지구와 플랜트 사이의 전쟁이 시작된 지 11개월, 헬리오폴리스의 한 공업 칼리지에 재학 중인 키라 야마토는 우연히 자프트의 건담 탈취 작전에 휘말리게 된다. 피난 장소를 찾던 키라는 한 소녀를 쫓아 공장으로 들어가던 중 옛 친구인 아스란 자라를 만나게 되는데…

절체절명의 위기 속에서 진을 격파해 내는 키라. 하지만 군사 기밀에 접근한 것을 이유로 키라와 친구들은 마류에게 구속당하고 만다. 한편 크루제는 클로니 내부로 돌진하고… 크루제와 스트라이크의 격렬한 전투 속 마침내 아크엔젤이 그 위용을 드러낸다.

크루제와 스트라이크의 결투는 점점 더 거세지고 그로 인한 클로니의 피해가 커져가는 가운데, 더 이상의 피해를 두고 볼 수만은 없던 키라는 다시 한번 건담에 올라타기로 결심한다. 다시 시작된 전투, 당황한 두 소년과 함께 헬리오폴리스의 붕괴가 시작된다.

무너진 헬리오폴리스의 잔해 속에서 발견된 구명 포트에는 대서양 연방 사무차관의 딸, 프레이 알스터가 승선해 있었다. 계속되는 크루제의 공격, 아르테미스로 가는 길은 험난하기만 한데…

탈취한 모든 건담들을 투입해 스트라이크의 앞을 가로막는 자프트. 계속되는 전투 속에서 스트라이크는 모든 에너지를 소비한 채 아스란에게 잡혀 자프트로 연행될 위기에 처하게 되는데…

자프트의 추격을 따돌리고 아르테미스로 달아나는 데에 성공한 아크엔젤. 하지만 ‘우산’ 속에 숨겨진 그들의 검은 욕망은 키라 일행을 더욱더 혼란 속으로 빠뜨린다.

계속되는 전투로 물자 소모가 빠르게 진행되는 가운데, 아크엔젤은 물자 수급을 위해 잔해 지대로 향한다. 남겨진 잔해 속, 참혹한 전쟁의 흔적들을 마주하게 된 키라 일행. 그들의 손에 쥐어진 생명의 무게는 무겁기만 하다.

잔해 지대 속에서 발견된 구명 포트. 그 안에 타고 있던 건 현 플랜트 최고 평의회 의장의 딸, 라크스 클라인이었다. 같은 무렵, 아스란은 라크스를 구출해오라는 명령을 받게 되고 아크엔젤 내부에서는 라크스의 처우에 대한 의견 충돌이 벌어지게 되는데…

제8함대 선발대의 합류 소식으로 잠시나마 희망을 되찾게 된 아크엔젤. 하지만 안도감도 잠시, 갑작스러운 베사리우스의 공격으로 선발대는 그만 격침 당하고 마는데…

눈앞에서 아버지의 죽음을 목격한 프레이는 키라를 향해 강한 분노를 내뱉는다. 한편, 라크스가 아스란의 약혼자라는 사실을 알게 된 키라는 그녀를 몰래 아스란에게 돌려보내기로 결심하는데…

아버지의 목숨을 앗아간 이지스의 조종사가 키라의 옛 절친이었음을 알고 분노하는 프레이. 하지만 어찌 된 영문인지 친구들의 앞에 나타난 그녀는 키라에게 따뜻한 사과의 말을 건넨다.

마침내 지구연합군 제8함대와 합류에 성공한 아크엔젤은 그들의 다음 항로인 지구 본부, 알래스카로 향하기 위한 준비를 시작한다. 한편 프레이는 아크엔젤에 남아 군에 지원하겠다는 의지를 밝히는데…

제8함대와의 합류 이후 자프트와의 치열한 전투가 계속되는 가운데, 지구 착륙을 위한 스트라이크와 스카이 그래스퍼의 강하 작전이 실행된다. 하지만 곧 이자크의 듀얼 건담이 키라의 앞을 가로막고 마는데…

키라와 스트라이크는 모든 에너지를 소진한 채 아크엔젤과 함께 아프리카로 착륙한다. 사람들을 지키지 못했다는 죄책감에 고통스러워하는 키라를 다정하게 위로해 주는 프레이, 과연 그녀의 진심은 무엇일까.

북아프리카 사막에 착륙하게 된 아크엔젤. 하지만 곧 앤드류 발트펠트가 이끄는 자프트의 정예 지상 부대가 그들을 향해 다가온다. 낯선 사막에서의 뜨거운 전투를 이어가는 키라. 위기의 순간, 누군가로부터의 통신이 들려온다.

저항군의 도움으로 발트펠트 부대의 맹공을 가까스로 물리치는데 성공한 키라. 그는 헬리오폴리스 습격 때 만난 소녀 카가리가 ‘새벽의 사막’의 구성원이었다는 사실에 놀란다. 한편, 아크엔젤 내부에서는 프레이와 사이 간의 말다툼이 벌어지고 키라는 그동안 억누르고 있던 감정들을 폭발하게 되는데…

발트펠트 부대의 공격으로 저항군의 마을이 불타고 있는 가운데, 마을로 달려간 저항군 대원들은 퇴각한 적들의 흔적을 보며 크게 분노한다. 복수심에 불타오르는 저항군, 복수의 끝에 남는 것은 과연 무엇인가.

물자 보충을 위해 버나디아 시장으로 잠입한 키라와 카가리는 그곳에서 우연히 ‘사막의 호랑이’, 앤드류 발트펠트와 마주치게 된다. 발트펠트는 블루 코스모스의 기습 공격으로부터 자신을 도와준 그들에게 감사의 표시를 하며 자신의 저택으로 초대하게 되는데…

모처럼의 휴일을 맞이하여 클라인 저택에 방문한 아스란. 그는 라크스와의 대화 도중 과거 키라와의 추억들을 떠올린다. 한편, 분노에 휩싸인 저항군 기지에서는 ‘사막의 호랑이’를 돌파할 계획을 세우느라 여념이 없는데…

지브롤터 기지에 있던 이자크와 디아카가 레셉스에 합류하고 아크엔젤과 저항군도 함께 움직인다. 본격적으로 시작된 전투, 키라는 발트펠트와 다시 한번 격전을 벌인다.

치열한 전투 끝에 발트펠트를 쓰러뜨린 스트라이크와 아크엔젤은 알래스카로 향한다. 기나긴 전투 끝에 찾아온 잠깐의 휴식. 하지만 여유도 잠시, 정적을 깨듯 자프트의 모라심 부대가 하늘과 바다에서 아크엔젤을 향해 공격한다.

아스란과 니콜의 지브롤터 기지 합류로 크루제 부대가 모두 모이게 된 가운데, 크루제는 아크엔젤 추격팀의 리더로 아스란을 임명한다. 한편, 아크엔젤은 수중 전투에서 가까스로 승리하였지만 집요하게 추격하는 모라심 부대에 고전을 면치 못하는데…

모라심 부대와의 전투 도중 격추당해 외딴섬에 불시착하게 된 카가리는 수송기에 타고 있던 아스란과 조우한다. 전파 상태가 좋지 않아 발이 묶인 채 구조를 기다려야만 하는 상황. 같은 무렵, 키라는 스트라이크를 타고 카가리에 대한 수색작업을 진행하는데…

마침내 오브 영해로 들어서게 된 아크엔젤, 하지만 곧바로 퇴거 경고가 내려진다. 이에 카가리는 자신이 오브 전 대표, 우즈미 나라 아스하의 딸이라는 사실을 밝히는데…

The Archangel is attacked by the Zala Team which consists of the Le Creuset Team members. They take heavy damage, but when they enter the waters of the neutral nation of Orb, ZAFT is chased away and is told that the Archangel has been chased away. The Zala Team sneaks into Orb with the belief that Orb's official statement is false.

A recap of the first 25 episodes narrated by Miguel Aiman.

Senior Engineer Erica Simmons of Morgenroete reviews the Strike's combat logs and theorizes that Kira might be superior than any other Coordinator and speculates on the "SEED factor" theory. She shows Kira the mobile suits that Orb is developing and asks him to develop a mobile suit operating system that can be used by Naturals.

Kira and his friends are given the chance to meet with their parents who have taken refuge in Orb. Kira refuses to go, but his parents meet with Uzumi Nara Athha who hints there is a deeper connection between Kira and Cagalli. Kira instead completes the operating system for the Orb Union's MBF-M1 Astrays. When Kira's mechanical bird flies off, Kira finds himself standing face to face with Athrun. They part ways pretending not to know each other, but not without saying kind words about each other.

The Archangel, without Cagalli and Ledonir on board, leaves Orb territory for Alaska. The Zala Team, who is patiently waiting, engages them in a battle. Kira grounds the Duel, Buster, and Blitz with the help of Mu and Tolle, who is now the second Skygrasper pilot. As Kira and Athrun fight, Nicol intervenes, but he steps into Kira's fatal attack.

The Zala Team make another effort to destroy the Archangel and the Strike. Dearka in the Buster is shot down by Mu and surrenders. Tolle attempts to aid Kira, but he is killed by Athrun. The grief Kira and Athrun suffer over their friends' death is enough for them to try to kill each other.

The crew of the Archangel grieve for the apparent deaths of Kira and Tolle. Cagalli searches the wreckage for Kira but instead finds Athrun and confronts him for killing Kira.

The Archangel finally arrives in Alaska. A grief-stricken Miriallia attacks Dearka, now a prisoner on board the Archangel, but ends up saving his life when Flay tries to shoot him. Kira awakes and finds himself in the care of Lacus.

Flay, Mu, and Natarle are to be transferred off the Archangel. Mu suspects that something is not quite right as the Alaskan JOSH-A base is evacuated. Flay is captured by Rau Le Creuset. Lacus and her father entrust Kira with the ZGMF-X10A Freedom, equipped with Neutron Jammer Canceller technology.

Operation Spitbreak is initiated, with both ZAFT and the Earth Alliance believing they have outsmarted the other. The Archangel is left behind to be destroyed in a calculated plan that would decimate everyone on the battlefield, until Kira arrives to save them.

Lacus, now denounced a traitor to the PLANTs for handing the Freedom over to an unknown pilot, confronts Athrun and challenges him to decide what he truly is fighting for. Athrun is ordered to pilot the ZGMF-X09A Justice to seek and destroy the Freedom.

Kira and the Archangel make their way to Orb, where Lord Uzumi welcomes them and asks that they decide for themselves why they are fighting. The Panama mass driver is destroyed by ZAFT in retaliation for the blow they took at Alaska. Meanwhile, Erica Simmons presents a reconstructed Strike for the Archangel crew's use.

To get a hold of Orb's mass driver, the Earth Alliance demands Orb to concede with them or be attacked for siding with ZAFT. Murrue decides the Archangel will support Orb and its crew members are discharged if they no longer wish to fight. Muruta Azrael, leader of Blue Cosmos, attacks Orb with three new mobile suits, the Forbidden, Raider, and Calamity. When Kira starts to have trouble with them, Athrun in the Justice arrives to help.

Athrun in the Justice assists Kira fight against the Forbidden, Raider, and Calamity. As the fight continues, the three Earth Alliance pilots argue with one another, but they are interrupted when they are struck by intense pain. The Earth Alliance are forced to retreat and regroup. The two friends reunite and Athrun must make a decision regarding whether he should continue obeying his father's orders or fight for what he believes in.

The Earth Alliance attacks again, but the results are the same as the previous battle. The Archangel and the Orb ship Kusanagi launch into space, while the leaders of Orb stay behind. They explode Orb's mass driver and armaments factories, sacrificing their own lives in the process.

Cagalli, though grief striken with her father's death, confronts Kira with a mysterious photograph given to her by Lord Uzumi, of a woman with two infants and Kira and Cagalli's names written on the back. On a PLANT, Lacus is still on the run for treason, but broadcasts messages to counter PLANT Supreme Council Chairman Patrick Zala's propaganda. She soon discovers that her father has been assassinated by Patrick Zala.

Athrun returns to the PLANTs on a shuttle to speak to his father, but he is arrested. Lacus and (the presumed killed in action) Andrew Waltfeld join forces, stealing the ZAFT support ship Eternal and rescuing Athrun. They join forces with the Archangel and the Kusanagi thus forming the Three Ships Alliance.

The newly-formed Three Ships Alliance take shelter at the abandoned Mendel colony. Unfortunately, they are tracked down by both ZAFT and Earth Alliance forces. Rau Le Creuset commands the ZAFT fleet and Captain Natarle Badgiruel, commands the Earth Alliance assault ship Dominion. Dominion takes the initiative and attacks with the mission of capturing either the Freedom or Justice.

The Dominion retreats so their pilots can get their medicine. Mu and Dearka enter the Mendel colony to confront Rau and Yzak. Kira comes to their aid and he and Mu are shocked to discover Rau has a few secrets to reveal.

Kira and Mu face terrifying revelations in an encounter with Rau. Dearka and Yzak have their own meeting where they question what they are truly fighting against. Meanwhile, the Dominion and the Earth Alliance once again attacks. Rau returns to his ship and sends Flay back to the Earth Forces.

Flay, who was held captive by Rau, is rescued by the Dominion despite Kira's desperate attempts to steal her lifepod. She gives Muruta Azrael the disk she was given by Rau which contains the specs on the Freedom and Justice and the Neutron Jammer Canceller technology.

Equipped with Neutron Jammer Cancellers, the Earth Alliance forces launch an all-out attack on the PLANTs. The Boaz military asteroid is destroyed by nuclear weapons with Earth Alliance's next target being the PLANTs. The Freedom and Justice arrive at the battlefield in time to destroy all the nuclear warheads. In retaliation, Patrick Zala orders to fire the GENESIS.

The GENESIS, a huge gamma-ray laser wipes out a large portion of Earth Alliance's forces. The Earth Alliance forces are forced to withdraw temporarily to regroup. During the intermission, each of the couples on board the Archangel, Kusanagi, and Eternal prays of each others safety in the upcoming battle.

GENESIS' second attack cripples the Earth Alliance's reinforcements and destroys their Ptolemaeus lunar base. The Three Ships Alliance save the PLANTs from the second wave of nukes. Mu fights Rau in the ZGMF-X13A Providence while Kira and Athrun fight the Forbidden, Raider, and Calamity. On the Dominion, Natarle becomes fed up with Muruta and orders the crew to escape. Muruta fires at the Archangel , but Mu sacrifices himself to protect them. In revenge, the Archangel fires and destroys the Dominion.

The Archangel, Eternal, and Kusanagi plunge into the battle, trying to keep both sides from using their weapons of mass destruction. Rau destroys Flay's escape shuttle, killing everyone on board. Flay's spirit visits the grief striken Kira to apoligizes and thanks him. Kira destroys the Providence with the Freedom, while Athrun remote-destructs the Justice to destroys GENESIS. With both the PLANTs and the Earth Alliance forces in disarray, the renegade moderate faction of the PLANTs seize the opportunity to call for a cease-fire, effectively ending the war.