“カワイイ”メイドを夢見てメイドカフェ「とんとことん」へやってきた、和平なごみ 17歳。一緒に入店した新人メイドは、万年嵐子 35歳。はじめてのメイドカフェに少し戸惑いながらも、なごみはご主人さまにお給仕をはじめる。

昨夜の出来事に衝撃を受けるなごみ。メイドというお仕事に疑心暗鬼になって行く中で、ひとりの秋葉外生命体と出会う。そして「とんとことん」には店長により、新たな問題が持ち込まれることに……

嵐子は「とんとことん」が滞納する“おひねりちゃん”の肩代わりに、“取り立て屋”から新たな仕事を請け負うことになる。それは、地下格闘技場のリングに上がることだった。そしてそこに、秋葉原で横行している高額フィギュアの闇取引も絡んできて……

ゾーヤが加入した「とんとことん」に、メイド教育のスペシャリスト、ケダモノランドの調教師である佐野がやってくる。佐野の教育は厳しく、反発する「とんとことん」のメイド一同。それでも次第に、一部のメイドは佐野と心を通わせていくのだが……

滞納している“おひねりちゃん”を返済する為に、「とんとことん」の売上を伸ばそうと思案するなごみ。そんな時、ねるらからイベントをすることを提案され、明後日が誕生日だった嵐子のバースデイイベントを開催することにするのだが……

服役中だった「メイドリアン」台頭の立役者『赤い超新星』こと愛美がアキバに帰ってくる。愛美は「チュキチュキつきちゃん」が「とんとことん」に潰されたことを知り激昂する。そんな中、なごみはねるらと姉妹の契りを交わすことにする。

ねるらの命が絶たれたことにより、なごみが「とんとことん」から姿を消して1週間。なごみは忍者になって、秋葉原に身を潜めていた。そんな中、「とんとことん」に「メイドリアン」の魔の手が忍び寄る。

愛美の葬儀の中、凪の命令により、元メイドリアングループのメンバーと野球の試合をすることになった「とんとことん」一同。なごみひとりだけがやる気満々。元メイドリアンチームは、愛美の魂を受け継ぎ、赤バットを振りかざす。親善試合とは名ばかりのデスゲームがここにプレイボール！

年に一度のアキバメイドフェス開催に向けて、準備をする「とんとことん」一同。ケダモノランドグループの底辺である「とんとことん」は、ここでも底辺に相応し扱いを受けていた。底辺から抜け出したいと思う一同は、“ケダモノランド生態系の手引き”が存在するのを知らず、“お萌さま登り”に挑むことにする。

お萌さまの頂点を獲った「とんとことん」は珍しく繁盛していた。そんな中、店長の計らいにより、嵐子は常連のご主人さまである末広と休みの日にデートをすることに。しかし、末広には嵐子には言えない秘密があった。そして、何かを伝えようとするパンダがいた。

お萌様効果で大繁盛していた「とんとことん」に、突如ケダモノランドグループから絶縁状が突きつけられる。彼女たちを取り巻く状況は日に日に悪化し、「とんとことん」は窮地に陥っていく。そんな中、嵐子は絶縁になったのは自分が原因だと、侍女茶館時代の凪との過去をみんなに語りはじめる。

凶刃に倒れる嵐子。その死を嘆き悲しむ「とんとことん」の面々。喪に服すなごみは“黒豚”となり、自らが拒絶してきた暴力に縋り復讐を果たそうとするが……メイドとは何なのか、萌えとは何なのか。そして、萌えの果てに、なごみが見たものとは！アキバ冥途戦争、ここに完結！