Masane Amaha retourne à Tokyo avec sa fille, Rihoko, afin de commencer une nouvelle vie. Malheureusement, lors d’une bagarre entre elle et des membres de l’organisation NSWF qui veulent la séparer de sa fille, Masane est arrêtée.

Après avoir réussi à réveiller les pouvoirs de la witchblade, Masane est à nouveau capturée et utilisé comme cobaye. Pendant ce temps, Rihoko part à la recherche de sa mère.

Takayama offre un emploi à Masane, mais la seule chose qui préoccupe Masane est de retrouver sa fille.

L’apparition de la witchblade attire l’attention de Furumizu, le chef de l’organisation NSWF. Pendant ce temps, Masane et sa fille se mettent à la recherche d’un logement.

Tozawa tente d’enquêter sur Masane, afin de découvrir la vérité sur la witchblade. Masane refuse de parler et est contraint à un combat par Shiori, l’une des Cloneblades.

Masane est grièvement blessée après son combat avec Shiori et est secourue et prise en charge par des hommes de Dohji. Tozawa a été témoin du combat et décide de tout découvrir sur la witchblade.

Masane en découvre plus sur le passé de Takayama. Pendant ce temps, Shiori devient folle à force d’utiliser trop la Cloneblade, et décide d’attaquer Masame une fois de plus.

Masane est forcée d’utiliser la witchblade devant Tozawa, lorsqu’ils sont attaqués par un ex-détenu.

Masane et Tozawa en apprennent davantage sur le passé de l'ex-détenu.

Masane est forcée d'accompagner Takayama à une fête, où elle doit affronter Wado, l'un des rivaux de Takayama.

Maria, une nouvelle génération de néo-gènes, est introduite. Takayama passe beaucoup de temps avec Masane à cause de sa gueule de bois, mais Masane panique à cause de la maladie de sa fille et de la menace d’un Cloneblade.

Tozawa et Takayama font de leur mieux pour sauver Masane, tandis que la NSWF recueille beaucoup de données. Avec quelle audace Takayama va-t-il agir pour récupérer Masane et la witchblade ?

La Division de la protection de l’enfance de la NSWF veut éloigner Rihoko de Masane pour qu’elle vive avec sa mère biologique. Masane et Riko décident de s’enfuir, mais Nishida envoie Nora là-bas pour capturer la fille, puis Reina l’interrompt.

Reina et Rihoko s’adaptent à leur vie de mère et de fille, tandis qu’une Masane déprimée apprend quelque chose sur son passé. Et Maria reçoit ses lames de clone.

Maria, maintenant armée de ses deux clones, part à la recherche de Reina, qu’elle croit être sa mère. Cependant, elle n’aime pas ce qu’elle trouve dans l’appartement de Reina.

Masane fait une pause dans les combats et profite d’une journée dans une station balnéaire avec Rihoko et leurs voisins.

Masane s’est beaucoup soucié du fait que Rihoko soit le prochain successeur de la Witchblade, et le père Furumizu montre qu’il a des problèmes, car Tozawa obtient des informations sur son histoire personnelle.

Des enquêtes sur de nouveaux meurtres et une vidéo anonyme apportent des problèmes à Douji Industries, en particulier à Takayama.

Masane se force à travailler avec Wado pour le bien de Riko, mais Riko veut que Masane voie Takayama. Pendant ce temps, Wado voit toujours Takayama comme une menace et envoie Yagi pour le tuer.

Maria prend la tête de la NSWF, tandis que Masane organise un rendez-vous entre Takayama et Rihoko, mais Takayama est à bout de nerfs et Riko n'arrive pas à s'amuser. Il semble que Masane doive finalement se joindre à eux. Cet incident pousse Masane à brandir la Witchblade devant sa fille.

Takayama se rend à Douji pour trouver des données susceptibles d'améliorer l'état de Masane. Pendant ce temps, Masane tente de retirer la witchblade.

Masane pense à l'avenir de sa fille et tente de lui annoncer sa mort imminente dans un parc. Pendant ce temps, Maria prévoit de s'emparer du pouvoir de la Witchblade et Nishida/Wado envoient 3 IU-Weapons pour s'emparer de la Witchblade.

Masane passe du bon temps avec Riko, Maria et Asagi partent à la conquête de la witchblade et des milliers d'armes I dysfonctionnelles convergent vers Tokyo. Est-ce que ce sera la fin de Tokyo ?

C'est le combat final opposant Masane à Dohji et Maria. Rihoko, qui assiste au combat des deux mères en direct à la télévision, ne peut s'empêcher de se précipiter vers Masane... Maria obtiendra-t-elle ce qu'elle veut ? Masane pourra-t-elle protéger sa fille ?