Questo episodio introduce gli aspetti e le regole di base del Duello Turbo, del Mondo della Velocità e dei nuovi mostri Synchro e Tuner. Rally dà a Yusei un chip rubato per aggiornare il suo Duel Runner, ma sono braccati dalle forze di sicurezza. Yusei allontana i loro inseguitori e viene trascinato in un Duello Turbo contro Trudge, uno degli ufficiali della Sicurezza.

Yusei riflette sulla sua battaglia passata con Jack, giurando di riconquistare la sua carta Stardust Dragon che Jack gli ha tolto. Più tardi, Tank, Nervin e Blitz vengono sfidati da un gruppo di teppisti, guidati da una persona di nome Uryu. Yusei interviene per aiutare i suoi amici e finisce in un duello contro Uryu con il suo Duel Runner in gioco.

Yusei riflette sulla sua battaglia passata con Jack, giurando di riconquistare la sua carta Stardust Dragon che Jack gli ha tolto. Più tardi, Tank, Nervin e Blitz vengono sfidati da un gruppo di teppisti, guidati da una persona di nome Uryu. Yusei interviene per aiutare i suoi amici e finisce in un duello contro Uryu con il suo Duel Runner in gioco

Yusei, intenzionato a riconquistare il suo Drago di Stardust, incontra Jack e lo sfida a un Duello Turbo. La battaglia inizia nell'ormai deserto Duel Stadium. Yusei si trova ad affrontare non solo il temibile Arcidemone Drago Rosso, ma anche il suo stesso Drago di Stardust che Jack ha piazzato nel suo mazzo.

La battaglia tra Yusei e Jack continua, con Yusei che finalmente riprende il controllo di Stardust Dragon. Sia Yusei che Jack bruciano le braccia di Yusei e Jack mentre Stardust e l'Arcidemone Drago Rosso si scontrano, ed entrambe le loro voglie a forma di drago iniziano a risplendere. Un terzo Drago appare nel cielo, rosso fuoco. Il duello si conclude senza vincitori e con la comparsa delle forze di sicurezza di New Domino City.

Yusei viene arrestato e spedito in un centro di detenzione, dove incontra un vecchio di nome Yanagi, che duella usando quello che lui chiama il suo mazzo "Tesoro nascosto". Yanagi si scontra con un altro prigioniero, Bolt Tanner - e in breve tempo si rivela essere un pessimo duellante. Sebbene manchi di abilità, tiene ancora molto alle sue carte, cosa con cui Yusei può avere a che fare. Nel frattempo, Goodwin passa in rassegna il duello di Jack con Yusei, e scopre che, se non fossero stati interrotti dalla comparsa del Drago Cremisi, Jack sarebbe stato sconfitto.

Yusei ne ha abbastanza di sentire Tanner che si prende gioco delle carte di Yanagi e delle sue abilità da duellante, così prende il mazzo di Yanagi e sfida Tanner a duello, con grande sorpresa di tutti, visto che Yusei non sta duellando con le sue solite carte. Yusei vuole insegnare a Tanner che ogni mazzo ha una strategia vincente, indipendentemente dal suo valore per gli altri. Goodwin rivela a Jack la leggenda del Popolo delle Stelle, dei Signers e del Drago Cremisi.

Yusei viene interrogato per avere informazioni sul suo Marchio del Drago, e Goodwin viene al centro di detenzione per parlare ulteriormente con lui. Yanagi dice a Yusei cosa sa dei Signers e dei cinque draghi, e sospetta che il Drago di Stardust di Yusei possa essere uno dei cinque. Nel frattempo Jack duella di nuovo con Hunter, ma è fuori gioco dopo la sua sconfitta contro Yusei.

Yusei viene trasferito in un'altra cella, lontano da Yanagi. Il suo nuovo compagno di cella, Alex, progetta di fuggire e si offre di portare Yusei con sé, ma si rifiuta di andarsene senza Yanagi e Tanner. Nel frattempo Armstrong tormenta Tanner, e Yusei finisce in un duello contro di lui, usando un mazzo costruito con carte preziose che gli sono state date da tutti gli altri prigionieri.

Yusei è intrappolato nella trappola di Armstrong - non solo è costretto a scartare dieci carte ad ogni turno, ma ogni Life Point perso fornisce anche una dolorosa scossa elettrica. Armstrong ha disattivato la corrente elettrica al suo Duel Disk, e quindi non sente alcun dolore, finché Alex non irrompe nella sala di controllo. Riprende a scorrere la corrente, ma Armstrong si rialza e continua ad andare avanti. Nonostante le probabilità schiaccianti, Yusei riesce a cavarsela e a vincere il duello. Gli è permesso di lasciare la prigione.

Anche se ora è fuori dal centro di detenzione, Yusei ha notato che è seguito dagli agenti di Goodwin. Per fortuna, viene preso da un ex duellante di nome Blister, l'uomo che Tanner gli ha detto che potrebbe aiutarlo a recuperare il suo Duel Runner e il suo mazzo di duelli. Dopo aver scoperto il passato di Blister, Yusei si infiltra nella torre di Goodwin e recupera finalmente il suo Duel Runner e il suo mazzo da duello, ma non prima che Trudge si faccia vivo e lo sfidi a un altro Turbo Duel.

Yusei continua ad evitare i brutali attacchi diretti di Trudge mentre cerca di fuggire con l'aiuto di Bliser, ma da lì le cose si fanno più difficili. Nonostante il pericolo, Yusei decide di ripristinare la fiducia di Blister nei legami con le altre persone. Quando Trudge fa uscire Goyo Guardian, Yusei mette a punto quattro dei suoi deboli mostri per evocare Turbo Warrior.

Yusei riesce a fuggire dalla polizia, ma si schianta con il suo Duel Runner e perde i sensi. Quando si sveglia, è stato salvato e nascosto alla polizia dai duellanti gemelli Leo e Luna, che vivono nella zona di Tops a New Domino City. Rallegrato di vedere che Yusei sta bene, Leo gli chiede un amichevole mazzo Junk di Yusei contro il mazzo Morphtronic di Leo.

Mentre si prepara per la Fortune Cup con Blister, Yusei si riunisce con Tanner e Yanagi. Mentre si preparano a testare il mazzo di Yusei, si confrontano con Jack, che restituisce il Drago di Stardust a Yusei. Più tardi, Leo racconta loro di un duellante chiamato la Strega della Rosa Nera. Quando appare davanti a loro, il Marchio del Drago sul braccio di Yusei comincia a reagire.

La Fortune Cup è ufficialmente iniziata e il primo duello si è svolto contro Leo, che si è travestito da sua sorella Luna, che non ha voluto partecipare. I mostri delle macchine aeronautiche di Krieger stanno dando del filo da torcere ai mostri Morphtronic di Leo. Intanto Zigzix, lo scienziato di Goodwin, mette alla prova la sua ultima invenzione: un dispositivo che rileva le attività dei firmatari. Ma Leo non ne è influenzato, mentre Luna lo è. Leo perde il duello e Zigzix scopre che Luna era sugli spalti durante il duello.

Il prossimo duello nella Fortune Cup prevede Gill de Randsborg contro Akiza. Randsborg ha imparato da Goodwin e Lazar che Akiza è la Rosa Nera. All'inizio, i suoi mostri livellati da Cavaliere Mascherato sembrano dargli un chiaro vantaggio, fino a quando Akiza lascia che tutti nello stadio siano testimoni dei pericoli dei suoi mostri vegetali, della sua carta degli incantesimi sul campo e, infine, del suo Drago Rosa Nera.

Il prossimo nella Fortune Cup è un duello di equitazione tra Yusei e un misterioso duellante con il mantello chiamato Shira, ma con sorpresa di Yusei e Jack, lo sfidante è in realtà Hunter Pace che ha preso il posto della vera Shira e si è travestito poco prima dell'inizio del duello. Yusei deve ora affrontare il mazzo di Pace pieno di potenti mostri di Fuoco, un mazzo migliorato che Pace ha pianificato di usare più tardi contro Jack.

Il primo turno della Fortune Cup è finito, ma Rex Goodwin sta tenendo una partita di consolazione, che si oppone al professor Frank contro la vera Luna, con grande disappunto di Leo. Non solo Luna è riluttante al duello, ma il duello stesso è programmato per scoprire le capacità di Luna come firmatario. Inoltre, il professor Frank fa un discorso commovente che manda Luna in uno stato di trance, sconvolgendo le sue capacità di duello.

Luna si impegna in un duello con il professor Frank quando sente una voce misteriosa che dice: "Hai detto... che avresti protetto il mondo degli spiriti dei Mostri Duellanti. "Poi, la voce prende forma sotto forma di Antica Fata Drago". Ora, Luna deve prendere tutto il suo coraggio e la sua abilità a portata di mano per sconfiggere l'asso nella manica del professor Frank.

Il primo giorno della Fortune Cup volge al termine. L'attenzione del pubblico è rivolta all'immagine di Krieger, che domani affronterà Yusei. Come dice Tanner che si chiede che tipo di Duel Runner Krieger usi, qualcosa viene in mente a Leo, facendolo allontanare.

Il secondo turno della finale vede Akiza contro il comandante Koda. Koda ha ricevuto l'ordine da Goodwin di esporre Akiza come firmatario, cosa che non ha funzionato nell'ultimo duello di Akiza. Inoltre, Koda può esporre il passato dei suoi avversari per metterli fuori gioco. Non ci vuole molto a smascherare la fastidiosa reputazione di Akiza come la Rosa Nera, risvegliando ad Akiza ricordi dolorosi.

Prima dell'inizio dei turni finali della Fortune Cup, Yusei si confronta e interroga Akiza all'interno di un passaggio interno dello Stadio dei Duelli sul perché chiama il Marchio del Drago "Marchio del Drago". A questa domanda risponde con rabbia che lei odia e detesta la persona che porta un marchio di nascita. Inoltre, mentre si arrabbia, Akiza sente che qualcosa rimane nascosto dentro di lei. Yusei, che è pieno di dubbi, inizia il suo Duello con Akiza.

Il duello tra Yusei e Akiza continua, e Akiza prende rapidamente il sopravvento. Yusei, da parte sua, riesce a mettere una buona difesa contro i mostri vegetali di Akiza, ma nota anche che Akiza prova un piacere immenso nell'attaccarlo senza pietà.

Yusei vince la sua partita contro Akiza, ma è riluttante perché non può aiutarla come vorrebbe. Poi si precipita alla torre di Goodwin per salvare i suoi amici, ma quello che trova è Jack insieme a Goodwin, e spiega come è cominciata la sua rivalità con Yusei. Poco dopo si svolge il duello finale tra Jack e Yusei, e con sorpresa di Yusei, i suoi amici di Satellite sono sani e salvi, liberati dal container che serviva da prigione a Satellite, e tutti guardano Yusei mentre duella.

Le finali della Fortune Cup continuano mentre Yusei convoca Stardust Dragon per combattere l'Arcidemone del Drago Rosso di Jack. Mentre la battaglia prosegue, il Drago Cremisi appare e Goodwin, rivelando di essere il quinto firmatario e di avere un braccio mozzato in un carro armato con il Marchio del firmatario finale, mostra a Yusei, Jack, Akiza e Luna bizzarre visioni del Popolo delle Stelle e del futuro di New Domino City, che vengono inghiottite da un geoglifo di fuoco a forma di ragno.

Dopo la vittoria su Jack nella Fortune Cup, Yusei viene nominato il nuovo Re dei Duelli. Mentre Yanagi informa la banda dei Signers e dei Dragon Birthmarks, Yusei viene sfidato da un uomo misterioso con una voglia a forma di ragno sul braccio che riesce a trasformare il duello in un Duello delle Ombre. Yusei è sorpreso di scoprire che il suo avversario ha un nuovo temibile tipo di mostro, un Mostro Oscuro Synchro. Nel frattempo, un reporter di nome Carly cerca di ottenere lo scoop sul nuovo Re dei Duelli.

Nonostante le difficoltà causate dal Dark Synchro Monster, Yusei riesce a vincere il suo duello contro il Dark Signer. Tuttavia, dopo il duello, il suo avversario non ha alcun ricordo di ciò che è accaduto e non ha più la voglia o i Mostri del Sincro Oscuro nel suo mazzo. Si scopre che i ragni vengono usati per controllare le persone, uno dei quali si dirige verso l'ospedale dove Jack si sta riprendendo. Trudge arriva per riportare Yusei al Satellite, e Yusei decide di andare, con l'intenzione di ottenere la verità da Goodwin.

Dopo il suo rilascio dalla sicurezza, Carly partecipa a un evento per la prima volta e incontra una modella di nome Misty, che prevede la sua morte. Quando Angela, una giornalista rivale, rivela che Jack è nato nel satellite, Carly decide di infiltrarsi nell'ospedale per intervistare Jack. In quel momento, un ragno Dark Signer possiede Trudge e sfida Jack, che sta cercando di lasciare l'ospedale, a duello. Incapace di usare il suo braccio destro fratturato, Jack decide di usare Carly come braccio. Vincono il duello, ma Jack si indebolisce e chiede a Carly di tirarlo fuori di lì senza che nessuno se ne accorga. Nel frattempo, Goodwin mostra a Yusei la verità.

Un ribelle del Satellite di nome Crow ruba diversi mazzi per i suoi amici. Viene costretto in un duello dalla Sicurezza, ma riesce a batterli con un colpo solo. Mentre Goodwin dice a Yusei la verità su Signers e Dark Signers, Luna ha incubi che coinvolgono i draghi. Mina e Trudge si presentano a casa di Carly dove trovano Jack, ma lui si rifiuta di andare con loro. Yusei viene poi rimandato al Satellite dove Crow lo aspetta.

Dopo aver raggiunto l'altro e essersi riuniti con Rally e co, Yusei e Crow sono costretti ad un Turbo Duello con la sicurezza utilizzando le regole del Tag Duel. Nel frattempo, Carly accompagna Jack in giro per la città mentre Mina e Trudge lo seguono. Jack ricorda la sua vita nel Satellite e gli amici che ha tradito. Seguendo alcuni consigli di Carly, decide di seguire la sua strada.

Rally e amici si incontrano con Yusei e Crow al loro nascondiglio, dove Crow racconta una storia sull'uomo che ha costruito il ponte Dedalo. Più tardi quella notte, mentre Yusei e Crow cercano il luogo dove si trova il Dark Signer, Kalin, un loro ex amico, invia un segnale di Dark birthmark, avvisando Yusei e gli altri Signers. Jack e Carly sono accompagnati da Mina nel luogo in cui si trova Yusei, dove Carly viene a sapere che Yusei è nato a Tops e che i suoi genitori sono stati coinvolti nell'incidente dell'Inversione Zero. Kalin fa la sua apparizione, intrappolando Yusei in un geoglifo a forma di linea di Nazca gigante e costringendolo a un Dark Turbo Duel.

Mentre si preparano al suo duello contro Kalin, Yusei, Crow e Jack ricordano quando facevano tutti parte di una banda di duellanti, gli Enforcers, che duellavano di notte con le bande rivali. Il duello inizia e Yusei prende un duro attacco a causa degli effetti del duello delle ombre, che sembra essere più pericoloso nel Turbo Duel.

Kalin convoca il suo Cento Occhio Drago, un mostro di livello -8 Dark Synchro, causando una vera e propria minaccia per Yusei. Yusei ricorda ancora una volta i suoi giorni negli Enforcers, e ricorda come Kalin gli ha salvato la vita. Quando viene quasi bruciato tra le fiamme della barriera oscura, Yusei ricorda anche quando Kalin ha ucciso un membro della Sicurezza e come la lotta tra loro abbia scatenato l'odio di Kalin nei confronti di Yusei.

Yusei sconfigge il Drago Cento Occhi usando il Drago di Stardust, ma Kalin evoca un potente mostro, un Immortale Terrestre, chiamato 'Ccapac Apu', usando le anime di tutti gli abitanti di Satellite catturati, senza essere scalfito dagli attacchi di Mostri, Incantesimi o Trappole. Prima che possa attaccare, il Duel Runner di Yusei cede e si schianta, ponendo fine al duello. Tuttavia, Yusei viene colpito da un frammento nell'addome e viene portato da un medico locale in Satellite da Crow. Nel frattempo, gli amici di Yusei cercano di recuperare il suo Duel Runner rotto mentre tengono lontani i ladri di Satellite.

Mentre Yusei si riprende dall'operazione, Leo presume che sia il quinto firmatario da quando il suo mostro, Power Tool Dragon, è apparso nel sogno di Luna. Gli viene l'idea di reclutare Akiza per combattere i Dark Signers e va con Luna, Tanner e Yanagi a visitare Sayer per vederla. Tuttavia Sayer li anestetizza, e ha un suo piano per reclutare Luna nel Movimento Arcadia, rinchiudere Tanner e Yanagi e costringere Leo a un duello con la sorella a rischio, perché se perde Luna rimarrà e diventerà membro del Movimento Arcadia, mentre Luna starà a guardare con Akiza. Leo prende temporaneamente il sopravvento convocando il Power Tool Dragon, ma viene poi sconfitto dal Mostro Synchro di Sayer e rimane incosciente.

Jack decide di tornare con Mina in città per recuperare il suo Duel Runner. Pensa che sia troppo pericoloso per Carly farsi coinvolgere, ma promette di dirle tutto quando sarà tutto finito. Carly, volendo mantenere il contatto con Jack, decide di indagare su Akiza e sul Movimento Arcadia, scopre che Misty è in qualche modo legata a loro e va ad incontrarla. Rivela che Akiza è apparentemente responsabile della morte del fratello minore.

New Domino City è scossa da un terremoto mentre un nuovo geoglifo viene incendiato. Con sorpresa di Sayer, qualcuno si presenta nel suo ufficio: Carly, viva... e in veste di Dark Signer. Sfida Sayer a un Duello delle Ombre per vendicarsi, e Sayer è scioccato dalle abilità dei suoi nuovi mostri. Notando i geoglifi, Jack si dirige verso l'azione, essendo quasi inghiottito dalle fiamme nel processo. Nel frattempo, Akiza viene avvicinata da Misty, che la sfida a duello, anche lei in veste di oscura firmataria.

Durante il loro duello, Misty informa Akiza di essere responsabile della morte del fratello, che Akiza nega. Tanner e Yanagi salvano Luna e Leo dalla loro prigionia e scoprono i due duellanti lungo la strada. Una barriera proveniente dalla voglia di Luna protegge gli altri, poiché innumerevoli anime vengono sacrificate quando Misty convoca il suo Immortale terrestre, Ccarayhua.

Akiza viene portata in ospedale dove i suoi genitori, Hideo e Setsuka, si incontrano con Jack, Leo e Luna. Jack dice loro che l'unico che può salvare Akiza è Yusei, così Hideo si reca su Satellite per parlare con lui. Gli dice che quando Akiza era giovane, non poteva passare del tempo con lei a causa del lavoro.

Sopportando il dolore degli attacchi di Akiza, Yusei convoca il Drago di Stardust per affrontare il Drago Rosa Nera e raggiungere il suo cuore. Ancora ferita dalla perdita di Sayer, Akiza scatena la sua piena potenza e indebolisce costantemente il Drago Stardust. Mentre Yusei viene colpito da altri attacchi, Hideo interviene per proteggerlo e cercare di raggiungere Akiza, subendo qualche danno nel tentativo.

Prima di visitare Goodwin, Mina mostra ad Akiza la vera natura del Movimento Arcadia, mostrando come si sono svolti esperimenti su bambini piccoli per far crescere i Duellanti Psichici. Yusei, Jack, Akiza, Luna e Leo vanno da Goodwin per scoprire la verità. Goodwin quasi nega l'ingresso a Leo, dato che non è un Firmatario, ma Luna insiste perché resti con loro.

I Signers contemplano ciò che Goodwin aveva detto loro. Yusei si sente in colpa per il fatto che Kalin sia diventato un Dark Signer, ma Jack gli dà un pugno nello stomaco e lo affronta per dargli un po' di buon senso Yusei poi risponde con un pugno. Leo è riluttante ad unirsi a Luna per andare al Satellite, dato che la sua battaglia con Sayer ha dimostrato che non era un degno eroe.

Crow riesce a riguadagnare terreno nel suo duello contro Lazar con il suo mostro, Black Feather Arms Wing, ma proprio in quel momento, una luce viola brilla dal Reattore Enerdy originale all'interno di un cratere su cui Lazar stava indagando, e una nebbia nera inizia ad avvolgere Satellite. Mentre Lazar riesce a fuggire, Crow viene catturato dalla nebbia e scompare, insieme a diversi cittadini di Satellite.

Mentre vola verso il satellite Akiza chiede del padre di Yusei e Mina spiega a tutti cosa ha fatto suo padre. Spiega anche cosa è successo 17 anni fa e che Yusei è nato in città. Yusei, Jack, Akiza, Leo, Luna, Mina e Trudge arrivano a casa di Martha dove lei e Blister stanno aspettando. Martha informa tutti che Crow, Rally e gli altri sono scomparsi e offre a tutti un pasto. Poi Yusei risponde alla domanda di Martha se la ragazza che è seduta lì a tavola è Akiza e poi Martha dichiara di averla salvata.

Mentre Roman si prepara per la sua evocazione immortale terrestre, Yusei fa del suo meglio per rimandare e Martha e Trudge si affrettano a salvare i ragazzi. Tuttavia, Roman accelera il processo ed è in grado di evocare il suo Immortale Terrestre, Uru. Per fortuna, Jack arriva in tempo e forma una barriera intorno ai ragazzi per impedire che le loro anime vengano sacrificate. Roman rivela allora che non solo era un assistente del padre di Yusei, ma è anche il fratello di Goodwin e il responsabile dell'incidente dell'Inversione Zero. Yusei riesce a sviare un colpo dall'attacco di Uru, ma colpisce un edificio in cui si nascondono Taka, Martha e Trudge.

I Dark Signers si presentano per deridere i Signers dopo il duello di Yusei con Roman. Devack si presenta e rivela di essere in possesso di Ancient Fairy Dragon e sfida Luna a venire a prenderlo. Roman annuncia che i loro duelli si svolgeranno presso le quattro stelle del destino. Mentre li insegue, Jack scopre che uno dei Dark Signers è Carly, che gli dice di trovarla se vuole sapere cosa è successo.

Quando Luna raggiunge una città nel Regno degli Spiriti, si accorge che i suoi abitanti corrono spaventati e che la gravità si comporta in modo strano. Viene scoperta da un gruppo di soldati scimmia, che imprigionano i suoi spiriti di carta in tavolette di pietra con i livelli negativi. Viene salvata da un giovane mago di nome Torunka, che decide di aiutare Luna a trovare Regolo, la serva di cui parlava il Drago Fata Antica.

Mentre Luna e Torunka riescono a trovare Regulus, Luna si accorge che sente il contrario di quello che dice Luna e diventando diffidente nei suoi confronti, ma quando Regulus si accorge che è un Firmatario, decide di aiutarli.

Il piano di Luna per liberare l'Antica Fata del Drago è ostacolato quando viene rivelato il Minus Staff che portava con sé, facendo sì che Torunka sveli accidentalmente i loro piani. Regulus riesce a distruggere Zeman, che viene contemporaneamente distrutto da Leone nel mondo reale, ma non prima che Zeman trasferisca il potere della maledizione del Minus a Devack. Questo riporta Torunka alla sua età normale, ma non libera la Fata Antica o gli spiriti minus.

Leo e Luna sconfiggono Devack, e lui scompare, liberando tutti gli spiriti intrappolati. L'Antica Fata Drago e Regolo ringraziano Luna e diventano le carte del suo mazzo. Luna inserisce la carta Antica Fata Drago Fata nell'unità di controllo, disattivandola. Assicurandosi che tutti siano al sicuro, Yusei decide di dirigersi verso Kalin. Sentendo parlare della sconfitta di Devack, Roman passa Greiger al suo fianco, e lo esegue per trasformarlo in un Dark Signer.

Crow usa le modifiche del suo Duel Runner per sopravvivere all'attacco di Greiger. Yusei decide di saltare nel geoglyph per scoprire chi stava duellando, ed è scioccato di scoprire che Greiger è un Dark Signer. Yusei cerca di calmarli entrambi, ma nessuno dei due si rifiuta di mollare. Crow ricorda che non aveva amici quando suo padre morì, ma grazie al ritrovamento di alcune carte Duel Monster, riuscì ad imparare a leggere e a fare amicizia con altri duellanti, tra cui Yusei e Jack, e ben presto crebbe per prendersi cura degli altri allo stesso modo...

Greiger convoca il suo Dark Synchro, che è Dark Flat Top, che gli permette di evocare in modo speciale un altro Flying Fortress SKY FIRE, e poi attacca Crow con esso, che riduce i punti vita di Crow a meno di 100. Crow si schianta, ma rimane determinato a vincere, e torna in gioco. Utilizzando una trappola con la sua fortuna, riesce a sconfiggere entrambi i mostri, ma questo a sua volta, permette a Greiger di evocare il suo Immortale terrestre, Chacu Challhua.

Yusei raggiunge finalmente Kalin e inizia quello che Kalin chiama "L'ultimo duello degli esecutori". Yusei spera che questo duello riaccenda la loro amicizia. Dopo che gli Enforcers hanno preso il controllo del satellite, Kalin ha continuato a cercare nemici. Quando questi nemici hanno iniziato a includere i ragazzini, Crow e Jack hanno lasciato la squadra, lasciando solo Kalin e Yusei. Quando la Sicurezza si presenta al Satellite con i Duel Runners e Kalin progetta di distruggerli, anche Yusei lascia la squadra.

Yusei sconfigge il Drago Cento Occhi, ma è pienamente consapevole del fatto che permette a Kalin di prendere in mano il suo Immortale terrestre. Negli ultimi giorni degli Enforcers, in un flash-back dei ricordi di Yusei, Yusei, Jack e Crow cercano di far ragionare Kalin, e finiscono tutti per scappare dalla Sector Security.

Con Kalin e Ccapac Apu sconfitti, tutti i residenti di Satellite vengono restituiti. Proprio in quel momento, Roman usa uno dei suoi ragni oscuri per possedere Trudge e parlare con Yusei, convincendolo a trovarlo all'Original Ener-D Reactor, sfidandolo a duello.

Dopo aver ridotto a 50 i punti vita di Yusei, Roman comincia a raccontargli quello che è successo 17 anni fa tra lui, Rex e il padre di Yusei. Stavano lavorando al Reattore Energetico Originale, ma il professor Fudo voleva fermare il progetto quando ha iniziato a sembrare instabile. Roman aveva deciso di recarsi sulle linee di Nazca, dove aveva incontrato una persona misteriosa, che diceva di essere di Yliaster, che sa della voglia di Roman. L'uomo misterioso convince Roman a guardare nella luce proveniente dal reattore, dove viene colpito da un'energia oscura e gli viene mostrata la storia degli Immortali terrestri e del potente e potente Drago Cremisi.

Con la sconfitta di Roman, tutti i cittadini di Satellite, compresi Martha e Rally, sono tornati. Jack incontra finalmente Carly, ma lei è riluttante a farsi aiutare e sfida Jack a un duello con il Turbo. Inizialmente, Jack è riluttante a combattere e subisce molti danni, ma inizia a reagire, non credendo che Carly sia una persona che farebbe del male alla gente.

Jack attiva una Trappola che permette a Carly di scegliere il risultato. Lui riesce a far breccia in Carly e lei fa la scelta giusta. Tuttavia, l'Immortale terrestre si impossessa del suo corpo, costringendola a continuare il duello. Jack tira fuori il suo Red Dragon Archfiend nella speranza di liberarla.

Akiza e Mina arrivano in un parco divertimenti abbandonato dove si trova l'unità di controllo di Ccarayhua, seguita a breve dal gruppo di Yusei e da un uomo che sostiene di essere stato mandato da Goodwin. Misty intrappola Akiza in una Sala degli Specchi, facendola duellare attraverso gli specchi. Usa delle carte che bloccano il disegno delle carte dal mazzo, e mostra ad Akiza gli eventi che coinvolgono Misty e suo fratello Toby, che a quanto pare l'ha incontrata al Movimento Arcadia. Yusei viene condotto in una stanza dove Mina viene trovata priva di sensi e viene attaccata dall'uomo che si rivela essere Sayer, sopravvissuto al suo duello con Carly, ed è determinato a reclamare Akiza.

Con le capacità fisiche dormienti di Akiza completamente risvegliate, Misty attiva il suo geoglifo. Trudge riesce a liberare Yusei e Mina e Yusei va a raggiungere Luna e Leo. Venendo a conoscenza dello stato attuale di Akiza, Yusei va ad affrontare Sayer, che rivela di controllare la sua mente e di essere stato responsabile della morte di Toby.

Mentre il geoglifo del Condor brilla nel cielo, un enorme mostro emerge dal Reattore Ener-D originale e si dirige verso il geoglifo del Condor sopra New Domino City, che era il re dell'aldilà. Il Drago Cremisi appare e manda tutti nella parte anteriore di un tempio (l'Altare della Stella del Drago), dove trovano Goodwin, che si rivela essere un Oscuro Segnatore.

Dopo aver subito alcuni danni diretti dovuti agli sforzi cooperativi di Yusei, Jack e Crow, Goodwin è in grado di evocare il suo Immortale terrestre - Wiraqocha Rasca, assorbendo le anime di New Domino City. Poi, il Re dell'Oltretomba sputa fuori diverse bestie che tentano di attaccare i giocatori. Tuttavia, essi vengono salvati da Black Rose Dragon e Ancient Fairy Dragon.

Goodwin riduce i punti vita di Jack a 1, e fa sì che il re dell'aldilà lo attacchi, facendolo schiantare. Anche i punti vita di Yusei si riducono a 1, prima che convochi il suo Drago di Stardust e approfitti delle trappole che Crow e Jack hanno piazzato in precedenza. Mentre Yusei cerca di raggiungere Goodwin, cosa che riesce a fare con successo, recupera i punti vita dei Signers da lui. Inoltre, Yusei ottiene il marchio di Roman della Testa di Drago, e il marchio della Coda che Yusei ha usato per far trasferire al Crow. Yusei prende quindi i marchi degli altri 4 firmatari e ottiene il Sigillo del Drago Cremisi. Poi, convoca il maestoso Drago Stella e distrugge l'Immortale Wiraqocha Rasca, che sconfigge Goodwin.

Sei mesi dopo la battaglia tra i Dark Signers e i Signers, una grande tavoletta di pietra cade (che è la tavoletta dell'Imperatore della Macchina Wisel Infinity) dallo spazio e atterra sulla Terra, appena fuori New Domino City. Durante le indagini, Lazar incontra tre persone di Yliaster, che sono Jakob (il leader), Lester (autoproclamatosi sub leader) e Primo (il membro di rango più basso). Lazar li interroga sulle loro intenzioni, ma dopo che Primo gli ricorda che sono i suoi leader, e un breve sfogo in cui Primo punta la punta della spada al collo di Lazar, si sottomette rapidamente al trio, e consegna loro la leadership di New Domino City.

Yusei convoca il suo Drago di Stardust e infligge qualche danno a Ghost. Tuttavia, Ghost usa la sua abilità speciale dell'Imperatore della Macchina Wisel Infinity per assorbire il Drago Stardust, che fa sì che i punti di attacco del Drago Stardust si aggiungano a quelli di Wisel, aumentando i suoi punti di attacco da 2.500 a 5.000. Yusei mette in piedi una buona difesa, ma si trova sotto pressione.

Mentre Yusei e Crow lavorano al loro nuovo motore, vengono visitati da Leo, Luna e dai loro compagni di classe, compreso il timido Sly, che è quasi tentato di rubare Stardust Dragon. A Yusei viene chiesto dal preside dell'Accademia di sistemare una cosa, che si rivela essere il capo istruttore, Rudolph Heitmann, che minaccia di espellere Leo, Luna e i loro amici per aver usato mostri di basso livello. Yusei arriva e sfida Heitmann a duello, per evitare che vengano espulsi e per dimostrare la forza dei mostri di basso livello.

Yusei, Jack e Crow fanno visita a Martha e Blister, dove Blister parla loro del cratere dell'asteroide. A Crow viene chiesto di ritrovare un vecchio di nome Bashford che si rifiuta di lasciare la sua casa a causa di legami familiari. Tuttavia, il percorso verso casa sua è pieno di trappole esplosive. Finisce in cima a una vecchia Dueling Arena...

Le famiglie si trovano sotto la pressione di uno strozzino di nome Don Pierro che prende le loro preziose carte. Crow si arrabbia con Jack per aver bevuto un caffè costoso e gli suggerisce di trovarsi un lavoro. Tuttavia, il suo ego lo fa cacciare da diversi lavori. Lui e Carly seguono un ragazzo di nome Marco in un santuario, dove lascia le sue carte ritenute indegne da Pierro.

Mentre Leo, Luna e Dexter vagano in una foresta, Luna percepisce uno spirito, perde conoscenza e lo segue, nonostante gli avvertimenti di Kuribon e Regulus. Quando si risveglia, Luna incontra un ragazzo di nome Hayley che si prende cura di una bambola che rappresenta sua sorella, Claire. Quando si accorgono della sua scomparsa, Dexter va da Yusei per chiedere aiuto, mentre Leo la insegue. Quando Leo si avvicina alla casa, Hayley si sente minacciata e va a duellare con lui.

Yusei si sveglia e si ritrova portato via in un camion dopo essere stato aggredito da un certo Ichiro che voleva reclutarlo per il Gran Premio. Quando Jack, Crow, Akiza e Mina vengono a sapere della sua cattura, vanno a cercarlo. Akiza riesce a localizzare il camion in cui Yusei viene catturato e si sorprende di non trovare nessuno alla guida.

Il duello tra Yusei e Sherry continua, con Akiza che insiste per rimanere a guardare. Yusei tira fuori Turbo Warrior e infligge qualche danno, e alla fine distrugge il suo mostro. Tuttavia, lo lascia in un punto in cui Sherry può vincere se pesca un incantesimo di velocità, usando gli effetti di Speed World 2.

Yusei ha un incubo in cui il Drago Stardust viene catturato da The Ghost e con l'offerta di Sherry. Volendo imparare a duellare senza affidarsi ai mostri di Synchro, Yusei chiede a Jack di duellare con lui. Mentre duellano, sono osservati da un personaggio misterioso....

Il misterioso duellante, conosciuto solo come Vizor, decide di addestrare Yusei ad affrontare Ghost. Inizia a sfidarlo, mettendo alla prova la capacità di Yusei di gestire le velocità della macchina. Una volta chiarito questo, inizia il duello, con Vizor che riesce a evocare due Mostri Synchro nel suo primo turno. Prima che Yusei sia in grado di contrattaccare, Vizor accelera fino alla mach-speed, eseguendo un Accel Synchro con i suoi due mostri per formarne uno nuovo.

Volendo capire cosa provano i Turbo Duelist, Akiza decide di richiedere la licenza Turbo Duel. Nonostante inizialmente abbia commesso molti errori, la sua determinazione, insieme alla tutela di Yusei, le permette di superare gli esami iniziali. Yusei la porta anche a pattinare a rotelle per aiutarla a imparare a guidare all'indietro. Yusei le costruisce poi un vero e proprio Duel Runner, con l'aiuto di Jack e Crow. Per ottenere la licenza, deve battere Trudge in un duello di qualificazione, anche se all'inizio ha difficoltà ad affrontare gli incantesimi di velocità, e il suo Black Rose Dragon viene battuto. Tuttavia, riesce a ribaltare la situazione e ad evocare la sua Splendida Rosa.

Jack e Carly indagano su alcuni furti di Duel Runner. Mentre inseguono un gruppo di loro, uno dei membri, che in realtà è un agente sotto copertura di nome Kaz, viene ferito. Jack si sente responsabile per aver causato l'incidente e cerca di indagare sulla faccenda in prima persona, ma viene incastrato e messo al tappeto. Non si arrende, e ben presto si imbatte di nuovo in tutta la banda, dove viene di nuovo picchiato.

Mentre Yusei e Akiza hanno una pratica Turbo Duel, Leo riflette su come se la caverebbe come Turbo Duelist. Nel frattempo, il trio Yliaster discutono i loro piani che coinvolgono il Drago Cremisi, e un'altra tavoletta si schianta sulla terra. Più tardi alla Duel Academy, un ragazzo di nome Lester (uno degli imperatori Yliaster travestito) si iscrive alla scuola sperando di scoprire qualcosa di più su Luna, che presto si innamora di Lester.

Rendendosi conto che Luna e Leo sono nei guai, Yusei, Jack, Crow e Akiza vanno a cercarli. Luna convoca l'Antica Fata Drago, ma viene presto assorbita dall'Imperatore della Macchina Skiel Infinity. Mentre Yusei e gli altri possono solo guardare, Leo riconosce il suo avversario come Lester, ma Lester afferma che il riconoscimento della sua identità è già arrivato troppo tardi perché possano fare qualcosa. Luna subisce presto qualche danno per proteggere Leo dagli attacchi di Skiel.

Mentre Yusei prova il suo motore, Jack e Crow guardano alle sue precedenti battaglie per cercare di capirlo. Quando si incontrano con Yusei, lui sospetta che Yliaster sia quello dietro Ghost e che stia pianificando qualcosa di grande con il WRGP. Racconta anche a Jack e Crow di Accel Synchro. Diventano determinati ad imparare questa nuova mossa, che richiederebbe un nuovo motore.

Trudge e Mina invitano Yusei, Jack e Crow per una cena elegante, anche se con un motivo. Vogliono che si prendano cura di Bruno, un ragazzo smemorato che si è da poco ritrovato a New Domino City. Mentre inizialmente si rifiutano, scoprono ben presto che è un meccanico di grande talento. Yusei si interessa particolarmente a lui, perché potrebbe aiutare a costruire il motore di cui ha bisogno per perfezionare l'Accel Synchro.

Yusei, Jack, Crow e Bruno decidono di seguire le tracce di Lazar, che aveva rubato il loro programma per Primo. Notando di essere seguito, Lazar si dirige verso il centro commerciale dove Yusei e la compagnia riescono ad arrestarlo, ma lui riesce a scappare.

Jack e Crow arrivano al complesso solo per trovarsi chiusi fuori, quindi si intrufolano attraverso un condotto di ventilazione. Mentre Yusei continua a lottare contro il Robot della Guardia, Primo completa l'installazione del loro programma nei Fantasmi, anche se uno degli altri imperatori di Yliaster, Jakob (il leader), è curioso e sospettoso delle sue azioni.

a Sector Security irrompe con un mandato d'arresto per Jack. Mina e Trudge mostrano un filmato di qualcosa di simile al Duel Runner di Jack che fa schiantare altre persone in duello usando Red Dragon Archfiend.

Volendo scoprire la verità dietro il presunto crimine di Jack, Carly incontra una coppia di hippy che hanno scattato una foto a due Duel Runner di Jack. La ragazza la ritrasmette a Yusei e Crow, che cercano sul luogo dell'incidente solo per trovare una delle carte di Jack. Il vero Jack è intrappolato in una sorta di prigione virtuale, fatta dal trio Yliaster, costretto a guardare il suo impostore rovinare la sua reputazione.

Il padrone di casa di Yusei, Zora, è depresso perché la città vuole sostituire l'orologio a cucù rotto del suo negozio di orologi. Più tardi, la banda viene visitata dal figlio di Zora, Lynden, che è tornato dopo tre anni di formazione per riparare l'orologio. Quando va di nuovo a trovare Zora, lei non è contenta di vederlo, perché è stato lui a rompere l'orologio. Prima di poter scappare, Crow lo sfida a duello, costringendolo a scusarsi se vince.

Yusei arriva in una città deserta chiamata Crash Town, dopo aver ricevuto una lettera da una donna di nome Barbara che diceva che Kalin era nei guai. Lei spiega che in questa città ci sono battaglie al tramonto tra la famiglia Malcolm e il gruppo Radley.

Kalin ha ancora i ricordi di quando era un Dark Signer, e non trova nemmeno incoraggiamento dalle parole di un giovane ragazzo. Barbara accenna a un piano che prevede l'uso della dinamite per aiutare Kalin a fuggire dopo il loro duello. Al prossimo tramonto, Yusei duella con Kalin, che mette subito in atto il suo Handless Combo. Kalin lamenta di non essere mai riuscito a perdonarsi per le azioni che ha compiuto come Dark Signer, e cerca di morire, dicendo che sarà soddisfatto se Yusei lo sconfiggerà. Yusei riesce a prendere il comando, ma Kalin ha ancora qualche asso nella manica.

Kalin convoca Infernity Doom Dragon, mentre Yusei convoca il Stardust Dragon. Utilizzando un mostro di equipaggiamento, Yusei riesce a sconfiggere Kalin. Tuttavia, Barbara tradisce Yusei, attaccandolo mentre Kalin viene portato via. Appare allora il capobranco della famiglia Malcolm, Lawton, che duella con il Radley, battendosi con lui prima ancora che arrivi il suo turno. Barbara e la famiglia Malcolm hanno usato Yusei per allontanare Kalin dal gruppo del Radley, in modo da essere una facile preda. Yusei, insieme a Kalin e Radley, vengono portati nelle miniere e gli vengono dati collari shock. Yusei trova un mezzo per fuggire, ma Kalin si rifiuta ancora di essere aiutato. Nel frattempo, Nico e West sgattaiolano via con il Duel Runner di Yusei.

Yusei mette Kalin al tappeto, in modo che possano scappare, imbattendosi in un cimitero di duellanti perduti. Poi incontrano Nico e West che hanno il Duel Runner di Yusei, e scoprono che il loro padre è ancora dentro le miniere. Lawton li trova, così mentre Kalin e i ragazzi cercano il padre, Yusei lo distrae con un Turbo Duel.

Mentre Kalin fugge con i bambini e il loro padre, Sergio, gli inseguitori iniziano ad attivare il collare shock del padre, ma Kalin riesce a fermarlo anche se nel frattempo cade quasi dal kart.

Barbara inizia a costringere i membri della famiglia Malcolm a duellare per fornire nuovi lavoratori alle miniere. Yusei e Kalin arrivano e sfidano Lawton a duello per la libertà di Nico e West e per liberare la città.

Barbara minaccia di danneggiare Nico e West se Yusei e Kalin non si arrendono, ma la famiglia Malcolm le si oppone. Lawton prova a sparare con la sua Shock Gun contro Kalin, ma viene fermato dall'arrivo di Crow and Jack, che aveva portato con sé Sector Security per liberare tutti i minatori. Lawton fa esplodere alcune esplosioni per fuggire, ma Kalin lo raggiunge per finire il duello. Lawton fa una supposizione sulle carte di Kalin, ma viene sconfitto, grazie agli effetti dei mostri di Kalin. Lawton e Barbara vengono arrestati da Sector Security, Crash Town viene ricostruita come Satisfaction Town, e Kalin rimane indietro per occuparsi di Nico e West.

Sherry cerca di ottenere risposte sulla carta per la quale i suoi genitori sono stati uccisi (che è la carta degli incantesimi Z-ONE). Decide che il modo migliore per scoprirlo è utilizzare il super computer del Public Security Maintenance Bureau. Il giorno dopo, Sherry e Elsworth fanno esplodere una finta bomba al quartier generale, facendo evacuare tutti.

Crow va a visitare la tomba di Robert Pearson, il proprietario originario del Crow's Blackwing Deck e del Blackbird , morto in un insolito incendio viola tre anni fa. Più tardi, Bruno trova nel Crow's Blackbird un compartimento sigillato a cui non può accedere, il che gli impedisce di dare al Crow's Duel Runner alcuni potenziamenti. Il Corvo viene poi avvicinato da Trudge e Mina, che credono che la morte di Pearson sia stata causata da un duellante che ha usato una carta chiamata, Crimson Mephist, che ha inflitto danni reali, e ha mandato la gente nell'aldilà.

Mentre Crow continua il suo duello contro Bolton, fa una piccola rimonta con il suo Blackwing Arms Wing. Tuttavia, Bolton chiama a raccolta il Crimson Mephist, rivelando di essere stato lui a uccidere Pearson.

Yusei, Jack e Crow completano finalmente i loro nuovi motori Duel Runner, e danno il nome al loro team WRGP Team 5D. Hanno una corsa di prova sul circuito WRGP. Tuttavia, Crow si rifiuta di fermarsi quando la sessione di pratica è finita, e fa cadere uno dei membri del Team Unicorn. Come modo per scusarsi, Yusei accetta un duello apparentemente amichevole con il loro "migliore" duellante, Andre. Per Yusei, il duello è davvero un mezzo per imparare la sua strategia.

Yusei riesce a sopravvivere all'assalto di Andre, ma subisce comunque molti danni ai suoi punti vita, soprattutto quando Andre tira fuori il suo Mostro Synchro. Yusei convoca Stardust Dragon e distrugge il suo mostro, ma prima che Yusei possa vincere usando gli effetti dello Speed World 2, il tempo di allenamento del Team Unicorn termina, insieme al duello.

I preliminari del WRGP iniziano con la squadra 5D che affronta il Team Unicorn.

Nonostante gli infortuni, Jack si alza per spingere il suo Duel Runner fino alla fine del giro per passare il testimone ad Akiza, riuscendo a farlo prima di essere messo al tappeto. Akiza convoca immediatamente il Cluster Phoenixian Amaryllis per infliggere qualche danno ad Andre.

Yusei riesce a distruggere la chiave della carta degli incantesimi di velocità di Andre, ma così facendo permette ad Andre di togliere una grossa fetta dei punti vita di Yusei. Yusei affronta quindi il prossimo duellante del Team Unicorn, Breo, che ben presto convoca il suo mostro Synchro, Voltic Bicorn. Ben presto però lo distrugge per attuare la sua tattica di distruzione del mazzo.

Breo riesce a distruggere Stardust Dragon e lascia a Yusei solo cinque carte. Yusei convoca presto Junk Destroyer e mette fuori combattimento Breo, lasciandogli solo 1000 punti vita e quattro carte da affrontare contro l'ultimo membro e leader del Team Unicorn, Jean. Jean convoca Lightning Tricorn, ma Yusei riesce a non perdere contro gli effetti di Speed World 2. Tuttavia, Jean distrugge presto i mostri di Yusei e lancia un attacco diretto contro di lui.

Yusei sopravvive all'attacco di Jean e convoca il Drago di Stardust. Ha difficoltà ad affrontare la strategia di Jean, Yusei chiama a raccolta il Cavaliere Drago Cavaliere Draco-Equiste, una mossa che Jean non si aspettava, e i due continuano a combattere attraverso l'ultimo mazzo di Yusei. Jean riesce a sopravvivere alla strategia messa in atto da Yusei, e si trova in una posizione in cui può semplicemente terminare il turno per vincere a causa del fatto che il mazzo di Yusei non ha carte. Tuttavia, il duello gli ha dato la voglia di combattere, e dopo l'incoraggiamento di Andre e Breo, Jean lancia un attacco, che alla fine gli si ritorce contro, dopo che Yusei aumenta i punti di difesa di Rapid Warrior, facendo perdere a Jean tutti i suoi punti vita, e alla fine, il duello.

Jean ringrazia Yusei per il "divertente duello" e le due squadre promettono di raggiungere insieme la finale del WRGP. Mentre i team 5D festeggiano la vittoria nel loro garage, ricevono la visita di Sherry, che nel suo turno ha battuto da sola tre duellanti. Discutono di Yliaster e di come gli eventi recenti siano stati collegati a loro. Sherry rivela che sono stati presi di mira da Yliaster, in quanto firmatari (senza Sherry). Parla anche della strana esperienza che lei, Yusei e Bruno hanno vissuto nel settore sicurezza. Dopo che Sherry se ne va, Bruno si sente strano, e va alla spiaggia dove si è imbattuto. Quando trova un gatto, gli fa scattare la memoria e i suoi occhi diventano di nuovo rossi.

La squadra 5D si prepara ad affrontare la squadra Catastrofe, il cui leader, Nicholas, ha ricevuto una Carta delle Tenebre da Primo. I Team 5D's vengono poi visitati da Breo, e studiano i chip di memoria dei Duel Runners di Jean e Andre, rivelando che qualcosa aveva causato l'improvviso blocco e lo schianto delle loro ruote, lo stesso motivo per cui Crow si è schiantato. Dopo aver studiato un video che Carly ha dato loro, i Signers credono che sia collegato a un mostro chiamato Hidden Knight Hook. Akiza viene colpita dallo stesso fenomeno, e i suoi poteri psichici non riescono, quando li perde, a salvarla dall'essere ferita.

Crow continua a sopportare il dolore del braccio, mentre evita gli assalti di Hidden Knight Hook al suo Duel Runner. Egli riesce infine a distruggerlo, e mettere fuori combattimento Hermann convocando il suo Black-Winged Dragon, ma quando Hermann cerca di far rivivere il suo Hidden Knight Hook, Crow sacrifica il suo drago al fine di distruggere completamente Hidden Knight Hook prima che possa attaccarlo, e poi sconfigge Hermann.

Sherry cerca di togliere la Carta delle Tenebre da Nicholas, ma la sua figura scompare non appena la tocca. Nel frattempo, i Fantasmi iniziano ad attaccare altri duellanti, travolgendoli con la modalità Battle Royale, che rende reali i danni di un duello. Yusei, Jack, Sherry, Elsworth e Kaz vanno ad aiutare i duellanti. Aggravato e stanco di avere costantemente i propri piani vanificati, Primo ordina ai Ghosts di coalizzarsi contro Yusei, che viene raggiunto da Sherry ed Elsworth. Anche se prendono il sopravvento con i loro Mostri Synchro, vengono presto sopraffatti dall'enorme numero di Fantasmi, e Sherry ed Elsworth vengono fatti fuori, lasciando solo Yusei a fermarli.

Notando che Yusei è nei guai, Bruno, avendo riacquistato i suoi ricordi, ricorda la sua missione di proteggere Yusei e di fermare il trio Yliaster a tutti i costi, dopo essere stato ricordato da Z-ONE, si trasforma in Vizor, chiama il suo corridore del duello, e aiuta Yusei a sfuggire ai fantasmi.

Dopo che Yusei e Bruno hanno discusso che questa trasformazione è la vera forma di Primo, Primo dimostra a Yusei una delle sue nuove capacità. Fa sì che il suo Imperatore della Macchina crei un campo di energia, che fa sì che il vetro di New Domino City vada in frantumi ovunque, con conseguenti blackout.

Con Stardust Dragon assorbito dall'Imperatore della Macchina Wisel Infinity, Yusei è frustrato dal fatto che il suo tentativo di eseguire un Accel Synchro non abbia funzionato. Riuscendo a malapena a sopravvivere agli attacchi di Primo, Yusei riesce a recuperare Stardust Dragon.

Notando la luce causata da Shooting Star Dragon, Jack e Crow decidono di dirigersi verso Yusei. Yusei usa l'abilità speciale del Shooting Star Dragon, che gli permette di pescare una volta per turno le prime 5 carte del suo mazzo, e il Shooting Star Dragon può attaccare un numero di volte pari al numero di carte mostro tuner pescate. Yusei prende quindi i segni dei Signers, che gli permette di pescare 5 carte mostro tuner, una per ogni segno (incluso il suo). Yusei ottiene quindi il Sigillo del Drago Cremisi, con il risultato della fortunata estrazione di Yusei che sciocca Primo.

Greiger ha una visione di Jack che viene distrutto dal suo stesso potere, quindi chiama sia lui che Yusei nelle pianure di Nazca. Parla di come aveva costruito un tempio per aiutare a sigillare gli Immortali legati alla terra, ma ultimamente è stato turbato dalla comparsa di quello che è conosciuto come il Diavolo Cremisi.

Jack arriva in un villaggio abbandonato dove incontra uno strano personaggio familiare che si rivela essere il servo del Diavolo Cremisi, che gli offre la possibilità di acquisire un grande potere.

Jack convoca Red Dragon Archfiend, ma è ancora ostacolato dal mazzo Yomi del Familiar, anche se alla fine riesce a infliggere qualche danno. Il Familiare cerca di usare il potere del Diavolo Cremisi per buttare giù Jack dalla sua piattaforma, ma lui si blocca.

Yusei e gli altri catturano Lazar sotto mentite spoglie per rubare dei noodles istantanei. Volendo saperne di più su Yliaster, lo mettono all'angolo, ma riesce a scappare. Sperando di attirarlo fuori, la banda tiene in mano un falso lancio di prodotti di spaghetti dove la gente si batte a duello con Crow in un costume da mascotte per avere la possibilità di vincere qualche spaghetto. Lazar alla fine si presenta con un altro travestimento, e mentre non riescono a intrappolarlo, riescono a mettergli un tracciante addosso e a rintracciarlo.

La banda (dei Signers), insieme a Sherry, interroga Lazar su Yliaster. Dopo alcuni malintesi, che lo coinvolgono solo per parlare della sua famiglia e dell'amore per il ramen in tazza, Lazar li conduce infine a un gioco arcade in cui è necessario un duello di puzzle per accedere a un database nascosto.

Yusei, Sherry e Bruno si infiltrano nella sede centrale della Ener-D Express, travestiti da rappresentanti della società di Bolger. Lì, viene mostrato loro un nuovo reattore Ener-D a forma di Infinity di Clark Smith, che si suppone sia stato progettato per permettere ai duellanti Turbo di viaggiare attraverso i wormhole. Volendo saperne di più, si intrufolano nell'ufficio di Clark per ottenere una chiave d'accesso per l'autorizzazione di livello 10.

Clark rivela di aver ucciso i genitori di Sherry per aver scoperto il segreto dell'Infinito, usato da Yliaster per cambiare la storia. Manda Yusei, Sherry e Bruno in un wormhole, in cui sono destinati a rompersi e a crollare. Sherry usa la sua carta per riprendere il controllo della navetta, ma finisce per essere risucchiata. Yusei e Bruno entrano in una dimensione "deformata" nel futuro, e passano vicino ad una strana isola (una gigantesca, galleggiante, capovolta "fortezza metallica", la Culla dell'Arca), dove Yusei viene brevemente visitato di nuovo da suo padre, che lo avverte di una Ener-D che distruggerà l'umanità, prima di riportare lui e Bruno nel loro mondo natale (il Presente).

Dopo aver letto del Team Ragnarok, Leo si imbatte in un'altra squadra del WRGP, il Team Taiyo, e si infortuna al ginocchio. Dopo aver portato Leo a curarsi il ginocchio, gli raccontano del loro prezioso Duel Runner, che è rimasto ferito nell'incidente Ghost, anche se uno dei membri, Jinbei, mostra disprezzo per le offerte di aiuto. Leo convince Yusei e Bruno ad aiutarli a sistemarlo e, nonostante le obiezioni di Jinbei, gli altri gli permettono di aiutarlo.

Mentre il Team 5D si prepara ad sfidare il Team Taiyo, si incuriosiscono per aver visto il loro mazzo, che consiste per lo più di carte normali.

Jack batte Yoshizo contro gli effetti dello Speed World 2, e ora affronta il secondo membro del Team Taiyo, Junbei, che convoca un altro Holdin Hands Majin. Junbei ripensa al suo passato.

Yusei rivela che il piano di Taro è quello di sacrificare un mostro di livello 1 che è stato in campo per dieci dei suoi turni per poter evocare il suo asso nella manica, Zushin il Gigante addormentato. Quando la folla ne viene a conoscenza, inizia a fare il tifo per il Team Taiyo, insieme alla gente della sua città natale.

Yusei manages to deal some damage to Taro, by taking advantage of Stardust Dragon's Defense Mode. As Taro begins his counter attack, Yusei Accel Synchro Summons Shooting Star Dragon. However, Taro activates his own trap, which puts Yusei under the safety line for Speed World 2's effects. Yusei uses the cards leftover from Jack and Crow to negate Zushin's effects, and defeat Taro. Despite their loss, Team Taiyo are praised by the crowd for their efforts. After the defeat of Taro, another part of the Infinity Circuit lights up, and the 3 Emperors of Yliaster gloat about winning the WRGP, and finally setting their plan in motion. Then, the Ark Cradle appears in the sky.

Notando l'apparizione della Culla dell'Arca (nota anche come "Tempio Divino") nel cielo, Yusei, Jack e Crow si recano ad investigare, dove si imbattono nei membri del Team Ragnarok, Halldor, Broder e Dragan, che possiedono tutti un Occhio di Runa, simile ai segni del Drago Cremisi.

Jack ottiene la verità dietro i duelli stabiliti da Lazar, che conferma ciò che Dragan gli aveva detto. Jack si irrita di conseguenza, così Yusei gli suggerisce di usare il duello del WRGP per riguadagnare il suo orgoglio.

Mentre Dragan continua il suo attacco, Jack inizia a subire danni reali da Thor. Tuttavia, Jack inizia a fare una rimonta e chiama a raccolta Red Nova Dragon. Tuttavia, Dragan attiva delle trappole che indeboliscono Red Nova Dragon e protegge Thor. Jack riesce a mettere in atto una tattica per riportare Red Nova Dragon al suo pieno potere, distruggendo Thor e sconfiggendo Dragan. Tuttavia, prima di perdere, Dragan rianima Thor e infligge danni a Jack.

Il secondo duellante turbo di Ragnarok, Broder, prende il sopravvento e usa le speciali abilità di Thor per mettere Jack al tappeto. Crow entra nel combattimento, ma i suoi attacchi si rivelano inefficaci contro le trappole di Broder, e subisce molti danni dagli attacchi di Thor. Notando il sostegno che Crow riceve dai bambini, Broder spiega come si è imbattuto in un gruppo simile di bambini, esprimendo il suo desiderio di combattere Yliaster per proteggerli. Crow tira fuori Black-Winged Dragon, ma Broder tira fuori il suo Aesir, Loki, che distrugge Black-Winged Dragon di Crow

Con soli 50 punti vita rimasti, i sostenitori di Crow si mettono quasi in pericolo mentre cercano di acclamarlo, rinvigorendo la determinazione di Crow, e lui riesce presto a far rivivere Black-Winged Dragon. Poi, Crow attiva una carta trappola dal Cimitero, che si scontra con la trappola di Broder, mettendoli entrambi fuori combattimento. Yusei inizia il suo round contro Halldor, che convoca rapidamente il suo Aesir, Odino.

Yusei deve ora affrontare il potere di Halldor e di tutti e tre gli Aesir. Mentre Yusei esprime il suo desiderio di sconfiggere Yliaster e di rivedere suo padre, ottiene il Sigillo del Drago Cremisi e convoca il Majestic Star Dragon. Tuttavia, Halldor riesce ad apprendere la strategia di Yusei ed esegue un contatore di successo. Halldor attiva quindi una trappola continua dal suo Cimitero, Gjallarhorn.

Yusei affronta non solo tutti e tre gli Aesir, ma anche un conto alla rovescia dalla carta trappola di Halldor, Gjallarhorn. Tuttavia, Yusei convoca il Drago Stella Cadente e infligge qualche danno, prima di usare la trappola, Forza Zero, per ridurre tutti e 3 i punti di attacco degli Esiri a 0, con il risultato che Yusei subisce 0 punti di danno quando il conto alla rovescia raggiunge la sua fine. Ora che tutte e 3 le Carte Dio Nordiche sono state rimosse dal gioco, Yusei ha poi fatto attaccare direttamente Halldor dal Drago Stella Cadente, permettendo a Yusei di vincere.

I 5Ds hanno finalmente battuto il Team Ragnarok dopo un'estenuante battaglia. Con questo risultato, la finale del World Racing Grand Prix (WRGP) sarà la finale del Team 5D's vs. Team New World (i 3 imperatori di Yliaster). Con le finali che si profilano, Carly riflette sui possibili risultati della prossima battaglia, mentre scrive il suo articolo speciale sul Team 5Ds.

In un'altra dimensione, Z-ONE (che ora è tornato alla sua forma originale) mostra a Sherry una visione del futuro, dove tutto sulla Terra è distrutto a causa di un'esplosione Ener-D globale.

Il turno successivo inizia con Jack che affronta Primo, che mette subito in evidenza l'Imperatore della Macchina Wisel Infinity. Primo riesce poi a portare i punti vita di Jack a 1.100, attraverso l'uso delle sue carte trappola, una delle quali Lester aveva previsto di utilizzare solo per Jakob.

Nonostante la preoccupazione degli altri per la sua sicurezza, Crow va ad affrontare Jakob. Crow tenta una tecnica per utitlizzare le abilità del suo Mostro Synchro senza metterle a rischio, evocando Blackwing Aurora dell'Aurora del Nord, e attivando la sua abilità speciale, ma Jakob neutralizza la potenza di Crow usando come scudo Scar-Red Nova Dragon, e attaccandolo 2 volte con il drago di Jack. Il Corvo viene poi sconfitto da Jakob, ma riesce ad evocare il Drago Alato Nero in modalità difesa che Yusei può usare, giocando una carta trappola, dopo essere stato attaccato dall'Imperatore della Macchina Grannel Infinity. Crow poi si ferma, e Yusei esce per affrontare Jakob.

Yusei inizia la sua battaglia contro Jakob, usando la trappola di Crow per far uscire allo scoperto Stardust Dragon quando Black-Winged Dragon viene distrutto. Jakob attiva quindi una trappola, che fa uscire Grannel Attack 3, riducendo i punti vita di Yusei a 2.800. Jakob mostra a Yusei e agli altri un futuro contorto in cui la Nuova Città del Domino viene completamente distrutta.

Dopo essersi presentato, i duellanti del trio Yliaster si uniscono per formare il duellante di Aporia. Aporia si combina con esso in modo tale che il pubblico è scioccato al punto che inizia a chiedersi se sia umano.

Mentre Yusei continua a difendersi dagli attacchi di Aporia, Jack e Crow si uniscono a lui, nonostante le loro ferite. Essi forniscono poi le trappole di cui Yusei ha bisogno per respingere l'attacco di Mechanicle.

Yusei sconfigge Aporia, usando la potenza combinata dei 3 Draghi Firmatari, che lo fa finire in mare. Con questo, il Team 5D's vince la finale del WRGP. Poi, il cielo rosso torna al suo colore blu, e i fulmini si fermano. Poi, il Team 5D's festeggia la vittoria a mezzogiorno. Tuttavia, la loro vittoria è di breve durata, poiché il Circuito dell'Infinito è completo, e la Culla dell'Arca sfonda il cielo dalla "dimensione distorta", e comincia a scendere verso New Domino City. A peggiorare le cose, al ritmo con cui la Culla dell'Arca sta scendendo verso New Domino City, hanno solo 12 ore per fermare la Culla dell'Arca fino a quando non raggiunge la città, e scatenare una massiccia esplosione di Ener-D negativa, che distruggerà New Domino, Satellite, e tutto il resto nelle aree circostanti.

Sherry rivela che Z-ONE le ha mostrato il futuro, e insiste affinché Yusei non salga a bordo della Culla dell'Arca, rivelando di aver cambiato schieramento per unirsi a Z-ONE, poiché era convinta che il piano di Yliaster fosse l'unico a prevenire la distruzione globale nel futuro. Rivela anche che ora che si è unita a Z-ONE, farà tutto ciò che è in suo potere per fermarlo. Nonostante questa consapevolezza, Yusei vuole ancora fare qualcosa per salvare la città. Sherry riferisce poi a Z-ONE che Yusei non ha ascoltato il suo avvertimento.

La squadra 5Ds e i suoi amici sopravvivono tutti alla caduta, ma si dividono in tre gruppi: Yusei con Bruno, Crow con Akiza, e Jack con Leo e Luna. Le strette piattaforme su cui atterrano si rivelano essere percorsi che portano ai tre ingranaggi planetari che alimentano il generatore principale di Ener-D, e alla fine portano al Center Gear, che era quello che stavano cercando.

Sherry rivela che Z-ONE ha promesso di riscrivere il suo passato, in modo che i suoi genitori non sarebbero mai morti se avesse portato a termine i suoi piani.

Jack, Leo e Luna raggiungono la seconda attrezzatura, dove sono sorpresi di vedere che Aporia è sopravvissuto all'incidente, e che li sta aspettando. Attacca loro con forza dei congegni, che trafiggono i loro cuori ogni volta che subiscono un danno dal duello, il che significa che moriranno se la loro vita si riduce a zero, con l'unico modo per rimuoverli è sconfiggerlo in un duello a tre contro uno.

Mentre Jack, Leo e Luna lottano per sopravvivere, Aporia convoca il suo mostro chiave, Machine Divine Emperor Dragon Asterisk che infliggerà 1000 punti di danno a chiunque provi a evocare Synchro. Lamentandosi di non essere stato in grado di proteggere nessuno, Leo rischia alcuni dei suoi punti vita per proteggere Jack e Luna e indebolire Asterisk.

Bruno, che ora si definisce Antinomia, rivela la sua identità a Yusei, dicendo di aver ricordato la sua vera missione di proteggere la Culla dell'Arca, e la sua fedeltà a Z-ONE, e si annuncia come l'avversario di Yusei. Questo ferisce i sentimenti di Yusei, ma il suo desiderio di salvare New Domino City gli dà la forza di combattere contro il suo ex amico. I due iniziano allora un Turbo Duello nello spazio, il cui perdente sarà inghiottito da una stella e scomparirà per sempre.

Yusei non ha solo a che fare con l'Antinomia, ma anche con le fiamme che provengono dalla stella. Antinomia estrae il suo mostro Accel Synchro , Tech Genus Blade Blaster, e infligge molti danni a Yusei. Antinomia parla di come fosse un campione del Duello Turbo, prima che gli Imperatori della Macchina distruggessero il mondo.

Yusei è messo in una situazione disperata, il Buco Nero diventa più organizzato, e comincia ad avvicinarsi da dietro, minacciando di risucchiare Yusei se rimane indietro. Mentre vengono risucchiati nel buco nero, Antinomia chiede a Yusei di padroneggiare il Delta Accel Synchro e salvare il mondo, e ricorda i suoi affettuosi ricordi come Bruno, quando era ancora amico di Yusei. Ricordando questo, Bruno lancia a Yusei i suoi occhiali rotti, e poi si sacrifica per far uscire Yusei dal buco nero, e tornare alla Culla dell'Arca. Poi, il terzo ingranaggio smette di girare, e Yusei si addolora per la perdita di Bruno, che una volta era suo amico.

Con il terzo ingranaggio fermo, i Signers ottengono l'accesso al Center Gear, e Yusei si unisce agli altri, dicendo loro la verità sull'Antinomia, e sul metodo Delta Accel Synchro.

Yusei sfida Z-ONE a un duello finale turbo che si svolge nei cieli tra New Domino City e la Ark Cradle, mentre si avvicina la collisione, che sarà trasmessa attraverso New Domino City, La Culla dell'Arca si illumina poi di arcobaleno, le pareti della stanza diventano trasparenti, il che dà ai Signers una vista a testa in giù di New Domino City, e attorno alla Culla dell'Arca compaiono enormi monitor che verranno utilizzati per la trasmissione. Gli altri Signers decidono poi di dare le loro Dragon Card a Yusei per combattere con Z-ONE, sapendo che avrà bisogno di tutto l'aiuto possibile per battere Z-ONE.

Yusei convoca quindi il Drago Rosa Nera, e usa una trappola per negare il suo effetto e infliggere danni a Z-ONE, riducendo i suoi punti vita a 1.500. Z-ONE va fuori controllo, e quando si schianta contro un edificio della Culla dell'Arca, l'impatto fa sì che la metà destra della maschera di Z-ONE si rompa, rivelando che il suo volto è quello di un Yusei dall'aspetto molto più vecchio.

Z-ONE afferma di essere Yusei dal futuro, anche se Yusei si rifiuta di crederci. Vedendo che Yusei si rifiuta ancora di credergli, Z-ONE decide di mostrargli la sua memoria. Z-ONE spiega allora di essere stato uno scienziato, che ha usato la tecnologia per trasformarsi in una copia di Yusei, nella speranza di restituire la speranza alla gente, in modo che le loro emozioni stabilizzassero il reattore Ener-D. Ma poi, dopo tutto quello che aveva insegnato loro, gli umani tornarono a possedere i loro modi avidi, e il reattore Ener-D scelse allora di autodistruggersi.

Yusei viene messo fuori combattimento dal suo Duel Runner, quando un pezzo della Ark Cradle si scontra con il suo Duel Runner. Vedendo questo, i residenti di Signer's e New Domino City sono sconvolti e si preoccupano per lui. Ma prima che Yusei tocchi terra, viene salvato da suo padre, il dottor Fudo, che lo convince a continuare a combattere, per quanto le cose possano sembrare difficili.

Yusei usa Shooting Quasar Dragon per distruggere tutti e 5 gli attuali Dei della Macchina Temporale di Z-ONE, e poi riesce a far uscire Shooting Star Dragon per infliggere molti danni a Z-ONE, riducendo i suoi punti vita a 700. Z-ONE urla quando subisce i danni, e poi si schianta contro l'edificio centrale di New Domino City.

Sono passati alcuni anni dalla sconfitta di Z-ONE. L'Ufficio di Manutenzione della Pubblica Sicurezza si è sciolto in un municipio, con Lazar che è diventato sindaco della città. Yusei è diventato uno scienziato che supervisiona il completamento di un nuovo mainframe Ener-D, intitolato Fortune, per garantire la sicurezza della città.

Yusei convoca Nitro Warrior, ma Jack riesce a contrastare il suo attacco e a evocare l'Exploder Wing Dragon per distruggerlo, anche se Yusei riesce a batterlo con il suo Turbo Warrior. Mentre gli altri guardano il duello, ricordano come Yusei era riuscito a cambiare le loro vite.

A diversi anni di distanza, Luna e Akiza vanno avanti con la loro carriera, mentre Leo, Jack e Crow continuano a fare passi da gigante nel circuito del Turbo Duel. Jack decide quindi di tornare a New Domino City, dopo essere diventato il Campione del Mondo di Duello, e promette anche che la prossima volta che duellerà con Yusei, non perderà. Mentre gli altri si preparano a fare i loro viaggi individuali, Akiza dice il suo personale addio a Yusei. Prima di partire per i loro viaggi, la banda fa un ultimo giro insieme, dove il Drago Cremisi appare e rimuove i segni del Firmatario, poiché la loro missione come Firmatari è stata completata. In seguito, Yusei li guarda partire.