2億年の間、地球の海底に潜伏していた異星人モグールが地上制服を狙っている。由利博士は亡き友北条博士とノストラーが残した超能力ロボを操るマシーンブラスターを結成する。

マシーンブラスターの存在を知った海底モグール帝国は卑劣にも天平や仁太の育った川崎の少年院にカイブッダーを送り込む。

父や母の敵を取るためブロッカー軍団に入ったユカは、ひょんなことから天平の抱える秘密を知ることになる

北海道にカイブッダーのマンモスーンが出現。惨状を見かねた天平は由利博士の命令を無視してボスパルダーで一人出撃してしまう。

幼いころ生き別れになった父を捜すためバレリー島に向かったビリー。しかしそこにはモグールの卑劣な罠が待ち受けていた

街で出会った少女かおりちゃんとの約束を果たすため天平はエレパス能力を使用する。しかし天平はエレパス能力の限界にぶち当たることになる。

仁太の失敗でサンレス銃がモグールに奪われてしまう。失敗を取り返そうと躍起になる仁太はモグールに単身向かっていく。

八丈島で起こった謎の事件の調査に向かった天平とピコット。しかし天平は調査中に突如姿を消してしまう。

少年院に足を運んだ際に死んだと思っていた母を偶然見かけてしまった仁太。母のことで天平と衝突した仁太は基地から逃げ出してしまう。そんなとき街をガイブッダーが襲ってきた。

自身の出生の秘密を知ってしまった天平。眠れぬ夜に出会ったジプシーの女性の言葉に天平の心はさらに揺れることになる。

カイブッダーをより強力にしてしまう兵器ヘルグライドの復活をもくろむモグール達。そのたくらみをしったブロッカー軍団が立ち上がる。

モグールのかつてない攻撃に大打撃を受けたマシーンブラスター。同じころマシンブラスターを強化する設計を求めていた由利博士は悲しい事実と向き合うことになる。

少年院がモグールに襲われたときに死んだと思っていた発田が生きていた。そのことに素直に喜ぶ天平はアストロ母艦に発田を案内する。しかしそのことを石田に叱責されてしまう。

自分を機械としか見てくれないブロッカー軍団に苛立つピコット。そのときカイブッダーのゼマイザーが襲来する

志摩の海で貝を採集中のクルーザーが突如モグールに襲われた。そのクルーザーには天平がハワイでお世話になった親子も乗船していたのだった。

国際防衛本部に送られる大量のウラニウムがモグールに奪われてしまった。これを奪回するべくブロッカー軍団のモグール秘密基地に潜入することになるのだが。

偶然出会った女性さやかのことが頭から離れない天平。しかしさやかの持つ恐ろしい秘密に天平は直面することになる。

恐ろしいカイブッダーのアグラーがアラビア砂漠に突如現れた。アグラーはマシーンブラスターだけでなく駆けつけたアストロ母艦も窮地に追い込んでいく。

天平の少年院時代の友達テツヤは北極圏を横断することに青春をかけていた。北極圏を襲うモグールに対して天平はテツヤのためにと闘志燃やす。

モグールが地球を去り平和を取り戻したかに見えた。しかし天平に待っていたのは少年院に送り返されるというつらい現実だった。

一度は倒したはずのカイブッダーを引き連れたモグールの大軍団が襲ってきた。さらにモグールは背後から由利博士も襲うという卑劣な作戦を仕掛けてきた。

ペルーの廃墟から恐ろしい作戦を企てるモグール達。太平洋湾に連続発生する地震の脅威に怯える中、ユカは単身ペルーに潜り込んだ。

瀬戸内の鳴門海峡の大ブリッジ工事現場を襲うモグール。そこで仁太は母に捨てられた捨て子のケンとキヨミに出会い、母探しに協力することになる。

少年院時代の仲間との約束を果たすためとある港町にやってきた天平。そこで出会った薄幸の美少女ミユキを救うため港街のゴロツキと争うことになる。

宿敵マシーンブラスターを倒すためヘルクイーンはヘルジャイアントを起動させる。ヘルジャイアントはなんとマシーンブラスターをまねて作られたカイブッダーだった。

モグールが総力をかけて襲ってきた。アストロ母艦が使用できない今、マシーンブラスターはアストロ基地でモグールを迎えることになる。

モグールとの大決戦の後、天平は生死の境を彷徨っていた。己の力だけを頼りに生きてきた天平の頭の中に戦いと反抗の日々が走馬灯のように駆け巡る。

モグールとの大決戦の後、九死に一生を得たユカは重症の由利博士に付き添っていた。マシーンブラスターの行方を気に病むユカだったが、マシーンブラスターは海の深くに沈んでしまっていた。

ビリーと天平はビリーのレーサー時代の恩人ジョーが作った車でモナコのカーレースに参戦することになった。しかしレース本番中に突如モグールが現れる。

スペインに向かうジャンボ旅客機がピレネー山脈の山中で連絡が途絶えてしまった。しかもその旅客機にはマシンブラスターの改良設計図を持つスサーナ博士も同乗していた。

深海に沈んだ戦艦大和を引き上げることを夢見る一人の老人。その夢に共感し協力する仁太だが、大和の地下にはモグールの海底基地が潜んでいることを知る。

原生林でひっそりと生活をしていたカナダ狼が突如人を襲い始めた。カナダに調査に向かったマシンブラスターはそこでチャーリとボブの親子と隻眼の狼シルバーと出会う。

ヒマラヤ山脈の麓チベットでモグールはマグマ投下水素爆弾の実験を進めていた。爆弾の存在に気付いた天平の少年時代の恩人青山はモグールの襲撃によって崖から転落してしまう

今までの戦いを振り返るヘルサンドラ。ゼマイダーとエイグラスの戦いに目を付けたヘルサンドラは自らがエイグラスに乗り込み、マシンブラスターに戦いを挑む。

天平の前にボスパルダーに搭乗していたものがいた？ボスパルダーを設計したアンドリュー・ノートンはあろうことかモグールの協力者となってマシーンブラスターの前に姿を現す。

国際防衛長官が突如マシーンブラスターの解散を命令してきた。理不尽な命令に憤りを覚えるマシーンブラスターの前に何故かかつらを被った安さんが現れた。

ザンギャックが育てたヘルバラが日本中にばら撒かれた。ヘルバラは恐ろしい繁殖性を持ち、生物の動きをマヒさせることのできる人食い花だった。一方でヘルサンドラは天平に対して言葉にはできぬ何かを感じていた。

南極にモグールの基地があることを突き止めた国際防衛本部はモグールに最終決戦の総攻撃をしかけた。一方で由利博士はモグールお互いにくみあうのではなくとも歩み寄ることができないかと防衛本部に進言する。