Sloane está preocupado por la extraña llamada de teléfono que recibió hace poco de modo que ordena a Dixon que investigue todo el asunto. Sydney le comunica que Sark huyó con la caja de música aunque no le serviría de nada porque estaba absolutamente destruida. Poco después, Sloane informa de que han recuperado los restos de la caja en un refugio de Sark en el que también estaba un hombre moribundo debido a un suero que el propio Sark le inyectó. El hombre era uno de los lacayos de Irina y se encargó de ocultar la Biblia, el documento que Irina obtuvo en Barcelona (Entra el Enemigo), aunque confeccionó un mapa para llegar a ella. El mapa se encuentra en una biblioteca militar rusa y allí ha de viajar Sydney a recuperarlo.

Jack continúa obsesionado con la relación de su hija con Irina y le advierte a Sydney que lo que ella busca es una madre, cosa que Irina no será nunca para ella. Más tarde, Sydney asegura que lo único que quiere de Irina es obtener la suficiente información para destruir al SD-6 y abandonar para siempre el mundo del espionaje. Sin embargo, Irina continúa con su cruzada emocional y le dice a Sydney que le dirá donde encontrar el mapa a cambio de sus pendientes.

La investigación de Dixon arroja algunas pruebas preocupantes. El agente se presenta ante Sloane con un recibo del 'bed and breakfast' californiano desde donde se hizo la llamada y la firma de éste no es otra que la de Emily. Estas noticias no impiden que Sloane continúe con sus manipulaciones. El jefe del SD-6 ha infiltrado a una agente en el grupo de rehabilitación al que Will se ve obligado a asistir y ésta le anima a que continúe con sus pesquisas sobre el SD-6. Will rechaza de todo punto tal cosa y se adhiere a su falsa historia de las drogas. Tal decisión le salva la vida, dado que Sloane considera probada la buena voluntad de Will.

Sydney se cruza con Sark en Moscú, ambos intentando recuperar el mapa. Sydney es la ganadora pero en su enfrentamiento, Sark le propone a Sydney que se una a él y que ambos lleven los mandos de su grupo. Ella rechaza la oferta y Sark huye dejándola atrapada ante varios guardas rusos. Sydney llama a la CIA y obliga a Vaughn a hablar con su madre para que le ayude a escapar. Irina lo hace, salvando de nuevo a su hija.

Irina descifra el mapa que apunta a Madagascar. Antes de que la CIA monte la misión de recuperación, Jack se asegura de llenar el lugar de explosivos sin saber que serán Syd y Vaughn los encargados de recuperar la Biblia. Antes de entrar, Jack advierte al equipo de la existencia de explosivos (naturalmente, conocía su posición) y evita la muerte de los agentes. Irina es transferida bajo fuerte custodia, acusada de facilitar deliberadamente información falsa y poner en peligro a sus agentes. Sydney reconoce ante Jack que él tenía razón y que nunca debió confiar en su madre.

Traje y Gafas exige los códigos del satélite Echelon a Marshall, el cual se ofrece a colaborar cuando es amenazado con horribles torturas. Cuando Marshall no aparece, la CIA descubre que ha sido secuestrado por Cuvee y sus secuaces y Sydney decide ir a rescatarle.

Antes del secuestro, Marshall envió los códigos Echelon mediante paquetes cifrados a través de todo el mundo, algunos de los cuales han quedado retenidos en un servidor vietnamita, de modo que Sydney y Dixon han de viajar allí para recuperarlos y poder obtener la información completa. El problema es doble dado que han de destruir la copia de Cuvee para que éste no pueda acceder al satélite. Irina comenta que se puede hacer con facilidad pero necesitará acceso total al Echelon, a lo que Kendall se niega pero cuando comienzan las dificultades informáticas, cambian de opinión e Irina realiza su tarea como prometió, impidiendo al SD-6 hacerse con el Echelon. Sydney y Dixon se las arreglan para liberar a Marshall después de que éste lanzara un aviso al servidor del SD-6, saltando el cortafuegos de Traje y Gafas, dando su localización precisa.

Entra Ariana Kane en juego. Kane es una especialista de la Alianza, destinada al SD-6 para tratar de aclarar la "muerte" de Emily y quién puede estar detrás de todo. Kane está convencida de que Jack es el responsable de todo el problema, pero éste habla con Sloane en su casa y le asegura que Kane sólo está intentando inculparle, puesto que él no ha hecho nada. Sin embargo, Sloane informa a Kane de los movimientos de Jack cuándo éste deja su casa.

Vaughn ofrece a Will un trabajo como investigador independiente para cubrir cuestiones menores, que él no puede atender, y su tapadera será una revista de viajes. Will acepta, aún sabiendo lo raro que se hará trabajar con él.