ในวงโคจรของดาวที่อับแสง เอนเทอร์ไพรซ์ได้พบยานอวกาศขนาดมหึมาที่มีสิ่งมีชีวิตแนวปรสิตอาศัยอยู่ซึ่งอาจนำภัยมาสู่ยานทั้งลำได้

เหล่าลูกเรือเอนเทอร์ไพรซ์ต้องรีบเร่งหาวิธีหยุดยั้งเมฆจากทำลายดาวเคราะห์ที่มีสิ่งมีชีวิตอาศัยอยู่

หนุ่มๆแห่งเอนเทอร์ไพรซ์ตกเป็นเหยื่อของเผ่าสาวสวยที่เป็นอมตะด้วยการดูดพลังชีวิตของผู้ชาย

ไซราโน โจนส์กลับมาพร้อมกับเหล่าทริบเบิ้ลตัวใหม่ที่ไม่สามารถแบ่งตัวได้

เอนเทอร์ไพรซ์ฉลองการกลับมาของคาร์เตอร์ วินสตั้น พ่อค้าผู้ใจบุญ แต่เขาอาจจะไม่ได้เป็นอย่างที่เห็นก็ได้

เคิร์กและลูกเรือต้องเผชิญกับพันธุ์พืชที่มีความนึกคิดและนักวิทยาศาสตร์สติเฟื่องที่ต้องการเรียกร้องให้เกิดสันติภาพมาสู่กาแล็กซี่

เอนเทอร์ไพรซ์เข้าไปในใจกลางของกาแล็กซี่ ที่ซึ่งเหล่าลูกเรือได้พบกับเผ่าพันธุ์เอเลี่ยนทรงพลังที่เคยหนีออกจากโลกมาก่อน

เคิร์กกลับไปยังดาว "ขึ้นฝั่ง" แต่มันกลับไม่สงบสุขเหมือนเมื่อครั้งล่าสุดที่เห็น

ลูกเรือต้องเผชิญกับแฮร์รี่ มัดด์ คนขายยาเสน่ห์ปลอมอีกครั้ง

ลูกเรือเอนเทอร์ไพรซ์พบว่าพวกเขาตัวหดลงหลัง

เอนเทอร์ไพรซ์และยานคลิงออนต้องผนึกกำลังกันเพื่อหลบหนีออกจากห้วงจักรวาลที่มียานเข้ามาติดกับเป็นเวลาหลายศตวรรษแล้ว

ขณะสำรวจดาวอาร์โก เคิร์กและสป๊อคถูกแปรสภาพให้หายใจในน้ำได้

สป๊อค ซูลู และอูฮูร่าโดนพวกคะซินตี้ที่พยายามเรียนรู้ความลับของอาวุธโบราณจับตัวไป

ขณะค้นหายานที่หายไป เคิร์ก สป๊อค และแม็คคอยถูกจับตัวไปขังไว้ในสวนสัตว์โดยพวกเอเลี่ยนที่มีเทคโนโลยีขั้นสูงรวมไปถึงพลังจิต

เคิร์กและทีมเร่งรุดไปเอาโบราณวัตถุทางศาสนาที่ถูกขโมยไปกลับคืนมาก่อนที่จะเกิดสงครามศาสนากาแล็กซี่ขึ้น