Sydney Bristow est à la fois étudiante et agent pour le compte d'une branche secrète de la CIA, le SD-6. Personne,pas même ses deux meilleurs amis Francie et Will ne sont au courant de sa double vie,mais lorsque Danny la demande en mariage, elle décide de lui réveler son secret.Malheureusement,quand le SD-6 apprend que Danny sait la vérité,ils le font assassiner.Le père de Sydney,Jack Bristow,lui aussi membre du SD-6, l'aide à échapper à des tueurs et lui apprend que le SD-6 n'appartient pas à la CIA mais à une organisation secrète: l'alliance des 12. Décidée à détruire le SD-6, elle se rend à la CIA pour tt leur dire et devient leur agent double.

Will battu brutalement et évanoui, est traîné jusque dans une réserve sombre, où Mr Sark lui pose quelques questions à propos de «La circonférence», mais celui-ci reste sans réponse ... Un horrible interrogateur de Taiwan «costume et lunettes» qui avait torturé Sydney quelques mois plus tôt pénètre dans la pièce équipé d'une panoplie d'armes effrayante. Sydney reçoit un appel de Sark pour organiser le transfert de son ami en échange de l'ampoule de solution et de la page Rambaldi qui avait été volée à Paris. L'échange doit avoir lieu à Taipei dans 24 heures ...

Irina envoie à Sydney l'ADN du double. Ce qui permet de laver Will de tout soupçon. Sloane, ayant réussi à voler les 24 pièces de Rambaldi appartenant à la CIA, s'apprête à construire grâce aux 47 pièces «l'arme» qui pourrait changer le monde comme le prédisait Rambaldi ...