Después de que Ciudad Gótica quedara destruida por le ataque de La Unión, Superman viaja hasta ahí para entregarle un cheque, proveniente de Metrópolis, para ayudar en las tareas de reconstrucción. Pero en medio de la ceremonia el héroe es atacado por Metallo. Para evitar perdidas civiles, Superman traslada la pelea hacia el centro de chatarra de la ciudad; pero Metallo ataca a Superman develando un corazón de Kriptonica, la única debilidad del héroe. Cuando esta casi todo perdido, Batman y Robin atacan a mettalo y le quitan su corazón, dándole la posibilidad a Superman de recuperarse. Cuando finalmente Superman derrota al villano le exige a Batman que le entregue la Kriptonita, pero él se niega, entonces Superman le revela que conoce su verdadera identidad antes de que llegue Lois Lane.

Superman/ Clack Kent esta bajo el control de Lex Luthor y solo Batman puede salvarlo. Usando la kriptonica que le quito a Metallo, Batman idea una ingeosa manera de traer de vuelta a la normalidad al hombre de acero, al mismo tiempo que trata de detener el descabellado plan de Lex, que planea utilizar un ejercito de robot para privatizar la seguridad mundial.

El episodio comienza con Batman y Superman enfrentandose a Toyman. Cuando la Batalla termina, algo inesperado sucede, y Superman desaparece. Del mismo modo, Flecha Verde y Flash le siguen la pista Maestro de los Espejos, y todo desemboca en el secuestro del corredor. Los restantes miembros de la Liga se reúnen en la Baticueva, donde Linterna Verde y el Detective Marciano anuncian que el Hombre Halcón también ha desaparecido.

Concientes de que para derrotar a La Unión, primero deben derrotar a sus androides, los miembros mas poderosos de la Liga de Justicia deben recuperar sus poderes. Utilizando armas creadas por Batman para "contener" a los miembros de Liga, uno por uno atacan a sus contra-partes reboticas. La segunda invasión ha comenzado, y los héroes se dividen en grupos para tratar de contener los ataques. Sabiendo que para acabar con la Unión, se debe destruir su central matriz, Batman, junto a Robin, Batichica y el Detective Marciano atacan el refugio de Hugo Strange. Al llegar allí, se encuentran con el Dr. inducido en estado vegetativo ya que su mente no resistió tanto conocimiento. Si todo el conocimiento del universo esta dentro del cerebro de Strange, entonces la manera de destruir a La unión se encuentra allí dentro. Luchando por sus vidas, la invasión finaliza cuando Batichica logra acceder el código de desactivacion, salvando a la tierra. El episodio finaliza con toda la liga en al atalaya de la justicia.