In Onegai Twins geht es um einen Jungen namens Maiku, der in den Nachrichten ein Haus sieht, das er von einem Foto her kennt. Man muss hierzu noch erwähnen, dass er keine Erinnerungen zu seiner Herkunft und seiner Familie hat, bis auf das Foto. Kurz darauf zieht er in das Haus ein. Nach einem Jahr klingelt ein Mädchen an Maikus Tür, ihr Name ist Miina, die auch keine Erinnerungen mehr zu ihrer Herkunft hat. Sie zeigt ihm das gleiche Foto vor, was er auch hat. Miina denkt er wäre ihr Zwillingsbruder, der auf dem Foto zusammen mit ihr im Plantschbecken sitzt. Dazu kommt noch, dass die beiden die gleichen blauen Augen haben. Es dauert nicht lange und es klingelt wieder an Maikus Tür. An der Tür steht ein Mädchen, ihr Name ist Karen. Sie hat auch blaue Augen, keine Erinnerung zu ihrer Herkunft und das gleiche Bild in der Hand.

Maiku nimmt die beiden Mädchen erst mal auf.

Майку Камисиро воспитывался в приюте и поэтому к своим 16 годам по характеру он был замкнут и независим, к чему также располагал и его заработок – программирование в домашних условиях. Надеясь, как-то вернуть воспоминания он занялся поиском дома с фото и обнаружил его в Нагано, выкупил его и переехал туда вместе со своим компьютером. Вскоре на пороге его дома появились две девушки, с которыми его объединяли некоторые вещи – это цвет глаз, такое же старинное фото, как и у него и стремление выяснить свою родословную. Разобраться они решили проверенными способами, а на это время он позволил им поселиться у себя. Начались поиски ответа на вопрос: чья любовь к хозяину дома, так и останется сестринской, а с чьей можно перейти эту границу. В конце-концов, прийти к правильному решению героиням помогли не точные науки, а честность, благородство и взаимопомощь старых друзей.

Maiku Kamishiro grew up in an orphanage with no history of his family or of his past. Left with only a childhood picture of himself and another person in front of a house, he believes that the other person in the picture is his long lost twin sister. Upon discovering his old home, two young girls show up on his doorstep one day both claiming to be his long lost sister.

Onegai Twins è il seguito della serie Onegai Teacher, che ha avuto grande successo sia in patria che qui da noi. I fatti si svolgono 2 anni dopo la conclusione della prima serie: Kei è ormai in terza superiore e Mizuho è sempre una delle insegnanti del liceo, ma i protagonisti principali non sono loro. Miyafuji Miina, Kamishiro Maiku e Onodera Karen, sono i protagonisti: tre ragazzi apparentemente diversi l’uno dall’altro ma legati tra di loro sia per lo stesso colore degli occhi, sia per una foto che ritrae un bambino e una bambina con una casa sullo sfondo. Ed è proprio quella casa nello sfondo di quella foto che i tre ragazzi riconoscono durante un servizio televisivo che parla di un avvistamento di un UFO che spinge i tre ragazzi a tornare in quella casa.

高校生ながら、プログラマーとして生活している神城麻郁。麻郁が一人暮らしを始めたばかりのある日、麻郁を双子だという宮藤深衣祭が訪ねてくる。しかし事件はそれだけでは終わらなかった。さらにもう一人、麻郁と双子だという小野寺樺恋がやってきたのである。果たして、どちらが麻郁と本当の双子なのであろうか？

神城麻郁（浪川大辅 配音）从小在孤儿院长大，除了一张年代久远的照片外，他对自己的过去一无所知。一次偶然中，他在电视上看到了和自己手中照片上一模一样的房子，为了弄清楚自己的过去，他搬到了那幢房子里，并进入当地的高中就读。

某天上学途中，麻郁遇见了正要被人非礼的女孩宫藤深衣奈（中原麻衣 配音），他意外的发现，自己和宫藤深衣奈有着相同颜色的眼眸。让麻郁没有想到的是，当晚，深衣奈竟然出现在了自己家的门口，并拿出了和麻郁一模一样的照片，声称自己饰麻郁的双胞胎妹妹。就这样，麻郁开始了和深衣奈的同居生活，随着时间的推移，两人之间的关系逐渐亲密起来。

神城麻鬱從小在孤兒院長大，除了一張年代久遠的照片外，他對自己的過去一無所知。一次偶然中，他在電視上看到了和自己手中照片上一模一樣的房子，為了弄清楚自己的過去，他搬到了那幢房子裡，並進入當地的高中就讀。某天上學途中，麻鬱遇見了正要被人非禮的女孩宮藤深衣奈，他意外的發現，自己和宮藤深衣奈有著相同顏色的眼眸。讓麻鬱沒有想到的是，當晚，深衣奈竟然出現在了自己家的門口，並拿出了和麻鬱一模一樣的照片，聲稱自己飾麻鬱的雙胞胎妹妹。就這樣，麻鬱開始了和深衣奈的同居生活，隨著時間的推移，兩人之間的關係逐漸親密起來。

Onegai Twins é uma pseudo-sequência de Onegai Teacher; alguns elementos do "'Teacher" aparecem em "Twins", mas são mais pano-de-fundo e referências que não chegam a interferir na história. O gancho principal é a aparição do UFO - uma imagem do local aparece na tv e imediatamente causa lembranças em três pessoas, três jovens que possuem em comum: uma foto da infância, onde aparecem duas crianças e a mesma casa e o mesmo lugar que eles viram na reportagem da tv, e os olhos azuis... Karen, Miina e Maiku se encontram na casa da foto e agora se perguntam: quem é irmão de quem? Apenas duas crianças aparecem na foto, uma menina e um menino... Maiku e ... qual das duas? Miina ou Karen? Quem é a irmã e quem é a estranha? Enquanto permeiam dúvidas, eles vão vivendo na casa que evoca nostalgia e conforto...

Maiku Kamishiro a grandi dans un orphelinat sans histoire de sa famille ni de son passé. Resté avec seulement une photo d'enfance de lui-même et d'une autre personne devant une maison, il pense que l'autre personne sur la photo est sa sœur jumelle perdue depuis longtemps. En découvrant son ancienne maison, deux jeunes filles se présentent un jour à sa porte, prétendant toutes deux être sa sœur perdue depuis longtemps.

카루이자와에서 정체 불명의 UFO소동이 TV에 비추어졌다. 거기서 나오는 한 채의 집은 한 소년과 두 소녀의 큰 전환점이 되었다. 카미시로 마이쿠, 오노데라 카렌, 미야후지 미이나는 고아로 이들이 가지고 있는 공통점은 어린 소녀와 소녀 둘이서 미니 풀장에 놀고 있는 모습의 사진을 가지고 있다는 점.

그로부터 2년 후. 플리즈 티쳐에서 두 학년 후인 이때에 카미시로 마이쿠는 사진에서 나온 그집을 빌려 학생 겸 재택 프로그래머로 독신생활을 하고 있었다. 그리고 곧이어 마이쿠와 같은 푸른색의 눈동자를 지닌 오노데라 카렌과 미야후지 미이나의 난입으로 이야기가 시작된다.

사진에서 나온 아이는 남매 두명. 그러나 마이쿠와 남매관계라고 주장하는 사람은 카렌과 미이나 둘. 어느 한쪽이 가족인지 타인인지 애매한 입장에서 카렌과 미이나는 마이쿠에게 연정을 품게 되는데....