嵐の夜、襲われた光明寺博士の研究所。博士の娘ミツコは行方不明になった父からのメッセージを受け取った。そこには驚くべきロボットの存在が記されていた…。

襲いくる謎のカマキリ型ロボット。ジローはミツコを助けようとするが、怪しい笛の音に彼の良心回路は狂わされ、逆にミツコに襲いかかってしまう。

不完全な良心回路に不信感を抱くミツコ。傷ついたジローは一人あてどなく彷徨う。行方不明のジローを探すためミツコは服部半平の探偵事務所を訪れる。

再会するジローとミツコ。そこにまたも現れるダークからの刺客。ダークロボット・オレンジアントは自分を作ったのが光明寺博士であるとジローに明かす。

自らの存在に悩み、さまようジローに手を差し伸べる女、ミユキ。一人の男を待ち続ける彼女の言葉がミツコを思うジローの“心”に染み入る。

ミツコをさらうこうもり型ダークロボット・ゴールデンバット。それはジローを誘い寄せるための罠であり、ミツコの過去を呼び起こす悲劇の始まりであった…。

ミツコが囚われている屋敷へ到着したジロー。良心回路を持つダークロボット・ゴールデンバットの仕掛けた罠がジローを襲うが、ジローは自らの醜さを嫌い、ミツコの前では頑なに変身を拒む。

After taking over Hakaider mind, Dr. Kimyoji helps Jiro infiltrate into the DARK hideout.

Jiro searches for Gill, who tries to confuse Jiro with his flute, but Jiro's Gemini has grown so close to a human soul that the sound has no effect.

To save himself and those he cares for, Jiro bravely stands against Gill to destroy evil once and for all.

思い出してしまった母の記憶。ミツコは過去をはっきりさせるため、かつて家族で訪れた土地へジローと共に向かう。残されたマサルは二人を追いかけ、そこで新しい“ともだち”と出会うが…。

ついに再会したミツコと千草。ミツコはギルの居場所を聞き出そうとするが、すでに千草はプロフェッサー・ギルから新たな指令が与えられていた…。

ジローの“心”を狂わせるサブロウの口笛。悪の命令に逆らえないキカイダーは街中で暴走する。一方、ミツコはついに良心回路を完全にするための設計図を発見する。

崩壊した光明寺博士の研究所に集まったジローたち。ミツコはダーク基地の場所を皆に伝える。温かい仲間たちに囲まれながら、ジローは最後の戦いへの決意を固めていた。

ハカイダーの中で目覚めた光明寺博士の意思。博士を救うため、そしてロボットを悪事に使うギルの野望を止めるためダークの本拠地を舞台に最後の戦いが始まる！

ダークを壊滅した後、光明寺一家と別れてさまようジローは謎の組織に追われるリエ子とアキラと出会う。二人を狙う奇妙なロボット軍団との戦いの中、ジローにプログラムされた不思議な“記憶”が目を覚ます。それは兄であるキカイダー01との出会いへ導く光明寺博士の意志…！

“最終兵器”の鍵を握る少年アキラを狙い、襲いくる謎の刺客たち。ハープの音色で機械を狂わせるビジンダー＝ミエ子！ ギルハカイダーとして蘇ったプロフェッサー・ギルはハカイダー四人衆と共にガッタイダーに変型し脅威のパワーを発揮する！ジローとイチローはアキラを守りきれるのか…？

最終兵器始動の鍵となるアキラを奪うため、シャドウのロボット軍団がジローたちに襲いかかる。そこに現れたのは、風天和尚と新たな人造人間、零＝キカイダー00。シャドウから身を隠し、山奥のダムに向かうジローたち。しかし、そこにはギルハカイダーの罠が待ち受けていた。ギルにより明かされるリエ子の秘密とは…。

最終兵器アーマゲドンゴッドの鍵となる存在、アキラを手に入れてしまったギルハカイダー。ダーク復活を高らかに謳い上げると共に、アーマゲドンゴッドが起動する。対するは光明寺博士の創造した兄弟たち。ジロー、イチロー、零、そして新たに合流したミエ子。この世界を、そしてアキラを彼らは守ることが出来るのか…？