테러 방지단의 연락을 받은 잭 바우어는 그곳에서 대통령 후보 데이빗 팔머에 대한 암살 시도가 있으리란 걸 알게 된다. 한편, 잭의 딸 킴벌리는 몰래 집을 빠져나가고 잭의 아내 테리는 딸을 찾아 나선다.

잭은 데이빗 팔머 상원의원의 잠재적인 암살자와 자신의 딸의 행방을 계속 찾는 한편, 모하비 사막 상공에서 폭발한 747기의 폭발 원인을 조사한다. 한편, 팔머는 자신의 선거운동에 대한 또 다른 위협이 수면으로 떠오르려 한다는 것을 알게 된다.

자신들이 큰 위험에 처한 것을 깨달은 킴벌리와 재닛. 이제 그들은 도주 경로를 찾아야 한다. 테리는 킴벌리를 찾는 과정에서 재닛의 아버지 앨런 요크의 도움을 받는다. 한편, 팔머는 곧 공개될 충격적인 뉴스와 관련해 비밀 회의에 참석하고, 잭은 자신을 테러 조직으로 이끌 키카드를 발견한다.

캘리포니아 예비 선거가 공식적으로 시작됨에 따라 팔머 상원의원은 자신의 가족 비극의 진실이 밝혀질 수 있도록 선거 연설을 다시 쓰길 원한다. 한편, 잭은 암살자를 찾고 자신의 아내와 딸을 살리기 위해 노력한다.

팔머 상원의원을 구하려는 잭의 노력은 역효과를 낳아 잭은 주요 용의자가 된다. 잭은 자신을 스스로 방어할 것인지, 아니면 체포에 응해 FBI의 조사를 받을 것인지 선택해야 하는 갈림길에 선다. 한편, 테리와 킴벌리는 인질극에 대처하기 위해 게인스의 아지트에서 힘을 합친다.

잭은 테리와 킴벌리가 인질로 잡혀있는 아지트에 가까워지기 시작한다. 한편, 아지트의 상황이 난폭해짐에 따라 테리와 킴벌리는 스스로 충격적인 일을 만들어 낸다. 자신의 지지자들이 자신을 보호하기 위해 기꺼이 어떤 일까지 할 수 있는지를 알게 된 팔머 상원의원은 최악의 상황이 벌어진 것을 깨닫는다.

잭이 상황을 역전시키자, 게인스의 보스는 잭에 대한 게인스의 비효율적인 추적에 마침내 인내심을 잃는다. 한편, 니나와 토니는 팔머 상원의원에 대한 암살 음모가 자신들이 생각한 것보다 더 심각한 일이라는 것을 알게 되고, 팔머 상원의원은 모린 킹슬리로부터 놀라운 소식을 듣는다.

잭은 암살 음모에 관한 정보를 가진 것으로 생각되는 뉴올리언스의 한 요원과 접촉한다. 한편, 니나는 테리의 진술을 듣는 등 수사에 도움이 될 만한 모든 정보를 얻으려고 애쓴다.

잭은 팔머 상원의원 직원의 도움으로 팔머를 노리는 암살자 중 한 명을 체포한다. 한편, 키스는 페라가모 박사의 사망과 관련된 진실을 파헤치기 위해 직접 조사에 나선다.

자신이 사랑하는 사람들의 죽음을 잭의 탓으로 돌리는 발칸의 전쟁 범죄자 역으로 데니스 호퍼가 처음 모습을 드러낸다. 복수하려는 그의 시도가 음모 뒤에 숨겨진 동기이다. 마크 드살보(루 다이아몬드 필립스 출연)는 잭이 접근해야 하는 교도소 소장이다.

잭은 자신이 온종일 체포하려 한 범죄 주모자 앞에서 속수무책이고, 경찰의 마약 함정 수사에 실수로 휩쓸린 킴은 자신의 결백을 입증해야 할 처지에 놓인다.

액션으로 가득한 긴장감 넘치는 시즌 마지막 피날레에서 잭은 드레이즌 가족과 최후의 대결을 펼친다. 한편, ‘첩자’는 아무도 예상하지 못한 피해를 초래한다.