札夫特军和联合军开战至今，已过了11个月。

中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯，悬浮在L5区。基拉・大和是在该地的工业学院就读的学生，他与平常一样出席研讨会时，在那里碰上了入侵太空殖民地，欲夺取高达的札夫特军。

配件所发生爆炸，太空殖民地内部也被MS基恩入侵，整个赫利奥波利斯陷入一片混乱。札夫特军不仅突袭成功，就连联合军秘密地制作的五架机动战士高达，也有三架落入他们手中。

找寻避难所的基拉，为了追逐一名未能及时逃脱的少女，在工厂区域内迷了路，并无意中在那里看到幸存的两架高达。同行的少女看到它们后，不知为何惊声尖叫。基拉设法让那少女找到了地方避难，自己却无处可躲。

在现场的联合军官玛硫・拉米亚斯，原想指引他到幸存的MS强袭高达中，但却遭到札夫特士兵袭击！而那个人，正是基拉的儿时好友阿斯兰・萨拉。

熊熊大火中，阿斯兰夺走剩下的MS神盾高达后逃走。这时基拉和玛硫已坐上强袭高达，勉强从崩坍的工厂中逃出。然而札夫特军的MS基恩已经驻扎在外面，负伤加上根本不会驾驶的玛硫无法操纵高达。在这千钧一发之际，基拉代替玛硫操纵高达。他极速修改了高达的OS，解放强袭高达的潜能，以压倒性的力量击败基恩。虽然基拉和朋友逃过一劫，却因知悉军方机密，而被玛硫拘留。尽管他们曾尝试反抗，但最终被迫服从。

与此同时，由于基恩被破坏，克鲁泽也开始采取行动，察觉到这事的穆，也前往赫利奥波利斯，两机在战场相遇交战，闯进了太空殖民地的内部。

另一方面，娜塔尔等人被困在爆炸后的矿山区中，他们聚集幸存的人启动大天使号。太空殖民地传出诡异的鸣动声。期间，克鲁泽操控的MS席古，与强袭高达展开激战。被身经百战的克鲁泽耍得团团转的基拉，虽然有穆的支援，也无法改变形势。在这个节骨眼上，大天使号冲破岩壁，强势登场！

基拉等人遭克鲁泽操纵的MS席古袭击，大天使号在这个时候出现在他们面前。战况正酣之际，本来想狙击克鲁泽的强袭高达，意外射穿了太空殖民地，所有人都被这种威力吓呆了。克鲁泽眼看形势不妙，暂时撤退。

基拉等人登上了大天使号，士兵们惊奇地发现这个孩子竟能操纵高达。穆则看出基拉是调整者。

另一方面，回到战舰中的克鲁泽，由于感到高达性能所带来的威胁，决定再次出击。没有获准出击的阿斯兰，私下乘坐神盾高达，前往基拉的所在地。

被基拉修改了OS的高达，只有他一个人能操纵。虽然他拒绝再次驾驶高达，但由于敌人的接近，他已无路可退。

战斗再次展开，太空殖民地所受的破坏也愈来愈大。基拉击落了米歇尔驾驶的吉恩，再次与驾驶着神盾高达的阿斯兰相遇。双方的敌对立场，让两名少年都感到很迷惘。

另一方面，他们四周的战斗更加白热化，赫利奥波利斯受了致命伤，开始崩溃。

基拉带着救生艇从崩溃的赫利奥波利斯宙域逃脱，一同返回了大天使号。大天使号选择前往友军的军事卫星阿尔狄弥斯。克鲁泽虽然追丢了大天使号，却推测出了大天使的行动，并谋划了封住大天使号道路的作战。

基拉回到战舰后，和托尔等人一同留在难民居住区。穆叫他去维修高达，他却反驳说自己不是驾驶员。

另一方面，阿斯兰被克鲁泽质问有关上次出击的事，他说自己想说服故友基拉，并发誓若不成功，会亲手解决他。

战况就如克鲁泽料算的一样，大天使号遭前后夹击。在一片战斗部署的声响中，托尔等人体谅到基拉的苦衷，决定自愿承担战舰的工作。独自苦恼着的基拉，被穆的话语和朋友的行动所打动，决定再次驾驶高达。

大天使号启动引擎的同时用特装炮展开炮击。敌舰仿佛收到讯号一样，随即派出MS队。

基拉在弹射器上高呼：「基拉・大和，高达出击！」

出现在强袭高达面前的，是四架被抢夺的高达。札夫特军把夺取的高达全部投入了战场！基拉和阿斯兰再次在战场上相遇，决斗高达也闯入二人之间，就连暴风高达和迅雷高达都加入战团，战况一片混乱。

另一方面，穆驾驶着梅比乌斯零式先行出击，突袭梅萨琉斯号战舰。遭突袭的梅萨琉斯号被迫逃离战场，然而处于上风的伊扎克和提亚哥，漠视撤退命今，继续攻击基拉。尚未习惯作战的强袭高达耗尽了能源，导致相转移装甲消失，陷于九死一生的危机中！

就在这时，以MA形态出现的神盾高达，将基拉抓住。阿斯兰打算把基拉带去札夫特军，基拉动弹不得，无从反抗。此时穆闯入并支援基拉，替他更换能源盒，才让他好不容易地击退伊扎克等人。

大天使号终于脱离险境，安全抵达地球联合军的要塞阿尔狄弥斯，然而又一场危机却在那里等待着他们……。

大天使号好不容易才摆脱札夫特军的追击，逃进军事要塞「阿尔狄弥斯」，然而，原本的盟友方士兵们却举枪恭候，大天使号的成员被要塞司令贾西亚软禁。

虽然同为地球军，但玛硫等人所属的是「大西洋联邦」，而阿尔提密斯则是「欧亚联邦」的要塞，两者不算是同路人。贾西亚打算抢走大天使号和高达，作为返回欧亚本土的交换条件。他用基拉的朋友要挟基拉，要他为高达解锁。

与此同时，在远处包围阿尔狄弥斯的卡莫夫号战舰采取了行动。阿尔狄弥斯拥有一种名为「全方位光波防御带」的特殊防御兵器，能够完全反制敌人的攻击。

然而，迅雷高达的「幻象粒子」（即将机体隐形）模式，却能够攻破这种兵器。阿尔提密斯受到突如其来的攻击。由于士兵们一直对光波防御带充满信心，所以纪律散焕，被意料之外的情况弄的措手不及。基拉乘这空档突围而出，返回强袭高达，迎击闯进来的迅雷高达！此外，决斗高达和暴风高达也在外围向阿尔狄弥斯展开攻击。强袭高达与迅雷高达的战斗也因塞破坏而终止。基拉与脱身的大天使号，一起离开了完全崩坏的无敌要塞。

虽然大天使号利用札夫特的攻击，成功逃离阿尔狄弥斯要塞，但舰上严重缺乏物资，弥漫着的不安情绪也愈来愈浓重。穆心生一计，建议前往废弃区域，在被遗弃的舰艇上寻找物资。在「血腥情人节」中遭破坏的尤尼乌斯7也在该处。克鲁泽返回PLANT，并出席最高评议会的研讯会，说明「赫利奥波利斯崩溃」的经过。他在那里与暗中有联系的PLANT国防委员长派屈克・萨拉，将会场的气氛诱导至倾向消灭自然人的方向。

另一方面，托尔等人继续在尤尼乌斯-7的残骸中搬运物资。漂浮中的大陆残骸，生动地呈现出战争的现实。负责巡逻的基拉，遇上侦察型基恩，搬运的地方就在它的侦察路线上！基拉的希望落空，吉恩发现了托尔等人。

强袭高达击败了吉恩，基拉第一次体会到亲手夺走别人性命的那份沉重。他在那里发现了救生艇，以及里面的拉克丝•克莱因。这次命中注定的邂逅和哈罗一起翩然而至。

废弃区域中救出的救生艇内，有一名少女，以及一个小小的机器人。少女是拉克丝•克莱因，机器人是哈罗。她是PLANT最高评议会议长西盖尔・克莱因的女儿，为了出席「血腥情人节」悲剧发生一周年的追悼仪式，以慰问团团长的身份来到这里。天真烂漫的她为气氛紧张的大天使号，带来了奇妙的安心感。惟独天生讨厌调整者的芙蕾・阿斯达，拒绝接受她。

与此同时，在梅萨琉斯号维修期间先回家的阿斯兰受到召集，奉命搜寻未婚妻拉克丝•克莱因的下落。阿斯兰承担了把她救出来，以英雄身份返回PLANT的义务。

另一方面，大天使号在就如何处置拉克丝而出现争执的时候，收到期待已久的第8舰队先遣部队发出的救援信号。这个好消息让舰上的阴霾一扫而空，然而，札夫特军的梅萨琉斯号，也正逐步逼近救援舰队……。

期待已久的救援来临，大天使号终于可以放松神经了。和舰艇会合的是第八舰队的蒙哥马利号、伯纳德号和罗尔号三艘舰只。芙蕾的父亲、地球军外务次官乔治・阿斯达，也在蒙哥马利号上。舰队遭到札夫特军袭击，临危受命的大天使号马上前往支援，见到的却是瞬间击沉伯纳德号和罗尔号的神盾高达。基拉驾驶强袭高达出击，却被阿斯兰挡住去路，两雄互不相让。札夫特军舰梅萨琉斯号逼近蒙哥马利号，父亲危在旦夕！

芙蕾目睹这个情况，将被软禁的PLANT评议会议长女儿拉克丝•克莱因拉到舰桥上，打算用她的生命来确保蒙哥马利号的安全。可惜她的希望落空，蒙哥马利号在芙蕾眼前，被梅萨琉斯号的炮火击沉。芙蕾的提亚哥惨叫声响彻云霄！娜塔尔心意已决，以拉克丝为人质，迫使梅萨琉斯号停止攻击。

虽然大天使号以拉克丝・克莱因作为人质，制止了札夫特军战舰梅萨琉斯号的攻击，但看到救援舰队在眼前遭敌军全部消灭的景像，舰上的人们士气大跌。特别是父亲被杀的芙蕾，陷于半疯狂状态的她把愤怒发泄在基拉身上：「你也是调整者，所以才不愿认真作战吧！？」

基拉大受打击，沉默不语，应被软禁的札夫特军歌姬拉克丝，来到他身后和他攀谈。拉克丝认识基拉的挚友阿斯兰，同时是他的未婚妻。基拉回想起昔日的好友，如今二人却兵戎相见。她温柔的低声说道:「若你们二人能不用战斗就平息事件……那该多好。」

经过一番犹豫，基拉决定把拉克丝送回阿斯兰身边，并借着朋友的协助，在未经批准的情况下启动强袭高达。强袭高达和神盾高达、基拉和阿斯兰第四次相遇。基拉把拉克丝交到阿斯兰手中，在好友的呼唤中转身离去，二人各自走上自己的命运，正式决裂。

基拉按照约定返回舰上，玛硫衡量利弊后，对于他擅自把拉克丝放回札夫特军一事，决定不作追究。

托尔等人虽然被先遣部队在眼前遭毁灭的景像所打击，但很快就因无须再战斗而感到安心…除了芙蕾之外。雪上加霜的是，卡兹告诉芙蕾，他无意中听到夺走芙蕾父亲性命的神盾高达驾驶员，曾是基拉的好朋友。

然而芙蕾在基拉和朋友面前出现时，不知为何道了歉，意外的言语让基拉感到不解。这个时候传来警报，札夫特军的三架高达，想在基拉等人与舰队会合前，作出最后一击！一名难民少女和芙蕾对基拉说：「请保护我们」，基拉听到后，向战场出发。

札夫特军看穿了大天使号的战斗模式，攻击极为猛烈，迅雷高达摆脱强袭高达和梅比乌斯零式，逼近大天使号，使它走投无路！这个时候，基拉体内出现异变，强袭高达一下子就击退了决斗高达。由于伊扎克受伤，其余两架高达也被迫撤退。

大天使号终于成功地与地球军第八舰队合流。一片慌乱中，恋恋不舍的基拉努力整备着强袭高达，玛硫前来感激他一直以来的帮忙。旗舰墨涅拉奥斯号的舰队司令哈尔巴顿提督亲自登上大天使号，他是「Ｇ」计画的最大支持者。大天使号和他进行会议后，被告知要前往位于地球军总部所在地阿拉斯加。会议期间也因对基拉的处置方式而出现纠纷，娜塔尔主张强行让他继续驾驶强袭高达，但却被哈尔巴顿驳回。

为了方便行动而加入军队的塞等人，得到了娜塔尔发出退伍令，然而芙蕾却要求加入军队，她表示是为了继承亡父的遗志，终结战争。朋友们也受到她的感召，继续留在军队。目送进入逃脱用舰船难民的基拉，拿到了朋友们递过来的退伍令，并被告知他们都已成为了军人。这时警报突然响起，原来克鲁泽的舰队在重整战力后，发起了总决战。基拉的脑海中，浮现出玛硫，哈尔巴顿，还有难民少女的说话。他把退伍令丢弃，奔向强袭高达。

在与第八舰队决战的前夜，拉乌在威萨利乌斯号自己的房间里回顾了自赫利奥波利斯遇袭以来的所有事情，并且提到了乔治·格雷恩——第一个调整者。

乔治·格雷恩是在受精卵阶段接受了人为遗传因子操作而诞生的人，因此无论是智力还是身体，他都比一般人更加优秀，所取得的成就也令普通人望尘莫及。在乘坐自行设计的宇宙船执行木星探测任务的时候，乔治·格雷恩公布了自己出生的秘密。随着调整者的逐渐增多，其与自然人的冲突也愈演愈烈，乔治·格雷恩本人也死于自然人的暗杀。

为了拯救和决斗高达战斗的强袭高达，大天使号大幅偏离了原定轨道，降落在属于札夫特军势力范围中的非洲。

基拉虽然获救，但伤势严重发高烧晕倒了，芙蕾意外负起照顾基拉的责任。身为调整者的基拉，开始展现惊人的恢复速度。

然而，基拉看到芙蕾带来的小折纸，却陷入了恐慌状态。因为这是那名乘坐救生艇离开、却在基拉眼前丧生的少女送给他的东西。芙蕾像慈母一般安慰狂乱的基拉，怀抱伤痛的二人因此拉近距离。然而，芙蕾心中却打着别的主意，她心中一直默念的是：基拉要战斗，再战斗，然后死亡。藏在她心底深处的，不是对基拉的倾慕之情，而是复仇的暗火。

另一方面，一支游击队发现了在沙漠降落的大天使号。其中一名队员，是卡嘉莉•尤拉•阿斯哈……她是基拉在赫利奥波利斯的战火中，曾有过一面之缘的少女。

大天使号在北非的沙漠着陆，舰上的人还没来得及喘口气，就遭到札夫特军的夜袭。率领精锐部队来袭的猛将，是安德烈・巴尔菲鲁特，又名「沙漠之虎」。

不想再有人死了！基拉无法抑制想战斗的心情，在黑暗中出击。然而他不习惯沙漠战，连姿势也无法好好控制。这时以四脚行走的MS巴库来袭，幸亏基拉身为调整者，战斗能力十分卓越。他配合沙漠的环境调整触地压力，迅速修改数据。巴尔菲鲁特对这种速度惊讶不已。

沙漠之虎的旗舰雷塞布斯用主力炮进行炮轰，巴尔菲鲁特也终于开始认真。就在这时，基拉等人收到神秘通讯。他们听从指示，把巴库引到沙模的地洞中，用奇袭将其一举击溃。拯救基拉的，是卡嘉莉•尤拉•阿斯哈率领的游击队「光明沙漠」，是一支对抗沙漠之虎的部队。

凭借反抗组织「光明沙漠」的协助，强袭高达几经辛苦击退了由巴尔菲鲁特率领的巴库部队的强烈攻击。与等待天明的大天使号会合的「光明沙漠」队员中，基拉认出曾在赫利奥波利斯遇袭时，有过一面之缘的少女卡嘉莉•尤拉•阿斯哈，彼此都有些吃惊。

在反抗组织首领赛布带领下到达秘密基地的玛硫一行人，得知地球军在非洲的据点「维多利亚基地」已经失守。如今大天使号只能横越红海，通过太平洋进入阿拉斯加。然而「沙漠之虎」巴尔菲鲁特和地上航母雷塞布斯，却驻守在这条航线上。

与此同时，巴尔菲鲁特正准备对「光明沙漠」进行报复攻击。夜幕再次低垂，大天使号上的人稍作休息。为了与雷塞布斯作战，正在调整强袭高达的基拉，被卷入芙蕾与塞的争执中。芙蕾公开了自己与基拉的关系非比寻常，被惹恼的塞向基拉求证。一直压抑着感情的基拉，终于忍不住爆发。这个时候，夜空染成了火红色，反抗军的家人居住地塔修鲁，正在燃烧。

巴尔菲鲁特的「沙漠之虎」，袭击了抵抗组织居住的村庄塔修鲁。巴库发射的导弹把村庄变成了一片火海。幸好他们预先发出攻击警告，没人伤亡，只有村庄被焚毁。

另一方面，前往救援塔修鲁的穆和反抗组织成员，看到敌人撤退后留下一片灰烬，愤怒异常。「用这种程度的报复来了事，算是他们的仁慈吗？」穆的话语，让反抗部队成员义愤填膺。

结果，数名一心想复仇的反抗军，鲁莽地驾驶越野车追击，然而完全不是MS巴库的对手。在反抗部队被打得人仰马翻之际，强袭高达前来营救。基拉在战斗中改写热对流的参数，迎击巴库。收集了强袭高达实战数据的巴库部队，眼见形势不利，自行退却。

然而，卡嘉莉在这一仗中失去了战友亚夫门德，崩溃痛哭，更因为基拉说这种战争一点意义都没有，而向其大发雷霆。

不过下一秒，基拉扇了卡嘉莉一耳光，大声喊出「只会感情用事，又能保护什么！？」

基拉和卡嘉莉为了补充欠缺的物资，潜入札夫特军基地所在的班纳迪雅市场。二人偶然结识了正在那里吃饭的安德烈•巴尔菲鲁特，被过份热情的安德烈折腾的够呛。这时他们突然遭到反调整者的激进组织「蓝色宇宙」的游击队袭击！

巴尔菲鲁特为感谢二人的帮忙，邀请他们到家中作客。在那里，安德烈的恋人爱夏，替卡嘉莉换上裙子。两人对这种诡异的热情招待，感到困惑不已。

其实巴尔菲鲁特早已看穿二人的身份，他用枪指向基拉，质问他应该如何结束这场战争，是不是要把敌人完全消灭才能完结？然而，他又出乎意料的收起手枪，放走二人，还说很高兴能和他们交谈。

另一方面，在大天使号内，塞在机库中擅自启动强袭高达，引起骚动。塞对于自己无法随心操作，丧气不已，目睹这件事的芙蕾，也不禁眼泛泪光。

在久违的休息日中，阿斯兰驱车前往拉克丝的家。克莱因府位于PLANT的高级住宅区中，二人在里面开心地聊天。

阿斯兰从拉克丝口中，得悉基拉仍非常珍惜她送的礼物-托利，不禁惆怅起来。

与此同时，二人的父亲正在最高评议会中，就继续战争，还是与自然人共存进行激辩。稳健派的西盖尔•克莱因，一边压制企图发动「割喉作战行动」的强硬派屈克・萨拉，一边苦恼如何能走上和平之路。

另一方面，驻留在反抗组织基地中的大天使号里，也正在拟定突破「沙漠之虎」防线的策略。穆认为以地雷区为主要战场的诱敌作战，会造成大量牺牲，而忧心忡忡，但反抗部队成员的心意已决。

这个时候，基拉推开准备投入自己怀抱的芙蕾，跑出房间。准备迎接新的战斗。

身处直布罗陀基地的伊萨克和提亚哥，与雷塞布斯会和。「沙漠之虎」巴尔菲鲁特认为，要击败大天使号，兵力越多越好，于是接受二人，以增强战斗力。另一方面，大天使号和反抗组织也出发与雷塞布斯进行决战。大地立刻被巨大的爆炸火焰所包围，反抗组织事前布置的地雷阵遭到敌军突破，这让他们明白「沙漠之虎」是真心要消灭他们。

大天使号派出强袭高达和空中霸王出击，战况非常激烈。巴尔菲鲁特也亲自驾驶MS拉寇出战。大天使号动弹不得，「光明沙漠」也陷于苦战。

为了打开局面，卡嘉莉驾驶空中霸王出战，大天使号也发射戈特弗里德主炮扭转战局，场面开始对他们有利。

基拉的强袭高达与巴尔菲鲁特的拉寇展开最终决战。基拉高喊：胜负已分，投降吧……但巴尔菲鲁特拒绝答应。基拉使出杀手锏，看着眼前的拉哥在光芒中爆炸，绝望地大叫起来。

经过一番激战，强袭高达和大天使号打败巴尔菲鲁特，打开了前往阿拉斯加的通道。不知何故，连「光明沙漠」的卡嘉莉也坚持自己是必要的，强行登上大天使号。

驶入红海后，一直紧绷着神经的大天使号成员们，终于能得到片刻放松。众人一边吹着海风，一边休息。

卡嘉莉和芙蕾，在甲舨上展开了一场基拉争夺战……。

然而，平静的时光转瞬即逝。札夫特军的摩拉西姆小队，率领空战用MS迪因，以及水用MS古恩，从空路和海路两面夹击大天使号！强袭高达装备了火箭炮，潜入水中，虽然初次水战是一场苦战，但依旧成功地击退了两艘古恩。

另一方面，留在太空中隶属克鲁泽队的阿斯兰和尼科尔，为了加入大天使队追击作战，向地球进发。

阿斯兰和尼科尔与克鲁泽会合，克鲁泽小队久违地全员齐聚。因为发动「割喉作战行动」，无法自由行动的克鲁泽，命令阿斯兰代替自己，担任追击大天使号行动的队长。伊扎克和提亚哥不满决定，对阿斯兰百般挑衅。

另一方面，虽然大天使号经过水中苦战，成功逃脱，但摩拉西姆小队的潜水母舰队仍然紧追不放。卡嘉莉也驾驶空中霸王赶赴战场。摩拉西姆小队察觉到大天使号的弱点，利用水中MS佐诺由下而上攻击。玛硫为了确保火线，竟然将舰艇360度旋转，发射戈特弗里德主炮，击退进击的MS。

阿斯兰乘坐运输机，前往卡贝塔利亚基地接收MS母舰，途中遇上因战机中弹而偏离作战区的卡嘉莉并开战。运输机上的阿斯兰连人带MS，以及被击中的卡嘉莉的空中霸王，在互不相识的情况下，一同坠落到无人岛上。

卡嘉莉的空中霸王，因中弹而偏离航线，其后击落了运载神盾高达的空中运输机，两机被迫降落无人岛。她和运输机上的阿斯兰，在沙滩上相遇。

这个时候，由于卡嘉莉没有返回大天使号，基拉遂驾驶强袭高达外出搜索。娜塔尔认为，战斗期间下落不明，即「作战失踪」，形同战死，这遭到了玛硫激烈反驳，并下令继续搜索。另一方面，伊扎克等人也开始搜寻失踪队长的下落。

卡嘉莉在岛上遇到阿斯兰，短兵相接，最后却被制伏。由于无线电接收不良，无法和同伴取得联络，二人只好一同等待救援。夜幕降临，两人生硬地交谈着。随后卡嘉莉趁阿斯兰打瞌睡之际，犹豫之后还是抢过他的枪并瞄准他，纠结是否开枪之时却无意中走火。为了弥补过错，开始照顾受伤的阿斯兰。

终于等到天亮，无线电通讯也恢复，二人即将返回自己的阵营，临别之际，他们第一次报上了各自的名字。

大天使号和萨拉小队的四台高达，在奥布的近海地区激战。中立国奥布近在眼前，大天使号却被萨拉小队精妙的组合攻击渐渐逼得走投无路。

然而，当双方接近奥布的领海时，札夫特军和大天使号却收到奥布军的通讯，警告大天使号从该国的领海撤离。

卡嘉莉闻讯后，透过内线联络奥布，表明自己是奥布前代表乌兹米‧那拉‧阿斯哈的女儿。然而，奥布的司令官提林古却不为所动，终于奥布开始了炮轰……但这其实是为了救助大天使号的伪装攻击，舰艇被收容到岛中一个秘密船坞中。

事实上，奥布的目的是得到强袭高达拥有的实战数据。他们以对方的技术提供为条件，收容了大天使号。

另一方面，萨拉小队的成员，在奥布面前没办法出手，为了确认大天使号的位置，他们决定冒险潜入调查。

自从中立国奥普在太空的殖民地赫利奥波利斯遭到攻击开始，少年基拉大和驾驶的强袭高达就与大天使号一路展开逃命之旅。在扎夫特军的层层追杀中，基拉与过去的好友阿斯兰屡次在战场上相逢。两人迫于无奈，内心不知历经多少煎熬。回忆像电影一样一幕幕的翻过，来到了现在，迎向未知的将来。

在战斗中受到破坏的大天使号，停泊在奥布的船坞中进行维修。摩根雷堤公司的技术员爱莉卡．西蒙斯，是Ｍ１异端高达的责任开发员，负责分析大天使号提交的数据。她解读了强袭高达以往多场战斗的数据，对基拉・大和的能力值之高感到惊讶。

不久后，基拉受到招待参观摩根雷堤公司的工厂，该社为奥布军开发的MS，Ｍ１异端高达迟迟未有进展，爱莉卡拜托基拉协助研发支持OS。

基拉大为惊讶，同行的卡嘉莉向他表示，这就是和平国度奥布的真实面貌：不侵略他国，不容许他国侵略，不干涉他国内政…为了守护这种意志，才有了这种军事力量。但是她同时也怪责父亲乌兹米打破这规矩，协助地球联合军。

爱莉卡责备卡嘉莉有所误解，并叫来Ｍ１异端高达的机组人员，向他们展示训练情况。

爱莉卡表示，MS的动作笨拙，并不是因为驾驶员技术不足，而是因为OS也只是处于开发阶段。她希望自己的MS，也能像基拉的强袭高达一样，得到强化。

在玛硫等人的安排下，学生船员得以在奥布军总部中和双亲见面。众人久别重逢，得悉亲人无恙，都异常开心。芙蕾由于父亲已死没有人接见，而基拉则藉口受爱莉卡所托，正忙于开发Ｍ１异端高达的OS，拒绝与双亲见面。

芙蕾闻讯后，将积聚的怨愤发泄到基拉身上：「你是在同情我吗？可怜虫是你才对！」芙蕾不断地捶打基拉的胸膛，而基拉却不知如何回应她。

基拉的双亲打消与儿子见面的念头，改向乌兹米问好，并许下莫名其妙的承诺：无论发生什么事，都绝不可以向基拉说明真相。

基拉向穆吐露心声：倘若自己再见到父母，也许会忍不住问他们，为什么自己是调整者。就在这时，放在床上的托利突然从基拉身边飞走，护栏网的对面，追出去的基拉看到的，是潜入奥布的阿斯兰。隔着护栏网的重逢…但如今的两人，只能擦身而过。

大天使号完成修理和补给工作，准备离开奥布。另一方面，阿斯兰率领的小队，已在奥布领海之外，张开包围网严阵以待。

卡嘉莉原打算与大天使号同行，但被父亲乌兹米一句「要认识战争的根源」所说服，打消了这个念头。虽然大天使号伪装成奥布的军舰队出海，但却被萨拉小队轻易识破，一离开奥布领海，便遭到四部高达的攻击。大天使号除了派出基拉和穆，也派出空中霸王的新驾驶员托尔出击。

在敌我双方的激烈交战中，基拉的强袭高达卸除炮击战用的重炮，换上空战中的飞行器，与阿斯兰的神盾高达展开了激战。为了支持阿斯兰，尼科尔驾驶利用幻象粒子伪装的迅雷高达加入战圈，然后…强袭高达阿尔狄弥斯剑光一闪，直击尼科尔所在的驾驶舱！

尼科尔驾驶的迅雷高达随即爆炸，灰飞烟灭。

基拉击落了萨拉队的闪电高达，迎接他的是玛多古和其他整备兵的赞叹声。基拉紧握拳头，心痛地听着这些话。

另一方面，萨拉队失去了尼科尔这位重要伙伴，士气大为动摇。当中阿斯兰心底对自己无法认真与基拉战斗深感懊悔，认为自己太天真，自责不已，并决心下次一定要亲手打败基拉。 再次发现大天使号影踪的萨拉小队，燃烧着复仇的念头，展开最后的决战。遭镭射攻击的大天使号受到重创，被迫降落地上。在这次危机中，托尔也驾驶空中霸王出击。

提亚哥的暴风高达，由于机能停止而投降。另一方面，神盾高达单挑强袭高达。阿斯兰对于杀死尼科尔的基拉，燃烧着熊熊怒火，放声大吼，更把前来支援、由托尔驾驶的空中霸王击破，托尔丧生……。

怒吼着的基拉砍掉神盾高达一条手臂，却反被阿斯兰抓住，阿斯兰更启动自爆模式！

在一声巨响中，强袭高达和仍在驾舱中的基拉，还有神盾高达一同爆炸……。

强袭高达和空中霸王二号机的通讯一起消失，这使得大天使号内一片混乱。而且满目疮痍的大天使号，仍然受到札夫特军咄咄逼近，必须尽快离开现场……要抛弃失踪的同伴？

危急中，玛硫想出苦肉计，向奥布发出救援信号。另一方面，受到毁灭性打击的札夫特军萨拉小队，也接获中止作战和回归的命令。

奥布的救援队抵达现场时，那里只剩下强袭高达的残骸，以及惨遭摧毁的神盾高达碎片。他们也收留了在现场发现的身穿红色驾驶员服，被冲上沙滩的札夫特军人，原来是好不容易逃出神盾高达的阿斯兰。卡嘉莉向恢复意识的阿斯兰询问战斗经过。他也坦承当时有杀掉基拉之心。卡嘉莉伤心过度，一时迷失本性，猛地扑到阿斯兰身上。阿斯兰也再次自责不已，只能向卡嘉莉怒吼：他是敌人…那么，我只能打败他啊。

不久，札夫特来迎接阿斯兰的人来到，卡嘉莉向阿斯兰送上她一直珍视着的毫梅亚守护石，祈求再没有人死亡。

损失惨重的大天使号，好不容易才抵达位于阿拉斯加的地球联合军总部。可是对方却不批准舰上人等进入基地，命令他们在舰上等候。舰上人员拼着命来到总部，却受到这种不公平的待遇，心中浮现一抹不安。

这时，在札夫特军的卡贝塔利亚基地里，负伤的阿斯兰接到克鲁泽的命令，被提拔为开发中的新MS的驾驶员，为了接收机体，克鲁泽下令他返回PLANT。

另一方面，基拉在PLANT的克莱因府中苏醒过来，他以为自己在与阿斯兰的死斗中必死无疑，却被一个名叫马尔奇奥的神秘男子所救，并带往PLANT。面带温柔微笑的拉克丝，与震惊得浑身发抖的基拉交谈，基拉向拉克丝尽诉心声。

这时，成为大天使号俘虏的提亚哥，轻佻地问失去了托尔的米丽雅莉娅是否是失去了男朋友。米丽雅莉娅勃然大怒，举起刀子逼近他，质问为何这种人竟能活下来。就连介入二人之中的芙蕾，也朝提亚哥开了枪。不知为何挺身阻止了芙蕾的米丽雅莉娅，也终于恢复了冷静。

米丽雅莉娅和芙蕾对战俘提亚哥实施的暴力行为，在大天使号中引起了重大问题。娜塔尔就俘虏的处置以及枪械的管理问题追究玛硫的责任。

玛硫、穆和娜塔尔终于获得阿拉斯加基地传召，并接受沙札兰德上校的盘查。他就调整者少年驾驶强袭高达一事，严厉质问玛硫。在固执的盘问中，他终于承认，他认为调整者的存在是世界混乱的根源。这已不是一个军人该说的话，而是一个拥有根深蒂固偏见的人的台词。

这时，米丽雅莉娅再次来到提亚哥所在的单人房中。提亚哥尴尬地向她询问被杀的男友之事。米丽雅莉娅低声回答。态度骤变的提亚哥于是表示：若你来是想杀我，就动手吧。米丽雅莉娅低头不语。

经过漫长的盘查，穆、娜塔尔和芙蕾，被下达转职命令。

三人的转属命令，令一直支持大天使号的机组人员开始动摇。一波未平，一波又起，大天使号被命令离开所属的第8舰队，加入阿拉斯加总部的驻守队伍。对于宇宙母舰要驻守地球一事，舰上成员不禁心生疑虑。

另一方面，札夫特军在卫星轨道、地面基地，以及在海中航行的潜水舰，陆续完成布防。最高评议会议长萨拉表示，为了早日结束战争，最终决定发动「割喉作戰行動」。这次作战的真正目标，并不是当初预定的巴拿马，而是地球军总部所在地阿拉斯加。

然而，负责迎击的阿拉斯加总部，却设下了空城计。无视转职命令而返回总部的穆，遇上潜入了这个无人基地的克鲁泽，二人发生激烈枪战。但克鲁泽只是一味地逃走，途中更掳走了偶然遇上的芙蕾，然后逃出基地。

一直在克莱因府疗伤的基拉，为了守护阿拉斯加的同伴，以及寻找战斗的意义，决定返回地球。拉克丝交给他一样东西，那就是「新剑」，即札夫特开发的最新锐MS自由高达！

在阿拉斯加，大天使号与札夫特军展开激战。负责守护巴拿马的联合军主力部队，对上敌方气势逼人的MS部队，苦战在所难免。穆在这时获悉军方故意放弃阿拉斯加基地，坐上可开动的战斗机，往大天使号进发。札夫特军在战事中取得压倒性优势。

穆抵达大天使号后，向玛硫讲出上级放弃阿拉斯加的真相。他们计划以驻军做饵，引札夫特军前来，然后利用设置在基地深处的超级兵器「独眼巨人系统」，将己方军队和敌人同时消灭。玛硫闻言大为惊愕，苦恼之下决定离开战线，然而四周却被札夫特军包围，失去逃跑机会。大天使的去路被基恩阻挡，束手无策。这时众人眼前出现一台未曾见过的高达，它展开双翼，站在他们前面…基拉驾驶着自由高达赶来了。

基拉高叫双方军队马上撤离战斗海域，一瞬间，阿拉斯加基地发出闪光和巨响，然后被灼热的大火球吞噬，完全湮灭…。

「割喉作战行动」失败，札夫特国防委员会陷入混乱。与此同时，萨拉获悉札夫特军秘密开发的最新锐MS自由高达被抢走后，向被召回国的阿斯兰说，拉克丝将负起本次夺取作战失败的责任，并因叛国罪而被通缉，两人的婚约也取消了，阿斯兰听后大感愕然。怒气冲冲的萨拉议长，命令阿斯兰夺回自由高达，并把所有牵涉之人消灭。

另一方面，基拉在发动了独眼巨人系统的阿拉斯加，及时解救了大天使号的危机，并与舰上成员重逢，喜不自禁。不过，自再次见到拉克丝以来，基拉心中一直想要找出这场战争的意义。

与此同时，阿斯兰在哈罗的引导下，在废墟的剧场中重遇拉克丝。他得知基拉仍活着后，惊愕不已。拉克丝向他抛下「你要和什么战斗？」这一神秘的问题之后，扬长而去。

为了再次面对基拉，阿斯兰驾驶新得到的MS正义高达，重新返回地球。

满身伤痕的大天使号，好不容易逃离自爆的阿拉斯加基地。为了修理遭破坏的船身，到达可以前往奥布的淤能碁吕岛。卡嘉莉亲眼看到活生生的基拉，不禁热泪盈眶，飞扑到他身上，还说起了她和阿斯兰之间的事。

然而，危机正迫近奥布。失去阿拉斯加的地球联合军，为了准备迎接战争的最终阶段，向奥布施压，迫使它放弃中立国的立场，加入地球联合军。

另一方面，为了破坏地球联合军所留下的最后一台质量加速器，札夫特军的MS部队在破晓时分，埋伏于巴拿马的领土上。阿拉斯加一役令札夫特军非常愤怒，欲一雪前耻。地球联合军则投入大量量产型MS强袭高达刃式，以对抗札夫特军，并取得上风。但札夫特军却派出能使电子兵器失效的新兵器「奥丁之雷」，刹那间，地球军的兵器停止运作。复仇之心熊熊燃烧的札夫特军无视条约，向投降的士兵开炮。这已不是战争，而是单方面的虐杀…

由于地球联合军的巴拿马基地被攻陷，他们失去了质量加速器，前往宇宙的途径被截断。地球联盟想出各种对策，希望能夺取地球上余下的质量加速器。实际上领导着地球联盟的大西洋联邦，与蓝宇宙的盟主阿兹拉埃尔一起前往奥布，准备下一次作战。

地球联盟向奥布发出最后通谍，表示由于奥布再三拒绝联盟的合作请求，提出解散奥布的现任政权，并解除武装。若奥布不遵从，将被视为札夫特的支持国家，将遭到联合军武力制裁。这份通告令世界变为只分敌我，不许中立的局面，令奥布的首长们苦恼不己，也激怒了乌兹米。这时玛硫对舰上众人表示，要战斗或是离开战舰，由各人自己决定。

时间逐秒迫近，市民从城市地区和军事设备四周撤离，奥布进入备战防卫状态，战幕随即拉开。

基拉驾驶自由高达，同地球联合军三台最新锐高达交战。这时出现在基拉面前的，是阿斯兰驾驶的正义高达。由于未能判断新加入战场的MS是敌是友，现场气氛紧张。然而，阿斯兰不是以札夫特军人的身份而来，而是按自己的意志来支持基拉。自由和正义高达，虽然初次连手，却以令人意想不到的精妙配合，压制三台敌机。地球联合军三台高达的驾驶员药品耗光，紧急撤退。

然而就在此时，地球联合军在淤能碁吕岛邻近海域，展开大规模攻击，派出数量惊人的量产型MS强袭高达刃式，将奥布逼上绝路。虽然在基拉和阿斯兰的奋战下，好不容易击退联合军，但奥布军也受到重创，濒临毁灭。

卡嘉莉含泪迎接归来的基拉和阿斯兰。二人再次见面，终于能坦率说出心底话。阿斯兰听到基拉决心为同伴而战，不禁陷入沉思，认为自己也必须选择属于自己的道路。

奥布屡次尝试与地球联盟交涉，但都被联盟的阿兹拉埃尔拒绝。联盟几乎已一致决定要武力制裁奥布。

在敌方再次发动总攻击前，基拉和阿斯兰终于心意相通，解开心中的芥蒂。一度沦为俘虏的提亚哥，也同意和阿斯兰一起「为守护同伴」而战。

终于，由禁断高达，瘟神高达和侵略高达率领的地球军MS部队，踏上奥布大地，将淤能碁吕岛的海岸线淹没。在压倒性的战力前，乌兹米‧那拉‧阿斯哈决意放弃淤能碁吕岛，让国民和大天使号逃走，并宣言自己要留在国家，战到最后一刻。

为了让大天使号和战舰草薙号发射上太空，质量加速器在辉夜港陆续进行发射准备。乌兹米自知将与卡嘉莉死别，向她说出冲击性的真相：「你不是孤独一人，你有一个弟弟。」

大天使号和草薙号，还有自由和正义高达，摆脱联合军MS的追击，飞向宇宙。目送他们离开的乌兹米，亲自将质量加速器和摩根雷堤公司引爆，葬身其中。

草薙号和大天使号到达宇宙，前者已顺利完成对接，机组人员为了进行补给和整备，前住因战乱而变成废墟的L4殖民卫星群。

与此同时，拉克丝继续进行秘密反抗活动，向PLANT的市民进行地下广播，影响力之大，就连萨拉议长也感到棘手，并出动MP搜索她的下落，却空手而回。

另一方面，地球上，联合军虽然没能成功夺取奥布的质量加速器，但却夺回了维多利亚基地，开通前往宇宙的途径。击破札夫特军MS部队的地球军乘胜追击，开始将以新型MS部队为主的物资，通过质量加速器逐一射上太空，准备展开大规模侵略作战。阿兹拉埃尔凭着手上三台高达的作战记录，发现自由高达和正义高达拥有的非凡动力的秘密，于是计划将其夺走。

身处大天使号的阿斯兰，坚定了自己的意志，为了问出父亲的真正心意，决定只身前往PLANT。

阿斯兰的父亲派屈克．萨拉是札夫特最高评议会议长。阿斯兰为了确认父亲作战的真正用意，决定前往PLANT。基拉自告奋勇，想驾驶自由高达去保护阿斯兰驾驶的太空穿梭机。阿斯兰向基拉说出自己的决心，基拉了解后，在临别时向他说：「你和我…都还不能死。」

阿斯兰与父亲见面后，问他这场战争的真正意义，然而在他眼前的已不是从前的父亲。几近癫狂的萨拉说出战争的目的时，阿斯兰大感愕然。萨拉用枪指着阿斯兰，要他说出正义高达和自由高达的下落。阿斯兰被扣上叛国者的罪名后被带走。

由达哥斯塔坦率领的拉克丝派成员，将阿斯兰救出。拉克丝终于展开行动，抢走最新锐战舰永恒号，逃出了PLANT！舰桥上的人，还有曾被称为「沙漠之虎」的巴尔菲鲁特。永恒号在L4与大天使号和草薙号会合，众人放弃从前的敌对立场，组成独立部队。因为父亲西盖尔．克莱因的死亡而悲伤不已的拉克丝，在基拉的怀中把悲哀埋藏。

大天使号级别的二号舰主天使号，正在地球军的月面基地上，日夜进行备战训练。坐在舰长席上的是娜塔尔．巴基露露少校。主天使号搭载了侵略高达、禁断高达和瘟神高达，为了追击大天使号，将驶往L4殖民卫星群，同行的还有以观察员身份列席的阿兹拉埃尔。不得不对战昔日同伴的娜塔尔，无法掩饰内心的冲击。

这时，大天使号、草薙号和永恒号，来到了废置了的门德尔殖民卫星，三艘舰艇就今后的去向讨进行商讨。阿斯兰没有现身，担心不已的卡嘉莉前往寻找，发现独自沉思的他。阿斯兰说：「我什么都做不到，什么都不明白……」卡嘉莉努力安慰阿斯兰，被他抱住，迷惘却又安宁的时间，在二人之间流逝。

然而娜塔尔终于在门德尔港中，发现大天使号的踪影，主天使号先发制人。昔日的同伴，如今兵戎相见。

主天使号为讨伐大天使号点燃战火。三台高达被基拉和阿斯兰合作无间的攻击连番压制。娜塔尔得知草薙号也可以参战后，认为战况对己方不利，决定暂时撤退，大天使号勉强躲过危机。

另一方面，穆和提亚哥发现札夫特军入侵殖民卫星内部后出击。克鲁泽驾驶新型MS蓋茲，与穆展开宿命对决。战斗正酣之际，伊扎克发现敌机是暴风高达，感到困惑，可他不知道机上的驾驶员是提亚哥，愤怒之下不断攻击。暴风高达不断在殖民卫星轴心四周飞来飞去，努力想躲开攻击。提亚哥无法跟决斗高达对打，终于呼唤伊扎克，令伊扎克停下动作。两人离开MS对峙，气氛紧张。

这时，克鲁泽驾驶蓋茲与穆的死斗，被前来支援的自由高达终止，他逃到一幢建筑中，基拉和穆紧随其后…更在这幢建筑物中，得知惊天真相！

基拉和穆为追捕克鲁泽，进入一幢建筑物，原来这里是门德尔殖民卫星的基因研究所。三人在此展开枪战，随后仿佛是为了令紧张气氛爆破似的，克鲁泽说出了冲击性的真相。

与此同时，在地球下落不明的提亚哥，和久未聚头的伊扎克，互相用枪瞄准对方，伊扎克质问提亚哥的意图。

另一方面，在殖民卫星外，阿兹拉埃尔强硬地说服娜塔尔，决定率领主天使号，与大天使号再决高下。

克鲁泽在枪战中说出，这个研究所曾经进行以人造子宫孕育调整者的实验。基拉是研究员从他的亲生父母中拿走，唯一的成功例子，还说出自己和穆的因缘……原来克鲁泽承继了穆的父亲的基因，是一个「失败」的复制人。两人知道这个惊人的真相后，不由内心动荡。克鲁泽大叫「我有权利制裁全人类！」后离去。

克鲁泽返回旗舰梅萨琉斯号，将一枚光盘交给被他俘虏的芙蕾，并把她交还给地球军，还说这是终结战争的「最后之门」。

大天使号与主天使号再次展开激战。克鲁泽派出梅萨琉斯号，想趁机攻击永恒号。他单方面通知将归还被札夫特军拘留的俘虏，然后在战斗领空放出救生艇，里面的乘客是对现况毫无所知的芙蕾。双方舰队对克鲁泽的行为都大为不解。芙蕾察觉到有危机，拼命向操纵救生艇的大天使号求救：「我、我拿着钥匙。」沉默片刻后，大天使号决定出动。阿兹拉埃尔阻止前去救援的基拉，把救生艇回收到主天使号。

另一方面，被包围的永恒号和草薙号，决定把火线集中于札夫特军的梅萨琉斯号，打算突破封锁。最后梅萨琉斯号被击沉，地球军和札夫特军见状，一同撤退。

返回永恒号的基拉，因没有救出芙蕾而悲伤哭泣。与此同时，阿兹拉埃尔取得芙蕾手上的光盘，内容是「使核子能够使用的反中子干扰器」的数据，这令阿兹拉埃尔大喜过望。

地球联合军从芙蕾手中取得的光盘中，得到了反中子干扰器的技术。受到阿兹拉埃尔的怂恿，把核弹带上宇宙。札夫特军预测到联合军会展开大规模攻击，将战力集中于雅金・杜维和波亚兹的绝对防卫线上。

然后…决战的帷幔终于揭开。

搭载了核子的梅比乌斯零式部队「和平缔造者」，进入了札夫特的军事卫星波亚兹。接着闪光飞舞，再次投入使用的核子火焰瞬间毁灭要塞。芙蕾看着波亚兹逐渐崩溃，对自己一手造成的局面，感到无限懊悔。原来「为了终结战争」这句话，等同虐杀。

基拉和阿斯兰分别出击，以阻止拥有核导弹的「和平缔造者」部队再度攻击。高达装备了流星，成功击落所有射向PLANT的导弹。与此同时，派屈克．萨拉也发誓要向自然人报复，终于下令使用巨大的激光武器「创世纪」。创世纪的闪光，终于从雅金・杜维要塞的暗处，朝地球军舰队发射！

「创世纪」发射出的伽玛射线闪光，瞬间将联合军的前线舰队消灭。札夫特军利用幻象粒子，一直隐藏着王牌，并且可以轻易地瞄准地球。

陷于歇斯底里的阿兹拉埃尔猛烈攻击地球军，然而处于毁灭状态的联合军，也总算重新建立体制，悲壮地决定破坏「创世纪」。可是，前面有雅金・杜维要塞，而创世纪本身也装备PS装甲。

基拉等人为了阻止双方的杀戮，决定前往最后的战场。基拉和拉克丝、卡嘉莉和阿斯兰，还有玛硫和穆，各人心知这次可能是死别，均向对方吐露心声。

还有一个人，决定制裁全人类的克鲁泽驾驶神谕高达出击。最终决战的战火燃起。地球军杀到PLANT，独立军也前来阻止核子武器发动。可惜大家来迟一步。最终武器创世纪，已向地球军的月球基地发射出第二次攻击！

「创世纪」的第二次攻击，毁灭了地球联合军的月球基地，下一个目标是地球吗？联合军把已被摧毁的舰队再次编组，和平缔造者队也再次出击，目标是以核武直接攻击PLANT。基拉一行人在创世纪和核武之间奋战，Ｍ１异端高达队在战况最激烈时被毁灭，穆和克鲁泽也在战斗期间受伤。不过，伊扎克和提亚哥经过合作，最终艰辛地击破瘟神高达和禁断高达。

与此同时，在与大天使号战斗中的主天使号内，阿兹拉埃尔和娜塔尔也处于对峙中。暴走的阿兹拉埃尔，向下令全员退舰的娜塔尔开炮，更发射了罗安格林。眼见大天使号回避不及，穆挺身相护而中炮，机体爆炸。失去了穆、情绪失控的玛硫，大叫「发射罗安格林！」压制了阿兹拉埃尔的娜塔尔也同时高喊：「攻击，玛硫．拉米亚斯！」两名牺牲了心爱之人的女性，把战争的原凶之一，蓝色宇宙的盟主铲除。

尽管牺牲者众多，但战火却仍未平息。离开主天使号的芙蕾，彷佛被难以割断的思念牵引，闯入自由高达与神谕高达的战场，最终在基拉面前，被克鲁泽无情袭击而丧生。无法保护应该守护之人的基拉悔恨不已，眼前却出现芙蕾的幻象。芙蕾的灵魂终于在最后时刻，与基拉心意相通了吗？

另一方面，萨拉将创世纪的目标对准地球，可是在札夫特军当中，有人为了制止这种疯狂举动而挺身而出。阿斯兰为了阻止父亲，与卡嘉莉一起进入雅金・杜维，然而目睹的，却是萨拉被阻止他以创世纪虐杀敌人的军官射杀的场面。萨拉临死前低声咀咒自然人，之后便气绝身亡。

然而就算萨拉死亡也无法阻止失控的局面。与雅金的自爆连动的创世纪也开始启动。阿斯兰只身闯入创世纪，利用正义高达的核子引擎，将失控的创世纪破坏，计划成功。原本打算牺牲自己的阿斯兰被卡嘉莉制止，和她一起逃走。

与此同时，基拉和克鲁泽在最后一战中，互相向对方发出最后一击。札夫特中以卡纳巴为首的旧克莱因派呼吁停战，终于踏上和平之路。阿斯兰在惨烈的战场中感到绝望。

这时候，托利飞向宇宙，在他前面的是已变成残骸的自由高达，还有基拉的身影…希望，仍然存在。