Sono passati quasi due anni da quando Jack è stato preso in custodia dal Governo Cinese. Durante le ultime 11 settimane, gli Stati Uniti sono stati sotto assedio, minacciati da una serie di attentati dinamitardi. Le Agenzie governative sospettano come primi indiziati gli estremisti islamici e il Presidente Wayne Palmer è costantemente sotto pressione: il suo Consigliere, Tom Lennox, suggerisce di imprigionare tutti i cittadini islamici presenti nel Paese a scopro cautelativo, ma Karen Hayes, direttrice dell'NSA, si oppone fermamente a queste drastiche misure. Bill Buchanan, direttore del CTU, e Curtis Manning organizzano un incontro con i diplomatici Cinesi per ottenere il rilascio di Jack Bauer. Jack è in condizioni pietose e non ha proferito parola per 20 mesi. Bill lo informa che sono in contatto con Abu Fayed, un terrorista, che è disposto a guidarli all'uomo responsabile del terrore dilagante che sta opprimendo il Paese. Purtroppo Fayed, in cambio della sua collaborazione, ha chiesto la vita di Jack, responsabile della morte di suo fratello. Bauer accetta le condizioni, grato che la sua morte sarà utile per salvare vite umane. Nel frattempo un musulmano viene tratto in arresto dall'FBI e una famiglia di Los Angeles accoglie il figlio dell'indiziato per offrirgli aiuto. Nonostante gli sforzi di Chloe e Morris, Jack viene consegnato a Fayed, ma mentre viene torturato scopre che il suo sacrificio non è servito a niente e decide di scappare.

Jack cerca di rintracciare Assad per avvisarlo dell'imminente attacco aereo, Assad decide di aiutare Jack a localizzare Fayed, ma Bauer teme di non essere più in grado di svolgere il suo lavoro. Ahmed viene scoperto ed è costretto a prendere drastiche misure. La sorella del Presidente, Sandra, fa parte di un'organizzazione per la difesa dei diritti civili e scopre che l'FBI sta indagando su di lei e sull'associazione.

Assad escogita un piano astuto per manipolare gli agenti di Fayed, usandoli per scoprire il nascondiglio del loro capo. Ahmed usa la famiglia di Ray come leva per costringerlo a consegnare un misterioso pacchetto. Fayed contatta il Presidente per sottoportgli le sue richieste mentre Jack è preoccupato per il comportamento di Curtis, apertamente ostile nei confronti di Assad.

Ray costringe Ahmed a liberare la sua famiglia, ma il risultato non è quello sperato, Chloe fa da mediatrice tra Morris e Milo mentre Walid scopre delle informazioni nel centro di detenzione che potrebbero essere utili al CTU. Wayne garantisce il perdono presidenziale ad Assad, considerato l'aiuto che ha offerto a Jack, ma il gesto suscita le ire di Curtis. Jack segue una traccia che Jillian ha dato alla polizia, ma ormai è troppo tardi e Fayed lancia un devastante attacco facendo esplodere un ordigno nucleare a Valencia.