Yusei reflects on his past battle with Jack, vowing to win back his Stardust Dragon card which Jack took from him. Later, Tank, Nervin, and Blitz are challenged by a group of thugs, led by a person named Uryu. Yusei steps in to help his friends out, and ends up in a duel against Uryu with his Duel Runner at stake.

Yusei begins his ride to New Domino City to face Jack. On the way, Trudge forces him into another Turbo Duel. With only three minutes left to make it out of the pipeline, and Trudge's Gate Blocker preventing him from gaining Speed Counters, Yusei seems to be getting desperate - until he pulls out a special monster given to him by Rally.

Yusei, intending to win back his Stardust Dragon, meets up with Jack and challenges him to a Turbo Duel. The battle begins in the now deserted Duel Stadium. Yusei finds himself up against not only the fearsome Red Dragon Archfiend, but also his own Stardust Dragon which Jack placed in his deck.

Yusei and Jack's battle continues, with Yusei finally regaining control of Stardust Dragon. Both Yusei and Jack's arms burn as Stardust and Red Dragon Archfiend clash, and both their dragon-shaped birthmarks begin glowing. A third Dragon appears in the sky, blazing red. The duel ends with no victor and the appearance of New Domino City Security forces.

Yusei is arrested and sent to a detention center, where he meets an old man named Yanagi, who duels using what he calls his "Hidden Treasure" deck. Yanagi faces off against another prisoner, Bolt Tanner - and is shortly revealed to be a very poor duelist. Although lacking skills, he still cares deeply about his cards, something Yusei can relate to. Meanwhile, Goodwin reviews Jack's duel with Yusei, and discovers that, had they not been interrupted by the appearance of the Crimson Dragon, Jack would have been defeated.

Yusei has had enough of hearing Tanner making fun of Yanagi's cards and dueling skills, so he takes up Yanagi's deck and challenges Tanner to a duel, much to everyone's surprise, since Yusei is not dueling with his usual cards. Yusei wants to teach Tanner that every deck has a winning strategy, regardless of their value to others. Goodwin reveals to Jack the legend of the People of the Stars, the Signers and the Crimson Dragon.

Yusei is interrogated for information on his Dragon Mark, and Goodwin comes to the detention center to speak with him further. Yanagi tells Yusei what he knows about the Signers and the five dragons, and suspects that Yusei's Stardust Dragon may be one of the five. Meanwhile Jack duels Hunter again, but is off his game after his loss against Yusei.

Yusei is transferred to a different cell, away from Yanagi. His new cellmate, Alex, plans to escape and offers to take Yusei with him, but he refuses to leave without Yanagi and Tanner. Meanwhile, Armstrong has been harassing Tanner, and Yusei ends up in a duel against him, using a deck built with treasured cards given to him by all the other prisoners.

Yusei is caught in Armstrong's trap - not only is he forced to discard ten cards each turn, each Life Point lost also delivers a painful electric shock. Armstrong has disabled the electric current to his own Duel Disk, and thus does not feel any pain, until Alex breaks into the control room. He starts the current flowing again, but Armstrong just gets back up and keeps going. Despite the overwhelming odds, Yusei is able to pull through and win the duel. He is allowed to leave the prison.

Although he is now out of the detention center, Yusei has noticed that he is being followed by Goodwin's agents. Luckily, he is taken by a former duelist named Blister, the man who Tanner told him could help get his Duel Runner and dueling deck back. After discovering Blister's past, Yusei infiltrates Goodwin's tower and finally recovers his Duel Runner and dueling deck, but not before Trudge shows up and challenges him to another Turbo Duel.

Yusei continues to avoid Trudge's brutal direct attacks as he attempts to escape with Bliser's help, but things only get harder from there. Despite the danger, Yusei resolves to restore Blister's faith in bonds with other people. When Trudge brings out Goyo Guardian, Yusei tunes four of his weak monsters together to summon Turbo Warrior.

Yusei is able to escape from the police, but crashes his Duel Runner and is knocked unconscious. When he wakes up, he has been rescued and hidden from the police by twin duelists Leo and Luna, who live in the Tops area at New Domino City. Rejoiced to see that Yusei is alright, Leo asks him for a friendly duel-Yusei's Junk deck against Leo's Morphtronic deck. In the English version, Yusei suffers from amnesia following his crash, and Leo duels him in order to make him remember.

While preparing for the Fortune Cup with Blister, Yusei is reunited with Tanner and Yanagi. As they prepare to test out Yusei's Deck, they're confronted by Jack, who returns Stardust Dragon to Yusei. Later, Leo tells them about a duelist called the Black Rose Witch. (Known simply as the Black Rose in the English version). When she appears before them, the Mark of the Dragon on Yusei's arm begins to react.

The Fortune Cup has officially begun and the first duel pits Krieger against Leo, who is disguised as his sister Luna, as she did not wish to participate. Krieger's aircraft machine monsters are giving Leo's Morphtronic monsters a hard time. Meanwhile, Zigzix, Goodwin's scientist, puts his latest invention to the test: a device that detects signer activities. But Leo is unaffected while Luna is. Leo loses his duel and Zigzix finds out that Luna was in the stands during the duel.

The next duel in the Fortune Cup pits Gill de Randsborg vs. Akiza. Randsborg has learned from Goodwin and Lazar that Akiza is the Black Rose. At first, his Masked Knight leveled monsters seem to give him a clear advantage, until Akiza lets everyone in the stadium witness the dangers of her plant monsters, field spell card and finally, her Black Rose Dragon.

Next up in the Fortune Cup is a riding duel between Yusei and a mysterious caped duelist called Shira, but to Yusei's and Jack's surprise, the challenger is actually Hunter Pace who took the real Shira's place and disguise shortly before the duel starts. Yusei must now face Pace's deck filled with powerful Fire monsters, an improved deck which Pace planned to use against Jack later on.

The first round of the Fortune Cup is over, but Rex Goodwin is holding a consolation match, which opposes Professor Frank (Known simply as The Professor in the English version) versus the real Luna, much to Leo's disappointment. Not only Luna is reluctant to duel, but the duel itself is planned to uncover Luna's signer ability. Furthermore, Professor Frank has a stirring speech that sends Luna into a trance-like state, disrupting her dueling capabilities.

Luna engages in her duel with Professor Frank when she hears a mysterious voice saying: " You said...you'd protect the world of Duel Monsters spirits. " Then, the voice takes shape in the form of Ancient Fairy Dragon. Now, Luna must take all her courage and skill at hand to defeat Professor Frank's trump card.

The first day of the Fortune Cup comes to a close. The audience attention is cast to an image of Krieger, who shall face Yusei tomorrow. As Tanner says that he wonders what kind of Duel Runner Krieger uses, something comes to Leo's mind, causing him to run off.

Krieger successfully summons Flying Fortress SKY FIRE and uses its effect to prevent Yusei to play his cards right. What Yusei doesn't know is that Krieger holds Goodwin responsible for the destruction of his home village.

The second round of the finals pits Akiza against Commander Koda. Koda has been ordered by Goodwin to expose Akiza as a signer, which didn't work on Akiza's last duel. Furthermore, Koda can expose his opponents' past to disable them. He doesn't take long to expose Akiza's troublesome reputation as the Black Rose, awakening painful memories to Akiza.

Before the final rounds of the Fortune Cup commences, Yusei confronts and questions Akiza within a inner passage of the Dueling Stadium of why does she calls the Mark of the Dragon a "Wretched Mark." To which angrily responds that she hates and detests the person who carries a birthmark. Furthermore while becoming angry, Akiza feels that something remains hidden within her. Yusei, who is filled with various doubts, begins his Duel with Akiza.

The duel between Yusei and Akiza continues, and Akiza quickly gains the upper hand. Yusei, from his part, manages to put a good defense against Akiza's plant-type monsters, but also notices that Akiza takes a guiltiest pleasure at attacking him mercilessly.

Yusei wins his match against Akiza, but feels reluncant about it since he couldn't help her as much as he would have wished. He then rushes to Goodwin's tower in order to rescue his friends, but what he finds is Jack along Goodwin, and he explains how his rivalry with Yusei all began. Shortly after, the final duel between Jack and Yusei takes place, and to Yusei's surprise, his friends from Satellite are safe and sound, freed from the container that served as prison in Satellite, and they all watch Yusei as he duels.

The Fortune Cup Finals continue as Yusei summons Stardust Dragon to battle Jack’s Red Dragon Archfiend. As the battle goes on, the Crimson Dragon appears and Goodwin, revealing that he is the fifth signer and has a severed arm in a tank with the final Signer Mark shows Yusei, Jack, Akiza, and Luna bizarre visions of the People of the Stars and the future of New Domino City, being engulfed in a Spider shaped geoglyph of fire.

After his victory over Jack in the Fortune Cup, Yusei is named the new Duel King. While Yanagi informs the gang about the Signers and the Dragon Birthmarks, Yusei is challenged by a mysterious man with a Spider shaped birthmark on his arm who is able to make the duel into a Shadow Duel. Yusei is surprised to find his opponent has a fearsome new type of monster, a Dark Synchro Monster. Meanwhile, a reporter named Carly tries to get the scoop on the new Duel King.

Despite the difficulties caused by the Dark Synchro Monster, Yusei manages to win his duel against the Dark Signer. However, after the duel, his opponent has no recollection of what happened and no longer has the birthmark or any Dark Synchro Monsters in his deck. It is revealed that spiders are being used to control people, one of which are heading to the hospital where Jack is recovering. Trudge arrives to take Yusei back to the Satellite, and Yusei decides to go, with intention of getting the truth out of Goodwin.

Following her release from security, Carly attends a premiere event and encounters a model named Misty, who predicts her death. When Angela, a rival reporter, reveals Jack was actually born in the Satellite, Carly decides to infiltrate the hospital to interview Jack. At that time, a Dark Signer spider possesses Trudge and challenges Jack, who is trying to leave the hospital, to a duel. Unable to use his fractured right arm, Jack decides to use Carly as his arm. They win the duel, but Jack is weakened and asks Carly to get him out of there without anyone noticing. Meanwhile, Goodwin shows Yusei the truth.

A Satellite rebel named Crow steals several decks for his friends. He is forced into a duel by Security, but manages to beat them with a one-turn kill. As Goodwin tells Yusei the truth about Signers and Dark Signers, Luna has nightmares involving the dragons. Mina and Trudge show up at Carly’s place where they find Jack, but he refuses to go with them. Yusei is then sent back to the Satellite where Crow awaits him.

After catching up with each other and reuniting with Rally and co, Yusei and Crow are forced into a Turbo Duel with security using Tag Duel rules. Meanwhile, Carly accompanies Jack around the city whilst Mina and Trudge follow. Jack reminisces about his life in the Satellite, and the friends he betrayed. Following some advice from Carly, he decides to follow his own path.

Rally and friends meet up with Yusei and Crow at his hideout, where Crow tells a story about the man who made the Daedalus Bridge. Later that night, whilst Yusei and Crow search for the Dark Signer’s whereabouts, Kalin, a former friend of theirs, sends out a Dark birthmark signal, alerting Yusei and the other Signers. Jack and Carly are escorted by Mina to Yusei’s whereabouts, where Carly learns that Yusei was born in Tops, and his parents were involved in the Zero Reverse incident. Kalin makes his appearance, trapping Yusei in a geoglyph shaped like the Giant Nazca Line and forcing him into a Dark Turbo Duel.

While preparing for his duel against Kalin, Yusei, Crow and Jack remember when they were all part of a duel gang, the Enforcers, who duelled rival gangs at night. The duel starts and Yusei takes a harsh attack due to the effects of the Shadow duel, which appears to be more dangerous in Turbo Duel.

Kalin summons his One-Hundred Eye Dragon, a Level -8 Dark Synchro monster, causing a real threat to Yusei. Yusei once again recalls his days in the Enforcers, and remembers how Kalin once saved his life. When he is almost burned in the fires of the dark barrier, Yusei also remembers when Kalin killed a member of Security and how the proceeding fight between them sparked Kalin’s hatred towards Yusei.

Yusei defeats One-Hundred Eye Dragon using Stardust Dragon, but Kalin summons a powerful monster, an Earthbound Immortal, called ‘Ccapac Apu’ using the souls of all the captured Satellite inhabitants, unphased by attacks from Monsters, Spells or Traps. Before it can attack, Yusei’s Duel Runner gives out and crashes, ending the duel. However, Yusei is impaled by a shard in his abdomen and is taken to a local doctor in Satellite by Crow. Meanwhile, Yusei’s friends try to retrieve his broken Duel Runner while staving off Satellite thieves. However, in the english adaptation, Yusei suffers internal bruising to his abdomen after his duel with Kalin.

As Yusei recovers from his operation, Leo assumes he is the Fifth Signer since his monster, Power Tool Dragon, apparently appeared in Luna’s dream. He comes up with the idea of recruiting Akiza to fight the Dark Signers and goes with Luna, Tanner and Yanagi to visit Sayer in order to see her. However Sayer gasses them, and has his own plans of recruiting Luna into the Arcadia Movement, locking up Tanner and Yanagi and forcing Leo into a duel with his sister on the line, for if he loses Luna will stay and become a member of the Arcadia Movement, while Luna watches with Akiza. Leo temporarily gains the upper hand by summoning Power Tool Dragon, but is then defeated by Sayer’s Synchro Monster and is left unconscious.

Jack decides to return with Mina to the city to retrieve his Duel Runner. He thinks it is too dangerous for Carly to get involved but promises to tell her everything when it’s all over. Carly, wanting to maintain her contact with Jack, decides to look into Akiza and the Arcadia Movement, and finds out Misty is somehow linked to them and goes to meet her. She reveals that Akiza was apparently responsible for the death of her younger brother.

New Domino City is shaken by an earthquake as a new geoglyph is set ablaze. To Sayer’s surprise, somebody shows in his office: Carly, alive… and as a Dark Signer. She challenges Sayer to a Shadow Duel for revenge, and Sayer is shocked by her new monsters’ abilities. Noticing the geoglyphs, Jack heads towards the action, almost being engulfed by the flames in the process. Meanwhile, Akiza is approached by Misty, who challenges her to a duel, as a dark signer as well.

During their duel, Misty informs Akiza that she is responsible for the death of her brother, which Akiza denies. Tanner and Yanagi rescue Luna and Leo from their imprisonment, and discover the two duelists along the way. A barrier coming from Luna’s birthmark protects the others as countless souls are sacrificed when Misty summons her Earthbound Immortal, Ccarayhua.

Akiza is taken to hospital where her parents, Hideo and Setsuka, meet up with Jack, Leo and Luna. Jack tells them that the only one who can save Akiza is Yusei, so Hideo travels to Satellite to talk with him. He tells him that when Akiza was young, he was unable to spend time with her due to work. When they finally were able to spend some free time together, a call from work interrupted, which frustrated Akiza and awoke her Signer powers and birthmark, hurting her father in the process.

Enduring the pain of Akiza’s attacks, Yusei summons Stardust Dragon to face against Black Rose Dragon and reach her heart. Still hurt by the loss of Sayer, Akiza unleashes her full power and constantly weakens Stardust Dragon. As Yusei gets hit by more attacks, Hideo steps in to protect him and try and reach Akiza, taking some damage in the process.

Before visiting Goodwin, Mina shows Akiza the true nature of the Arcadia Movement, showing how they performed experiments on young children in order to raise Psychic Duelists. Yusei, Jack, Akiza, Luna and Leo go to Goodwin in order to get the truth. Goodwin almost denies Leo entry, since he is not a Signer, but Luna insists that he stay with them.

The Signers contemplate about what Goodwin had told them. Yusei blames himself for Kalin becoming a Dark Signer, but Jack punches him in the stomach and face to knock some sense into him Yusei then punches back. Leo is reluctant to join Luna in going to the Satellite, since his battle with Sayer proved he wasn’t a worthy hero.

Crow manages to regain some ground in his duel against Lazar with his monster, Black Feather Arms Wing, but just then, a purple light shines from the Original Enerdy Reactor within a crater Lazar was investigating, and a black fog starts to envelope Satellite. Whilst Lazar manages to escape, Crow gets caught up in the fog and disappears, along with several Satellite citizens.

While flying to the Satellite Akiza asks about Yusei’s father and Mina explains to everyone what his father did. She also explains what happened 17 years ago and that Yusei is city born. Yusei, Jack, Akiza, Leo, Luna, Mina and Trudge arrive Martha’s house where she and Blister are waiting. Martha informs everyone that Crow, Rally and the others have gone missing, and offers everyone a meal. Then Yusei answer Martha’s question if the girl that’s sitting there at the table is Akiza and then Martha states he saved her.

As Roman prepares for his Earthbound Immortal summoning, Yusei tries his best to postpone it and Martha and Trudge hurry to save the children. However, Roman then speeds up the process and is able to summon his Earthbound Immortal, Uru. Thankfully, Jack arrives on time and forms a barrier around the children to stop their souls being sacrificed. Roman then reveals that not only was he an assistant to Yusei’s father, but is also Goodwin’s brother and the one responsible for the Zero Reverse incident. Yusei manages to deflect an attack from Uru’s attack, but it hits a building Taka, Martha and Trudge were hiding in.

The Dark Signers show up to taunt the Signers following Yusei’s duel with Roman. Devack introduces himself and reveals he is in possession of Ancient Fairy Dragon and challenges Luna to come get it. Roman announces that their duels will take place at the four stars of destiny. Whilst chasing after them, Jack discovers that one of the Dark Signers is Carly, who tells him to find her if he wants to know what happened.

As Luna reaches a town in the Spirit Realm, she notices that its inhabitants are running frightened, and gravity is behaving oddly. She is discovered by a group of monkey soldiers, who imprison her card spirits in stone tablets with minus levels. She is rescued by a young mage named Torunka, who decides to help Luna find Regulus, the servant Ancient Fairy Dragon spoke of.

As Luna and Torunka manage to find Regulus, Luna notices he has a Minus Staff stuck in his leg, causing him to hear the opposite of what Luna says and become distrustful of her. Luna manages to steal one of the foot soldier’s Minus Staffs to negate the one on Regulus, and when he notices she is a Signer, he decides to help them.

Luna’s plan to free Ancient Fairy Dragon is hampered when the Minus Staff she was carrying gets revealed, causing Torunka to accidentally blurt out their plans. Regulus manages to destroy Zeman, who is simultaneously destroyed by Leo in the real world, but not before Zeman transfers the power of the minus curse to Devack. This returns Torunka to his normal age, but doesn’t free Ancient Fairy or the minused spirits.

Leo and Luna defeat Devack, and he disappears, freeing all the trapped spirits. Ancient Fairy Dragon and Regulus give their thanks to Luna, and becomes cards in her deck. Luna places the Ancient Fairy Dragon card in the control unit, deactivating it. Making sure everyone is safe, Yusei decides to head towards Kalin. Hearing about Devack’s defeat, Roman sways Greiger over to his side, and executes him in order to transform him into a Dark Signer.

Crow uses his Duel Runner’s modifications to survive Greiger’s attack. Yusei decides to jump into the geoglyph in order to discover who was dueling, and is shocked to find Greiger is a Dark Signer. Yusei tries to calm both of them down, but neither refuse to let up. Crow recalls that he had no friends when his father died, but thanks to finding some Duel Monster cards, he was able to learn how to read and make friends with other duelists, including Yusei and Jack, and soon grew to take care of others in the same way…

Greiger summons his Dark Synchro, which is Dark Flat Top, which allows him to special summon another Flying Fortress SKY FIRE, and then attacks Crow with it, which reduces Crow's life points to down 100. Crow crashes, but remains determined to win, and gets back into the game. Using a pot luck with his trap, he manages to defeat both monsters, but this in turn, allows Greiger to summon his Earthbound Immortal, Chacu Challhua. Crow manages to Synchro Summon Blackwing - Silverwind the Ascendant, and prepares to destroy Chacu Challua with its special ability, but then, he, Yusei, and Greiger notice that the souls used for its Chacu Challhua's summoning were the people of his village, and Greiger's siblings. Realizing it was the Dark Signer's fault, and not Goodwin's, Greiger wants to stop the duel, but the Earthbound Immortal refuses to give up, and takes over his body. As he struggles to regain control, Greiger asks Crow to finish the battle.

Yusei finally catches up with Kalin and start what Kalin calls 'The Last Duel of the Enforcers'. Yusei hopes that this duel will rekindle their friendship. After the Enforcers took over the Satellite, Kalin kept looking for enemies. When those enemies started including young kids, Crow and Jack left the team, leaving just Kalin and Yusei. When Security shows up in Satellite with Duel Runners and Kalin plans on destroying them, Yusei also quits the team. Kalin decides to attack Security, getting their attention by blowing up some confiscated Duel Disks. When Yusei, Jack and Crow catch wind of Kalin's actions, they go to look for him and find him cornered in a building ready to stand off against Security. Back in the present, Kalin summons his One-Hundred Eye Dragon and begins to utilize his Handless combo.

Yusei defeats One-Hundred Eye Dragon, but is fully aware that it allows Kalin to draw his Earthbound Immortal to his hand. Back in the last days of the Enforcers, in a flash-back of Yusei's memories, Yusei, Jack and Crow try to talk sense into Kalin, and they all end up running away from Sector Security. One Sector Security officer pins down Kalin, but he manages to jump on his Duel Runner, causing him to crash with a bad head injury. He tries to finish him off but Yusei stops him. Yusei tries to pose as the leader of the Enforcers in order to protect Kalin, but the chief of Sector Security at that time had already figured it out that Kalin was the real leader of the enforcers, and Kalin becomes furious when he sees his hand on Yusei's shoulder, thinking Yusei had ratted him out. Kalin then gets harsh treatment in prison, losing his deck, and he was eventually convinced by the voice of Roman to become a Dark Signer.

With Kalin and Ccapac Apu defeated, all the Satellite residents are returned. Just then, Roman uses one of his dark spiders to possess Trudge and talk to Yusei, coaxing him to find him at the Original Ener-D Reactor, challenging him to a duel. Lazar is seen talking to a mysterious figure. Goodwin goes to meet with Roman. Roman is shown with a shadow duel disk, and challenges Goodwin to a duel, as part of a promise they made. Yusei, Luna, Leo, and Trudge traverse down the crater, whilst Crow, who notices the army helicopters, takes a different route. Yusei encounters Roman on a bridge, who activates an explosion, causing a flux of Ener-D to appear underneath them. They start to duel and manages to attack Roman with Junk Warrior, although this in turn allows Roman to summon Earthbound Immortal Uru. Roman continues to put pressure on Yusei and manages to bring his life points down to 100.

After bringing Yusei's life points down to 50, Roman begins to tell him of what happened 17 years ago between him, Rex and Yusei's father. They were working on the Original Energy Reactor, but Professor Fudo wanted to stop the project when it started to look unstable. Roman had decided to travel to the Nazca lines, where he encountered a mysterious person, claiming to be from Yliaster, who knows about Roman's birthmark. The mysterious man convinces Roman to look into the light coming from the reactor, where he is struck by dark energy and is shown the history of the Earthbound Immortals and the mighty powerful Crimson Dragon. Meanwhile, Crow finds Rex, who explains that Professor Fudo was betrayed by Roman. He shows off four Dragon cards, but Professor Fudo manages to escape with three of them, but got severely injured in the process and entrusts the cards to Rex.

With Roman's defeat, all the Satellite citizens, including Martha and Rally, are returned. Jack finally meets up with Carly, but she is reluctant to be helped and challenges Jack to a Turbo Duel. Initially, Jack is reluctant to fight and takes a lot of damage, but he starts to fight back, as he does not believe Carly is a person who would hurt people. Carly traps Jack in a vision where he is transformed into a Dark Signer by Carly and becomes destined to destroy the Crimson Dragon by her side. However, noticing Carly's glasses, Jack breaks free of this vision, and decides to fight for what Carly truly desires. Meanwhile, Yusei finds himself in a strange place surrounded by the spirits of those who died in the Zero Reverse incident. Due to Yusei's connection to the incident, they start to attack him, but he is rescued by a strong white light and the voice of a familiar figure.

Jack activates a Trap that lets Carly choose the outcome. He manages to break through to Carly and she makes the right choice. However, the Earthbound Immortal takes over her body, forcing her to continue the duel. Jack brings out his Red Dragon Archfiend in the hopes of freeing her. Meanwhile, the mysterious spirit reveals himself to be Yusei's father, who returns him to the real world. Carly summons out her Earthbound Immortal - Aslla Piscu, but Jack manages to stop its attack. Jack expresses his feeling for Carly, and then he takes the marks of the other Signers, gives him the Seal of the Crimson Dragon. Hearing the real Carly's pleas to end the duel, despite his objections, Jack synchro summons Majestic Red Dragon. Jack hopes to end the duel in a tie, taking him down with her, so that he can still be with her, but Carly activates a trap card so that only she would lose. Jack is able to do nothing but hold Carly tight, as she disappears into the Netherworld.

Akiza and Mina arrive at an abandoned amusement park where Ccarayhua's control unit is, shortly followed by Yusei's group, and a man claiming to be sent by Goodwin. Misty traps Akiza in a Hall of Mirrors, actually dueling her through the mirrors. She uses cards that block off drawing cards from the deck, and also shows Akiza the events involving Misty and her brother, Toby, who apparently met her at Arcadia Movement. Yusei is led to a room where Mina is found unconscious and is attacked by the man who turns out to be Sayer, who had survived his duel with Carly, and is determined to reclaim Akiza. He uses his psychic abilities to knock Yusei in a cage with Mina as it slowly fills with water. Trudge eventually finds them and tries to free them. Akiza is shown the moment where Toby was killed, which led Misty to become depressed and crash her car, transforming her into a Dark Signer.

With Akiza's dormant physic abilities fully awakened, Misty activates her geoglyph. Trudge manages to free Yusei and Mina and Yusei goes to join Luna and Leo. Learning about Akiza's current state, Yusei goes to face Sayer, who reveals he is controlling her mind and was responsible for Toby's death. Misty summons out her Earthbound Immortal Ccarayhua. Sayer talks about the experiments he performed on Toby seeing that he did not have ultimate psychic powers sent him to an unknown location that not even he knows about. However, Yusei revealed he had activated an intercom on his duel disk, letting Misty know what Sayer had told him. Angered, Misty gets Ccarayhua to eat him, freeing Akiza from her trance. Misty apologizes to Akiza, but the Earthbound Immortal forces her to continue dueling. Akiza defeats her, setting her free, which results in her being sent to the netherworld. The New Domino City residents return, but a Dark Signer mark, the mark of the Condor appears in the sky.

As the Condor geoglyph shines in the sky, a massive monster emerges from the Original Ener-D Reactor and heads towards the Condor geoglyph over New Domino City, which was the King of the Netherworld. The Crimson Dragon appears and sends everyone to the front of a temple (the Altar of the Dragon Star), where they find Goodwin, who reveals himself to be a Dark Signer. Then, he transfers Roman's mark of the Dragon Head from a canister to his left arm, destroying the metallic arm that was covering it at the same time. He challenges Yusei, Jack and Crow to a Turbo Duel in the air. Goodwin reveals that he lost the duel with Roman prior to his battle with Yusei on purpose, and became a Dark Signer in order to end the pointless cycle. He summons out both a Synchro monster; Sun Dragon Inti, and its Dark Synchro counterpart; Moon Dragon Quilla. He also reveals he was the Legendary turbo duelist who constructed and flew across the Daedalus Bridge.

After being dealt some direct damage due to the cooperative efforts of Yusei, Jack and Crow, Goodwin is able to summon his Earthbound Immortal - Wiraqocha Rasca, absorbing the souls of New Domino City. Then, the King of the Netherworld spouts forth several beasts that attempt to attack the players. However, they are saved by Black Rose Dragon and Ancient Fairy Dragon. Crow sacrifices himself by playing a trap card in order to protect Yusei from Wiraqocha Rasca's special ability, and falls unconscious. Goodwin coaxes Jack into attacking him, but after he gives in and loses some life points, Goodwin's statement of becoming a dark signer causes Jack to remember what Carly taught him and decides not to do things his old fashioned way anymore. Goodwin laughs at the idea of the bonds of true friendship and love, saying that destiny is all that there is.

Goodwin reduces Jack's life points to 1, and gets the King of the Netherworld to attack him, causing him to crash. Yusei's life points get reduced to 1 too, before he summons his Stardust Dragon and takes advantage of the traps Crow and Jack placed beforehand. As Yusei tries to reach Goodwin, which he successfully does, he regains the Signers' marks from him. Furthermore, Yusei gains Roman's mark of the Dragon Head, and the mark of the Tail that Yusei used to have transfers over to Crow. Yusei then takes the marks of the other 4 Signers, and gains the Seal of the Crimson Dragon. Then, he summons the Majestic Star Dragon and destroys Earthbound Immortal Wiraqocha Rasca, which defeats Goodwin. Then, the Crimson Dragon envelops the Majestic Star Dragon, infusing it with the power of the Crimson Dragon, and dives into the King of the Netherworld.

Six mois après la bataille contre les Pactisants des Ténèbres, une pierre tombe du ciel en périphérie de la ville. Lazar s'y rend pour enquêter et se retrouve face à trois personnes venant d'Yliaster. Trudge et Mina eux, enquêtent sur un duelliste nommé Ghost qui fait crasher ses adversaires après les avoir battus. Ils demandent de l'aide à Yusei, Jack et Crow qui préparent un nouveau tournoi mondial, mais Crow refuse de les aider. Trudge part donc à la recherche de Ghost et le rencontre. Ils s'affrontent en duel et Ghost le bat. Plus tard dans la nuit, Yusei, Jack, Crow et Mina se rendent à l'hôpital pour voir Trudge et Yusei décide d'aller affronter Ghost lui-même. Il le retrouve et l'affronte, cependant, Ghost invoque un monstre Empereur Machine qui a pour but de détruire les monstres synchros.

Yusei invoque son Dragon Poussière d'Étoile et inflige des dommages de combat à Ghost. Cependant Ghost contre en utilisant son monstre pour capturer le Dragon de Yusei. Ce dernier reçoit finalement le pouvoir du Dragon Cramoisi et invoque le Dragon des Étoiles Majestueux, battant Ghost et le faisant crasher en dehors du circuit. Un des membres d'Yliaster arrive pour prendre le deck de Ghost et s'en va. Yusei, Jack et Crow arrivent pour découvrir que Ghost est en fait un robot, ce que Trudge identifie par la suite d'un duelliste robot qui a été volé à la Sécurité.

Alors que Yusei, Jack et Crow travaillent sur leur nouveau moteur, Lua, Luca et leurs camarades de classe viennent les visiter. Le principal de la Duel Académie demande à Yusei de réparer quelque chose : faire entendre raison au professeur à la tête de l'académie. Celui-ci menace d'expulser Lua, Luca et leurs camarades de classe de la Duel Académie car ils utilisent des monstres de niveau faible. Yusei arrive et défi le prof. Heitmann en duel afin d'empêcher leurs expulsions et afin de lui prouver la force des monstres de niveau faible. Yusei invoque le Dragon Poussière d'Étoile, mais le sacrifie pour invoquer plusieurs monstres Syntoniseurs, qui appartiennent aux élèves qui lui ont donné leur carte avant le duel. Yusei arrive à les utiliser pour battre Heitmann, qui apprend une bonne leçon sur la force des cartes et décide alors de ne pas expulser Lua, Luca et leurs amis.

Après avoir passé un bout de temps dans la ville, Yusei et les autres rendent visite à Martha qui leur parle d'un homme : M. Bashford, et qui vit dans des décombres de ferraille seul, sans son fils ni sa femme. Martha demande à Yusei et compagnie de ramener cet homme pour qu'il se sente moins triste. Et c'est après avoir évité tous les pièges, les trous cachés, les alarmes et autres que Crow arrive à pénétrer dans la demeure du vieil homme. Les deux n'étant pas d'accord sur le fait d'aller chez Martha et de quitter cette maison, il s'arrange avec un duel.

Yusei et Crow travaillent toujours pour le Grand Prix mais Jack ne fait rien du tout et se tourne les pouces. Mais c'est en cherchant du travail après s'être fait disputer par Crow qu'il rencontre Carly Carmine à nouveau. Elle lui parle d'un homme qui se fait appeler Don Piero, un escroc qui prête de l'argent à ses clients et qui se rembourse en les pillant. Jack décide de mettre cette affaire à son compte et défie ce Don Piero en duel. L'enjeu : tous les faux contrats sont annulés s'il gagne, mais s'il perd, il devra céder son duel runner et son dragon.

Pendant que Lua, Luca et Dexter vont se promener dans une forêt, Luca ressent une atmosphère étrange, se retrouve inconsciente et suit un esprit puissant. Quand elle se réveille, elle rencontre un garçon appelé Hayley qui la sauve de lianes et de racines vivantes. Celui-ci s'occupe d'une poupée représentant sa sœur, Claire. Quand ils remarquent que Luca a disparu, Dexter va alerter Yusei pendant que Lua la cherche dans la forêt. Quand Lua s'approche de la maison, Hayley se sent menacé et va l'affronter en duel. Sous la pression de ses cartes magiques qui l'obligent à se défausser de ses cartes pour en jouer, il réussit tout de même à invoquer son Dragon Outil Electrique. Yusei arrive et rentre dans la maison en défonçant la porte avec sa moto et trouve un tas de gens piégés à l'intérieur de cartes. Pendant ce temps, Luca est capable de parler avec l'esprit de Claire.

Yusei se réveille et se retrouve enfermé dans un camion après avoir été piégé lors une embuscade par une personne qui se fait appeler Boss, voulant le recruter pour le Grand Prix. Quand Jack, Crow, Akiza et Mina apprennent qu'il a été capturé, ils partent le chercher. Akiza arrive à localiser le camion dans lequel Yusei est enfermé et elle utilise ses pouvoirs pour entrer dans le camion, mais finit piégée à l'intérieur avec Yusei. Ils s'échappent, mais sont alors défiés dans un Duel Turbo par une mystérieuse duelliste. Elle invoque un monstre fusion auquel Yusei répond avec son Robot Guerrier, pendant qu'Akiza se retrouve invitée à assister au duel en première loge. La duelliste invoque alors sa carte maîtresse et révèle s'appeler Sherry Le Blanc. Elle espère recruter Yusei dans son équipe.

Le duel entre Yusei et Sherry continue, tandis qu'Akiza insiste pour continuer à assister au duel aux côtés de Yusei. Ce dernier lui inflige des dommages pour pouvoir finalement détruire le monstre de Sherry. Cependant, cela le laisse à un point où Sherry peut l'emporter si elle pioche un Sort de Célérité, en utilisant les effets du Monde de Vitesse 2. Puis, Sherry lui explique qu'elle entre dans le WRGP pour venger ses parents d'Yliaster. Au moment où Yusei est sur le point d'invoquer son Dragon Poussière d'Étoile, le Boss apparaît et essaie de leur jeter un camion pour les écraser. Akiza utilise ses pouvoirs pour matérialiser le dragon et les sauver. À cause des dommages sur les lignes de duel, le duel est annulé, mais elle promet à Yusei d'en refaire un bientôt. De cette expérience, Akiza éprouve un nouveau respect pour les Duels Turbo.

Yusei fait un cauchemar sur le Dragon Poussière d'Étoile qui est capturé par Ghost. Souhaitant apprendre à jouer sans faire appel aux monstres Synchro, Yusei demande à Jack de l'affronter. Pendant leur duel, ils sont observés par un personnage mystérieux. Sentant la peur en Yusei après avoir été attaqué par le Dragon Rouge Archdémon, Jack annule le duel, disant que Yusei ne peut pas gagner sans recourir aux invocations Synchro. Plus tard, tout le monde assiste à la cérémonie de présentation du WRGP, où les détails du tournoi sont révélés. Lazar rejoint alors le groupe d'Yliaster, qui utilise le tournoi dans leur propre intérêt. Plus tard, la fête est perturbée par un duelliste fou et alors que le groupe veut aider à l'arrêter, ils sont stoppés par un personnage mystérieux, qui dit que Yusei ne sera pas capable de battre Ghost dans sa condition actuelle.

Le mystérieux duelliste, Vizor, décide d'entrainer Yusei afin qu'il ait une chance de battre Ghost. Il commence par faire une petite course avec lui, testant ainsi l'aptitude de Yusei à atteindre une vitesse élevée. Ce test passé, le duel commence, avec Vizor qui arrive à invoquer deux monstres Synchro lors de son premier tour. Avant que Yusei ne puisse contre-attaquer, Vizor atteint la vitesse du son, réalisant une Accel Synchro avec ses deux monstres Synchro pour former un nouveau monstre bien plus puissant. Yusei y répond en invoquant Guerrier Foreur, dont il augmente la puissance. Cependant, quand Yusei est sur le point de détruire son monstre, Vizor décide de perdre le duel à la place. Le groupe Yliaster, qui avait observé le duel, s'intéresse alors de près aux faits et gestes de ce Vizor.

Déterminée à comprendre ce que les duellistes Turbo ressentent, Akiza se décide à aller passer un permis pour les Turbo Duels. Malgré ses nombreuses erreurs de débutantes au début, elle parvient à passer les examens initiaux grâce à sa détermination et à la tutelle de Yusei. Il lui fabrique son propre Duel Runner, avec l'aide de Jack et de Crow. Pour obtenir son permis, elle doit battre Trudge dans un duel de qualification. Au début, elle a du mal à comprendre comment fonctionnent les Sorts de Célérité, et puis son Dragon Rose Noire est battu. Cependant, elle arrive à renverser la situation et à invoquer un puissant monstre. Certaines personnes, qui étaient furieuses d'avoir perdu face à elle dans les examens initiaux, activent un piège afin de la faire tomber. Cependant, en utilisant les techniques que Yusei lui avaient apprises, elle se sort de ce mauvais coup et bat Trudge. En obtenant son permis, Akiza est accueilli par Yusei dans le monde des turbo duellistes.

Jack et Carly enquêtent sur des vols de Runners. Alors qu'ils poursuivent un groupe de voleurs, un des membres, qui est en fait un agent infiltré tombe et se blesse. Jack se sent responsable d'avoir causé l'accident, et essaie d'enquêter sur cette affaire lui-même, mais il est pris au piège par un groupe de voleurs et reste inconscient après avoir été assommé. Il n'abandonne pas et tombe alors directement sur le gang au complet, où il est une fois de plus battu. Cependant, il a pu placer un marqueur de localisation sur un des membres et arrive donc à trouver leur planque. Le chef, Syd, défie Jack dans un duel dans lequel le perdant est envoyé dans un broyeur. Syd prend au début l'avantage, et en dépit du fait que Jack invoque plusieurs monstres, il est toujours contré. Syd invoque son monstre Synchro, mais Jack lui répond par son propre monstre Synchro pour gagner le duel.

Pendant que Yusei et Akiza font un turbo duel d'entraînement, Lua se demande comment il se débrouillerait en tant que duelliste turbo. Dans le même temps, Yliaster discutent de leurs plans concernant le Dragon Cramoisi, et une autre tablette s'écrase sur Terre. Plus tard à la Duel Académie, un garçon du nom de Lester rejoint l'école espérant en découvrir plus sur Luca. Lester fait une illusion pour empêcher Lua de voir sa sœur partir et quand il réalise qu'il s'est fait piéger, il s'infiltre dans le jardin du château de Lester qui montre à sa sœur un skateboard alimenté par Ener-D qui peut être utilisé dans les turbo duels : le Duel Board. Celui-ci l'offre à Luca et Lua, jaloux, supplie Yusei de lui construire son propre Duel Board. Il passe alors plusieurs jours à s'entraîner. Luca le rejoint alors et s'entraîne avec lui, mais ils sont attaqués par un autre duelliste skater qui piège Luca dans un duel.

Réalisant que Luca et Lua sont en danger, Yusei, Jack, Crow et Akiza vont pour les trouver. Luca invoque son Ancien Dragon Féérique, mais il est bientôt absorbé par l'Empereur Machine. Tandis que Yusei et sa bande sont simplement spectateurs, Lua arrive finalement à trouver l'identité de son adversaire qui n'est autre que Lester. Luca reçoit des dommages afin de protéger son frère de l'attaque du monstre. Ce dernier invoque son dragon et, en utilisant des effets de carte, arrive à récupérer l'Ancien Dragon Féérique. Lester se renforce et bat Lua, le jetant hors du pont, mais le Dragon Cramoisi apparaît et le sauve. La contre-attaque de Luca échoue, mais ses esprits de Duel de monstres l'empêchent d'être blessée. Quand la bande essaie d'enquêter sur Lester, ils ne retrouvent plus son château et personne à la Duel Académie ne se souvient de lui. Encouragé par cette nouvelle attaque, Yusei est encore plus déterminé à apprendre l'Accel Synchro.

Pendant que Yusei teste son nouveau moteur, Jack et Crow se souviennent de ses combats précédents pour essayer de mieux le comprendre. Quand ils rejoignent Yusei, celui-ci suspecte Yliaster d'être derrière Ghost et de préparer quelque chose d'important avec le WRGP. Il parle aussi à Jack et à Crow de l'Accel Synchro. Ils deviennent déterminés à apprendre cette nouvelle technique, qui requiert un nouveau moteur. Dans le même temps, on voit un mystérieux personnage qui dort sur le sable, mouillé par les vagues.

Trudge et Mina invitent Yusei, Jack et Crow à un repas de luxe, bien que ce soit uniquement pour les amadouer. Ils veulent qu'ils s'occupent de Bruno, un amnésique qui s'est récemment échoué à la ville. Bien qu'ils refusent au départ, ils découvrent bientôt qu'il est un mécanicien extrêmement talentueux. Yusei est alors particulièrement intéressé par lui, puisqu'il pourrait l'aider à construire le moteur qui lui est nécessaire pour maîtriser l'Accel Synchro. Cependant, comme il passe plus de temps avec lui, ses amis commencent à devenir un peu jaloux, particulièrement Akiza. Yusei et Bruno réussissent à compléter le programme nécessaire à son nouveau moteur, mais il est volé pendant la nuit. Trouvant une empreinte digitale, ils décident de pirater le réseau de la Sécurité pour trouver le coupable. Ils doivent cependant réussir un duel puzzle afin de pouvoir accéder à la base de donnée.

Yusei, Jack, Crow et Bruno décident de poursuivre Lazar, qui avait volé leur programme pour Primo. Remarquant qu'il est poursuivi, Lazar se dirige vers le centre commercial. Il arrive à semer Jack et Crow en utilisant des hologrammes. Cependant Bruno arrive à comprendre le tour, et lui et Yusei suivent Lazar vers un complexe. Lazar donne le programme à Primo, qui remarque alors qu'ils ont été suivis ce qui déclenche l'alarme, séparant Yusei et Bruno. Primo active un Robot Gardien de Duel rempli des données de combat de Yusei afin de l'immobiliser pendant qu'il installe le programme dans des centaines de duellistes robots. Bruno arrive presque à pénétrer dans la salle mais il est immobilisé par Primo provoquant le souvenir d'un passé oublié. Dans le même temps, le Robot Gardien utilise ses capacités pour bloquer les monstres de haut niveau de Yusei et les invocations spéciales, le mettant dans une situation délicate.

Jack et Crow arrivent au complexe seulement pour se faire mettre à la porte. Ils s'infiltrent alors via un tuyau de ventilation. Alors que Yusei continue à lutter contre le Robot Gardien, Primo complète le programme d'installation des duellistes robots. Avec le succès de son entreprise, Primo démarre un compte à rebours d'auto-destruction et part en utilisant ses capacités, donnant à Yusei seulement 10 minutes pour gagner son duel et pour s'échapper. Jack et Crow rejoignent Bruno qui leur annonce, à contre-cœur, qu'ils doivent s'échapper sans attendre Yusei. Alors que le compte à rebours commence à filer, Yusei arrive à bloquer le deck du Gardien Robot et à invoquer son Dragon Poussière d'Étoiles pour gagner le duel. Alors que le complexe explose, Lazar s'envole pour sauver Yusei et pour l'avertir de ne plus interférer dans les actions d'Yliaster.

Les Forces de Sécurité arrivent pour arrêter Jack. Mina et Trudge montrent des preuves irréfutables que quelque chose de semblable au Duel Runner de Jack cause des accidents à d'autres personnes avec le Dragon Rouge Archdémon. Mais Jack dément avoir commis tous ces crimes et Crow ne l'aide pas vraiment. Quand les nouvelles arrivent, chacun croit difficilement à ce qui est en train de se passer. Plus tard dans la nuit, les coupures électroniques d'un bug ouvrent la cellule de Jack, lui permettant de s'échapper. Cependant, il tombe nez à nez avec un Jack Atlas lui ressemblant comme deux goutes d'eau, conduisant le même Runner que lui et se comportant comme lorsqu'il était le Roi des Duels. Il se fait défier dans un Turbo Duel par ce Jack et commence en piochant un syntoniseur qu'il aurait pu utiliser pour invoquer le Dragon Rouge Archdémon, mais à cause des évènements passés, il l'utilise pour invoquer le Dragon Ailé, Seigneur des Explosions à la place.

Yusei et Crow apprennent de Carly qu'il y a deux Tempête du Phénix (le duel runner de Jack) et qu'il existe un faux Jack Atlas. Ils retournent donc sur la scène de crime pour trouver le vrai Jack. Crow trouve une carte de Jack sur une paroi rocheuse au bord de la plage et, pensant que Jack s'est noyé, gémit de lamentation. Toutefois, Yusei reçoit un appel de Carly et découvre que Jack est apparu de nouveau sur l'autoroute. Et donc, comme Yusei et les autres se rendent sur les lieux de l'action, ils sont témoins du turbo duel de Jack contre l'imposteur. Le faux Jack essai apparemment de les sortir de la voie avec des rideaux de fumée se dirigeant vers Yusei. Lorsque le vrai Jack demande à l'imposteur pourquoi il se fait passer pour lui, il lui répond simplement que son état actuel n'est pas celui du Roi des Duels qu'il était avant.

Zora rencontre Yusei et les autres dans la rue et ils découvrent que la sympathique Zora n'est pas au meilleur de sa forme. Inquiet, Yusei lui demande ce qui se passe et apprend que le Comité de la Ville a décidé de remplacer l'horloge de la ville qu'elle chérissait tant. C'est à ce moment que le fils de Zora qui était parti étudier les mécanismes horlogers depuis trois ans pour réparer l'horloge apparait. Lynden de son nom est revenu pour réparer l'horloge pour sa mère, mais elle lui tourne le dos...

Yusei reçoit une lettre d'appel à l'aide pour sauver son vieil ami, Kalin Kessler. Yusei se rend immédiatement à Crashtown, où Kalin se trouve. Dans cette ville gouvernée par le duel, Yusei rencontre Barbara, qui vit ici. Elle lui explique que Kalin est un membre du gang de Radley, elle lui parle aussi des problèmes de son ami et lui demande de le sauver. Au crépuscule, Yusei et Barbara regardent un duel de Kalin contre un adversaire du gang de Malcolm. Yusei voit Kalin affronter ses adversaires sans mercie. Il a essayé d'appeler Kalin mais il n'a reçu qu'un retour glacial et Kalin s'en est allé avec son Duel Runner rejoindre son gang. Yusei décide alors de rejoindre le gang de Malcolm afin de sauver Kalin de cette ville de duels de gang.

Yusei Fudo s'aventure dans les gangs de duel dans l'espoir de sauver son ami Kalin Kessler du gang de Radley, et ce, en osant se battre pour le gang ennemis de celui de Kalin. Et même si Yusei essaie de dire à Kalin qu'il est venu pour l'aider, tout ce qu'il obtient n'est qu'un retour glacial de la part de son ancien ami disant avoir complètement oublié ce que le mot "Satisfaction" signifiait. C'est alors que le duel opposant Yusei à Kalin commence.

Yusei et Kalin continuent leur duel. Kalin veut être libre du duel en perdant face Yusei, donc il a l'intention de se suicider s'il perd. Toutefois, il est incapable de 'trahir le duel', et, finalement, il invoque le Dragon de la Fatalité Enfernité. Yusei invoque alors Dragon Poussière d'Étoile et déclare: «Je vais te sauver!". Cependant, le meilleur duelliste du gang Malcolm, Lawton, revient et détruit les disques de duel du gang de Radley. Barbara immobilise Yusei, révélant qu'elle connait la situation de Kalin, qu'elle est la fiancée de Malcolm et qu'elle l'a utilisé pour se débarrasser de Kalin pour que Malcolm règne sur les gangs de Crashtown.

Après un bref combat, Yusei attrape Kalin, et s'échappe de la mine. Lors de l'échappée, ils atteignent un cimetière, où Kalin reconnaît les «tombes» de ceux qui ont été vaincus dans les duels et forcés à aller à la mine, réalisant que tout ici est son propre fait, le choquant. West et Nico se montrent, en disant qu'un Duel Runner pourrait être nécessaire pour deux personnes à la fois pour sortir de la ville, offrant ainsi Yusei son Duel Runner. Lorsque Yusei essaie d'aider les gens envoyés à la mine, Lawton apparaît et lance son assaut. Voulant sauver Kalin et les autres, Yusei s'engage dans un Duel Turbo contre Lawton. À l'intervalle, Kalin commence à s'échapper de la mine.

Lawton a invoqué « Ogre Canon Géant » et a poussé Yusei dans ses derniers retranchements. Lorsque les points de vie de Yusei atteignent 400, ce dernier mise tout sur sa prochaine pioche. Pendant ce temps Kalin sauve Sergio, West et le père de Nico, et se bat contre les sbires de Lawton afin de s'échapper cependant le père de west et nico se sacrifie pour les sauver pendant ce temps yusei invoque le guerrier foreur mais lawton réplique avec une carte piège et est interrompu par kalin et les 2 enfants qui ont volé le duel runner des sbire puis lorsqu'ils aperçoivent la sortie, lawton revient et met sa D-Wheel en mode géant et reprend l'activation de son piège et lance une bombe qui envoie voler tout le monde. kalin, yusei et son runner tombe dans un creux et les deux enfants au bord, inconscient, ce qui fait que Lawton les enlève.

Crashtown est maintenant sous le contrôle de Lawton et, maintenant qu'il n'y a plus personne pour s'opposer à lui, il en est devenu le chef pour longtemps. Toutefois, arrive le moment où Yusei Fudo et Kalin Kessler arrivent. Kalin déclare à Lawton : «Laisse-moi te montrer comment la Grande Faucheuse vit sa vie." Le duel commence alors avec Yusei et Kalin contre Lawton avec le sort de la ville sur la balance.

Pour apporter la liberté à Crashtown une bonne fois pour toutes, Yusei et Kalin affrontent l'homme qui la contrôle désormais, Lawton. Une attaque stratégique de Yusei impeccablement réalisée avec Kalin, enlève la plupart des points de vie de Lawton, mais ensuite, ce dernier fait l'invocation de "Ogre Révolver", qui menace le reste des points de vie de Kalin, ainsi que ses Compteurs Mortels. Finalement, nos héros arrivent presque à gagner mais pas avant que Lawton ne leur fasse un coup fourré et les prennent en otage. Mais Jack et Crow se montrent pour sauver leurs amis : les Exécuteurs sont de nouveau réunis.

À cause de la carte qui est en sa possession et au péril de sa vie, Sherry décide de s'introduire au Quartier Général du Bureau de la Sécurité Publique. Alors qu'au même moment, Yusei et Bruno se rendaient là-bas. Et tandis que Yusei informe Trudge et Mina de la situation de Bruno, un rapport leur parvient qu'une bombe est à l'intérieur du bâtiment, alors que tout le monde est pris au piège dans ce même bâtiment. Et à l'intérieur, Yusei voit Sherry et court après elle, mais il tombe nez à nez avec Elsworth, qui accompagnait Sherry. Le duel est engagé entre les deux hommes et Yusei doit gagner s'il veut pouvoir rattraper Sherry et empêcher un accident de se produire.

L'homme décédé était Pearson, dont Crow était redevable, ce qui conduit Mina et Trudge, qui sont chargés de l'enquête, à questionner Crow. Ce dernier affirme avoir entendu le criminel utiliser une carte appelé «Mephist Sanglant". Il commence alors à chercher le criminel, ce qui le mène à rencontrer Bolton, un homme qui a autrefois travaillé pour Pearson. Mais Bolton ne veut rien dire et il parlera à une seule condition : un duel avec Crow.

Crow est mis en difficulté par le jeu de son adversaire. Malgré une invocation synchro qui réduit les points de vie de Bolton à 2800, ce dernier finit par invoquer le monstre recherché de tous:"Mephist Sanglant". Bolger réduit les points de vie de Crow jusqu'à 300. C'est alors que la marque de Crow se met à briller après qu'il a prononcé un discours permettant l'apparition du 5edragon caché dans le runner de Crow : le Dragon Ailes Sombres. Crow réduit, par les effets de son monstre, les points d'attaque de son dragon à 0 puis les échange avec ceux de "Mephist Sanglant" et attaque, réduisant les points de vie de Bolton à 0.

Étant donné que le WRGP approche, Yusei et ses amis visent le haut du tableau des éliminatoires, et donc ils font une course d'entrainement sur le circuit. Toutefois, Crow veut continuer à faire des tours de circuit et il percute un des membres de l'Equipe Unicorn. Afin d'éviter tout problème avant les préliminaires, Yusei affronte André, le meilleur joueur des Unicorn, dans un Duel Turbo.

Le turbo duel opposant Yusei à André continue. Et petit à petit, Yusei est poussé dans ses derniers retranchements dû à l'intensité que met son adversaire dans ce duel. Mais il tente de retourner dans le match en invoquant son fidèle Dragon Poussière d'Étoile. Avant qu'il ne puisse gagner, le temps d'entraînement de l'Equipe Unicorn se termine, de même que le duel. Le jour suivant, Sherry visite brièvement Yusei pour lui demander des précisions sur ce qu'ils ont tous les deux vus, et les enfants de Martha donnent à Crow une banderole qu'ils ont fabriqué. Cela lui donne envie de s'entraîner, mais il se crashe soudainement et se casse le bras, l'empêchant de participer au WRGP. Il laisse alors à Akiza sa place et se met à l'entrainer.

Les tours préliminaires du WRGP commencent enfin. Yusei et les autres y participent en tant que Équipe 5D's. Cependant, leur premier match les opposent à l’Équipe Unicorn qu'ils ont déjà rencontré. Yusei et les autres, s'attendant à une victoire, si on prend en considération les autres duels du jour, placent Jack en tant que premier duelliste, suivi par Akiza comme deuxième duelliste, et enfin Yusei comme troisième duelliste. Cet ordre étant celui dans lequel les membres se battront en duel.

Jack, est finalement battu par André, et retourne au stand, puisque son Runner a rendu l'âme à cause des attaques du duel. Donc, Akiza le remplace dans ce duel en tant que deuxième duelliste. Et cette dernière démarre sur les chapeaux de roues en lançant une attaque brutale à André, le faisant perdre la plupart de ses points de vie et l'obligeant à jouer sur la défensive. Le but étant de gagner ce duel le plus rapidement possible. Cependant, il prévoit de la contrer en jouant le Sort de Célérité qui est dans sa main : La Fin de la Tempête.

Il n'y aura aucune chance de victoire si Yusei, troisième et dernier duelliste de l'équipe, maintenant qu'Akiza a aussi été vaincue, ne bat pas trois duellistes en un seul match. En effet, il doit battre André, toujours invaincu, mais aussi les deux autres duellistes de l’Équipe Unicorn. Yusei arrive à détruire la carte magique fétiche d'André, mais cela lui permet d'activer son autre carte qui réduit de moitié les points de vie de Yusei ainsi que tous les siens. Yusei affronte alors le prochain duelliste de l’Équipe Unicorn, Breo, qui invoque bientôt son monstre synchro, Bicorne Vortex qu'il détruit aussitôt en réduisant 10 de ses Compteurs Vitesse. Cela a pour conséquence d'envoyer 7 cartes du deck de Yusei au cimetière, mettant en place sa tactique de destruction de deck.

Yusei arrive à battre Breo grâce à son "Robot de la Dévastation" mais doit à présent faire face au dernier duelliste de l'Equipe Unicorn, Jean, qui a déjà invoqué son monstre Synchro "Tricorne de la Foudre".

Yusei commence à revenir dans la partie en invoquant un monstre « Fusion », son « Draco Equiste, Paladin Dragon » qui a 3200 points d'attaque et qui est de niveau 10. Il arrive donc à contrer les techniques de Jean et arrive finalement à détruire son dernier monstre en lui retirant le reste de ses points de vie.

Yusei et ses amis fêtent leur nouvelle victoire et qualification dans le WRGP tout en se liant d'amitié avec l'Equipe Unicorn. Malgré cela, Bruno, à la suite d'un accès de folie, se souvient d'évènements liés à Yliaster où il apparait avoir une mission, puis tombe dans l'eau. Sherry Le Blanc apparait en leur disant qu'Yliaster est impliqué dans le tournoi et Yusei comprend que s'il ne parvient pas à maîtriser l'Accel Synchro, il ne pourra pas vaincre les Empereurs Machine d'Yliaster. Le lendemain, l'Equipe Unicorn se fait battre par l'Equipe Catastrophe et comme si cela ne suffisait pas, André et Jean sont grièvement blessés.

Alors qu'André et Jean sont à l'hôpital, Yusei et ses amis tentent de découvrir la cause des crash de l'Equipe Unicorn. Akiza, pendant ce temps, est victime d'un "accident" semblable à celui de Crow. Il semble que cela soit dû à la carte des Ténèbres de l'Equipe Catastrophe "Le Chevalier au Crochet Caché" qui a été offerte à Nicolas par Primo. Le duel entre Crow et un membre de l'Equioe Catastrophe, Hermann, commence. Alors que Crow subit déjà des dommages, un crochet sort de l'ombre de son Duel Runner et tente de le faire tomber. Mais Crow l'ayant vu à temps, parvient à l'éviter. Yusei et les autres comprennent qu'il ne s'agit pas ici d'une simple carte. En effet, le mystérieux crochet est le même que celui du monstre joué par Hermann.

Malgré la douleur qu'il a au bras, Crow continue à éviter les attaques de plus en plus nombreuses et ténébreuses du Chevalier au Crochet Caché sur son Duel Runner. Crow invoque son Dragon Ailes Sombres et arrive à mettre hors jeu Hermann, ainsi que son Chevalier au Crochet Caché. Arrivant à sa limite, Crow laisse Jack s'occuper du deuxième duelliste Nicolas. Cependant, Nicolas utilise une autre carte des ténèbres, destinée à les mettre tous les deux hors jeu. Malgré tout, Jack reste dans la partie grâce à l'effet de son monstre, venant au secours de Nicolas avant qu'il ne crashe. Son Duel Runner étant détruit, ce dernier est incapable de passer le relai à son partenaire, donnant à l'équipe 5D's son billet pour la finale. Dans le même temps, Primo envoie son armée de Robots duellistes, surnommée Diablo, à travers la ville.

L'armée Diablo entre dans la ville et sème le chaos en battant des dizaines de duellistes avec leur mode Bataille Royale. Yusei, Jack et Bruno, rejoint par Kaz, Elsworth et Sherry partent donc affronter l'armée des Ghosts en se divisant en petit groupes. Yusei, Sherry et Elsworth arrivent à battre plusieurs Ghosts, mais finalement Elsworth et Sherry se font battre.

Bruno recouvrant sa mémoire, se révèle être Vizor et vient au secours de Yusei. Mais Primo entre dans la partie pour en finir avec ce-dernier qui aura eu le temps de recevoir les instructions de Bruno pour pouvoir faire l'Accel Synchro, impliquant le Réacteur Ener-D et l'Accel Spirit (Clear Mind). Prenant ces choses en compte, Yusei accélère à des vitesses folles et est capable de voir un nouveau monstre. Le duel commence entre Primo et Bruno, qui s'étaient déjà combattu auparavant mais qui avait résulté sur le crash de Bruno dans la mer. Yusei arrive à un cratère, où une autre dalle de pierre a atterri. En la touchant, il est transporté dans la salle blanche où il avait déjà été, et où il reçoit une carte d'Accel Synchro. Primo invoque son monstre Wisel et Bruno invoque les monstres permettant de faire son Accel Synchro. Mais le duel sera mis en difficulté par les Ghosts venus en renforts. Yusei arrive et défie Primo qui se transforme et fusionne avec son Duel Runner.

Yusei est toujours face à Primo et son Empereur Machine Wisel. Yusei invoque donc un monstre synchro, son Robot de la Dévastation et Primo tente de l'absorber mais Yusei arrive à le contrer. Primo active une carte permettant de détruire "Tronc de Wisel" pour invoquer à la surprise générale "Ailes de Skiel 3" puis "Ailes de Skiel 5". Le pactisant tente donc le tout pour le tout en invoquant son Dragon Poussière D’Étoile et en tentant une Accel Synchro mais qui à sa grande surprise, rate. Primo absorbe donc le "Dragon Poussière d’Étoile" de Yusei qui se retrouve à présent dans une position délicate.

Avec son Dragon Poussière d'Étoile absorbé par Wisel, Yusei commence à être frustré sur la raison pour laquelle son Accel Synchro a échoué. Arrivant tout juste à survivre aux attaques de Primo, Yusei arrive finalement à récupérer son Dragon Poussière d'Étoile. Primo fait démarrer une tornade qui commence à affecter la ville, mettant Haruka, un enfant, en danger. Cependant, Akiza arrive à la sauver. C'est alors que Yusei regagne sa détermination en faisant le vide dans son esprit (le "Clear Mind"), lui permettant alors de réaliser une Accel Synchro et d'invoquer son Dragon Étoile Filante, dispersant la tornade.

Remarquant la lumière causé par le Dragon Étoile Filante, Jack et Crow décident de se diriger vers Yusei. Ce-dernier utilise la faculté spéciale de son dragon et la volonté de ses amis pour attaquer Primo cinq fois d'affilée remportant la victoire et le détruisant. Alors que Yusei retrouve Jack, Crow et Bruno, ils se retrouvent face à Lester et à Jakob qui se révèlent être les empereurs d'Yliaster. Ils prétendent être une organisation destinée à placer le futur sur le bon chemin après qu'il a été altéré par la création du Réacteur Ener-D. Ils ont pour but la destruction de New Domino City. Sherry et Elsworth arrivent et attaquent Jakob et Lester, mais ne sont pas de taille. C'est alors que Jakob reçoit sa tablette, lui donnant l'Empereur Machine Grannel. Alors qu'ils partent, ils disent à Yusei et aux autres qu'ils combattront dans le WRGP. Alors que New Domino City se remet du carnage, Yusei et ses amis se préparent pour la bataille qui arrive.

Greiger a une vision de Jack en train d'être détruit par son propre pouvoir et va alors appeler Jack et Yusei jusqu'aux plaines de Nazca. Il parle de comment il avait construit un temple pour aider à sceller les Esprits de la Terre Immortels, mais a récemment été troublé par l'apparition de ce qui est connu comme le Diable Cramoisi. Greiger avertit Jack qu'utiliser ses techniques de duel habituelles basées sur la puissance pourrait le détruire, mais Jack insiste qu'il ne peut combattre qu'en l'utilisant. Greiger propose un Turbo Duel, mais Jack est surpris quand il voit que son adversaire est son petit frère, Max, qui apparaît être possédé par le Diable Cramoisi. Jack invoque son Dragon Rouge Archdémon mais se retrouve en difficulté contre le deck spécial de Max. Quand Jack attaque, il se retrouve attaqué par son propre pouvoir tout comme dans le rêve de Greiger, le duel s'arrête alors. Jack ne souhaite alors plus abandonner ses techniques basées sur la puissance et s'en va.

Alors que Jack venait de partir, il est défié par Familier - le servant du Diable Cramoisi - quand il arrive à un village, l'obligeant à revenir. Pendant ce temps, Greiger et Yusei discutent du duel contre Jack où divers points restent confus comme le deck utilisé par Max. Jack arrive et pénètre dans le temple pour rencontrer Familier. Celui-ci promet la puissance à Jack qu'à la seule condition qu'il gagne le duel. Jack accepte mais sous hypnose et le duel commence. Yusei et les autres arrivent mais ne peuvent avancer davantage car le serviteur les repousse. Ce dernier met Jack en très grande difficulté en contrant ses attaques et en lui infligeant des dommages sans porter une seule attaque mais par des effets comme lors du duel contre Max. Au cours du duel, Yusei et les autres découvrent que le Diable Cramoisi les a manipulé pour s'emparer du corps de Jack, condition possible que si ce dernier perd son duel.

Jack invoque son Dragon Rouge Archdémon, mais est toujours gêné par les effets de Familier, bien qu'il arrive finalement à lui infliger des dommages. Familier essaie d'utiliser le pouvoir du Diable Cramoisi pour faire tomber Jack dans le vide, mais il tient bon. Greiger se souvient d'un Pactisant légendaire qui avait une âme brûlante - 'Burning Soul' - utilisée pour battre Nova Rouge. Jack commence à jouer de manière plus stratégique et inflige plus de dommage à Familier. Celui-ci devient furieux et invoque un monstre puissant, amenant la libération du Diable Cramoisi toute proche. C'est alors que Jack produit une Âme Brûlante et que le Dragon Cramoisi, aussi connu comme le Quetzalcoatl (le Dieu qui protège le lieu), apparaît, autorisant Jack à faire une double-syntonisation avec deux monstres syntoniseurs. En absorbant le pouvoir du Diable Cramoisi, il invoque le Dragon Nova Rouge et bat le Familier.

Yusei et les autres attrapent Lazar qui, déguisé, vole des nouilles instantanées. Voulant en apprendre plus sur Yliaster, ils le coincent, mais il arrive quand même à s'échapper. Espérant le piéger, le groupe tient un faux lancement de produit de nouilles où on peut affronter en duel Crow dans une tenue de mascotte afin d'espérer gagner des nouilles. Finalement, Lazar apparaît dans un autre déguisement, et alors qu'ils n'arrivent pas à l'avoir, Yusei arrive à mettre un marqueur sur lui afin de pouvoir le localiser facilement. Crow le défie dans un duel pour qu'il lui fournisse des informations sur Yliaster. Celui-ci invoque son Seigneur Jester et annule les facultés des monstres syntoniseurs de Crow, mais ce dernier arrive à faire un retour gagnant pour le détruire. Alors que la famille de Lazar apparaît, celui-ci revient dans la partie avec sa Reine Jester.

Le groupe accompagné de Sherry, interroge Lazar sur Yliaster. Après qu'il a parlé de lui et de sa famille et de son amour pour les bols de ramen, il les amène finalement à un jeu d'arcade où deux duels-puzzle doivent être réussis afin d'accéder à une base de donnée cachée. 3 échecs sont permis, Lazar échoue lors de la première tentative car il n'inflige pas assez de dommage pour l'emporter. Akiza utilise sa connaissance des Turbo Duels pour pouvoir l'emporter. Cependant, Jack calcule mal son coup dans le deuxième duel et perd le deuxième crédit, laissant Yusei achever le puzzle par lui-même. Le jeu achevé, Lazar accède aux données, qui révèlent l'entreprise qui a envoyé les trois membres d'Yliaster au Bureau de la Sécurité Publique, Momentum Express - Agence de Développement.

Yusei, Sherry et Bruno s'infiltrent dans le QG du Momentum Express déguisés en représentants de l'entreprise de Bolton. Là, Clark Smith leur montre un nouveau réacteur Ener-D, qui est supposément conçu pour autoriser des duellistes turbo à voyager à travers des trous dans l'espace-temps. Voulant en savoir plus, il s'infiltre dans le bureau de Clark pour obtenir une clé d'accès pour pouvoir ouvrir la porte menant au niveau 10. Quand Clark revient, Yusei le retient en le défiant en duel avec des nouvelles règles proposées par Clark, alors que Sherry et Bruno se dirigent vers l'espace restreint. Le duel de Clark demande aux joueurs de déclarer le type de carte voulu et de choisir avec succès la bonne afin de l'utiliser. Cependant, Clark triche avec ses lunettes afin de choisir toujours les bonnes cartes. Réalisant cela, Yusei arrive à invoquer son Dragon Poussière d'Étoile et à le battre. Cependant, Clark savait déjà leurs identités et enclenche l'alarme.

Clark révèle qu'il a tué les parents de Sherry afin de découvrir le secret derrière Infinity, qui est en train d'être utilisé par Yliaster pour altérer l'histoire. Il envoie Yusei, Sherry et Bruno dans un trou dans l'espace-temps dans lequel ils sont destinés à se désagréger et à crasher. Sherry utilise sa carte pour reprendre le contrôle de la navette, mais elle finit par être aspirée. Yusei et Bruno passent par une île étrange, où Yusei est de nouveau, brièvement visité par son père, qui l'avertit que Ener-D détruira l'espèce humaine avant de faire retourner lui et Bruno à New Domino City. Mécontent des actions de Clark, Yliaster répand un souffle de lumière blanche autour de New Domino City qui efface l'existence de Clark. Une autre équipe du WRGP, l'Equipe Ragnarok, remarque également le souffle mais ils sont protégés par leurs cartes des Seigneurs des Ases.

Après avoir appris l'existence de l'Équipe Ragnarök, Lua fonce sur un autre membre d'une autre équipe du WRGP, l'Équipe Taiyo (Soleil en japonais), et le blesse. Ils le prennent alors pour qu'il le guérisse puis lui parlent de leur précieux Duel Runner, qui a été endommagé lors de l'incident des Ghosts. Il leur propose de les aider, en appelant Yusei, mais Jinbei refuse son aide. Lua amène Yusei et Bruno pour réparer leur Duel Runner, et malgré les objections de Jinbei, les autres acceptent. Dans le même temps, Jack, Crow et Akiza assistent à un Duel d'exhibition de l'Équipe Ragnarök, et d'un de leurs membres - Dragan - défie Jack en duel. Ce-dernier invoque son Dragon Rouge Archdémon tandis que Dragan invoque son Seigneur des Ases, Thor. Ce-dernier attaque, mais la puissance des deux monstres commence à résonner et à causer un tremblement de terre, forçant Lazar à faire terminer le duel avant que des problèmes aient lieu.

Alors que l'Équipe 5D's se prépare à affronter l'Équipe Taiyo, ils se montrent curieux d'avoir vu leur deck comprenant largement des cartes normales. Taro se rappelle comment il a réussi à former son équipe et à entrer dans le WRGP. Le premier tour démarre et Jack se retrouve face à Yoshizo. Ce-dernier invoque Le Majin Tenant les Mains pour solidifier sa défense, arrivant même à se protéger du Dragon Rouge Archdémon. Il devient alors clair que le plan de Taiyo est de mettre en place une défense invincible tout en attaquant avec les effets du Monde de Vitesse 2. Jack arrive à égaliser leurs points de vie, puis à annuler l'effet du Majin Tenant les Mains et à le détruire, mais Taiyo a un autre plan en tête.

Jack bat Yoshizo en contrant les effets du Monde de Vitesse 2, et affronte maintenant le deuxième membre des Taiyo, Jinbei, qui invoque un autre Majin Tenant les Mains. Jinbei se rappelle être parti de chez lui enragé et d'avoir rencontré un homme, Mizuru, dans une voiture de sport. En l'accompagnant, Mizuru abime le Duel Runner d'un gangster et est pourchassé. Quand plusieurs des amis de Mizuru sont capturés et que Mizuru a trop peur de faire marche arrière, Jinbei repart affronter les gangsters, et est sauvé par Taro et Yoshizo. À présent, Jack essaie de provoquer un match nul entre lui et Jinbei, mais ce-dernier parvient à s'en sortir. Crow continue le combat et utilise les efforts combinés d'Aile Noire - Maître des Armures et du Dragon Ailes Sombres pour battre Jinbei. Alors que Taro poursuit l'affrontement, Yusei le suspecte d'avoir un plan qui causera leur défaite dans quelques tours.

Yusei révèle que le plan de Taro est de sacrifier un monstre de niveau 1 resté sur le terrain pendant 10 de ses tours afin de pouvoir invoquer sa carte maîtresse, le Géant Endormi au Bruit Sourd. Quand la foule l'apprend, elle commence à encourager l'Équipe Taiyo, de même que les personnes de leur ville natale. Les tentatives de Crow de détruire le monstre de sacrifice de niveau 1 échouent, permettant à Taro d'invoquer le Géant qui bat alors Crow. Yusei prend la suite et invoque son Dragon Poussière d'Étoile pour affronter Taro.

Yusei arrive à infliger des dommages à Taro en prenant avantage de la position défensive du Dragon Poussière d'Étoile. Alors que Taro commence sa contre-attaque, Yusei fait une Accel Synchro pour invoquer le Dragon Étoile Filante. Cependant, Taro active son propre piège pour amener Yusei à la portée fatale des effets du Monde de Vitesse 2. Yusei utilise les cartes restantes de Jack et de Crow pour battre le Géant malgré ses effets pratiquement infaillibles, et à battre Taro. Malgré sa défaite, l'Équipe Taiyo est félicitée par la foule pour leurs efforts.

Remarquant la nouvelle apparition de l'île dans le ciel, Yusei, Jack et Crow vont aller voir, mais ils se retrouvent face aux membres de l'Équipe Ragnarök - Harald, Brave et Dragan - qui possèdent chacun l’Œil de Rune (similaire aux marques de dragon). Harald leur dit qu'il a reçu l'Œil de Rune et son Seigneur des Ases parce qu'il était l'héritier d'un pouvoir venant des contrées nordiques. Plus tard, il recrute les autres héritiers Dragan et Brave afin de contrer la menace de leur temps : Yliaster. Dragan explique qu'il y a trois ans, son père s'est fait hospitaliser après un accident dans une grotte. Afin de payer son opération, Dragan devait suivre les ordres de Goodwin et provoquer un match contre Jack, mais en contre partie, il devait perdre, mettant ainsi sa fierté de duelliste à rude épreuve. Les deux équipes désirant battre Yliaster, ils décident de régler cela pendant la demi-finale.

Jack apprend la vérité à propos des matchs truqués grâce à Lazar, qui confirme ce que Dragan lui avait dit. Jack devient alors extrêmement irrité, et Yusei lui suggère d'utiliser le duel à venir pour regagner sa fierté. Le lendemain, dans le match opposant 5D's et Ragnarök, Jack et Dragan débutent et sont surpris de trouver leur main de départ identique à celle du duel précédent. Réalisant l'opportunité de mettre un terme à cette histoire, les deux refont exactement les mêmes premiers tours que lors de la dernière fois, mais cette fois, Dragan peut utiliser librement sa carte piège. Jack parvient cependant à la contrer. Dragan invoque alors Thor, Seigneur des Ases qui parvient à détruire le Dragon Rouge Archdémon de Jack.

Alors que Dragan continue son attaque, Jack commence à ressentir des dommages réels. Cependant, Jack revient dans la partie en invoquant son Dragon Nova Rouge. Cependant, Dragan active des pièges qui affaiblissent celui-ci, protégeant Thor. Malgré tout, Jack arrive à mettre en place une stratégie afin de redonner à son Dragon sa pleine puissance, détruisant Thor et battant Dragan. Cependant, avant qu'il ne laisse sa place, Dragan ressuscite Thor et inflige des dommages à Jack.

Le deuxième coureur des Ragnarök, Brave, prend le contrôle de Thor et utilise ses facultés pour mettre Jack hors course. Crow reprend le duel, mais ses attaques se montrent inefficaces contre les pièges de Brave, ce qui lui coûtent beaucoup de points de vie quand Thor l'attaque. Remarquant que Crow est soutenu par des enfants, Brave explique la manière dont il a rencontré un groupe similaire d'enfants. Ces derniers étaient victimes de guerres dues à Yliaster. Cela l'a amené à vouloir combattre Yliaster afin de pouvoir les protéger. Crow invoque alors son Dragon Ailes Sombres, mais Brave invoque Loki, Seigneur des Ases, qui le détruit.

Crow n'ayant plus que 50 LP, les enfants qui supportent Crow se mettent presque en danger en essayant de l'encourager, ce qui a son effet car Crow arrive par la suite à ressusciter son Dragon Ailes Sombres et à activer une carte piège d'une cimetière. Mais Brave la contre, amenant les deux duellistes à se faire sortir en même temps du match. Yusei reprend alors les hostilités contre Harald, qui invoque rapidement Odin, Dieu des Ases.

Yusei doit à présent affronter la puissance d'Harald et de ses 3 Seigneurs des Ases. Tandis que Yusei exprime sa volonté de battre Yliaster et qu'il voit de nouveau son père, il obtient la puissance du Dragon Cramoisi et invoque son Dragon des Étoiles Majestueux. Cependant, Harald arrive à voir dans sa stratégie et le contre magnifiquement.

Yusei affronte alors non seulement les trois Seigneurs des Ases, mais aussi un compte à rebours fatal dû au piège 'Gjallarhorn' de Harald. Ce-dernier entrainera la défaite de Yusei dans trois tours, en infligeant les points d'attaques des trois Seigneurs des Ases aux LP de Yusei. Yusei arrive à repousser l'attaque des trois Seigneurs grâce à son Dragon Poussière d'Étoile. Harald invoque alors deux monstres sur le terrain de Yusei. En les retirant du jeu, Yusei arrive alors à invoquer son Dragon Étoile Filante et à infliger des dommages. Il retourne par la suite le piège Gjallarhorn contre lui (en amenant les ATK des Seigneurs des Ases à 0 avec 'Force Zéro') ce qui retire les Seigneurs des Ases du jeu, permettant à Yusei de gagner.

Non aidée par Mina qui la gêne, Carly cherche à écrire un article sur l'Équipe 5D's. Akiza, Luca et Lua décident alors de l'aider à écrire les profils de chaque membre, en se souvenant de leurs aventures passées. Cependant, alors qu'ils viennent de finir l'article, Stéphanie arrive et chute, répandant du café sur le PC portable de Carly.

Yusei et les autres, réalisant que New Domino City va disparaître de la surface de la terre s'ils ne gagnent pas, sont bien décidés à vaincre Yliaster. Le match commence avec Jack contre Lester. Jack, redoutant la technique de l'Empereur Mecklord, invoque son monstre phare, le Dragon Nova Rouge qui lui permet de battre le Skiel, Empereur Mecklord de Lester, et de remporter le premier duel. Cependant, ce dernier laisse à Primo une carte contre, qui semble être la clé de leur jeu d'équipe.

Le prochain tour commence avec Jack contre Primo, qui invoque immédiatement Wisel, Empereur Mecklord. Yusei réalise que leur tactique d'équipe est basée sur la carte piège jouée par Lester, mais Primo la protège ce qui l'amène à perdre devant Jack. Ce-dernier affronte alors Jakob, qui invoque Grannel, Empereur Mecklord, et qui utilise la carte piège pour se donner des LP jusqu'à un total de 12 000, ce qui devient alors les points d'ATK de Grannel. Son Empereur détruit alors le Dragon Nova Rouge pour ensuite l'absorber, augmentant encore plus ses points d'ATK et amenant Jack à laisser Crow prendre le relais.

Malgré les préoccupations des autres sur sa sécurité, Crow va affronter Jakob. Crow tente d'utiliser les facultés de son monstre Synchro (Aile Noire - Maître des Armures) sans qu'il ne se fasse prendre par Grannel, en invoquant Aile Noire - Aurore Boréale, et en activant sa faculté spéciale. Cependant, Jakob contre cette stratégie en utilisant le Dragon Nova Rouge comme rempart, puis en l'attaquant deux fois avec le Dragon de Jack. Crow est alors battu par Jakob, mais il arrive quand même à invoquer son Dragon Ailes Sombres en mode défense pour Yusei, en jouant une carte piège, après avoir été attaqué par Grannel, Empereur Mecklord. Crow crashe alors, tandis que Yusei s'en va affronter Jakob.

Yusei commence le combat contre Jakob, en utilisant le piège de Crow pour invoquer le Dragon Poussière d'Étoile quand le Dragon Ailes Sombres est détruit. Jakob montre alors à Yusei et aux autres un futur où New Domino City est complètement détruite. À cause des monstres Synchros et du réacteur Ener-D qui ont fait évoluer le monde à un rythme effréné, une guerre se déclenche et le réacteur Ener-D explose alors, détruisant la majorité du monde. Yusei refuse de croire cela et invoque le Dragon Étoile Filante et arrive à détruire Grannel, Empereur Mecklord. À ce moment-là, Jakob, Primo et Lester fusionnent pour former le vrai Empereur d'Yliaster, Aporia, la vraie forme du trio.

Aporia invoque son monstre clé, l'Infini Empereur Machine Cubique Divin Machinicle, ce qui crée un champ d'énergie, et amène la foudre à frapper toute la ville de New Domino City. Machinicle absorbe alors le Dragon Étoile Filante. Aporia montre alors des visions du futur, dans lesquelles, le seul survivant d'une attaque des Empereurs Mecklord et des monstres Synchros sur Terre supplie Z-One, juste avant sa mort, de le ressusciter dans le passé dans la forme de ses trois incarnations. De retour au duel, Yusei arrive à récupérer le Dragon Étoile Filante, en le détruisant et en le ressuscitant, mais est toujours dans une situation désespérée.

Aporia mène dans son duel face à Yusei grâce à son Infini Empereur Machine Cubique Divin Machinicle. Yusei, à présent désespéré, tente de revenir dans le match en alliant la puissance de ses cartes piège avec celles que Jack a laissé avant de perdre. Et grâce à cette combinaison ingénieuse, le Dragon Nova Rouge de Jack, le Dragon Ailes Sombres de Crow et le Dragon Etoile Filante de Yusei allient leurs forces pour défier le Dieu Mécanique Impérial.

Yusei arrive à battre Aporia, faisant de l'Equipe 5D's la championne du WRGP. La paix semble s'être finalement installée à New Domino City, néanmoins, les choses prennent une tournure inattendue quand la Citadelle de la Peur (Ark Cradle) apparaît dans le ciel.

Avec l'aide de l'Equipe Ragnarök, Yusei compte s'introduire dans la Citadelle de la Peur afin de sauver la ville, même si cela doit causer sa mort.

Yusei et ses amis arrivent dans la Citadelle de la Peur, mais sont très vite séparés en trois groupes, selon les plans de Z-one. Chaque groupe s'aventure dans les trois différents Engrenages Planétaires au centre de la structure. Cependant, Sherry barre la route de Crow et Akiza. Elle ne les laissera passer que s'ils gagnent contre elle. Elle utilise alors la carte "École de Zone" pour se "diviser" en deux afin de les affronter séparément.

Ayant compris la stratégie de Sherry, Crow et Akiza détruisent l'effet de la carte magie "École de Zone". Mais en utilisant le pouvoir d'une carte qui était un souvenir de son père, Sherry utilise "Z-ONE", activant une nouvelle carte de terrain : "La Porte de l'Âme Reliée".

Jack, Lua et Luca arrivent à l'Engrenage Planétaire. Là-bas, ils sont surpris de voir qu'Aporia, que tout le monde pensait vaincu dans la finale du WRGP, les attendait. Cependant, afin de stopper l'Engrenage Planétaire, le trio affronte Aporia en duel. Néanmoins, quand Aporia active sa carte magie de terrain, "Fortissimo, la Forteresse Mouvante", les 4 joueurs se retrouvent intégrés dans le duel par un dispositif qui s'installe de force sur leur cœur. La vie des 4 joueurs est alors expressément reliée à leurs points de vie, ce qu'il signifie que s'ils tombent à zéro, ils meurent. Un duel à mort commence alors entre les 4 joueurs. Cependant, Lua essaie désespérément de protéger Luca, mais dans sa tentative, il permet à Aporia de lui porter un coup fatal.

Dans son combat contre Aporia, Lua tente tout pour protéger ses amis, mais sans succès. De plus, cela permet à Aporia d'infliger encore plus de dommages à Jack et Luca. Lua commence à perdre espoir, et Aporia en profite pour invoquer son Dragon Astro Meklord Astérisque et lancer une attaque. Les trois se retrouvent sur le fil du rasoir. Et même si Aporia répète sans cesse aux trois duellistes de se rendre pour sauver leur vie, Lua fait preuve de courage et lui tient tête.

Le duel opposant Jack, Lua et Luca à Aporia continue. Et sous des conditions désastreuses, le nouveau pouvoir de Lua apparaît. Un sixième dragon apparaît alors pour affronter le Dragon Astro Meklord Astérisque. Lua utilise le Dragon de Vitalité pour contrer les effets d'Astérisque et restaurer les points de vie de son équipe, mettant Luca hors de danger. Aporia active un piège pour empêcher les monstres Synchro d'attaquer, mais Luca utilise la faculté de l'Ancien Dragon Féérique pour détruire sa carte de terrain, et utiliser la sienne, permettant à Jack d'invoquer le Dragon Nova Rouge. Aporia arrive à invoquer le Divin Empereur Machine : Machinecle Infini pour augmenter la puissance d'Astérisque, mais Lua et Luca utilisent leurs pièges et leurs dragons pour l'affaiblir. Jack bat Aporia, qui perd avec un sentiment d'espoir dans son cœur, et le deuxième Engrenage Planétaire s'arrête.

Yusei doit alors non seulement s'occuper d'Antinomy, mais aussi des flammes venant du Soleil. Antinomy invoque son monstre Accel Synchro, Blade Blaster T.G., et inflige de nombreux dommages à Yusei. Antinomy parle alors du moment où il était un turbo duelliste avant le phénomène qui détruisit le monde. Il a été sauvé par Z-one, et a rejoint Aporia en tant qu'un des quatre survivants restant, qui ont travaillé avec Z-one sur ses expériences, avant d'avoir été ressuscité en cyborg, après la mort de son corps humain. Sa mission était d'enseigner à Yusei l'Accel Synchro, afin de fournir la puissance nécessaire pour amener la Citadelle de la Peur à New Domino City. Yusei invoque le Dragon Etoile Filante et regagne du terrain, mais alors Antinomy réalise un nouveau et plus avancé Accel Synchro en utilisant 3 monstres Synchros, appelé Delta Accel Synchro, pour invoquer son monstre clé, Canon Hallebarde T.G. qui a 4000 points d'attaque et de défense.

Yusei se trouve alors dans une situation désespérée, quand Canon Hallebarde T.G. amène ses points de vie jusqu'à 100, et l'empêche d'invoquer ses monstres. De plus, la supernova se transforme en Trou Noir, menaçant d'aspirer Yusei s'il chute. Cependant, Yusei arrive à invoquer Tireur Balance, qui donne au Dragon Etoile Filante la puissance d'écraser Canon Hallebarde T.G. et de battre Antinomy. Alors qu'ils sont aspirés dans le Trou Noir, Antinomy demande à Yusei de maitriser la Delta Accel Synchro et de sauver le monde, et se souvient de ses souvenirs en tant que Bruno, quand il était encore l'ami de Yusei. En se souvenant de cela, il se sacrifie pour amener Yusei hors du Trou Noir, à la Citadelle de la Peur. Puis, le troisième Engrenage s'arrête de tourner, et Yusei se lamente sur la perte de Bruno, qui était une fois son ami.

Avec l'arrêt du troisième Engrenage, les Pactisants gagnent l'accès à l'Engrenage Central, où Yusei rejoint les autres, leur disant la vérité sur Antinomy, et sur la méthode d'invocation Delta Accel Synchro. Ils se dirigent alors vers le centre de la Citadelle, où ils voient de nouveaux engrenages ainsi que le générateur Ener-D appelé l'Engrenage Central, qui fournissait la majorité de la puissance à l'Ener-D Négatif de la Citadelle. Puis, ils entrent au cœur de la Citadelle où Z-one les attend. Ce-dernier révèle qu'il était derrière l'accident Zéro Retour (Zero Reverse), mais aussi derrière les plans de Paradox, afin d'annihiler les monstres Synchro, mais aussi le réacteur Ener-D. Z-one décide alors de régler les choses par un duel, et si Yusei gagne, l'Engrenage Central s'arrêterait de tourner, et la Citadelle disparaitrait vraiment. Yusei accepte le défi, et alors qu'il se prépare à l'affrontement, Aporia apparait, bien que grièvement blessé, et défie Z-one en duel à sa place.

Aporia invoque Skiel en détruisant le Noyau du Ciel, mais alors le détruit afin de pouvoir piocher la carte magique "Destruction du Futur", et active alors ses effets, en choisissant de détruire son propre deck, afin qu'il puisse utiliser sa carte, Illumination de l'Après, pour tenter de remporter la victoire de manière certaine. Cependant, le Dieu Machine Temporel Metaion revient dans le deck de Z-one, et ce-dernier invoque alors un autre Dieu Machine Temporel, Razion, qui fait retourner toutes les cartes dans le deck d'Aporia. Il en résulte qu'Aporia est incapable de piocher la carte dont il a besoin, et est battu par l'effet de Razion. Avant sa mort, Aporia donne au Runner de Yusei des ailes, en fusionnant son disque de duel avec le Runner de Yusei.

Yusei invoque à la fois le Dragon Rouge Archdémon et le Dragon Ailes Sombres tandis que Z-one remplace Metaion par Razion. Yusei invoque alors le Dragon Rose Noire et utilise un piège pour annuler son effet et infliger des dommages à Z-one. L'impact de l'attaque casse le masque de Z-one, révélant son visage qui ressemble à celui d'un Yusei plus vieux.

Z-one prétend être le Yusei du futur, bien que Yusei refuse d'y croire. Z-one invoque alors 3 Dieux Machine Temporel de plus, utilisant leurs facultés pour restaurer ses points de vie, retourner les monstres de Yusei dans son deck et lui infliger des dommages. Z-one explique qu'il était un scientifique qui a utilisé la technologie pour devenir un clone de Yusei, dans l'espoir de restaurer l'espoir aux gens afin que leurs émotions puisse stabiliser le réacteur Ener-D. Cependant, ce fut vain lorsque ce dernier explosa, empêchant Z-one d'espérer poursuivre dans cette voie. Il comprit alors que le seul moyen de sauver le futur était de détruire New Domino City et le réacteur Ener-D. Yusei invoque l'Ancien Dragon Féérique, mais cela permit alors à Z-one d'invoquer 5 Dieux Machine Temporel.

Yusei se protège des attaques de Z-one en activant au bon moment son Épouvantail de Ferraille et en prévoyant les effets des Dieux Machine Temporel. Quand l'Ancien Dragon Féérique est renvoyé dans son deck, Yusei se protège de la dernière attaque de Z-one en invoquant le Dragon Outil Électrique (Dragon Électromécanique dans le TCG). Cependant, Z-one active alors un piège qui lui permet de garder tous ses monstres sur le terrain. Alors que la Citadelle rentre en collision avec New Domino City, Yusei tombe de son Duel Runner, mais est sauvé par son père, Dr. Fudo, qui le convainc de continuer à combattre. Yusei invoque alors le Dragon de Vitalité, et ressuscite les autres dragons, et utilise les pouvoirs du Dragon Cramoisi pour réussir un Delta Accel Spirit (Over Top Clear Mind), afin de réaliser une Over Limit Accel Synchro, invoquant un nouveau monstre, Dragon Quasar Filant.

Yusei utilise le Dragon Quasar Filant pour détruire tous les Dieux Machine Temporel de Z-one et parvient alors à invoquer le Dragon Étoile Filante pour infliger des dommages à Z-one. Ce-dernier parvient cependant à invoquer son ultime Dieu Machine Temporel, Sephiron, qui ressuscite 4 autres Dieux Machine Temporel, angmentant sa puissance d'attaque à 20000. Malgré la destruction du Dragon Étoile Filante, Yusei survit grâce à son piège, Regroupement des Vœux qui lui permet d'invoquer son Dragon Poussière d'Étoile, lui donnant également une plus grande force d'attaque. Avec le soutien de ses amis et des habitants de New Domino City, Yusei arrive à battre Z-one, arrêtant la descente de la Citadelle de la Peur, bien qu'elle continue à tomber en morceaux. Yusei se prépare à se sacrifier afin d'appliquer de l'énergie positive au réacteur Ener-D de la Citadelle, mais Z-one décide d'y aller à sa place. Alors que la Citadelle disparait du ciel de New Domino City, Yusei retrouve ses amis.

A la suite de la défaite de Z-one, le Bureau de la Sécurité Publique est dissous dans un hôtel de ville, et Lazar devient le maire de la ville. Yusei est devenu un scientifique qui supervise la réalisation du nouveau processeur central de Ener-D, appelé Fortune, pour assurer la sécurité de la ville. Crow est devenu un patrouilleur routier et reçoit des invitations de ligues étrangères, Akiza compte étudier à l'étranger pour devenir docteur et Lua et Luca reçoivent un mail de leurs parents leur demandant de quitter New Domino City pour vivre avec eux, amenant chacun à s'interroger sur l'avenir de l'Équipe 5D's. Jack arrive après s'être entrainé avec plusieurs autres duellistes, et souhaite quitter New Domino City pour une ligue mondiale. Yusei le défie alors dans un duel dont le but est de se décider sur leur propre futur. Yusei et Jack invoquent alors respectivement le Dragon Poussière d'Étoile et le Dragon Rouge Archdémon, que Yusei envoie plusieurs tours dans le futur.

Yusei invoque Guerrier Nitro, mais Jack arrive à contrer son attaque et à invoquer Dragon Ailé, Seigneur des Explosions pour le détruire, bien que Yusei arrive à le battre avec son Guerrier Turbo. Alors que les autres regardent le duel, il se souviennent de comment Yusei avait réussi à changer leurs vies. Jack invoque alors Blader Ecarlate, qui détruit Guerrier Turbo et empêche Yusei d'invoquer plus de monstres pendant son prochain tour, mais Yusei arrive à survivre aux attaques de Jack avant le retour du Dragon Poussière d'Étoile et du Dragon Rouge Archdémon. Jack invoque alors Dragon Nova Rouge, avec une puissance d'attaque de 6 000.

Quelques années dans le futur, Luca et Akiza continuent leurs études tandis que Lua, Jack et Crow continuent de faire des progrès dans les arènes de Turbo Duel. De retour au duel, Yusei invoque Dragon Etoile Filante et utilise un piège afin qu'il puisse détruire Dragon Nova Rouge tout comme son propre monstre. Yusei invoque alors Robot Guerrier, et utilise la puissance de ses monstres de bas niveaux pour battre Jack. Yusei révèle qu'il compte rester à New Domino City, inspirant les autres de rechercher leurs rêves, sachant que leurs liens resteront toujours. Alors que les autres se préparent à faire leurs propres voyages, Akiza fait ses adieux personnels à Yusei. Avant de partir, le groupe fait un dernier tour de Duel Runner ensemble, où le Dragon Cramoisi apparaît et retire leurs marques de Pactisant, et puis Yusei les regarde partir.