Jack se encontra com Teri e lhe informa da gravidade do desaparecimento de Kimberly, já que ele recebe informações que sugerem que ela foi sequestrada. Enquanto isso, Jack pede a ajuda de Nina para identificar o corpo mutilado encontrando no porta-malas de um carro. Jack conhece Alan York, o pai de Janet, que tem ficado com sua esposa nas últimas cinco horas, o que acaba criando um atrito entre eles. Palmer descobre que sua família o tem protegido de um segredo que poderá arruinar sua campanha. Gaine demonstra seu extremo descontentamento com Dan e Rick. Janet luta para se manter viva enquanto Alan e Teri tentam se consolar frente ao ocorrido.

Enquanto o dia amanhece, Gaines decide mudar os planos e leva seu controle sobre a situação a um outro nível. Rick concorda em se unir a Kim numa tentativa de fuga. Jack retorna à CTU para fazer o que for preciso para manter sua mulher e filha vivas. Enquanto isso, Palmer decide levar à público o segredo de Keith, gerando uma controvérsia entre sua própria família. Uma falha dos conspiradores força o traidor da CTU a fazer uma mudança, e a identidade dele/dela finalmente é revelada.

A eleição primária para a presidência começa na Califórnia e o senador Palmer decide reescrever seu discurso de campanha, onde ele irá revelar a verdade sobre a tragédia de sua família. Martin Belkin, o fotógrafo impostor contratado por Gaines, chega ao local onde Palmer fará o seu discurso, e é recebido por um dos membros da equipe do senador. Enquanto isso, Jack, que está tentando descobrir o assassino e manter sua filha e mulher vivas, continua sendo controlado por Gaines, que ordena que ele vá para o local do discurso de Palmer. Lá, Jack é recebido pelo mesmo homem que recepcionou Belkin, e descobre que ele é um velho amigo da época da escola. Enquanto isso, na CTU, Jamey e Tony recebem assustadoras notícias sobre Nina, forçando ambos a mudarem seus planos.

As tentativas de Jack para salvar Palmer fracassam, tornando Jack o principal suspeito do atentado contra o senador. Agora ele tem que se defender das acusações ao ser interrogado pelo FBI. Enquanto isso, Teri e Kimberly tentam manter o controle quando ambas são feitas reféns dos sequestradores, e Teri faz um sacrifício na tentativa de salvar sua filha.

Jack, agora um homem procurado, foge da polícia enquanto trabalha com a CTU para encontrar Teri e Kimberly. Tony e Nina começam a procurar informações sobre Gaines, quando Alberta Green, a nova diretora da CTU, chega para ajudá-los. Tony encontra uma pista no disco de Jamey que revela uma fonte com quem Jack vai tentar entrar em contato. Teri finalmente consegue entrar em contato com Jack, mas é interrompida quando Rick e Eli a encontram e pegam o celular que Eli tinha perdido. Mas Teri consegue fazer com que a ligação continue ativa, permitindo que Jack e Nina escute o que está acontecendo no cativeiro. A vida do senador Palmer continua em perigo, enquanto sua equipe tenta protegê-lo. Enquanto isso, Gaines é contatado pelo seu chefe, que não está nada contente com o rumo das coisas.

Jack é novamente separado de sua família, e Nina acredita que eles ainda estão correndo perigo. A CTU descobre que há um "plano B" para assassinar o senador Palmer. Há mais atiradores estrangeiros contratados e todos eles talvez já estejam no país. Enquanto isso, Palmer terá que lidar com o fato de que alguém que está financiando sua campanha está chantageando ele. E Keith muda de atitude ao descobrir o que aconteceu com o Dr. Ferragamo.

Convencido de que Jack o quer morto, o senador David Palmer quebra todas as regras e insiste em ter um encontro cara-a-cara com o suposto suspeito, na tentativa de encerrar de uma vez por todas esse assunto. Mas quando os dois começam a trocar informações, eles percebem que descobriram a mesma coisa uma pessoa que pode ser o outro alvo do atentado. Eles também descobrem porque os conspiradores escolheram esse dia das eleições primárias em particular para realizar suas ações. Enquanto isso, Teri e Kimberly são resgatadas e levadas para um local seguro, protegido por agentes da CTU, onde são interrogadas por Nina.

Jack entra em contato com um agente em New Orleans que talvez tenha alguma informação sobre a conspiração para assassinar o senador Palmer. Nina interroga Teri, tentando obter qualquer informação que talvez possa ajudar na investigação. Mas a tensão entre as duas acaba forçando Nina a sair da casa onde elas estão sob proteção. Fotos dos suspeitos da conspiração são mostradas à equipe de Palmer.

Uma série de atentados terroristas está acontecendo por todos os Estados Unidos e para interrompê-los o presidente Wayne Palmer começa a estudar medidas drásticas. Um delas é entregar Bauer para um terrorista chamado Abu Fayed.

O presidente Palmer e Buchanan se recusam a acreditar que Fayed esteja por trás dos ataques terroristas. Com isso, Jack é forçado a se unir a Assad para detê-los.

Jack tenta convencer o presidente Palmer que Fayed é o responsável pelos recentes ataques terroristas. No entanto, Jack logo se dá conta que não é mais considerado uma fonte confiável.

A menos que Jack consiga localizar Fayed em uma hora, o presidente Palmer será forçado a cumprir as exigências de Fayed para impedir novos ataques. Diante do caos deixado pelos últimos ataques, que causaram a morte de centenas de pessoas, o presidente Palmer sente que não tem outra escolha a não ser negociar com Fayed.

O presidente Palmer pede para Jack assumir o controle da busca por Fayed, que supostamente possui um artefato nuclear. Karen Hayes explica ao presidente Palmer o tipo de dano que a maleta com a bomba nuclear é capaz de provocar. A explosão inicial causaria a morte de milhares de civis em um raio de 1 quilômetro da detonação.

Depois que uma bomba nuclear é detonada no sul da Califórnia, o presidente Palmer se prepara para fazer um pronunciamento à nação. Enquanto isso a CTU luta para localizar Fayed, que pode ter outras quatro bombas.

Enquanto o pesadelo de mais um terrível dia para Jack continua, ele fica surpreso ao reencontrar rostos familiares. O país tenta se recuperar das ameaças e dos ataques terroristas. O político Reed Pollack e Thomas Lennox planejam uma estratégia enquanto o Presidente Wayne Palmer tenta se livrar de uma complicada situação.

Reunido com seu distante pai, a lealdade da família de Jack é colocada à prova quando Graem revela seu envolvimento em atividades terroristas. Enquanto isso, um analista da CTU é sequestrado.

Jack e a equipe da CTU tentam salvar Morris antes que ele seja entregue para Fayed. O presidente Palmer encara críticas cada vez maiores e um possível motim em seu próprio ministério.

Jack está cada vez mais perto de descobrir o paradeiro de Gredenko. Phillip usa seu próprio neto para deter Jack. Lennox fica ainda mais envolvido no plano para derrubar o presidente.

Jack descobre o papel de seu pai nos ataques terroristas. Lennox se arrisca para impedir o assassinato do presidente. A equipe da CTU é levada ao limite.

Buchanan manda o novo agente da CTU, Mike Doyle, até o consulado russo para capturar Markov e resgatar Jack. A Administração e a CTU tomam novas medidas que poderão mudar o mundo para sempre. O ex-presidente Logan tenta convencer sua ex-mulher Martha para ajudá-lo a neutralizar a crise entre os EUA e a Rússia. E Gredenko se prepara para atacar mais um alvo.

Após os chocantes eventos no consulado russo, a CTU tenta localizar Gredenko e evitar que ele inicie mais um terrível ataque terrorista contra os EUA, mas um traidor poderá arruinar os planos da CTU. Jack descobre devastadoras notícias sobre Audrey. E Karen se alia ao seu ex-inimigo Lennox para tentar evitar que o vice-presidente Noah Daniels ponha em prática suas estratégias contra o Oriente Médio.

A ameaça nuclear resulta em consequências inesperadas enquanto a investigação sobre as ogivas restantes se intensifica. Jack Bauer e Mike Doyle, o novo agente da CTU, iniciam uma intensa operação de campo para encontrar a localização de Gredenko. Karen pressiona Sandra para ela tirar Wayne do coma na esperança de que ele possa impedir os planos do vice-presidente Daniel que poderão iniciar uma nova guerra. Os terroristas Gredenko e Fayed discutem suas estratégias.

Jack incumbe Gredenko de ajudar na captura de Fayed, mas o terrorista tem outros planos. Com o presidente Palmer de volta ao trabalho, Daniels toma medidas drásticas para destituí-lo do cargo.

Pouco depois de lançar um ataque nuclear conta o Oriente Médio, uma ação que pode dar início a Terceira Guerra Mundial, a saúde de Palmer se agrava. Jack arma uma cilada para Fayed que poderá leva-lo até as armas nucleares remanescentes.

Com Audrey sendo mantida refém, Jack é forçado a negociar com os chineses que há pouco tempo o capturaram. A crise nuclear chega ao fim e a CTU se prepara para mudar seu foco de ação. No entanto, circunstâncias inesperadas fazem com que a agência volte suas atenções para a operação de Jack.

Os acontecimentos envolvendo Jack Bauer e o agente Mike Doyle levam os agentes e analistas da CTU a correrem para conseguir controlar uma intensa situação. O vice-presidente Daniels se prepara para um pronunciamento à nação enquanto o conselheiro presidencial Tom Lennox participa de uma decisão que poderá mudar tudo na administração.

Jack Bauer lida com as consequências de ter tentado resolver tudo sozinho, enquanto Audrey sofre o que aparenta ser uma reação pós-traumática após ela ter sido feita refém. A CTU responde à uma grande ameaça e a Administração recebe uma mensagem alarmante do presidente russo.

Jack fica sob custódia da CTU, enquanto Cheng se prepara para lançar um ataque surpresa. Lennox usa Lisa para mandar uma falsa mensagem aos russos. A decisão de Morris de terminar seu relacionamento com Chloe começa a afetá-la enquanto eles lutam para manter o profissionalismo.

Jack executa uma tática desesperada para liberar os reféns da CTU de seus sequestradores. Ele consegue interceptar Cheng, que planeja entregar Josh a seu avô em troca do circuito. Jack é forçado a deixar que Cheng fuja para salvar a vida de Josh.