엔드 오브 스톰을 세트하자 이를 파괴한다. 하지만 안드레의 작전은 디 엔드 오브 스톰의 파괴로 매직 마인을 발동시켜 자신과 유성의 생존 점수를 2000점 줄이려는 것. 안드레의 작전은 성공하고, 두 번째 주자인 브레오가 유성과 듀얼을 시작한다. 브레오는 철없던 시절을 떠올리며 자신을 변하게 해준 장과 안드레, 그리고 자신의 자랑인 팀 유니콘을 위해 싸울 것을 다짐한다.

브레오는 뛰어난 기억력과 분석력으로 유성을 궁지로 몰아넣는다. 브레오의 공격으로 유성의 덱은 점점 줄어들지만, 정크 디스트로이어의 싱크로 소환에 성공해 브레오를 물리친다. 이어서 팀 유니콘의 마지막 주자인 장과 듀얼을 시작한 유성. 그의 덱에는 4장의 카드 밖에 없지만, 유성은 장의 공격을 받을 때마다 묘지에서 발동하는 카드의 효과를 쓰며 위기를 모면한다.

유성과 장의 막상막하의 듀얼이 계속된다. 유성과의 싸움에서 장은 지금까지 느낄 수 없었던 듀얼에 대한 열정을 느끼게 된다. 차례를 종료하면 팀 유니콘의 우승이 확정되지만, 장은 유성을 반드시 이기고 싶다는 강한 집념과 팀의 우승 사이에서 갈등을 한다. 그런 장의 마음을 이해한 안드레와 브레오는 장을 위해 공격을 하라는 사인보드를 든다.

팀 유니콘과의 경기에서 우승을 거둔 팀 5D’s. 팀 유니콘과의 듀얼로 팀으로 싸운다는 진정한 의미를 알게 된 유성 일행은 그들에게 고마움을 표한다. 그리고 장 또한 유성과의 듀얼로 자신의 인생이 바뀌게 되었다며 고마워한다. 승패를 떠나 멋진 라이벌이 된 두 팀. 팀 유니콘과 팀 5D’s는 결승에서 다시 만나 싸울 것을 다짐한다.

플라시도에게서 어둠의 카드를 받은 팀 카타스트로프. 그들은 그 카드를 이용해 크로우는 물론 안드레와 장, 그리고 연습중이던 아키까지 사고에 빠뜨린다. 브레오의 데이터와 칼리의 듀얼 영상 덕분에 사고의 원인이 ‘히든 나이트–후크-‘라는 카드에 있었다는 사실을 알게 된 유성 일행은 듀얼로 그들에게 복수할 것을 다짐한다.

Crow continues to bear the pain of his arm, whilst he avoids Hidden Knight Hook's assaults on his Duel Runner. He eventually manages to destroy it, and knock Hermann out by summoning out his Black-Winged Dragon, but when Hermann tries to revive his Hidden Knight Hook, Crow sacrifices his dragon in order to completely destroy Hidden Knight Hook before it can attack him, and then defeats Hermann. His arm at the peak of his pain, Crow passes the duel on to Jack, who begins the next round against Nicholas. Nicholas uses another Card of Darkness, a trap intended to knock both of them out, however it hurts both of them, as Primo has no more use for Nicholas, and allowed his protection against the Card of Darkness to expire. Jack escapes defeat, thanks to his monster's special ability, and rescues Nicholas before he crashes. With Nicholas' Duel Runner destroyed, Team 5D's automatically qualifies for the quarterfinals.

Sherry tries to get the Card of Darkness off of Nicholas, but its card face disappears as soon as she touches it. Meanwhile, the Ghosts start attacking other duelists, overwhelming them with Battle Royale Mode, which makes the battle damage of a duel real. Yusei, Jack, Sherry, Elsworth and Kaz go to help what duelists they can. Aggravated and tired of constantly having his own plans thwarted, Primo orders the Ghosts to gang up on Yusei, who is joined by Sherry and Elsworth. Although they gain the upper hand with their Synchro Monsters, they are soon overwhelmed by the enormous number of Ghosts, and Sherry and Elsworth are taken out, leaving only Yusei to stop them.

Noticing Yusei is in trouble, Bruno, having regained his memories, remembers his mission to protect Yusei and to stop the Yliaster trio at all costs, after being reminded by Z-ONE, transforms into Vizor, calls over his duel runner, and helps Yusei evade the Ghosts. Primo becomes agitated and joins the duel himself. Bruno teaches Yusei about Accel Synchro, about how Ener-D powers through people's hearts and the Clear Mind that can control it. Taking these things into account, Yusei accelerates to top speed and is able to see a new monster. Bruno, who had lost his memory after previously battling Primo, stays behind to duel him again. Meanwhile, Yusei arrives at a crater, where another stone tablet has landed. Upon touching it, he is transported to the white room he had went to before, and receives an Accel Synchro card.

After Yusei and Bruno mutter about this transformation being Primo's true form, Primo demonstrates to Yusei one of his new abilities. He causes his Machine Emperor to create a field of energy, which causes glass everywhere in New Domino City to shatter, and results in blackouts. Remembering the destruction caused by the original Ener-D reactor spun in reverse, Yusei screams, "Stop," and rams Primo's duel runner. Startled, he loses concentration and the destruction stops. Frustrated, he calls Yusei "inferior." When Yusei demands Primo to ressume the duel, Primo rides up besides Yusei, and then activates his own battle Royale Mode. Yusei begins his duel with Primo by summoning out Junk Destroyer and manages to deal some damage. Primo becomes furious, and gets his Machine Emperor Wisel to create another field of energy, which results in lightning bolts striking everywhere in New Domino City, causing electrical devices to fail.

With Stardust Dragon absorbed by Machine Emperor Wisel Infinity, Yusei becomes frustrated over why his attempt at performing an Accel Synchro didn't work. Barely managing to survive Primo's attacks, Yusei eventually manages to retrieve Stardust Dragon. Primo uses his Machine Emperor to start a tornado to affect the city, also putting a child named Haruka in danger, but Akiza manages to save her without using her psychic powers. Then, Primo has Wisel create another field of energy, this one to torture Yusei, panting, and in pain, the marks of the other Signers reflect the pain that Yusei is feeling. Regaining his determination and clearing his mind, Yusei finally manages to perform an Accel Synchro, and summons Shooting Star Dragon, which flies into the tornado, and disperses it, and then flies up into the sky to shine its light on New Domino City.

Noticing the light caused by Shooting Star Dragon, Jack and Crow decide to heads towards Yusei. Yusei uses Shooting Star Dragon's special ability, which allows him to once-per turn, draw the top 5 cards of his deck, and Shooting Star Dragon can attack the number of times equal to the number of tuner monster cards drawn. Yusei then takes the marks of the Signers, which allows him to draw 5 tuner monster cards, one per mark (including his own). Yusei then gains the Seal of the Crimson Dragon, with the result of Yusei's lucky draws shocking Primo. When Yusei attacks, Primo manages to block the first 2 attacks by sacrificing Wisel Guard, but the remaining 3 attacks causes him to lose. Primo is unable to believe it, and questions if he was being done in by a human. Then, the rest of Machine Emperor Wisel collapse onto Primo and explode, causing Primo to scream as he loses the rest of his life points.

Greiger has a vision of Jack being destroyed by his own power, so calls both him and Yusei over to the Nazca plains. He talks about how he had built a temple to help seal off the Earthbound Immortals, but lately has been troubled by the appearance of what's known as the Crimson Devil. Greiger warns Jack that using his general power tactics will destroy him, but Jack insists he can only fight using power. Greiger suggests a turbo duel, but Jack is surprised to find his opponent is his little brother, Max, who appears to be possessed by something. Jack summons out Red Dragon Archfiend but finds himself having trouble against Max's special deck. When Jack attacks, he finds himself attacked by his own power just like Greiger's dream, and the duel is called off. Jack becomes defiant about abandoning his power tactic and drives off.

Jack arrives at an abandoned village where he encounters a strange Familiar who reveals himself to be the Crimson Devil's servant, who offers him a chance to gain great power. Meanwhile, Greiger comes to a conclusion that the actions of him and Max were those of the Crimson Devil. Jack, seemingly in a trance, goes into a temple that Greiger had built, leading him to where the Familiar challenges him to a duel. Yusei and company try to follow but are stopped from interfering by the Familiar, who reveals that if Jack loses, his body will become a host to the Crimson Devil, and cuts them off from Jack by creating a very narrow platform, and seals off the only exit. The Familiar announces that he, Greiger, and Max will all become sacrifices to the Crimson Devil. Jack struggles against the Familiar's Yomi deck, which punishes power play.

Jack summons out Red Dragon Archfiend, but is still hampered by the Familiar's Yomi deck, though eventually manages to deal some damage. The familiar tries to use the Crimson Devil's power to knock Jack off his platform, but he hangs in there. Greiger is reminded of a legendary Signer called Burning Soul who once defeated Scar Red Nova alongside the Crimson Dragon, believing Jack to be his descendant. Jack starts to play more strategically and deals more damage to the Familiar. The Familiar becomes angry and summons a powerful monster, bringing the release of Scar Red Nova closer. Just then, Jack produces a Burning Soul and, with the help of the Crimson Dragon, also known as Quetzalcoatl, seals the Crimson Devil forever into the card of Scar-Red Nova Dragon, and performs a 'Double Tuning' to summon that monster and defeat the Familiar, who was later killed by a collapsing wall during the destruction of the temple, due to the power of Scar-Red Nova Dragon's "Burning Soul" attack.

Yusei and the others catch Lazar in disguise stealing some instant noodles. Wanting to find out more about Yliaster, they corner him, but he manages to escape. Hoping to lure him out, the gang hold a fake noodle product launch where people duel Crow in a mascot outfit for a chance to win some noodles. Lazar eventually shows up in another disguise, and whilst they fail to trap him, they manage to put a tracer on him and track him down. Crow challenges him to a duel to get information about Yliaster out of him. Lazar brings out his Jester Lord and seals Crow's tuner monster abilities, but Crow manages to make a comeback and destroy it. As Lazar's family show up to spectate, Lazar makes a comeback with his Jester Queen. Crow holds back his attack out of consideration for Lazar's family, leaving him with the choice of how to end it. Lazar decides to lose and tell the others about Yliaster.

The (Signers) gang, along with Sherry, interrogate Lazar about Yliaster. After some mistarts, involving him just talking about his family and love of cup ramen, Lazar eventually leads them to an arcade game where a puzzle duel is required to be cleared in order to access a hidden database. With three chances, Lazar fails the first time as he does not deal enough damage to win. Akiza uses her knowledge of Turbo Duels to win instead. However, Jack makes a miscalculation in the second round and loses the second credit, leaving Yusei to clear the round himself. With the game cleared, Lazar accesses the data, which reveals the company who sent the three Yliaster members to the Public Information Security Bureau, The Ener-D Express Development Agency.

Yusei, Sherry and Bruno infiltrate the Ener-D Express Headquarters, disguised as representatives of Bolger's company. There, they are shown a new Infinity shaped Ener-D reactor by Clark Smith, which is supposedly designed to allow Turbo duelists to travel through wormholes. Wanting to learn more, they sneak into Clark's office to obtain an access key for Level 10 clearance. When Clark returns, Yusei holds him off by challenging him to a duel with some new rules Clark throws in whilst Sherry and Bruno head for the restricted area. Clark's duel requires players to declare the type of card they want and successfully pick the right one in order to use it. However, Clark gains an advantage by cheating using his glasses. Realizing this, Yusei manages to summon Stardust Dragon and defeats him. However, Clark had already figured out their identities and sets off the alarm.

Clark reveals that he killed Sherry's parents for discovering the secret behind Infinity, which was being used by Yliaster to change history. He sends Yusei, Sherry and Bruno into a wormhole, in which they are doomed to break up and crash. Sherry uses her card to regain control of the shuttle, but ends up getting sucked out. Yusei and Bruno enter a "warped" dimension in the future, and pass by a strange island (a gigantic, floating, upside-down "metallic fortress", the Ark Cradle), where Yusei is briefly visited again by his father, who warns him of an Ener-D that will destroy mankind, before returning him and Bruno to their homeworld (the Present). Unhappy with Clark's actions, Yliaster erases Clark from existence, which spreads a blast of white light across New Domino City. Another WRGP team, Team Ragnarok, also notices the blast, but were protected by their Nordic God cards. Yusei and Bruno regroup with the other Signers, who were defended from the blast by their Signer marks.

After reading up on Team Ragnarok, Leo runs into another WRGP team, Team Taiyo, and injures his knee. After taking Leo to fix up his knee, they tell him about their precious Duel Runner, which got banged up in the Ghost incident, though one of the members, Jinbei, shows disdain for offers of help. Leo gets Yusei and Bruno to help them fix it, and despite Jinbei's objections, the others allow them to help. Meanwhile, Jack, Crow and Akiza attend an exhibition duel featuring Team Ragnarok, with one of their members, Dragan, challenging Jack to a duel. Jack summons out Red Dragon Archfiend, whilst Dragan brings out his Aesir, Thor. As Thor attacks, the powers of both monsters starts to resonate, and causes a quake, forcing Lazar to end the duel before damage can be done. After Yusei finishes fixing Team Taiyo's Duel Runner, he and the others learn they will be facing them in the quarterfinals.

As Team 5D's prepares to go against Team Taiyo, they grow curious from having seen their deck, which consists of mostly normal cards. Taro recalls how he managed to get his team together and enter into the WRGP. The first round starts with Jack going against Yoshizo. Yoshizo brings out Holding Hands Majin to solidify his defense, even managing to defend against Red Dragon Archfiend. It soon becomes apparent that Taiyo's plan is to provide an invincible defense whilst attacking with Speed World 2's effects. Jack manages to equalize their life points, and soon manages to negate Holding Hands Majin's effect and destroy it, however, Team Taiyo have another plan waiting.

Jack beats Yoshizo by countering against Speed World 2's effects, and now faces against Team Taiyo's second member, Junbei, who summons another Holdin Hands Majin. Junbei remembers when he got mad and ran away from home, encountering a man named Mizuru in a sports car. Whilst accompanying him, Mizuru knocks a thug member's duel runner and is chased. When some of Mizuru's friends get captured and Mizuru is too scared to go back, Junbei goes back to face the thugs, and is rescued by Taro and Yoshizo. Back in the present, Jack tries a trick to knock both him and Junbei out, but Junbei manages to survive the attack. Crow continues the battle, who uses the combined efforts of Blackwing Armor Master and Black-Winged Dragon to defeat Junbei. As Taro enters the duel, Yusei suspects that Taro has a plan that will cause them to lose within a few turns.

Yusei reveals that Taro's plan is to sacrifice a level 1 monster that has been on the field for ten of his turns so he can summon his trump card, Zushin the Sleeping Giant. When the crowd gets word of this, they start cheering for Team Taiyo, along with the people from their hometown. Crow's attempts to destroy the sacrifice fails, allowing Taro to summon out Zushin, which defeats Crow. Yusei takes over, and brings out Stardust Dragon to battle against Taro.

Yusei manages to deal some damage to Taro, by taking advantage of Stardust Dragon's Defense Mode. As Taro begins his counter attack, Yusei Accel Synchro Summons Shooting Star Dragon. However, Taro activates his own trap, which puts Yusei under the safety line for Speed World 2's effects. Yusei uses the cards leftover from Jack and Crow to negate Zushin's effects, and defeat Taro. Despite their loss, Team Taiyo are praised by the crowd for their efforts. After the defeat of Taro, another part of the Infinity Circuit lights up, and the 3 Emperors of Yliaster gloat about winning the WRGP, and finally setting their plan in motion. Then, the Ark Cradle appears in the sky.

Noticing the appearance of the Ark Cradle (also known as the "Divine Temple") in the sky, Yusei, Jack and Crow go over to investigate, where they run into Team Ragnarok's members, Halldor, Broder and Dragan, who all possess a Rune Eye, similar to the Crimson Dragon marks. Halldor tells them about he got his Rune Eye and his Aesir, later recruiting Dragan and Broder, and uniting them with their powers. Dragan explains that three years ago, his father got hospitalized following a cave in. In order to pay for his hospital bills, Dragan had to follow Goodwin's orders and throw a match against Jack, along with his pride as a duelist. With both sides desiring to fight against Yliaster, the two teams decide to settle things in the semifinals.

Jack gets the truth behind the fixed duels out of Lazar, who confirms what Dragan had told him. Jack becomes irritated as a result, so Yusei suggests he use the WRGP duel to regain his pride. In the match between Team 5D's and Team Ragnarok the next day, Jack and Dragan start off, and are surprised to find out that their starting hands are the same as their previous duel. Realizing the chance to do things properly, the two replicate their first turns from that match, this time, with Dragan being able to use his trap card, which Jack counters with his own. Dragan then brings out his Aesir, Thor, which manages to destroy Jack's Red Dragon Archfiend.

As Dragan continues his attack, Jack starts to take real damage from Thor. However, Jack starts to make a comeback and summons out Red Nova Dragon. However, Dragan activates traps which weaken Red Nova Dragon, and protects Thor. Jack manages to pull off a tactic to return Red Nova Dragon to its full power, destroying Thor and defeating Dragan. However, before he loses, Dragan revives Thor and deals damage to Jack.

Ragnarok's 2nd turbo duelist, Broder, takes over and uses Thor's special abilities to knock Jack out. Crow enters the fight, but his attacks prove ineffective against Broder's traps, and he takes a lot of damage from Thor's attacks. Noticing the support Crow gets from the children, Broder explains how he came across a similar group of children, expressing his desire to fight Yliaster in order to protect them. Crow brings out Black-Winged Dragon, but Broder brings out his Aesir, Loki, which destroys Crow's Black-Winged Dragon.

With just 50 life points left, Crow's supporters almost get into danger while trying to cheer him on, reinvigorating Crow's resolve, and he soon manages to revive Black-Winged Dragon. Then, Crow activates a trap card from the Graveyard, which clashes with Broder's trap, knocking them both out. Yusei begins his round against Halldor, who quickly summons his Aesir, Odin.

Yusei must now face the power of Halldor and all three Aesirs. As Yusei expresses his desire to defeat Yliaster and see his father again, he gains the Seal of the Crimson Dragon, and summons out Majestic Star Dragon. However, Halldor manages to learn Yusei's strategy, and executes a successful counter. Halldor then activates a continuous trap card from his Graveyard, Gjallarhorn.

Yusei faces not only all three Aesirs, but also a countdown from Halldor's trap card, Gjallarhorn, of which the end of the countdown means that the opponent takes damage equal to the combined attack points of all 3 Aesirs, at the cost of removing from play all 3 Aesirs in order to activate the effect, once the countdown has reached its end. At the End Phase of each of Halldor's turns, Gjallarhorn will gain 1 counter, and once it has 3 counters, its effects will activate. Which means that Yusei has only 3 turns to defeat Halldor. Yusei also had to face Halldor's increasing defense. However, Yusei summons out Shooting Star Dragon and deals some damage, before using the trap, Zero Force, to reduce all 3 Aesirs' attack points to 0, resulting in Yusei taking 0 points of damage when the countdown reached its end. Now that all 3 of the Nordic God Cards have been removed from play, Yusei then has Shooting Star Dragon attack Halldor directly, allowing Yusei to win.

Team 5D's have finally beaten Team Ragnarok after an exhausting battle. With this result, the World Racing Grand Prix (WRGP)'s finals will be Team 5D's Vs. Team New World (the 3 emperors of Yliaster). With the finals looming, Carly ponders the possible outcomes of the upcoming battle, while she writes up her special feature article about Team 5D's. While performing the interview, Akiza and company accidentally reconfirm their bonds. Noticing Carly's struggle to write up an article about Team 5D's, not helped by Mina's interference, Akiza, Luna and Leo decide to help her write profiles for each member, recalling on their past adventures. In addition, when Carly talks to Akiza, they discuss the relation of their new opponents, Team New World, to the organization of Yliaster, and the trio's schemes, causing Carly to gain unthinkable information. When Carly was finished typing all of the information down, Stephanie comes in with a teapot full of hot coffee.

In another dimension, Z-ONE (who has now returned to his original form) shows Sherry a vision of the future, where everything on Earth is destroyed because of a global Ener-D explosion. Then, Z-ONE brings Sherry into the Ark Cradle, which is already emerging into the Yu-Gi-Oh! dimension. That night, the Signers are messaged by the 3 emperors of Yliaster, who tell them about the floating metallic island, the Ark Cradle, where a God called Yliadus (Z-ONE's real name) supposedly sleeps, stating that if they win the WRGP, then Yliadus will awaken and have New Domino City destroyed, but will rebuild it the way the trio wants it to be, which is without the existence of Ener-D and Synchro Monsters. During the next morning, the WRGP finals begin with Jack facing off against Lester, who both bring out their ace monsters, Red Nova Dragon and Machine Emperor Skiel Infinity.

The next round starts with Jack facing Primo, who immediately brings out Machine Emperor Wisel Infinity. Primo then manages to bring Jack's life points down to 1,100, through the use of his trap cards, one of which Lester had intended only for Jakob to use. Seeing that Primo was acting on his own again, when Primo activates 2 traps he left for Jakob, Lester get agitated, but when Jakob reminded Primo of their plan, Primo decided to try something different. Yusei realizes their tactic is based on the continuous trap that Lester left behind, but when Jack tries to destroy it, Primo protects it with a trap card, and gets beaten by Jack. But before he loses, Primo then activates another of Lester's continuous traps, Infinite Prison. By sending Wisel Attack 3 to the Graveyard, he can then treat Wise Core as a spell card from the Graveyard, and set it face-down in the face-down zone.

Despite the others' concern for his safety, Crow goes to face Jakob. Crow attempts a technique to utitlize his Synchro Monster's abilities without putting them at risk, by summoning Blackwing Aurora of the Northern Lights, and by activating its special ability, but Jakob counters Crow's stragety by using Scar-Red Nova Dragon as a shield, and by attacking him 2 times with Jack's dragon. Crow is then defeated by Jakob, but manages to summon Black-Winged Dragon in defense mode for Yusei to use, by playing a trap card, after being attacked by Machine Emperor Grannel Infinity. Crow then crashes, and Yusei goes out to face Jakob.

Yusei begins his battle against Jakob, using Crow's trap to bring out Stardust Dragon when Black-Winged Dragon gets destroyed. Jakob then activates a trap, which brings out Grannel Attack 3, while reducing Yusei's life points to 2,800. Jakob shows Yusei and the others a twisted future where New Domino City is completely destroyed. Due to Synchro Monsters and Ener-D evolving the world at an incredible rate, a war broke out and the Ener-D reactor eventually exploded, destroying most of the world. The Yliaster trio also unveil their memmories of despair. In the future, they see everybody Synchro Summoning, and as a result of them using Synchro Monsters to achieve their own greedy desires, the Machine Emperors show up one day, and begin killing humans. In the vision, as Lester was running with his parents to safety, a Grannel shot his parents down. Lester in the vision, then wails at the death of his parents, the ones who loved him.

After introducing himself, the Yliaster trio's duel runners combine to form Aporia's duel runner. Aporia then combines with it in such a way, that the audience are shocked to the point that they begin wondering if he was human at all. Aporia then activates the continuous trap card, Infinite Prison, so that by sending the trap, Infinity Force from his hand to the Graveyard, he can treat Grand Core as a spell card from the graveyard, and then set it face-down in the face-down zone. He then destroys Infinite Prison in order to add Sky Core, Wise Core, and Grand Core to his hand, which had been set face-down. Next, Aporia sends the 3 Machine Emperor Cores to the graveyard, in order to activate the trap card: Genesis of the Machine Emperors, which allows him to special summons his ace monster, Machine Divine Emperor Mechanicle Infinity Cubic. Then, he causes his Machine Divine Emperor to shoot energy into the sky, which results in lightning striking all over New Domino City.

As Yusei continues to defend himself against Aporia's attacks, Jack and Crow come to join him, despite their injuries. They then provide the traps that Yusei needs in order to reflect Mechanicle's attack. But when Aporia negates Mechanicle's destruction, his life points are reduced from 3,900 to 3,400. Yusei then Special Summons Scar-Red Nova Dragon and Black-Winged Dragon, in order to give Shooting Star Dragon attack points up to 9,600. But Aporia manages to counter Yusei's strategy, and has his Machine Divine Emperor Mechanicle Infinity Cubic negate the attack, and absorb both dragons, which increases the Machine Divine Emperor's attack points from 4,000 to 10,300. Aporia then uses a trap, which reduced Yusei's life points from 2,800 down to 400, and allows his life points to rise back up from 3,400 to 4,000. However, thanks to the wishes of the Signers, Yusei is able to draw the cards he needs that are in their possession.

Yusei uses the special ability of Black-Winged Dragon to weaken Machine Divine Emperor Mechanicle Infinity Cube's attack points, and Aporia's life points, both down from 4,000 to 2,600. Then, Yusei defeats Aporia, using the combined might of the 3 Signer Dragons, which causes him to crash into the sea. By this, Team 5D's wins the WRGP finals. Then, the red sky returns to its blue color, and the lightning strikes stop. Then, Team 5D's celebrates their victory during noontime. However, their victory is short-lived, as the Infinity Circuit is complete, and the Ark Cradle breaks through the sky from the "distorted dimension," and it begins to descend towards New Domino City.

Sherry reveals that Z-ONE has shown her the future, and insists that Yusei not board the Ark Cradle, revealing she has switched sides to join Z-ONE, since she was convinced that Yliaster's plan was the only was to prevent the global destruction in the future. She also reveals that now having joined Z-ONE, she will do everything in her power to stop him. Despite this knowledge, Yusei still wants to do something to save the city. Sherry then reports to Z-ONE that Yusei did not heed her warning. When Z-ONE asks why she warned him, Sherry simply replies that the warning will cause Yusei to do something, which would allow her to kill Yusei herself, like to promised herself to. is approached by Team Ragnarok who, with the help of Bruno, manage to use the old Ener-D reactor and Nordic Gods to create a path from Daedelus Bridge to the Ark Cradle. Yusei wants to go on his own, but instead, the rest of Team 5D's joins him, with Bruno in his Vizor form following them.

Team 5D's, and their friends all survive the fall, but get separated into three groups: Yusei with Bruno, Crow with Akiza, and Jack with Leo and Luna. The narrow platforms on which they land on are revealed to be routes leading to the three planetary gears powering the main Ener-D generator, and eventually leading to the Center Gear, which was what they are looking for. Vizor tells them that if they don't reach all 3 gears, then they wouldn't be able to reach the Center Gear, and the Ener-D generator of the Ark Cradle would continue to produce negative energy, which would result in the destruction of New Domino City. Crow and Akiza arrive first at one of the 3 gears, which was the one that was closest to them. But then, they are confronted by Sherry, who reveals that she joined Z-ONE, because he offered her the chance to grant her wish, before challenging them to a duel. Sherry then reveals that her wish is that Z-ONE would bring back her happy days with her family.

Sherry reveals that Z-ONE promised to rewrite her past, so that her parents would never have died if she carried out his plans. She uses the Z-ONE spell card to activate the Soul-Binding Gate field spell, which inflicts 800 points of damage whenever any of them try to summon monsters. As Akiza and Crow defend each other from Sherry's attacks, Sherry tempts Crow with the offer of using Z-ONE's power to change the past, so that Zero Reverse would never happen, so that the children of Satellite wouldn't have been orphans, including Crow, Yusei, and Jack, when they were children, if he surrenders and joins Z-ONE. However, Akiza reminds Crow that he should instead fight for their future, as that was what they as Signers should do. Then, they summon their respective dragons, and use their combined strength to defeat Sherry, which causes the 1st gear to stop rotating.

Jack, Leo and Luna reach the second gear, where they are shocked to see that Aporia has survived the crash, and that he is waiting for them. He forcefully attaches devices onto them, which pierce into their hearts whenever they take damage from the duel, meaning that they will die if their life drops to zero, with the only way of removing them is to defeat him in a three-on-one duel. Aporia activates the field spell Fortissimo the Mobile Fortress, and combines with it. Aporia also sets a trap which blasts players with real damage whenever they summon monsters. Although Leo promises to protect Luna and help Jack, Aporia counters each of his traps, making things worse for his allies. Furthermore, Aporia's attacks leave both Jack and Luna in critical states, and leaves Leo in despair.

As Jack, Leo and Luna struggle to survive, Aporia summons his key monster, Machine Divine Emperor Dragon Asterisk which will inflict 1000 points of damage to anyone who tries to Synchro Summon. Lamenting that he hasn't been able to protect anyone, Leo risks some of his own life points to protect Jack and Luna and weaken Asterisk. Leo then summons Power Tool Dragon and Ancient Fairy Dragon and gets hit by the 4,800 points of effect damage, bringing his life down to zero, causing him to die. The shock of Leo's death puts Luna in a critical state, as her life points gradually starts to drop, as her pulse weakens. However, Leo comes back to life with 100 life points, thanks to Ancient Fairy Dragon, and his Morphtronic Lighton's effect, and becomes the sixth and final Signer, with the Mark of the Crimson Dragon's Heart.

Leo uses Life Stream Dragon to counter Asterisk's, and Fortissimo's damage effects, and to restore everyone's life points to 2,000 (not including Aporia), which puts Luna out of the danger of dying. Seeing that his efforts to inflict damage to the Signers has failed, Aporia gets really agitated. Aporia then activates a trap to prevent Synchro Monsters from attacking, but Luna uses Ancient Fairy Dragon's ability to destroy his field spell, and activate one of her own that supports Synchro Monsters, allowing Jack to bring out Scar-Red Nova Dragon. The destruction of Fortissimo causes the fortress' structure to shake violently, and begin to collapse. Aporia manages to bring out Machine Divine Emperor Mechanicle Infinity Cubic to increase Asterisk's attack points, but Leo and Luna use their traps and dragons' abilities to weaken it. Jack then destroys Asterisk by attacking with Scar-Red Nova Dragon, which defeats Aporia, who falls to his "doom" with a feeling of hope in his heart.

Yusei not only has to deal with Antinomy, but also the flames coming from the star. Antinomy brings out his Accel Synchro monster, Tech Genus Blade Blaster, and deals a lot of damage to Yusei. Antinomy talks about how he was a champion Turbo Duelist, before the Machine Emperors destroyed the world. He was rescued by Z-ONE (who is actually the future version of Yusei), before Antinomy could commit suicide by letting a Grannel kill him. Seeing that Z-ONE still had hope (before the events of the Ark Cradle), and that he had none, Antinomy felt shame, and joined Aporia and Paradox as one of the 4 remaining survivors. He then lived his life working with Z-ONE on his experiments to save humankind (which failed), before being revived as a cyborg, after his human body died, whose mission was to teach Yusei the Accel Synchro, in order to provide the power needed to bring Ark Cradle to New Domino City.

Yusei is put in a desperate situation, as Tech Genus Halberd Cannon brings his life points down to 100, and keeps him from summoning monsters. Furthermore, the Black Hole becomes more organized, and begins to approach from behind, threatening to suck Yusei in if he falls behind. However, Yusei manages to summon out Balance Shooter, which gives Shooting Star Dragon the power to overwhelm Halberd Cannon and defeat Antinomy. The impact of the attack causes a part of Antinomy's glasses to break. As they are sucked into the black hole, Antinomy asks Yusei to master the Delta Accel Synchro and save the world, and remembers his fond memories as Bruno, back when he was still Yusei's friend. Remembering this, Bruno tosses Yusei his broken glasses, and then he sacrifices himself to get Yusei out of the black hole, and back to the Ark Cradle. Then, the 3rd gear stops spinning, and Yusei grieves over the loss of Bruno, who was once his friend.

With the 3rd gear stopped, the Signers gain access to the Center Gear, and Yusei rejoins the others, telling them the truth about Antinomy, and about the Delta Accel Synchro method. They continue onwards to the center of the Ark Cradle, where they spot more, but smaller gears, as well as the Ener-D Generator that was called the Center Gear, which was powering most of the negative Ener-D of the Ark Cradle. Then, they enter a room with blue walls, located at the very heart of the Ark Cradle, where ZONE awaits them. Z-ONE reveals he was behind the Zero Reverse incident, as well as Paradox's scheme, to try to stop the existence of Synchro Monsters, and Ener-D. Z-ONE then decides to settle things in a duel, and if Yusei wins, the Center Gear would stop working (the Center Gear is really the key Ener-D generator, which is the main source of power for the Ark Cradle's overall Ener-D Generator), and the Ark Cradle would disappear for real.

Aporia summons Machine Emperor Skiel by destroying Sky Core, but then destroys it using a trap, so he can draw the spell card "Destroyed Future." Then, Aporia activate its effects, choosing to destroy his own deck, so that he can use his card, After Glow, in an attempt to guarantee a win against Z-ONE. However, on his next turn, Temporal Machine God Metaion returns to Z-ONE's deck, and he summons out another Temporal Machine God, Razion, using Zero Machine Ein's effect once more. Razion's effect returns all of Aporia's cards in his Graveyard back to his deck, which was then suffled. As a result, Aporia is unable to draw the card he needs (After Glow), and is defeated by Razion's effect, which deals him 1,000 points of damage when he draws a card on the draw phase. Before he dies, Aporia gives Yusei's Duel Runner wings, by fusing his duel disk with Yusei's duel runner, allowing it to fly.

Yusei summons out both Red Dragon Archfiend and Black-Winged Dragon, whilst Z-ONE replaces Metaion with Razion, using his trap, Zero Machine Ein, which allows him to summon a Temporal Machine God without any releases, but will lower its attack points to zero. Z-ONE then activates Razion's ability when Yusei draws a card on his turn, reducing his life points to 3,000. The damage sends Yusei flying out of control. But before he smashes into the Ark Cradle, Yusei manages to regain control of his duel runner, and fly back to Z-ONE. Yusei then summons Black Rose Dragon, and uses a trap to negate its effect and deal damage to Z-ONE, reducing his life points to 1,500. Z-ONE then spins out of control, and when he smashes into a building of the Ark Cradle, the impact causes the right half of Z-ONE's mask to break, revealing his face to be that of a much older looking Yusei.

Z-ONE claims to be Yusei from the future, though Yusei refuses to believe this. Z-ONE sacrifices Zero Machine Ein to activate Infinite Machine Ein Soph, a trap that allows him to summon more than one Temporal Machine God at a time with any releases, but will still lower their attack points to zero. Z-ONE then summons 3 more Temporal Machine God monsters through his trap's effect. He then attacks Yusei's Black-Winged Dragon with his Temporal Machine God Tzaphion, in an attempt to utilize its ability, which would send all of Yusei's traps on his field back to his deck. Yusei however, counters this, activating Scap-Iron Scarcrow, saving himself from the attack. Z-ONE then attacks with the other 2 Temporal Machine Gods, using their abilities to restore his life points to 4,000, with Zadion's effect, to return Yusei's monsters to his deck, and to deal him damage, with Camion's effect, which reduces Yusei's life points to 1,500.

Temporal Machine God Sandaion's attack points are then lowered from 4,000 to 0, by the effects of Infinite Machine Ein Soph. When Z-ONE attacks Yusei's Ancient Fairy Dragon with Temporal Machine God Michion, Yusei's life points are reduced to 750, by Michion's ability. As a result of the damage, Yusei's duel runner plunges down again, but Yusei is able to navigate through the structure of the Ark Cradle, and find his way back to Z-ONE. But when Z-ONE attacks with Hanion, and then Raphion, Yusei is able to protect himself from taking damage, and losing to their effects, by timing the activation of Scrap-Iron Scarecrow, and his Synchro Believer's ability.

Yusei uses Shooting Quasar Dragon to destroy all 5 of Z-ONE's current Temporal Machine Gods, and then manages to bring out Shooting Star Dragon to deal a lot of damage to Z-ONE, reducing his life points to 700. Z-ONE screams when he takes the damage, and then he crashes into New Domino City's central building. Yusei then removes all of his speed counters to draw Clustering Wishes, and sets it face-down. After Yusei and Z-ONE talk about the right of changing the future, Z-ONE angrily blasts a hole in the building, and flies back up into the sky. Z-ONE then feels angry at Yusei, for reducing his life points by such a great amount, and tells Yusei that he will now prove to him that hope, and the possibility to fix the future without New Domino City's destruction, which Yusei believes in, was nothing before his power.

A few years have passed since Z-ONE's defeat. The Public Safety Maintenance Bureau has dissolved into a city hall, with Lazar becoming the city's mayor. Yusei has become a scientist who supervises the completion of a new Ener-D mainframe, titled Fortune, to ensure the safety of the city. Crow had become a highway patroller getting an invitation to an overseas leagues, Akiza plans to study abroad to become a doctor, and Leo and Luna receive a mail from their parents asking them to leave New Domino City to live with them, leading everyone to wonder about the future of Team 5D's. Jack arrives after training with (defeating) several other duelists, wanting to leave New Domino City for a World League, in order to fulfill his dreams of becoming the World Duelist King, and Yusei challenges him to a duel, to decided the Signers' futures.

Yusei summons Nitro Warrior, but Jack manages to counter its attack and summon out Exploder Wing Dragon to destroy it, though Yusei manages to beat it with his Turbo Warrior. As the others watch the duel, they recall how Yusei had managed to change their lives. Jack then brings out Crimson Blader, which destroys Turbo Warrior and prevents Yusei from summoning more monsters during his next turn, but Yusei manages to survive Jack's attacks before Stardust Dragon and Red Dragon Archfiend return. Jack then summons out Red Nova Dragon, with a power of 6,000 attack points.

The duel between Yusei and Jack finally comes to an end. Which of them will claim victory? And what shall become of the Signers as they prepare for their futures?