ガーランドと出会い、自分たちの住む世界の真実を知り、そして屈辱を味わったあの日々から時を隔て、省吾は世間に背を向けるようにして暴走族の「トラッシュ」に身を寄せていた。世間は情報操作により戦時下とされ、事実、偽りの世界の外では侵略者デザルクとメガゾーンの激しい戦闘が展開されている。そんな時に全ての真実を知る唯一の人物である省吾は、以前B・Dと戦ったことが引き金となったのか、自暴自棄ともとれるような暴走行為を重ねていたのだった。

いつものようにアジトで仲間たちと奔放な時を過ごす省吾。そんな時、彼は由唯との再会を果たす。しかし二人の間には、まるで見えない壁が大きく横たわっているかのような重い空気が流れていた。それは、理由も告げずに省吾が由唯の前から姿を消したからなのか。

そんな時、突然ラジオからイヴのSOSメッセージが流れてくる。

イヴ…7Gのオペレーター…そしてガーランド。

「よし、リベンジかましてやるぜ!」

省吾はトラッシュのメンバーと共に軍部へと殴りこみをかける。失ったガーランドを奪い返すため、そして自分のために。

いよいよメガゾーンは未来への迷走を始め、その混迷の色を強めていくのだった。