身为贵妃的甄嬛再一次怀孕，但是这个孩子太虚弱极易导致流产。甄嬛将计就计，利用这个孩子将皇后扳倒，多年的宿怨终于明了。

雍正皇帝刚刚登基，被宠妃年世兰的哥哥年羹尧权力倾轧，皇权之争迫在眉睫。一年一度秀女大选，甄嬛、沈眉庄、安陵容三人一同被选入进宫。

答应余氏毒害甄嬛不成，又以欺君之罪被皇帝赐自尽，不料其打翻毒酒撕毁白绫形同疯妇。温宜公主家宴，甄嬛以“惊鸿舞”助兴，惊为天人。与此同时，惠贵人因“假孕”一事被皇帝软禁，暂无承宠之日。

皇帝皇后出宫祭天，刁蛮狠毒的华妃故意折磨已有孕三月的甄嬛，不料令其流产，皇帝得知后龙颜大怒，对华妃加以严惩。

甄嬛出宫到甘露寺修行，却与皇帝的亲弟弟果郡王相爱。正当二人情意绵绵之时，一个坏消息传入甄嬛耳中如同晴天霹雳。她再次回到紫禁城，无奈的去做一些，她不得不做的事情。

甄嬛怀有皇帝的双生子回宫，引起宫内上下众多非议，更有甚者怀疑其与太医温时初有染，雍正宠妃叶澜依找来甘露苏尼姑为甄嬛作证，不料温太医却在安陵容的威胁下自宫。