Es el aniversario de Hal y Lois y han previsto una gran cena para celebrarlo. Pero Lois descubre su perfecto vestido rojo quemado en la taza del retrete lo que le hace enfurecer y tomar medidas drásticas para saber cuál de sus hijos lo estropeó.

Malcolm consigue trabajo de canguro con una familia aparentemente perfecta y que le trata muy bien. Por otra parte, Lois y Hal tienen que enfrentarse a las ratas y bichos que hay en su casa y deciden fumigarla, por lo que tienen que acampar en su propio jardín.

A Lois la despiden de la tienda después de que Dewey robara una botella de vino cara, provocando que Malcolm tenga que llevar comida de hace un par de días para almorzar en el colegio. Una amiga que lo descubre organiza una recaudación de alimentos para él.

Hal vuelve a ser el hombre alocado que un día fue y ayuda a Malcolm y sus amigos superdotados a construir un robot asesino. Mientras, Lois visita la academia militar después de la operación de Francis.

Los niños estropean las pocas ilusiones de Lois de tener un cumpleaños feliz, se han gastado el dinero que les dio para que le compraran un regalo en ellos y Hal se olvida que es el día de su cumpleaños. Finalmente Lois se fuga de casa pero ellos la necesitan.

Cuando la familia se toma unas vacaciones en un casino, a Hal le prohíben jugar y lleva a Malcolm y a Reese a un fatal viaje por el desierto.

Hal se presenta en casa con un armario antiguo del que pronto salen murciélagos que lo asedian a él y a los muchachos. Mientras, a Lois le roban en el trabajo.

Hal deja su trabajo para convertirse en un artista y Francis sufre una semana de trabajo haciendo inventario en Lucky Aide. Por su lado, Malcolm comienza a preguntarse sobre su carrera futura.

Lois es acusada y multada por un policía por conducción imprudente. Lois no cree que ella haya cometido ninguna infracción por lo que acusa a Francis de ser el culpable, por lo que le hace pagar 750 dólares.

Francis obliga a Malcolm y a Reese a competir para ganarse el codiciado boleto para la función de lucha libre. Mientras, Dewey pierde al gato de Craig mientras que éste se encuentra en una convención.

Los muchachos tratan de convencer a Lois para que les de una bicicleta. Mientras, Hal asiste a un fin de semana de padres e hijos en la Academia Marlin.

En su nuevo trabajo, Reese es acusado de robar. Mientras, Dewey intenta convencer a sus padres de que él puede mantener vivo a un pez, y Malcolm se irrita cuando un super genio entra en su clase.

Lois se repone tras de los malos comentarios que han hecho los clientes. Por otro lado, los chicos juegan contra Hal en un juego de baloncesto, y Francis se convierte en un caza ratas.

Reese se complica la vida durante su primera lección de conducir; Malcolm ayuda a Craig para que instale un sistema de radio, y Francis logra pagar su deuda a través de favores.

Dewey trae un perro a escondidas de sus padres; Hal y Lois tratan de mantener una cita amorosa, a pesar de que ambos están enfermos; el comandante Spangler encuentra a Francis en el campamento.

Craig se ha buscado un nuevo ayudante, un mono, que con el paso de los días se vuelve más y más violento e intenta matarle. Por otro lado, Reese decide convertirse en policía tras salvar a Hal y Lois de un ladrón.

Mientras Malcolm y Reese se enfrentan en una creciente batalla de venganzas, recuerdan la cadena de sucesos que dio inicio a su guerra. Por otro lado Dewey se prepara para la obra de teatro de la escuela, y Francis y Otto temen a la Vaca Diablo.

Malcolm trata de no decir todo lo que piensa. Por otro lado, Hal comienza a hacer marcha aeróbica, y Reese va a una cita con su novia... y con Craig.

Tras la marcha de Lois, Malcolm y Hal tienen una gran pelea que acaba con la expulsión de Malcolm de casa. Malcolm se va a vivir a casa de su novia mientras Hal se desesperará por encontrarlo.

Lois regresa de casa de su hermana y Hal le cuenta que necesita 800 dólares para arreglar la pared que su amigo rompió. Malcolm propone hacer un rastrillo con todas las cosas viejas acumuladas en el garaje.

Cuando Hal y Lois se van de escapada romántica antes de que nazca el bebé, Reese organiza una fiesta en casa a la que acuden amigos delincuentes de Francis, sin que se los haya invitado, que se amotinan en el garaje y toman como rehenes a los chicos.

Leonard, un cínico y genial jugador de ajedrez sin amigos ni trabajo, hace pensar a Malcolm que él podría tener una vida similar en un futuro. Determinado a prevenir este indeseable destino, Malcolm intenta ayudar a cambiar su vida.

Cuando Hal está saliendo del estacionamiento, tiene un pequeño accidente con el coche y tiene que ir con los muchachos al hospital. Lois llama a los amigos de Hal para que le ayuden a sacar a Ida de su casa. Al final, Francis ayuda a su mamá a que el bebé nazca.

Con la llegada del quinto niño, Lois y Hal deben encontrar a alguien que se haga cargo de él. Así, deciden unirse a la iglesia para obtener servicio de guardería diurna para Jaime, el recién llegado. Por otro lado, en el rancho, Francis cree haber visto un OVNI.

Lois se queda dormida porque está totalmente agotada y Hal sale a comprar pañales, pero en la tienda lo acusan de ladrón.

Lois consigue a Malcolm un trabajo en la tienda y dejan al descubierto su secreto mejor guardado.

Al acercarse la Navidad, un bajón de trabajo anima a Hal a ganar algo de dinero vendiendo avetos. Por otro lado, las tranquilas fiestas de Francis y Piama se terminan de golpe cuando los parientes alemanes de Otto se presentan en el rancho.

Quinta temporada de esta comedia relata a través de los ojos de Malcolm, un joven superdotado casi marginado en el seno de su familia, la convivencia de una estrafalaria y disfuncional familia de clase media constituida por cuatro hermanos y sus dos progenitores.

Polly, la niñera de Jamie (Julie Hagerty) causa competencia entre Abe y Craig para ver quien de los dos sale con ella en una cita. Malcolm intenta probarle a Dewey que él no posee una "camisa de la suerte". Los empleados de Otto empiezan a burlarse de Francis, por la forma en la que Piama lo sobreproteje.

Dewey, después de que suspendiera en su examen de IQ, se mete en una clase especial pero de niños con problemas, Hal participa en un concurso de baile con Craig.

Hal recibe toneladas de basura en su jardín después de que él haya tirado un poco en la casa del basurero, después de que este se negó de llevarse una caja refugiadora de gatos. Craig pone un anuncio de un conserje negro y Lois lo quita porque le parece ofensivo. Dewey se imagina que ha nevado.

Con el dinero que ha ganado junto a Reese, por hacer apuestas ilegales en el hipódromo, Malcolm compra un auto usado y en muy mal estado, al que le dedica mucho tiempo y dinero. Lois descubre que Craig tiene una aventura con la esposa del gerente y Hal descubre que tiene habilidades para el cabello, por lo que abre una estética en la casa, completamente gratuita.

Por medio de un testamento, Hal se convierte en la albacea de un vecino que él casi no conoce y está en sus manos decidir su última voluntad que es desconectarlo o no a éste en el hospital, sin embargo, Hal tiene problemas con su libre albedrío lo que lo deja completamente paralizado. Por otra parte Craig planea enfrentarse con su mayor enemigo: su padre.

Mientras toma junto a Lois los turnos de madrugada en el Lucky Aide, Malcolm descubre que allí vive un hombre hace tres años, le promete no revelar su secreto si lo ayuda a conquistar a una chica linda que trabaja con el en el supermercado. Reese trabaja con un exterminador de insectos, el cual le da una caja llena de orugas para que las reparta en todos los jardines de su vecindario, pero le da lástima dejarlas, así que las guarda en su casa y Lois tratará de tirarlas a la basura. Al final, las orugas se convierten en mariposas y Reese se trauma con el sonido de sus aleteos, por lo que Dewey aprovechará para jugarle bromas. Dewey, después de varios días ocupando la cama que comparte con Malcolm, se queja con Hal de que ya no es el más pequeño de la familia, solo se sintiò asì porque siempre compartió la cama con Malcolm.

Malcolm es obligado a usar zancos para poder repartir volantes del Lucky Aide, después de que despidieran a Sam un empleado que últimamente estaba ebrio y usaba anteriormente los zancos, pero éste se vengará de Malcolm armando sus propios zancos y retando a Malcolm en un duelo para poder recuperar su trabajo. Reese empieza a tomar pastillas experimentales y termina robando un caballo de la policía montada. Dewey descubre que Jamie encontró el collar de perlas de Lois que Francis escondió antes de irse a la escuela militarizada, y se alía con él.

Hal descubre que su familia no ha tenido seguro desde hace seis meses y se entera de que no lo tendrá hasta que comience la semana, así que debe impedir que su familia se lastime y él es el que termina lastimándose. Mientras en Lucky Aide todos los empleados descubren que hay un "soplón" y Lois tiene la sospecha de que Craig sea el soplón.

En Halloween, Hall se entera de que vive en una "casa de muerte" por que hace años hubo una masacre, Malcolm se enferma y se queda en casa mientras que Reese, Dewey y Jamie van a pedir chuches. Lois se enoja por que no le dieron el día libre para acompañar a Jamie, mientras Reese y Dewey son perseguidos por un anciano por que ellos le aventaron huevos podridos a su puerta.

Reese conoce una linda vegetariana llamado Carrie, cuando vuelve a trabajar en la planta de carne. Al principio, va a todo bien, pero lo sorprende con una chuleta de cerdo. Así, para obtener de vuelta a Carrie, libera todas las vacas de la planta de carne. Malcolm, mientras tanto, trata de engañar a Lois, usando a Craig para así poder asistir a un concierto de rock y Tambien Hal Reta a Dewey en juego de Mesa.

En el capítulo final de esta serie, Malcolm, Reese y Dewey deciden quemar el único secreto que los tenía unidos porque ya no estarán más juntos, hacerle creer a Lois que tiene cáncer, se saben los deseos de Lois y Hal. Pasan tres meses y se ve que Dewey comprara un cohete y Jamie ya muestran signos de que serán muy problemáticos al igual que sus hermanos, Francis tiene un empleo igual al de su padre y vive feliz con Piama, Reese es conserje de su antigua escuela, Malcolm tiene que trabajar para poder seguir pagando sus estudios, y en la casa Hal se exalta cuando recibe la sorpresa de que Lois muestra una prueba de embarazo con resultado positivo.