Tras la revelación sobre su madre, Sydney acude al SD6 decidida a poner fin a la vida de intrigas y falsedades que tiene que aguantar día a día. Su padre acude tras ella para impedir tal hecho, que bien podría implicar que la sección de seguridad la "silenciara" para siempre.

Pero el destino les tiene reservada una sorpresa; un antiguo agente del SD-6 llamado McKenas Cole irrumpe en las instalaciones y se hace con el control de la agencia. Afortunadamente, Sloane es capaz de iniciar el proceso de bloqueo del SD-6 antes de que Cole se haga con el control total. Ese bloqueo deja a Sydney y a Jack encerrados en el ascensor, por lo que huyen por los pasadizos secretos de la agencia para reagruparse y decidir el curso de sus acciones.

Cole afirma trabajar para un nuevo grupo terrorista liderado por una persona conocida simplemente como "El Hombre". Su objetivo es abrir la cámara de seguridad del SD-6 y obtener un valioso objeto allí guardado. Sloane está dispuesto a sacrificarse para que el misterioso objeto no salga de la cámara, consciente, además, de que abrir la cámara bajo un procedimiento de cierre hará que las cargas de C4 instaladas en los bajos del edificio no deje piedra sobre piedra, sepultando al SD-6 y a todos sus integrantes de un plumazo. A través de las cámaras de seguridad, las cuales han pirateado Jack y Sydney, se enteran del plan.

Mientras tanto, Will recibe una llamada de su confidente misterioso pero el periodista le informa de que no quiere continuar la historia sobre el misterio de las muertes de Daniel Hetche y Eloise Kurtz. Sin embargo, la voz no parece dispuesto a dejar que la historia sea enterrada y facilita información a Will. Además, aparece en la palestra la hija de David McNeal, que le suplica ayuda para desenterrar a los asesinos de su madre y limpiar el nombre de su padre. Finalmente Will accede a seguir con el caso.

Tras la revelación sobre Laura Bristow, la CIA ordena a Vaughn que acuda a hablar con una terapeuta de la agencia y ésta le pregunta cómo concilia el hecho de ser el enlace de Sydney, la hija de la asesina de su propio padre. Vaughn insiste en que se encuentra perfectamente, pero Barnett le presiona, preguntándole si es cierto que le hizo un regalo a Syd por navidades y si considera apropiada la relación que tiene con su enlace.

Sydney decide avanzar por los túneles de ventilación hacia el despacho de Marshall para obtener un objeto que les permitirá cambiar las claves de seguridad de la cámara, por si se diera el caso de que Sloane revelara la clave. Sin embargo, tras cambiar las claves, Cole oye a Syd avanzar por los tubos y comienzan a disparar para detener al intruso...

Jack actúa con celeridad y se entrega, salvando a Sydney, y haciendo creer a Cole que él era el intruso y que ese problema queda ya eliminado. Sydney vuelve al "centro de operaciones" improvisado y encuentra una nota de su padre con las localizaciones de los explosivos y las instrucciones para desactivarlos. Jack comprende que es cuestión de tiempo que Cole abra la cámara y no pueden permitir que el SD-6 desaparezca.

Dixon consigue alcanzar una agenda electrónica y, en contra de las advertencias de Jack, envía un mensaje de socorro a la CIA (a la que cree que el SD-6 pertenece) para que monten un operativo de rescate y salven al SD-6. El agente de la CIA Haladki piensa que se trata de una trampa por parte de Sloane y rechaza tomar cualquier acción hasta contar con más pruebas. Vaughn obtiene las pruebas pero aun así Haladki rechaza tomar partido. De ese modo, arriesgándose a ser descubierto, se une a Sydney para desactivar los explosivos.

En su camino se interpone Toni, una de las integrantes del equipo de Cole, que intenta reducir a los dos agentes. Al final la amordazan pero Toni les informa de que es una espía doble del MI5 británico en una misión encubierta para descubrir a "El Hombre" y que deberían trabajar juntos. Como prueba, dirá a Cole que hay un agente libre y no dos. Ni Syd ni Vaughn se lo creen y la dejan amordazada para proseguir la desactivación de explosivos.

Weiss accede al registro de llamadas y descubre el ataque al SD-6, que considera suficientemente probado, y decide montar un equipo de asalto para impedir que los atacantes desconocidos puedan obtener lo que quiera que se encuentre en el interior de la cámara sellada de la agencia.

Toni es liberada por uno de sus compañeros y, como dijo, informa de que hay un agente más deambulando por las galerías del SD-6. Cole conecta la megafonía e informa a la "querida persona" que si no se entrega, comenzará a ejecutar a todos los agentes uno por uno, comenzando por Jack. Sydney se entrega y es atada junto a sus compañeros. Afortunadamente, entre sus pertenencias se encuentra un pendiente explosivo cortesía de Marshall, que utiliza contra sus captores, permitiendo una vuelta de las tornas, y zafándose de ellos, no así de Cole que se encuentra en la cámara, a punto de abrirla.

Will encuentra la cerradura de la llave que le facilitó la voz misteriosa. Es una taquilla que contiene un sobre con la autopsia de la mujer de McNeil, que sugiere una causa diferente a la apuntada en el juicio. Will le da el sobre a Kelly, pidiéndole que se lo entregue a su padre y advirtiéndola que se esconda, que desaparezca, por su propia seguridad.

Sloane indica a Jack que si no desactivan el bloqueo, las cargas explotarán. Dado que Jack no sabe si Vaughn ha desactivado todos, intenta librar a Sloane de sus ataduras metálicas a la silla de tortura. Sloane comprende que tal cosa no es posible y que hay prisa de modo que ordena a Jack que le corte su dedo índice para desactivar el proceso. Jack lo consigue segundos antes de que la cámara sea abierta y Cole se hace con el preciado objeto: una pequeña caja metálica con el símbolo de Rambaldi en su tapa.

Sydney intenta detener a Cole pero no lo consigue. Sin embargo, tras salir del edificio, Cole se enfrenta con el equipo de asalto de Weiss y Vaughn. Intenta huir pero en este caso Sydney logra detenerlo en un enfrentamiento cuerpo a cuerpo. Como resultado, la CIA se hace con la cajita mientras que Sloane y la Alianza piensan que Cole y "El Hombre" son poseedores de su contenido: un pequeño frasquito con un líquido en su interior.

Vaughn convence a Sydney de que todo esto ha sido posible gracias a ella y que aunque esté tentada de abandonar el SD-6, desde que comenzaron a trabajar juntos han hecho grandes progresos, y todo gracias a su buen hacer. Sydney opta por no dejar la vida de espía y continuar con su labor.