Nach einer Untersuchung Orions erkennt an Bord der Enterprise plötzlich niemand mehr Mr. Spock. Ausnahme ist Captain Kirk, der mit ihm auf der Mission gewesen ist. Spock ist ratlos. Er stellt Nachforschungen an und findet die Ursache in der Vergangenheit: Er muss zurück durch ein Zeitportal und sich selbst als Junge retten.

Direkt vor der Nase der Enterprise taucht eine riesige Wolke auf, nähert sich einem Planeten und dann: ist der Planet verschwunden! Jetzt bewegt sich das Ungetüm auf den Planeten Mantilles zu. Was hat die Wolke vor? Kann die Mannschaft der Enterprise die Bewohner warnen und eine Katastrophe verhindern?

Die Enterprise ist in einem Gebiet, in dem alle 150 Jahre ein Raumschiff verschwindet. In nur wenigen Sekunden ist es wieder soweit und die besagten 150 Jahre sind um. Genau da erhält die Enterprise ein sirenenhaftes Signal, das allerdings nur die Männer vernehmen. Und wie in Trance, beschließen sie, dem Ruf zu folgen. Führt er die Enterprise ins Unglück?

Die Enterprise eskortiert zwei Roboterschiffe mit Nahrungsmitteln zum Planeten Sherman. Die Menschen dort hungern. Doch auf dem Weg kreuzt ein Klingonenschiff die Enterprise, das einen Ein-Mann-Aufklärer der Föderation verfolgt. Während sich die Crew um die Rettung des Piloten bemüht, wird sie von den Klingonen attackiert. Derweil entfernen sich die Getreideschiffe immer mehr.

Die Mannschaft der Enterprise rettet einen Mann aus einem Meteoritenschwarm. Wie sich herausstellt ist es der seit Jahren vermisste Carter Winston, ein bekannter, mildtätiger Kaufmann. Doch irgendetwas stimmt nicht mit ihm. Bei seiner Untersuchung erhält Bones ungewöhnliche Ergebnisse. Dann gibt Kirk plötzlich einen ungeheuren Befehl. Ist der angebliche Winston die Ursache?

Ein neuer Planet wurde entdeckt. Die Enterprise soll ihn nun erforschen. Auf Phylos leben Pflanzenlebewesen mit ungewöhnlichen Kräften, die dem Außenteam der Enterprise zunächst aus einer misslichen Situation heraushelfen. Doch dann entführen sie Mr. Spock und wollen ihn klonen.

Die Enterprise erreicht das Zentrum der Galaxie, um dort Erkundungen zur Entstehung von Materie anzustellen. Doch plötzlich gerät das Schiff in einen Energiewirbel und alle Geräte fallen aus. Die Crew ist in Lebensgefahr, als auf einmal ein magisches Wesen auftaucht. Es erzählt von Zauberei und stellt die Crew auf eine große Probe.

Endlich Ferien! Die Enterprise steuert einen Urlaubsplaneten an, der Unterhaltung und Spaß pur verspricht. Doch irgendetwas stimmt mit dem Computer nicht, der für die Ankömmlinge sorgen soll. Anstatt sie zu beschützen, attackiert er sie und nimmt Uhura gefangen. Als Kirk, Spock, McCoy und Sulu versuchen, ihn zu retten, geraten auch sie in heftige Schwierigkeiten.

Harry Mudd ist ein Betrüger. Gerade ist die Crew der Enterprise auf Motherlode, um ihn dort dingfest zu machen und in ein Föderationsgefängnis zu transportieren. Doch die föderationskritischen Bewohner nehmen Mudd zunächst in Schutz. Krik und Spock müssen von der Verhaftung absehen. Als sich die Bewohner allerdings von Mudd übervorteilt fühlen, ändern sie ihre Haltung rasch.

Ein Notruf erreicht die Enterprise. Er kommt von einem Klasse M-Planeten, der von heftigen Beben und Vukanausbrüchen erschüttert wird. Als die Mannschaft der Enterprise helfen will, wird sie Opfer einer verhängnisvollen Strahlung. Die Besatzungsmitglieder beginnen mit einem Mal zu schrumpfen!

Im Delta-Dreieck verschwinden immer wieder Raumschiffe. Spurlos. Die Enterprise soll dieses Phänomen aufklären. Doch kaum im Delta angekommen, wird die Enterprise von Klingonen angegriffen. Plötzlich verschieben sich Raum und Zeit und die Enterprise ist von einer Unzahl alter Schiffe umgeben. Ist die Mannschaft nun für immer gefangen in einem anderen Kontinuum?

Wegen starker Erdbeben ist der Planet Argo fast vollständig überflutet. Kirk, McCoy, Scotty und Clayton haben den Auftrag, die Ursachen dafür zu finden. Mit einem Wassershuttle machen sie sich auf den Weg. Kaum angekommen, werden sie von einem krakenartigen Lebewesen angefallen. Als Kirk und Scott nach dem Angriff erwachen, haben sie Kiemen und drohen zu ersticken.

Wissenschaftler haben auf Kzin eine Stasis-Box gefunden. Sie stammt vom untergegangenen Volk der Slaver und ist ein unwiederbringliches historisches Dokument. Uhura, Sulu und Spock sollen die wertvolle Fracht zu einer Sternenbasis bringen. Da sendet die Box das Signal, dass eine weitere Stasis-Box in der Nähe ist. Und Spock begeht einen schweren Fehler.

Sechs Forscher werden seit Wochen vermisst. Deshalb untersuchen Scotty, McCoy, Spock und Kirk das verlassene Raumschiff. Sie finden Hinweise, dass sich die Wissenschaftler auf Lactra VII befinden, und beamen sich ebenfalls auf den Planeten hinunter. Doch schnell gerät das Außenteam in Gefangenschaft und landet als Ausstellungsstücke in einem Zoo.

Die Großseele der Skorr ist gestohlen worden und ein großer Krieg der Rassen droht. Deshalb treffen sich Spock und Kirk mit Skorr, Vedala und zwei anderen Spezies. Gemeinsam sollen sie die Seele zurückholen. Wo sie sich befindet, ist bekannt. Wer sie gestohlen hat, nicht. Sicher ist nur, dass bereits zwei Expeditionen nicht mehr zurückgekehrt sind.