Jack e Paul sono costretti a reclutare dei civili per sfuggire ai soldati inviati da McLennan-Forster per ucciderli. Tra Tony e Michelle si crea tensione quando quest'ultima assume il comando del CTU. Sarah mette alla prova l'autorità di Michelle dandole un ultimatum. Mentre Marwan mette in atto l'ultima fase del suo piano, Audrey ha dei ripensamenti sui suoi sentimenti per Jack.

Jack scopre l'identità di un uomo che potrebbe condurlo fino a Marwan. Costringe Dina ad aiutarlo ad avvicinarsi al sospettato. Edgar comincia a perdere il controllo per via della pressione a cui è sottoposto e Michelle chiede aiuto a Chloe. Nel frattempo Audrey si trova al fianco di Paul, che gravemente ferito è portato in sala operatoria. Il piano di Marwan continua e uno dei suoi accoliti minaccia un pilota per costringerlo a dargli accesso all'aeroporto.

Marwan decide di scambiare Jack al posto di Behrooz, sperando che la manovra distragga il CTU dal suo vero obiettivo. Tony e Michelle pesano bene le conseguenze dello scambio, mentre Curtis interroga Behrooz per ottenere ulteriori informazioni su Marwan.

CTU prende d'assalto il nascondiglio di Marwan, il quale riesce a sfuggirli tra le dita, fortunatamente Jack trova una traccia che potrebbe aiutarli a identificare il prossimo obiettivo del terrorista. Tony comincia ad avere dei sospetti sulla vita privata di Michelle, mentre Audrey viene a sapere la verità sulle ferite di Paul. Il Presidente Keeler cerca di trovare le parole giuste per confortare i cittadini americani e Anderson sta per ottenere quello che vuole.