Doremi entre dans une boutique de magie et aperçoit une sorcière du nom de Maggie Grigri. En disant malencontreusement qu'elle est une sorcière, Maggie Grigri se change en grenouille. Pour réparer son erreur, Doremi doit devenir une sorcière pour rendre à Maggie Gigri son apparence normale.

Émilie, la meilleure amie de Dorémi, envie terriblement son amie (c'est réciproque). Dorémi, voulant utiliser ses pouvoirs magiques, décide de transformer Emilie en Dorémi et Dorémi en Emilie. Il va s'avérer que la vie de l'une comme de l'autre est bien différente...

Une nouvelle élève nommée Sophie originaire d'Osaka est transférée dans la classe de Doremi. Lorsque Doremi la connaît un peu mieux, celle-ci se lie d'amitié avec Sophie.

Émilie et Sophie découvrent le secret de Doremi, comme quoi elle est une apprentie-sorcière; elles deviennent à leur tour des apprenties-sorcières. Les trois jeunes filles redécorent la boutique après que Doremi l'a malencontreusement détruite.

Après avoir redécoré et renommé leur boutique de magie, les filles attendent leur premier client et une sorcière du nom de Délia vient leur rendre visite.

Les filles ouvrent enfin le Maho. Mais les clients se font attendre… Le jeune François Tetsuya entre dans la boutique et achète un porte-bonheur, mais Maggie Grigri annonce ensuite aux apprenties qu’il n’a aucun pouvoir magique. Dorémi va donc tout faire pour aider son ami à régler son problème, sans que celui-ci ne se doute de rien.

Sophie se fait une amie : Nathalie. Celle-ci commence à lui mentir au sujet de son père. Sophie découvre la vérité et s'énerve. Les filles vont tenter de réconcilier les brouillées grâce à la magie...

Les trois jeunes filles se préparent à passer leur premier examen, mais Doremi doit passer la journée à garder sa petite sœur Bibi. Bibi, quant à elle, voudrait prendre le train pour rendre visite à ses grands-parents.

Après avoir échoué à l'examen de niveau 1, Doremi a l'occasion de passer un examen de rattrapage qui s'annonce très difficile.

Dorémi a réussi son examen et obtient une fée: Dodo. La fée et la sorcière s'embrouillent et Dodo s'enfuit...

Mademoiselle Kiki ayant découvert des photos compromettantes, elle et le principal adjoint rendent visite à la soi-disant grand-mère de Sophie à la boutique de magie.

Après avoir été insultée par Thomas, Marina refuse de prendre soin des fleurs plantées devant l'école. Émilie est déterminée à aider Marina avec bien évidemment de Sophie et de Dorémi.

Les filles passent à l'examen de niveau 2 dans lequel elles doivent courir un parcours d'obstacle en trois heures.

Naomi est insultée par le SOS Trio car elle est grande et plus forte que les autres filles de son âge.

Maggie Grigri a été achetée par Bibi. Bibi traite Maggie Grigri comme une peluche et l'emmène à l'école.

Le père de Doremi l'emmène elle et ses amies pour pêcher avec un jeune garçon qui partage sa passion.

Maxime a été arrêté et personne d'autre ne croit à son innocence à part Émilie et mademoiselle Kiki. Avec la place de mademoiselle Kiki en jeu, Doremi, Émilie et Sophie vérifient à l'aide de leur magie si son arrestation est justifiée.

Lors d'un examen, Émilie utilise la magie pour soigner un animal, mais elle n'en a pas le droit. La reine lui interdit alors de pratiquer la magie pendant 10 jours.

Durant son dernier jour sans magie après avoir transgressé les lois du monde magique, Émilie est enlevée par deux malfaiteurs et seules Doremi et Sophie peuvent la sauver.

Maggie Grigri perd sa boutique face à Délia lors d'un jeu de cartes.

Les objets de la boutique de Malicia ont des méfaits secondaires et Dorémi et ses amies vont tout faire pour conjurer le mauvais sort. Dorémi en a marre d’héberger Maggie Grigri.

Même après avoir restauré le bus, les filles ne vendent rien. L’examen de niveau 4 approche mais la porte du monde des sorcières est dans l’ancienne boutique.

Après une dispute avec son père, Sophie s’enfuit de chez elle. Les filles ont besoin de boules magiques pour aider leurs parents, elles vont devoir travailler pour la reine.

Les vendeurs de la boutique originale de magie ont jeté par accident la boule de cristal de Malicia.

Bibi la petite sœur de Doremi découvre le secret de sa sœur, elle devient donc une apprentie sorcière.

Un chat en porcelaine provoque malheurs et destruction autour de lui. La Reine va confier aux filles une nouvelle tâche.

Doremi et ses amies ont reçu un ordinateur de la part de la reine, cette ordinateur est en fait un sorcier qu'on a enfermé dans cet ordinateur pour le libérer, il faudra que les filles retrouvent tous les objets maléfiques.

Les filles partent en vacances à la montagne dans le chalet des parents d’Emilie. Là-bas elles vont rencontrer Yannick qui vite va faire battre le cœur de Dorémi.

Pendant le festival d'Eté, Dorémi a malencontreusement perdu sa console magique…

Toute la classe est invitée à passer une nuit au temple où ils vont faire une étrange rencontre.

Clara cherche un cadeau pour son ami Carlos qu’elle a rencontré lors de son voyage en Mongolie. Les filles vont essayer de l’aider et vont passer leur examen de niveau 5.

Héléna veut être une nouvelle fois élue déléguée de classe mais Frédérique se présente aussi.

Les filles participent à une compétition sportive mais des catastrophes ne cessent depuis le début de la compétition.

La maman de Sophie donne une lettre à Emmanuel donnant RDV à Sophie à 17h. Mais celui-ci arrivant en retard à l’école est puni et n'a pas pu donner la lettre à Sophie. Sophie est désespérée.

Loulou la célèbre actrice arrive dans la classe des 3 filles. Une nouvelle apprentie sorcière va faire son apparition dans cet épisode.

Pour cet examen, les filles doivent vaincre le lièvre et la tortue, les célèbres personnages de la fable de La Fontaine.

Pendant une tempête, toutes les grenouilles sorcières sont aspirées dans le monde des humains.

Roland est un garçon qui adore les monstres mais sa mère s’oppose à cette passion.

Lorsque Corentin, le frère de Marie, une camarade de classe de Doremi, surprend Loulou en tenue d'apprentie sorcière, celle-ci utilise la magie pour le faire tomber amoureux de la première fille venue.

Les filles vont devoir passer un nouvel examen mais celui-ci est différent car il est individuel. Elles devront traverser 3 mondes différents et ne pourront utiliser la magie que 2 fois.

Fabrice est passionné d’échec japonais mais son père et sa mère ne veulent pas qu’il se consacre au échec.

Loulou joue le rôle d’une princesse dans un épisode des rangers. Elle emmène un camarade de sa classe sur le tournage d’un épisode. Le président de son fan club lui donne RDV pour un duel.

Hélena ne se fait jamais gronder par son père, les filles lui disent que son père ne l’aime pas. Hélena est perturbée.

Marilou aimerait devenir catcheuse professionnelle comme son idole « Candy Jolie ».

Bibi et sa bande de copains cherche le père Noël. Pendant ce temps, Doremi, Emilie, Loulou et Sophie aident le père Noël malade et affaibli pour la livraison des cadeaux.

Les filles doivent passer leur examen pendant la grande soirée du balai, la gagnante a le droit à un souhait.

Le père de Sophie va rencontrer une jeune femme avec qui il veut se remarier.

Loulou reçoit beaucoup de mails et de lettres de ces admirateurs mais elle est trop paresseuse pour leur répondre elle-même. Elle demande donc à quelqu’un de le faire à sa place mais celle-ci leur envoie n’importe quoi.

Loulou passe une audition pour un rôle dans un film. L’audition se termine tard et elle rate le train de son père.

Alors qu’Emilie, Sophie, Dorémi et Loulou passent leur dernier examen, leurs parents ainsi que des élèves de leur classe pénètrent dans la boutique. Ils vont ouvrir la porte du monde des sorcières.

Loulou a utilisé ses pouvoirs pour effacer la mémoire de tous ceux qui ont découvert leur secret, ce qui est interdit. Loulou tombe subitement dans un profond sommeil. Les filles vont tout faire pour l’a réveiller.