Des fioles contenant un neurotoxique appelé Substance 33 ont été dérobées dans un centre de recherche à Istanbul. Cet acte aurait bien pu être commandité par Gordon Dean, un ancien de la CIA devenu indépendant. Marshall pense qu'un hacker a aidé le voleur à pirater le système de sécurité. Pour mieux localiser l'ordinateur, il doit se rendre à Prague d'où vient la source du signal. Sydney est obligée de faire équipe avec Thomas Grace, le nouvel agent ... Pendant ce temps, Dixon doit accompagner Sloane qui a obtenu une permission de sortie de 72 heures pour rencontrer un contact susceptible de l'aider à trouver un traitement qui sauverait Nadia ...

L'APO est alertée. Un service de stockage de données sensibles a été attaqué par un membre de Prophète 5, et toutes les informations concernant Vaughn ont été dérobées. Sydney prend contact avec Renée Rienne pour savoir si elle a une idée de ce qu'ils recherchent ...

Suite à la trahison d'un dirigeant de la CIA, l'APO est surveillée de prêt par Devlin. Jack et son équipe doivent donc prendre certaines décisions discrètement.

Sydney passe un examen à l'hôpital, qui lui rèvele que son bébé et elle-même sont en bonne santé, et même que l'opération qu'elle a subi dans le cargo leur a permis d'aller bien. Le convoi qui doit transferer Davenport est intercepté, et celui ci est exécuté par Irina Derevko, après qu'elle se soit assurée de ce qui avait été transmis à Jack. Celle-ci rejoint Sydney à son domicile pour avoir une nouvelle chance de trouver l'Horizon, mais cette fois-ci en passant pour la maman attentionnée. Sydney, Jack et Irina partent en mission pour chercher l'Horizon mais Irina les trahit, et envoie Kelly Peyton sur leurs traces. Jack part s'occuper de Peyton, alors que Sidney tient sa mère ne joue. À son retour, Jack trouve sa fille sur le point d'accoucher. Aidée de ses parents, elle donne naissance à sa fille dans un immeuble abandonné. Irina en profite pour disparaître avec l'Horizon.

Sydney doit se faire passer pour Anna, afin d'en savoir plus sur les plans de Sloane et sur Prophet 5. Elle est donc ensuite obligée de travailler avec Sark, pour récupérer le dernier objet de Rambaldi dont Sloane a besoin pour achever son plan machiavélique.

L'APO est détruit et tous les membres de Prophet 5 ont été assassinés. Sloane court toujours, plus dangereux que jamais. Réfugiés à Sienne, Vaughn et Sydney élaborent un plan pour le stopper définitivement. Ils kidnappent Peyton pour obtenir des informations sur ses projets. Mais Sloane, toujours à la poursuite du secret de Rambaldi, découvre son tombeau en Mongolie et peut enfin enclencher la phase finale de son plan diabolique.