Le statut d'agent double de Sydney est découvert après avoir enlevé un ingénieur en biotechnologie dans le SD-6 pendant sa mission à Berlin. Will rencontre une femme qui confesse que Danny avait une relation avec elle un peu avant sa mort et Vaughn informe Sydney que son père pourrait travailler avec une troisième agence.

Sydney va incognito dans un hôpital psychiatrique pour avoir des informations de la part de Shepard, un homme qui a été programmé pour être un tueur endormi. Pendant ce temps, Sydney commence à être convaincue que son père est responsable de la mort de sa mère 20 ans plus tôt. Will découvre la véritable identité de la femme qui affirme avoir eu une relation avec Danny et Francie découvre que son mari n'a aucune relation avec une autre femme. Marshall découvre lui, que le virus implanté dans les ordinateurs du SD-6 a été envoyé par la CIA.