"Ozzy" Cobblepot, también conocido como el Pingüino tiene delirios por reconstruir la vieja fortuna de los Cobblepot, a través de robos en los que emplea diversas aves entrenadas. Sin darse cuenta de los planes criminales de Cobblepot, Alfred va a la mansión en ruinas Cobblepot donde es atrapado por Ozzy. El Pingüino hará que sus pájaros hambrientos se hagan un banquete con Alfred, a menos que Batman lo rescate el tiempo.

Mientras que Bruce Wayne está ocupado siendo objeto de un "Día en la vida de..." como parte del segmento de un programa de TV, el Pingüino decide atacar la mansión Wayne. Alfred es tomado como rehén y Bruce ahora debe encontrar una manera de huir y convertirse en Batman para salvar a Alfred y evitar que las cámaras de televisión descubran su doble identidad.

Descubriendo que ambos son similares durante un robo del museo, Catwoman y El Pingüino forman una sociedad para robar dos reliquias valiosas de Egipto. Batman intenta detener a ambos, solo para que el Pingüino venda a Catwoman antes de que ella pueda hacer lo mismo con él. Batman encuentra que las reliquias funcionan con cualquier forma de luz para crear un poderoso arma de haz, lo que le lleva a detener al Pingüino antes de que pueda usar el poder de Ra para nivelar un edificio ocupado en Ciudad Gótica.

Un nuevo Batman protege a Ciudad Gótica, pero a diferencia del Batman original, este castiga hasta los crímenes más insignificantes. Detrás de toda esa locura se encuentra el Guason, que después de un tiempo de funcionar como el Caballero oscuro decidirá que necesita a su propio Príncipe payaso del crimen ¿Estará Batman dispuesto a aceptar ese papel?

Cuando las aves de el Pingüino intentan robar un dispositivo que controla a las aves, terminan llevándole en su lugar uno que controla a los murciélagos. Cuando el Pingüino descubre que el dispositivo le permite convertir a Man-Bat en su esclavo personal, lo utiliza para robar a varios bancos en la ciudad. Mientras tanto, Alfred debe hacerle frente a un mapache que ha encontrado un camino hacia la Baticueva y está causando estragos en los equipos eléctricos.

El Guason, el Pingüino y el Acertijo batallan por el control de la ciudad, hasta que finalmente deciden "resolver" sus diferencias con una competencia, siendo la recompensa el control total de la ciudad a quien logre capturar y desenmascarar a Batman.

Cuando Batman aparece para frustrar un atraco ideado por el Pingüino y las mellizas Kabuki, todo termina en una explosión, que le deja al caballero de la noche una conmoción cerebral. Alfred supone que todo va bien con la salud de Bruce, pero echa de menos el hecho de que no recuerde ser Batman. Cuando más tarde Bruce asiste a una fiesta, a la que también asisten el comisionado Gordon y su hija, Barbara, el Pingüino se muestra de nuevo para robarle a la multitud. Barbara, al conocer a Bruce Wayne, se convence a sí misma de que él es Batman. Pero la cobardía de Wayne al enfrentarse al peligro disipa esa idea, y cuando él es secuestrado, es rescatado por Barbara. Cuando Wayne se libera, Barbara es capturada, por lo que Alfred obliga a Bruce a ponerse el traje de Batman para ir en su rescate.

Cuando el Ventrílocuo y Scarface son capturados por Batman y enviados de vuelta a Arkham, el profesor Hugo Strange se interesa en el caso de Wesker. Separándolo de Scarface, Strange cree haber curado a Wesker, que es liberado y comienza su nueva vida haciendo fiestas infantiles con un muñeco nuevo, el Sr. Snoots. Batman mantiene una estrecha vigilancia sobre Wesker, sin embargo, cuando Scarface inesperadamente aparece en el apartamento de Wesker, Batman se propone rescatar a Wesker de un vengativo Scarface.

Cuando el alcalde Grange recibe una entrega especial de flores, inmediatamente decide comenzar un plan ecológico en Ciudad Gótica. El comisionado Gordon recibe una entrega similar, y al final termina arrestando a Batman por pisar unas plantas, mientras peleaba contra el Pingüino. Batman escapa de la custodia policial, y con la ayuda de Batichica sigue la pista de Hiedra Venenosa hasta el sótano de una florería. En la planta baja, nos enteramos de que Hiedra ha estado capturando a las personas más poderosas de Gótica y reemplazándolas por duplicados. Su plan consiste en apoderarse de la ciudad con plantas de rápido crecimiento, por lo que necesita una máquina para generar nubes. Ella incluso tiene éxito en la captura de Batman y Batichica, creando duplicados de ellos. Afortunadamente, el traje de Batman registra la señal de socorro, y le envía un impulso eléctrico, liberándolo y permitiendo que el caballero de la noche pueda tirar herbicida en las nubes, deteniendo el plan de Hiedra.

Todo el mundo quiere un paraguas incrustado con joyas que se subasta en ciudad Gótica. Sin dudas eso llama la atención del Pingüino. Pero nadie esperaba que el Sr. Frío se uniera a la fiesta. Pero cuando Ewan, un viejo amigo de Alfred, regresa en busca de un tesoro todo se complica. Resulta que el mango del paraguas contiene un código y un mapa para localizar las joyas robadas del Palacio Real hace más de un siglo por la familia Cobblepot, y Frío, el Pingüino, y el amigo de Alfred están ansiosos por tenerlas en sus manos. Pero cuando Ewan, el amigo de Alfred, arrastra al mayordomo hacia el peligro, Batman rápidamente debe salvarlos a todos.

Cuando el Pingüino ve una película similar a "Ocean 11", lo absorbe la inspiración para construir un equipo con sus propios especialistas. Él comienza a enviar invitaciones a los villanos de Ciudad Gótica, Bane lo recibe en medio de un robo a un banco - un intento desbaratado por Batichica, seguida rápidamente por Batman... y Robin. "¿Quién es el duende?" pregunta ella después de su primer encuentro, y se entera horrorizada de que Robin es el nuevo compañero de Batman, que ha sido llevado a la Baticueva y que conoce la identidad secreta del héroe. Sus celos son aliviados cuando Batman finalmente la integra a su familia. Mientras tanto, el Pingüino termina la construcción de su equipo de especialistas, donde se incluyen Ragdoll, Firefly y Killer croc, pero también incluyen a un aspirante a villano sumamente perdedor que se hace llamar Polilla Asesina. Antes de que todo está dicho y hecho, sin embargo, este fiel lacayo del Pingüino se convierte en el miembro más poderoso del grupo cuando por accidente se convierte en un mutante sumamente leal al villano.

Las cosas están tranquilas en Ciudad Gótica últimamente, ya que un nuevo vigilante le ha declarado la guerra a los criminales. A los ciudadanos les encanta este hombre nuevo, ya que la mayoría culpa a a Batman de ser su generador. Batman comienza a sospechar cuando esta investiga un robo en el museo donde Gatubela está llevando a cabo el atraco. Sin embargo, el héroe fue alertado por el Pinguino, que quiere que Batman lo arreste para brindarle protección. A lo largo del episodio, Batman le sigue la pista a Rumor, y termina descubriendo su identidad y sus motivos. Todo finaliza en una épica batalla entre Batman y Robin contra todos los supervillanos.

Cuando Sinestro se escapa de la custodia de los Linterna Verde, Hal Jordan se reúne con Batman para que lo ayude a vigilar los cielos en busca de cualquier rastro que pueda generar el anillo de Sinestro. Sin embargo, Siniestro ataca de imprevisto, y como Linterna Verde se encuentra solo y con bajo poder en el anillo, cae ante el villano. En un último esfuerzo para proteger el anillo, se lo envía volando a Batman. Accidentalmente es interceptado por el Pinguino, que no tiene ni idea de lo que ha encontrado, pero aprende rápidamente a usar su poder. El único problema es que su fuerza de voluntad y su inteligencia son casi nulas. Batman y Robin tratan de detenerlo, pero el Pingüino se encuentra con Sinestro. Desesperado por protección, el Pingüino termina entregándole al anillo a Batman. La Batalla entre Batman y Sinestro ha comenzado.

Wrath fue creado como el anti-Batman. En esta nueva versión del personaje, las similitudes entre ambos son aún más sorprendentes. Ahora el tambien tiene un compañero adolescente llamado Scorn. En realidad son Will y Andy Mallory, amigos de Bruce y Dick. Hasta tal punto llega su amistad, que en sucesivas ocasiones van a escalar juntos. En una de esas oportunidades, Bruce aprovecha para presentarle un prototipo de cable para escalar que esta desarrollando, y decide prestárselo a Will, pero lo que él no sabe es que está armando a su enemigo.