Ellopnak egy nagyon veszélyes elektromágneses fegyvert, amivel katasztrofális károkat okozhatnak. Sydney és Vaughn feladata, hogy egy bebörtönzött orosz terrorista házaspár helyét átvegyék és beépüljenek egy titkos orosz szervezetbe. Mindketten megdöbbennek, amikor a Liberty Village névre keresztelt orosz kiképzőtábort meglátják. Ugyanis egy amerikai kertváros tökéletes mását látják, ahol az ügynökök az amerikai életformát gyakorolják, hogy le ne bukjanak egy amerikai földön végrehajtott bevetés során.

Sydney Kubába megy, ahol egy fontos információkat tartalmazó merevlemezt kell megszereznie. Az indormátora, Alex, szerint a Harmadik Frakció nevű terrorszervezet támadásra készül. Dixon a központba viszi a merevlemezt, ami toxikus gázt bocsát ki, így az egész iroda karanténba kerül. Sydneyt elfogják és élve eltemetik valahol, egy kubai temetőben. Miután magához tér, a mobilján értesíti társait, de csak Marshall segíthet rajta, mivel elkésett, így nem került karanténba.

Dixon és Tom feladata, hogy Dean szervezetét megfosszák minden anyagi forrástól, ezért a Kajmán-szigetekre utaznak, hogy a terrorszervezet számlájáról minden pénzt átutaljanak. A jelszavak megszerzéséhez Sydneynek Prágába kell mennie Rachellel, hogy a felrobbant iroda adatait helyreállítsák. Dean rájön, hogy Rachel segítségével jutottak a szervezet pénzéhez, ezért mindent elkövet, hogy visszaszerezze egykori munkatársát, akinek a fedőneve: Poszáta.

Egy hónappal később, Sydney-t arra kényszerítik, hogy újra szembenézzen régi ellenségével, Anna Espinosával.. Anna felismeri, hogy Sydney-t barátain keresztül tudja megközelíteni és Will Tippen a cél. Sydney-nek meg kell találnia Annát ahhoz, hogy Will meg tudja menteni. Sydney sajnos nem tudja, hogy az Öt prófétanak tervei vannak vele, DNS mintát szeretnének tőle.

Miután az irodát felrobbantják és Tom meghal, Sydney, Jack és Vaughn megpróbálják megakadályozni, hogy Sloane az összes Rambaldi műtárgy birtokában végrehajtsa a próféciát. Kiderül, hogy Sloane társa Sydney anyja, Irina Derevko. Miután Sydney megakadályozza Sloane szertartását, Jack súlyosan megsebesül. Sydney kénytelen magára hagyni, hogy anyja nyomába eredjen, Jack pedig felrobbantja a barlangot, így Sloane az idők végezetéig a barlang foglya marad.