다시 돌아온 보스 베이비. 내가 알던 베이비 나라는 어디 간 거야! 완전히 달라진 회사에서 일하려면 유능한 조카 티나의 일자리를 뺏어야만 한다.

공동 보스가 되어 티격태격하기 바쁜 티나와 보스 베이비. 둘에게 첫 현장 임무가 주어진다. 세상에서 가장 예쁜 머리카락을 가진 아기의 머릿니 위기를 해결하라!

생방송에 나온 귀여운 아기가 막말을 하자 보스 베이비는 기를 쓰고 최고 강적의 탓으로 몰아가려고 한다. 공원 오리 럼피, 네가 벌인 짓이지?

아기들 사이의 문화로 자리 잡은 상상 친구. 하지만 상상 친구를 믿지 않는 보스 베이비를 위해 베이비 나라가 준비했다. 인사부의 감수성 훈련 시작!

아기들의 영역 싸움을 해결하기 위해 말썽꾸러기 아기와 친해지는 티나. 덩달아 말썽을 피우면 어떡해? 고삐 풀린 티나를 대신해 현장팀이 나설 때가 왔다.

보스 베이비는 포옹기피대상자 타도 계획을 잠시 접어두고 템플턴 가족의 전통 시합에 참여한다. 우승자는 하루 동안 가족들에게 명령을 내릴 수 있다고 하는데.

보스 베이비와 티나의 초대로 베이비 나라에 방문하는 타비사와 팀. 하지만 강력한 힘을 가진 울트라 베이비 오메가가 사라지자 유력한 용의자로 의심받는다.

오늘은 보스 베이비의 생일, 어른의 생일을 즐길 테다! 하지만 문제가 하나 있다. 유모차를 밀어주는 캐럴 없이는 아무 데도 못 간다는 것.

포옹기피대상자의 실체를 폭로하기 위해 일부러 그들의 보살핌을 받는 현장팀. 하지만 티나는 돌보미에게 홀딱 반해버리고 만다. 이제 어쩌면 좋지?

릴 덤플링 아기 선발 대회가 위험해! 포옹기피대상자들은 베이비 나라의 대표 귀염둥이인 5% 스타들을 5% 바닥 아기들로 바꿔치기하는 계략을 세운다.

아무도 예상하지 못했던 동맹. 이제 베이비 나라의 사업 모델이 완전히 뒤바뀌고 아기 사랑의 정의가 바뀔지도 모른다. 새로운 시대가 밝았다!