グラドス星に地球は狙われている……。そう告げるエイジの言葉を誰も信じようとはしなかった。アメリカ軍の戦闘機を撃破して基地に迫るSPTには、エイジの先輩であるゲイルが搭乗していた。地球人を全滅させようと、基地から逃走する隊員を狙うゲイルのグライムカイザルの前にエイジのレイズナーが立ちはだかった。

友を失ったデビッドは、やり場のない怒りの矛先をエイジに向ける。尋問を受けるエイジは自分が地球人とグラドス人の混血であると語った。一方、グラドス軍では、ゲイルに代わり、エイジ追撃の命を帯びたゴステロが国連基地に襲撃をかけてきた。ゴステロは戦闘データを解析し、エイジの欠点を見つけだしていたのだ。

国連基地を失い、アメリカ基地へ向かうことになった一同。自ら囮となることを申し出たエイジは、単身、基地に留まる。エイジを一人残すことにとまどいを感じる子供たち。彼らの中でエイジに対する気持ちは少しずつではあるが、変わろうとしていた。エイジが残る国連基地にゴステロのSPTが襲いかかる。

グラドス軍の攻撃から逃亡する一同のバギーを救ったのは、エイジだった。観測基地に逃げ込んだ彼らは、命を救われながらも、エイジを受け入れることが出来ない。すべてはエイジのせいだと考えているデビッドは、その怒りをエイジにぶつける。砂嵐が止み、再び米軍基地へと出発した隊員たちを、ゴステロがつけ狙う。

グラドスの策略によって、米ソの基地は互いの核攻撃によって壊滅した。続く核攻撃から逃れるため向かった米軍核シェルター。そこで、我先に助かろうと同士討ちになった人々の亡骸を目の当たりにする子供たち。エイジからゴステロの仲間殺しの真相を聞かされたグラドス軍のロベリアは、ゴステロを制止しようとするが。

グラドス軍作戦司令官のグレスコは、地球への侵攻を開始した。エイジの乗ってきたシャトルは、火星に残された子供たちにとって唯一残された脱出の手段であったが、地球へ帰るには燃料不足であることが判明。打ちひしがれながら無人観測基地へと戻る子供たち。絶望的な状況に、デビッドの怒りはまたもエイジに向けられる。

ゲイルが再び追撃隊率いてやってきた。しかし、自分の部下殺しの発覚をおそれたゴステロは、ゲイル機を攻撃、付き従っていたもう1機のSPTも撃墜してしまう。ゲイルにとどめを刺そうとするゴステロ。ゲイルを守ろうとするエイジに応え、ゲイル機に取り付いたデビッドにゴステロが迫る。

エイジ1人での戦闘に限界を感じたエリザベスに促され、子供たちはSPTの操縦法をエイジに学ぶ。その訓練中、ゲイルを慕うカルラがディマージュを駆って襲撃してきた。3機のSPTによる空中と地上からの両面攻撃に苦しむエイジ。だが、人を殺すことに抵抗を持つエイジは、レーザード・ライフルを捨ててしまう。

ともに戦ったことで、少年たちは少しづではあるが、打ち解けつつあった。アンナとシモーヌが作った料理を囲み、わずかばかりの楽しい時間が過ぎていった。そこへ、前回の汚名をそそぐために出撃したカルラ率いるSPT部隊が襲ってくる。エイジたちは、それぞれのSPTで迎撃に向かうが、敵の術中にはまってしまう。

アメリカ宇宙軍定期輸送船の到着を知り、カルラたちは退却していった。データ収集のため輸送船にとりついたSPTに、地球の武器は歯が立たない。SPTを追い払い、帰還したエイジを待っていたのは、輸送船のダニー少佐の銃口だった。事態を理解したダニー少佐は異星人に怒りをつのらせ、エイジを捕虜にしようとしたのだ。

エイジたちは、グラドス軍の襲撃を受ける輸送船から、かろうじてダニー少佐を救出する。ダニー少佐は、エイジたちに銃口を向け、シャトルで宇宙艦隊に送り届けることを強要する。いかなる説得に応じないダニー少佐の態度に一行は火星を離れることを決意する。だが離陸体制のシャトルを、ゲイルのSPT隊が強襲する。

一行を乗せたシャトルは地球へと向かう途中、火星の調査に向かうアメリカ艦に遭遇した。スパイの疑いを理由に彼らの収容を拒んだアメリカ艦は、結局グラドス軍に為す術なく撃破されてしまった。その後、ソ連軍の捕虜となった一行はゲイル隊に襲われる。奮闘もむなしくソ連艦は、たちまち危機に陥ってしまう。

ソ連艦からの脱出時にベイブルとバルディはエネルギーを使い果たしており、戦闘可能なのはレイズナーのみ。ゲイルの呼びかけに応え、エイジたちは投降を決意する。ゲイルはグラドス艦に収容されたエイジに説得を試みるが、互いの意見は平行線のまま。カルラは独断で本国と連絡を取り、エイジたちの処刑を命じられる。

エイジたちを乗せたシャトルは、地球の近くまでたどりつく。シャトルをデビットたちに託したエイジは、単身でゲイルのグライムカイザルを迎え撃つ。しかし、出撃を前に自らの手でエイジを葬る決意を固めていたゲイルは、徐々にエイジを追いつめていく。エイジに危機が訪れたとき、レイズナーの機体が蒼い光に包まれた。

エイジたちを乗せたシャトルは、国連宇宙局の月基地に向かうが、いくら呼びかけても基地からの返答は得られない。そこはすでにグラドス軍の襲撃を受けて壊滅状態にあったのだ。一行は、生き残った人々を探すために地下都市を捜索する。ようやく目を負傷したアメリカ軍兵士のクレイトンと数人の子供たちを発見する。

地下都市に潜入してきたTSスカルガンナー隊が、エイジたちに襲いかかる。対生物センサーを備えた無人機であるスカルガンナーは、破壊されてもその攻撃の手を緩めることはない。シャトルを目指す一行は、レイズナーとベイブルの助けで地下都市を脱出し、ようやくシャトルへとたどり着いた。

無謀な戦闘を続けていたクレイトンの目は負傷し、失明寸前の状態だった。かつての恋人を救うため、エリザベスはシャトル出発までのわずかな時間を使って医療センターへ薬を取りに行く。しかしスカルガンナーは、その生体反応を見逃さなかった。シャトルを守りエリザベスを救うため、エイジたちは出撃するが……。

地球との交信が成功し、にわかに沸き立つシャトルの中の一行。ほどなくシャトルは大気圏を突破し、初めて見る地球の景観にエイジは心を奪われる。その時、シャトルのアラームがグレスコ艦隊から追撃部隊の接近を告げた。その中に赤いグライムカイザル（ブラッディカイザル）の姿を認めたエイジの心は大きく動揺する。

アメリカ軍の捕虜となったエイジは、屈辱的な検査に耐えていた。子供たちはエドワーズ基地に留まり、エイジの身を案じていた。一方、SPTの解析を進めるアメリカ軍は、レイズナーにＸ線でもうかがい知ることが出来ないブラックボックスが存在することに気付いた。その謎を解こうとしたとき、レイズナーに異変が生じる。

駆けつけたエイジの姿を認め、レイズナーの暴走は止まった。レイズナーのコクピットに乗り込んだエイジは、フォロンと名乗る人工知能が父の手によって搭載されていることを知った。そしてそこにはグラドスの重大な秘密が託されていたのだ。その内容を知ったエイジは、地球人にグラドスへの降伏を呼びかけた。

米ソが予想外にも手を組んだことで、グレスコはオゾン層の破壊による生物を死滅させるという最終作戦の実行を決断した。フォロンの排除に成功しV-MAXを発動させたレイズナーはそのための衛星1機を破壊するが、急激なエネルギー消費のため動けなくなってしまった。そこへ赤いSPTブラッディカイザルが接近してきた。

ゲイルの仇をとろうとするエイジの姉・ジュリアは、真実を告げるエイジの言葉に耳を貸さない。姉弟の悲しき死闘は、ギウラ隊の攻撃により、中断を余儀なくされる。そんな中、米ソが手を組んでグラドスに対抗すべく行動を起こすが、グラドスのオゾン破壊兵器の前では、地球の全戦艦、核兵器はまったくの無力であった。

シャトルで子供たちはエイジと再会する。無数のSPTがシャトルを狙い、護衛機が次々と落とされてゆく。圧倒的な数を前にたった三機のSPTで挑むことは自殺行為にも等しかったが、ふたたび七人で会うことを誓い合うと子供たちは奇跡を信じて出撃する。そしてエイジはV-MAXを発動させグレスコの母艦へと突撃する。

エイジと子供たちの火星での出来事を中心に振り返る総集編。火星体験学校の一期生として国連火星観測基地に到着した子供たちは、蒼いSPTレイズナーに乗ってやってきた少年エイジと出会った。グラドス星の侵略に対して、子供たちはなんとか地球を守ろうと力を尽くすが……。

あれから三年の月日が流れ、地球はグラドスに占領されていた。エイジと共に火星から生還した子供たちも、それぞれの人生を歩んでいた。デビッドとアンナは、レジスタンス活動に身を投じていたため、グラドス軍に捕らえられようとしていた。そこに行方不明であったエイジが現れるも、物乞いをするその姿に以前の面影はない。

総司令官グレスコの息子、ル・カインの地球到着という情報を入手したレジスタンスは、パレードを襲撃する。だがそれはレジスタンスをおびき出す罠であり、待ち構えていた死鬼隊によって、レジスタンスたちは返り討ちにされる。さらにル・カインは、地球文化破壊に着手し、図書館を焼き払うと、次の目標を美術館に定めた。

ニューヨークに現れたクスコの聖女隊と呼ばれる一団。そのリーダーである聖女は、無言の圧力によって幾重にも張り巡らされた聖女隊阻止のための警備陣を無力化し、ル・カインのいるグラドスタワーへと進んでいく。エイジは、聖女がジュリアであることに気付くが、その正体に気づいた者がもうひとりいた……。

火星から戻った子供たちのもとに、差出人不明の招待状が届く。その招待状に従って再会を果たすエリザベス、デビット、アンナ、シモーヌ、アーサー、そしてエイジ。旧交を温める五人であったが、その再会は、ロアンの密告によってル・カインの知るところなり、ロアンはル・カインと共に出撃する。

三年前、デビッドが搭乗していたベイブルが移送されるという情報が、レジスタンスにもたらされる。レジスタンスのリーダーであるデビッドは、それが自分たちをおびき出すための罠であることを承知で、あえてベイブルの保管されている倉庫に乗り込む。待ち受ける罠を退け、デビッドはベイブル奪回に成功するが……。

クスコの聖女・ジュリアがグラドスに捕らえられた。ル・カインは、ジュリアの命を賭けて、地球人にグラドス人との決闘を呼びかける。デビッドとシモーヌは、秘密工場から未完成の地球製SPTドールを持ち出して闘技場へと向かう。ゴステロの奸計によって、窮地に陥る二人を救うため、エイジが駆けつける。

決闘での卑劣な振る舞いでル・カインの誇りを傷付けたゴステロは、牢で処刑を待っていた。だがエイジへの復讐の念を取り憑かれたゴステロは、牢獄を脱走、ジュリアを誘拐して逃亡する。エイジは、ゴステロの呼びかけに応じて出撃するが、ジュリアを盾にしたゴステロの卑劣な戦法に苦戦を強いられてしまう……。

地球製SPTの量産化を恐れていたグラドスは、その秘密工場を発見するや総攻撃を仕掛ける。先陣を切る死鬼隊にエイジはレイズナーで立ち向かうが、地下の密閉された空間の中に浮遊機雷を散布されたために、V-MAXを封じられてしまう。死鬼隊のMFになぶられるレイズナーのもとに現れたのは、あのゴステロであった。

ル・カインは死鬼隊に、レジスタンスの精神的な支えとなっているアンナの抹殺命令を下す。執拗な追跡を逃れてノースロッドに身を隠すアンナに、死鬼隊が襲いかる。アンナの救援に駆けつけたエイジによって、顔を傷つけられたマンジェロは、逆上のあまり我を忘れガッシュランに乗り込むと周囲に無差別攻撃を開始する。

グラドスと地球との関係が秘められた遺跡の発掘を知ったエイジとアンナは南米へと向かう。遺跡の発掘現場の指揮を執っているのは、かつて火星でエイジと死闘を演じたカルラであった。潜入したエイジとアンナは、追跡中のカルラとともに遺跡の奥底へと落ち込んでしまい、三人はその最深部でグラドスの刻印を発見する。

グラドス本星からV-MAXの権威であるドクター・ニゾン博士とV-MAXユニットが到着した。このことをアーサーから知らされたデビッドたちは、それを阻止するために行動をおこすが、すでにV-MAXはガッシュランに装備された後であった。レイズナーとガッシュランのV-MAX同士の死闘は思わぬ結末を迎える……。

グレスコによってジュリアが誘拐されてしまう。自分のあずかり知らない父の行動にル・カインは、なぜ父が聖女にこだわるのか疑問を抱く。その秘密はレイズナーが握っていると考えたル・カインは、エイジをおびき出すと、愛機ザカールのV-MAXレッドパワーを発動させ、レイズナーとの決戦に臨む。

1996年10月3日。宇宙生活体験学校に参加した16名の子供たちが、火星の国連基地に到着した。しかし、その直後、基地周辺で正体不明の機体同士による戦闘が勃発。その影響で通信衛星が破壊され、国連基地は外部との連絡手段を絶たれてしまう。そんな中、子供たちは、巨大なSPTによる戦闘を目撃する。

1999年12月31日。南アメリカのナスカ平原では、グラドスの刻印が眠るクスコの遺跡を巡り、グラドス軍と地球解放戦線のSPTたちの激戦が続いていた。エイジはグラドスの刻印とジュリアを守るため、強化型レイズナーで出撃する。それに呼応するようにすべての決着をつけるべくル・カインも刻印へと向かう。

第１〜24話の総集編。西暦1996年。国連によるコズミック・カルチャー・クラブの第一次メンバーに選ばれた子供たちは、火星に到着した途端戦火に見舞われた。グラドス軍の侵略を伝えに来たエイジは、子供たちを守りながら地球へ到着。しかし彼らを収容したアメリカ軍は、エイジを捕虜扱いしレイズナーを調査する。そんな中、エイジはレイズナー内部に隠されたフォロンから、グラドスと地球の隠された関係を聞かされるのだった……。

第26〜37話の総集編。西暦1999年。エイジたちがグラドス軍の母艦に突撃してから３年、地球はグラドスの支配下となっていた。逞しく成長したエイジは、レジスタンスとなったアンナやデビッドと共にグラドスと戦う。一方グラドスには、総司令グレスコの息子であるル・カインが着任。平和主義に目覚め「クスコの聖女」と呼ばれるようになったジュリアと、大いなる過去の遺産「グラドスの刻印」を巡って、エイジとル・カインが激突する！

致命的なダメージを受けたレイズナーは、フォロンを含む心臓部を地球製のニューレイズナーへ移植することに。一方グラドス創世の秘密を知ったル・カインは、激高のあまり父・グレスコを射殺。占領軍司令官の座に就くとロアンを自らの右腕に抜擢し、さらに自らの理想郷を実現するためにステーション衛星を破壊し、グラドス本星とのパイプを絶ってしまう。一方エイジらはジュリアと共にクスコへ赴き、刻印の真の意味を知るのだった。