Nel tentativo di intrappolare Khasinau, Sydney e Michael preparano la vendita di un manufatto di Rambaldi. Ma gli agenti della SD-6 sono sulle loro tracce. Will scopre l'identità di uno dei suoi assalitori: si tratta del padre di Syd. La moglie di Sloane, in punto di morte, rivela a Syd di aver sempre saputo della SD-6.