世界最強と謳われる“冰剣の魔術師”の称号を受け継いだレイ＝ホワイト。3年前、心に深い傷を負い、戦場を去った彼は正体を隠してアーノルド魔術学院に入学する。だが、学院唯一の一般家庭出身（オーディナリー）であることを理由に、貴族出身の魔術師から侮蔑の眼差しを向けられ、入学早々に孤立しかけてしまう。そんな時、三大貴族筆頭であるローズ家の令嬢・アメリア＝ローズやハーフエルフのエリサ＝グリフィスと出会い、新たな仲間と学園生活を始めるのだが……。

貴族主義の洗礼を受けながらも、学院生活をスタートさせたレイ。やりたいことは徹底してやろうと意気込むレイは、『環境調査部』と『園芸部』の掛け持ちを希望する。だが、『園芸部』からは一般家庭出身であることを理由に入部を断られてしまう。そんな彼に園芸部の部長で学院の生徒会長・レベッカ＝ブラッドリィが救いの手を差し伸べ、レイは入部をかけてテストを受けることに。時を同じくして、学院には帝国からの密偵が侵入していた……。

カフカの森での実技演習中、襲い掛かる巨大な魔物を倒したレイ。しかし、謎の魔術師によって、魔物はより狂暴な姿へと変貌し蘇ってしまう。再び攻撃を仕掛けるレイは、アメリアやエリサ、エヴィ＝アームストロングと協力し、今度こそ撃退に成功。激闘の甲斐もあり、4人は実習でトップの成績を収めるのだが……。その後、実習から帰還したレイは先代“冰剣（ひょうけん）の魔術師で自身の師匠・リディア＝エインズワースの元を訪れて……？

三大魔術学院が争う魔術剣士の大会マギクス・シュバリエの実行委員となったレイ。校内予選に向けて練習に励むアメリアを見守るが、突然、彼女から練習相手に指名される。誰もがアメリア優勢と思う中、華麗な剣捌きで彼女を追い詰めるレイ。予想外の大奮闘に周囲からは称賛の声が上がる。だが、その状況を快く思わないアルバート＝アリウムはレイに決闘を申し込む。異様な殺気を放つアルバートは真剣を手にレイに襲い掛かり！？

教師の顔を捨て、魔術師の脳を狙う組織・優生機関（ユーゼニクス）の一員としての本性を現したヘレナ=グレイディ。レイの脳を狙って、捨て身の攻撃を仕掛ける彼女に対して、ついにレイは“冰剣の魔術師”として剣を抜き応戦。仲間たちが見守る中、戦いに決着の時が訪れる！そして時を遡ること10年前。若き日のリディアは戦場探索中に戦災孤児の少年を保護する。彼の名はレイ。今、謎に包まれた“冰剣（ひょうけん）の魔術師”たちの過去が明かされる。

グレイとの戦いを終え、平穏な学院生活へと戻ったレイ。そんな彼を新たなクラス担任のキャロル＝キャロラインが迎える。旧知の仲である彼女に苦手意識を持つレイは、アビーにキャロルの解雇を訴えるが……。一方、校内予選を見事1位で通過し、マギクス・シュバリエ新人戦への出場を決めたアメリア。しかし、ディオム魔術学院のライバル、アリアーヌ＝オルグレンと自分を比較して、自信を失ってしまう。その様子を見かねたレイが彼女にかけた言葉とは……！？

マギクス・シュバリエ新人戦に向けて、エインズワース式ブートキャンプで特訓を重ねるアメリア。厳しい訓練に音をあげつつも何とかくらいついていく。その頃、レイは敵情視察でディオム魔術学院を訪れ、アリアーヌと手合わせすることに。彼女の強さを身を持って知ることになる。翌日、レイに連れられてリディアの元を訪れた一同は、偉大な魔術師と楽しいひと時を過ごす。だがその途中、リディアは別で話があるとアメリアを連れ出して……。

上流貴族の子女を狙い、マギクス・シュバリエの会場に侵入した暗殺組織・グリムリーパー。レイは、そのことを感知したアビーから会場の警備を命じられる。一方、アリアーヌの圧倒的な強さを目にしたアメリアは完全に自信を喪失。レイはそんな彼女の心にいつもより踏み込み、そっと背中を押すのだった。迎えた決戦当日、仲間達の声援を受けて、アメリアはアリアーヌとの因縁の対決に挑む。彼女たちの戦いを見届けようとするレイだったが、不穏な知らせが届き……。

アリアーヌの猛攻を前に敗北を覚悟するアメリア。そんな彼女の耳に届いたのは会場に駆けつけたレイの声だった。彼の声援に奮起したアメリアは、新たな魔術でアリアーヌの攻撃を凌ぎ始め、ついに反撃を開始。彼女を追い詰めていくが、アメリアの体力も限界を迎えようとしていた。そして死力を尽くして戦う2人の少女に決着の時が訪れる。一方、本戦の決勝戦へと進出したレベッカは、今大会のダークホースと評されるルーカス＝フォルストと対峙するが……。

マギクス・シュバリエから季節は流れ秋。文化祭の出し物で盛り上がるレイたちの元に、レベッカが上流貴族のエヴァン＝ベルンシュタインと婚約したという知らせが届く。さっそくレベッカの元を訪れ祝福するレイだったが、どこか余所余所しい雰囲気の彼女に違和感を覚える。さらに、この婚約を怪しむディーナ＝セラから、レベッカを託されたレイは、エヴァンの調査を開始。だが、この一件の裏にはレイが予想もしない大きな思惑が絡んでいた……。

エヴァンの正体がレベッカの力を狙う偽物だと突き止め警戒する一同。さらにレベッカの妹・マリア＝ブラッドリィから相談を受けたレイは、エヴァンと戦うことを決意する。それから数日後、アーノルド魔術学院の文化祭がスタートし、アメリア念願のメイド喫茶は大盛況。そんな中、賑わうクラスを抜け出したレイはレベッカの元へ。2人で文化祭も見て回り、楽しい時間を過ごす。しかし、文化祭の裏では不穏な存在が彼女に迫りつつあった……。

エヴァンに連れ去られたレベッカを助けるため、魔物や優生機関（ユーゼニクス）の魔術師に立ち向かうレイ。さらに、彼の元にアメリアや頼もしい仲間たちが集結し、次々と敵を薙ぎ払っていく。そんな中、明らかになるレベッカ、そしてブラッドリィ家に纏わる秘密。戦場にはこの事件を仕組んだ“虚構の魔術師”も姿を現し、事態は思わぬ方向へと向かっていく。果たして、“冰剣の魔術師”は大切な人たちを守り抜くことができるのか！？