時は22世紀。世界各地で勃発する紛争。戦乱の中、戦闘が不利な方へ味方をする謎のロボットがいた。その名は「ダンクーガ ノヴァ」。

　紛争とダンクーガに関する報道が過熱する中、生まれも育ちもバラバラな四人、葵、くらら、朔哉、ジョニーはダンクーガの新たなパイロットとしてスカウトされ、ドラゴンズハイブへと転送されてしまう。

　突然の事態に、田中司令に詰め寄る四人だったが、そこに紛争勃発の情報が入り、四人は半ば強引に発進させられるのであった。

　絶対的な力を振るった初戦の興奮冷め遣らぬ中、葵たちはパイロットにならなければダンクーガに関する記憶一切を消去されると聞き、この体験を忘れるのは惜しいとチームＤ参加への答えを模索していた。

　四人がダンクーガの戦場での必要性、何故自分たちがと疑問を抱く中、新たな紛争が勃発する。数で優る敵に対し、ビーストモード、合神と巧みな戦術で敵を追い詰めるダンクーガ ノヴァ。くららの「マキシマムレベル シュート!!」の掛け声と共に『断空砲』の灼熱の閃光が敵戦力を壊滅状態に追い込むが…。

　正式に「ダンクーガチームＤ」として契約される葵たち4人。

　ヨーロッパでの戦闘で、政府軍の新型ジェノサイドロンタンクに対峙するダンクーガ ノヴァ。活動限界間近、Ｆ.Ｓ.は、封印された必殺武器『断空剣』の使用許可を下ろす。高エネルギーを実体化させた『断空剣』を構えたダンクーガ ノヴァは、全スラスターを噴射し、疾風迅雷の如く轟音と大剣の輝きを放ち、斬・『断空剣』を振り下ろす！

　均衡を保つのみのダンクーガ ノヴァにより、戦場は人と人によるゲリラ戦の泥沼と化す。

　南米でのアメリア軍との戦闘。敵は、『断空砲』の凄まじい破壊力で、一度は殲滅したかと思われたが、変形しダンクーガ ノヴァを追い詰める。“力”による正義を振りかざすキャプテンに対し、クララは「こんなものは正義では無い！」と切り捨て、渾身の力で反撃に出たダンクーガ ノヴァ。そこに現れたのは…。

　紅いダンクーガ、Ｒ‐ダイガンの妨害により撤収を余儀なくされたチームＤ。

　思わぬ好敵手の出現に、葵は心躍らせ高揚の炎を燃やす。

　東南アジアでの紛争勃発の司令を受け、出撃するＤ‐フェニックス。それに同調するかのように飛翔するＲ‐ダイガン。脅威の再生能力と超重量級の巨体を用いる特攻兵器に対し、くららはライフルを携え、ノヴァイーグルと共に魔壁の排出口へと舞い上がる！

　Ｒ‐ダイガンの妨害を警戒しつつ、着実にミッションをこなすチームＤ。

　イゴールコンツェルンのパーティに招かれた４人は、ついにＦ.Ｓ.と対面する。つつがなく進行されるパーティの中、ジョニーは人気絶頂アイドル、エイーダと運命的な出会いを果たす。しかし、突如襲来した未知の集団により事態は一転。

　血と炎に染められたパーティ会場。葵、くらら、そして単身応戦する田中司令は、正体不明の新たな敵に対し華麗なる銃裁きを見せるが……。

　「ダンクーガを倒せるのはダンクーガだけ…」紅の空へと飛び去るＲ‐ダイガンを妖しい笑みを浮かべ見送るウラジミール。

　ミッションを開始するダンクーガ ノヴァの前に、Ｒ‐ダイガンがまたもや立ち塞がる。圧倒的な戦闘能力に翻弄され、チームワークを乱す葵たちを「戦いの意味を知らぬもの」と嘲笑する謎のパイロット。その目的は一体何なのか！？

　ダンブレード・ツインによって傷を負ったダンクーガ ノヴァに、刻一刻とタイムリミットが迫る…！！

　Ｒ‐ダイガンとの死闘により地下洞窟へと落下したダンクーガ ノヴァ。

　何者からかの攻撃を受けるチームＤは、操縦不能となってしまったダンクーガからの脱出を余儀なくされ、分かれて行動することに。

　４人は通信を交わし、互いの無事を確認しあう。その中で語りだすそれぞれの想い。それは、初めて生まれた心の交流であった。

　チームＤは、無事に地下の迷宮を脱出できるのか…。

　Ｒ‐ダイガンに敗れたダンクーガ ノヴァ。胸の傷が消え、うごめくカプセルが見当たらない。

　納得のいかない４人はダンクーガ ノヴァの正体を確かめる為、田中指令のもとを訪れるが、答えの出ないまま南極へ向かうことに。そこで待ち構えていたのは既に戦艦を撃破したＲ‐ダイガンだった。

　ダンクーガの存在意義、やがて来る戦い。交錯する謎を抱えながらも、４人の強い意志がダンクーガを遥かな高みへと導く。

　目覚めた新たなる力は全てを凌駕する。そこで見る驚愕の真実とは一体…。

　地球外の敵を撃破し、基地へと帰還したチームＤ。そこへ訪問者が…。

　Ｆ.Ｓ.は、自分達の戦っている存在―月面のＷＩＬＬ―が人類を排除しようとしている事実を告げる。衝撃と困惑を隠せない一同。そして地球に迫る邪悪な意思…。遥か月からの破滅の光が竜牙島へ降り注ぎ、ドラゴンズハイヴは島もろとも姿を消してしまう。

　間一髪、攻撃を免れたチームＤとエイーダは悲しみの中、月より送り込まれた２体の敵へと向かってゆく。

　そして、ダンクーガ ノヴァとＲ‐ダイガンは、最後の進化を遂げる！！

　月へと降り立ったチームＤに、容赦なく襲い掛かるオリジナルダンクーガ！　マックスゴッドとなったダンクーガ ノヴァでさえ、その強大な力の前に為す術なく、機体は破壊されていく。

　葵の心の中に潜む闇が、地球の未来をも飲み込もうとする時、オリジナルダンクーガの絶望の刃がダンクーガ ノヴァに迫る！

　葵、くらら、朔哉、ジョニー、エイーダ。ダンクーガ ノヴァを駆る５人のパイロットは、宇宙を翔ける希望となる事が出来るのか！？