Adamo ordina un colpo di Stato contro il presidente Roslin colpevole di aver convinto il tenente Thrace ad andare su Caprica. ll presidente ed il capitano Apollo (colpevole di insubordinazione) sono arrestati. La cylone Sharon del Galactica viene mandata in missione per distruggere la nave cylone che sorveglia Kobol e qui scopre altre copie di sé stessa. Tornate sulla nave spara al comandante Adamo. Su Caprica il tenente Thrace combatte contro Numero Sei per la freccia di Apollo ed in quel mentre rincontra Helo e l'altra copia di Sharon che dichiara di essere incinta.

Il comandante Adamo è gravissimo, il comando della nave è nelle mani del colonnello Tigh. Per un errore di calcolo la Battlestar Galactica si trova lontana dalle altre navi coloniali. L'unico modo per la Galactica per ricongiungersi è tornare alla sua ultima posizione e collegare i computer in rete per aver maggiore potenza di calcolo. I Cyloni attaccano con i loro raiders e contemporaneamente cercano di impossessarsi con un virus informatico del computer della Galactica. Su Caprica il cylone Sharon scappa lasciando senza mezzi di fuga Helo e Thrace. Alla fine il Galactica riuscirà a recuperare la posizione del resto della flotta senza rimanere vittima (non del tutto) del virus informatico Cylone e si ricongiungeranno alla flotta.

Su Kobol la situazione è grave, i Cyloni stanno tendendo una trappola per uccidere le navicelle di salvataggio che il Galactica ha intenzione di inviare e dunque, i dispersi su Kobol devono cercare di sventarla. Il comando è affidato ad un ufficiale che non sembra essere però in grado di gestire la situazione, Crashdown. Il Dottor Gaius Baltar alla fine si ribella compiendo ammutinamento ed uccide Crashdown. La squadra riuscirà a distruggere una parabola per il tracciamento dei missili aria terra costruiti dai Cyloni, per abbattere eventuali navi inviate dal Galactica come salvataggio. Sul Galactica arriva il consiglio dei dodici di cui fa parte anche l'ex terrorista che fanno pressioni per poter incontrare il presidente Roslin. Nel frattempo il Raptor con il capitano Adamo arriva su Kobol, uccide i Cyloni e salvano la squadra, Adamo chiede come è morto Crashdown, il dottor Baltar da la sua spiegazione ed il capo Tyrol lo copre. Gaius intanto è convinto che Six gli darà un bambino. La squadra intera torna sul Galactica ed il comandante in seconda Tigh dichiara la legge marziale, sciogliendo il consiglio dei dodici.

Il Capo Tyrol viene sbattuto in prigione con la Cylone Sharon Valerii, interrogato ed accusato da Tigh di essere anch'esso un Cylone. Su Caprica Helo e Thrace incontrano un gruppo di resistenza umana, ed avviene uno scontro a fuoco. La leadership del colonnello, succube della moglie, è sempre più in discussione, la popolazione civile si ribella e Tigh pensa di utilizzare la forza. Gli scontri a fuoco su Caprica nel frattempo continuano ma alla fine smettono di spararsi. La Roslin è ancora dietro le sbarre ed il capitano Adamo la va a trovare. Alcuni civili vengono uccisi. Dalla cella intanto il presidente ed il capitano Apollo organizzano e mettono in pratica un'evasione alla quale partecipano numerosi membri della Galactica. Il dottor Baltar, sotto ricatto di Cally, è costretto ad intervenire per salvare Capo Tyrol, accusato di essere complice del cylone Sharon la quale, sotto minaccia, rivela che nella flotta ci sono otto cyloni con sembianze umane. Il piano di evasione viene messo in atto ed Adamo, Roslin e una guida spirituale abbandonano il Galactica. Il Colonnello Tigh e la moglie discutono nella cabina quando a sorpresa appare il Comandante Adamo. Cally intanto si vendica di Sharon uccidendola.

Roslin, il Capitano Adamo, il tenente Thrace, Helo, Sharon ed altri sbarcano su Kobol, dopo essere decollati da Caprica con la nave Cylone (senza passare affatto dal Galactica) per cercare la tomba di Atena che indicherà loro la via per la Terra. Sharon in particolare si dimostrerà di massima utilità. Zarek non crede nella profezia ma vuole assumere il comando della flotta che ha abbandonato il Galactica ed è disposto a compiere un omicidio. Come rivelato nella profezia, durante un'imboscata dei cyloni, due membri della squadra perderanno la vita, precisamente proprio la guida spirituale ed un altro membro del gruppo. Il comandante Adamo decide intanto di riunire ad ogni costo la flotta.

Adamo con il capo Tyrol ed altri membri raggiunge i componenti della missione su Kobol: i rapporti con Sharon si rivelano complicati e Zarek contribuisce a minarli. La squadra scopre la tomba di Atena che mostra loro le costellazioni ed i corpi che si vedono dalla terra. Il comandante Lee e suo padre ne riconoscono alcuni. Il dottor Baltar decide di indagare sulla natura della voce nella sua testa e questa gli rivela che il figlio che Sharon attende è il suo e che lui metterà fine alla razza umana.

Una giornalista monta un servizio in cui si vedono alcuni militari che (durante una rivolta) uccidono dei civili. Adamo e Roslin temono che questo potrebbe far scoppiare altre rivolte nella flotta. Alla giornalista viene offerta la possibilità di assistere alla vita di bordo sul Galactica sperando che così cambi idea e non mandi il servizio. Il colonnello Tigh è accusato pubblicamente per alcuni errori commessi ma Adamo è costretto a difenderlo perché non può sacrificare i suoi uomini, visto l'esiguo numero rimasto. La vita a bordo si rivela dura, irta di pericoli, snervante, piena di complotti, pericoli, ed incomprensioni: qualcuno infatti tenta di uccidere il colonnello Tigh. La giornalista nasconde però una missione segreta e non è in realtà chi afferma di essere: la giornalista in realtà è un cylone.

Il sistema informatico del Galactica è compromesso da un virus, contemporaneamente i Cyloni attaccano in forze. Sharon capisce la gravità della situazione e collabora con il comandante per cercare di rispondere ai Cyloni con le stesse armi. L'ingegnere capo Tyrol decide intanto di progettare e costruire un caccia che risulterà invisibile ai radar, il black bird nome in codice "Laura", in onore del presidente Roslin.

La Battlestar Galactica si ricongiunge alla Battlestar Pegasus dell'ammiraglio Cain, cui spetta di diritto il comando sul comandante Adamo. I rapporti tra i due equipaggi, all'inizio cordiali, si deteriorano con il passare del tempo. L'impostazione e l'etica "impartite" dall'Ammiraglio Cain si rivelano profondamente diverse dal modo più "fondato sul buonsenso" del Comandante. Il capitano Apollo e il tenente Kara Thrace sono trasferiti nella Pegasus a causa del loro comportamento.

Sulla Pegasus è presente una copia di Godfray che è stata violentata e picchiata, stesso trattamento che alcuni uomini della Pegasus vogliono riservare alla Cylone Sharon. Il capo Tyrol ed Helo intervengono e durante una colluttazione un ufficiale della Pegasus rimane ucciso. Sono quindi condannati a morte dall'ammiraglio secondo una stretta osservanza del codice militare sulle situazioni in zone di guerra. Adamo manda dei raptor contro la Pegasus che risponde con la stessa moneta. Kara Thrace intanto effettua una missione non autorizzata con il black bird per riprendere una nave Cylone in modo da dimostrare la superiorità della tattica del Galactica rispetto a quella della Pegasus.

Laura Roslin viene ricoverata nell'infermeria del Galactica in quanto le condizioni stanno peggiorando e nel frattempo si verifica un incidente durante una esercitazione con Scorpion e Louanne Katraine in quanto Kat mentre apre il fuoco la mitragliatrice sinistra del suo Viper esplode a causa di alcuni proiettili difettosi e il Galen Tyrol è sicuro che si tratti di un sabotaggio. Presto si scopre che a sabotare i proiettili è stata una operaia che fa parte di un movimento che sostengono si debba cercare la pace con i Cyloni, e per sostenere la loro causa riescono a diffondere la loro idea attraverso la distribuzione di opuscoli in tutta la flotta. Adamo accetta un colloquio con un esponente del movimento e subito dopo il colloquio lo fa arrestare. La Daru Mozu come dimostrazione si fa saltare in aria parte della nave. Subito dopo, l'ex prigioniero della Pegasus (un clone del Numero Sei) ha un colloquio con il Dottor Baltar e cerca di convincerlo delle idee del movimento. Il feto del bambino di Sharon presenta alcune mutazioni e il presidente Roslin decide di eliminarlo. Le condizioni di Roslin peggiorano ma il dottor Baltar ha un'idea, quella di usare il sangue del feto Cylone per salvare il presidente, ma per fare ciò il feto non può essere ucciso. il Dottor Baltar inietta dunque un campione di sangue del feto del Cylome Sharon e nel giro di poche ore si riprende totalmente dal cancro.

Lee deve investigare sull'omicidio del Comandante Fisk (succeduto all'Ammiraglio Cain), omicidio legato al mercato nero, sviluppatosi fortemente nell'economia della flotta. Il presidente pretende di stroncarlo con un'azione decisa, ma tale orientamento pare andare in contraddizione con le reali necessità della flotta stessa. Apollo dovrà fare una scelta; troverà sulla sua strada oltre ad una donna (una prostituta con la quale aveva avviato qualcosa di simile ad una relazione), Tom Zarek che gli indicherà di recarsi sul cargo Prometheus, base logistica del "Black Market". Qui incontra nuovamente il trafficante Phelan e lo uccide dopo un duro faccia a faccia.

La conclusione dell'inchiesta vedrà l'impossibilità pratica di stroncare la piaga del mercato nero, essenziale per gli equilibri economici della flotta, ma i nuovi capi saranno sempre sotto l'occhio di Lee Adamo che ne controllerà i movimenti costringendoli ad affrancare i generi di prima necessità dai loro sporchi traffici. Il Presidente Roslin chiede a Baltar di dimettersi, questi però rifiuta.

Il capitano Scorpion guida un gruppo di venti raptors che fanno ritorno su Caprica per recuperare i superstiti della resistenza guidati da Samuel Anders. Con l’ausilio della tecnologia cylone ritornano a Caprica in soli dieci salti, ma durante il primo uno dei raptors, comandato da Racetrack, si perde e si ritrova in una nebulosa ed è costretto ad atterrare su un pianeta, che comunque supporta la vita umana e ne informa il comando. Nel frattempo sul Galactica Tom Zarek intravede una possibilità di colonizzazione permanente sul nuovo pianeta scoperto da Racetrack, ma il presidente Roslin sospetta che i cyloni sappiano già di questo pianeta e che stiano aspettando per tendere una trappola alla flotta. Questo si rivelerà un elemento fondamentale per il dibattito politico fornendo a Baltar una solida base su cui condurre la propria campagna.

Nell'hangar del Galactica il capo Tyrol, da giorni in preda ad un incubo ricorrente, viene svegliato da Cally ma, ancora in stato di veglia semicosciente, la aggredisce furiosamente. Ripresosi finalmente la porta dal dott. Cottle e chiede aiuto rivolgendosi ad un sacerdote, l'enigmatico Fratello Cavil che, con incredibile perspicacia, intuisce la causa dei suoi dolori e lo esorta a riprendere il suo lavoro in quella che è la sua famiglia. La puntata si chiude con l'incontro tra la squadra di recupero ed i sopravvissuti, sorpresi però da un attacco massiccio dei cyloni.

La terza serie ha inizio con dei flash di grande impatto che illustrano quanto sia dura la condizione di prigionieri, in diverse forme, di Scorpion e Tigh oltre al comportamento, come al solito ambivalente, di Ellen, la moglie del colonnello.

Dopo 132 giorni dallo sbarco dei cyloni, i coloniali sopravvivono su New Caprica come possono, sotto il giogo degli invasori. Tigh (cieco ad un occhio cavatogli sotto tortura), Tyrol ed Anders sono i leader dei ribelli con l'ausilio di un appoggio anonimo dall'ufficio della presidenza (che si rivelerà essere il tenente Gaeta) mentre altri umani sono divenuti dei collaborazionisti, membri della cosiddetta "polizia provvisoria". Scorpion è tenuta prigioniera da una copia di Numero Due che vorrebbe farla diventare sua compagna devota ed innamorata.

Intanto nello spazio, l'ammiraglio Adamo ed il resto del suo equipaggio discutono sui tempi ed i modi del ritorno su New Caprica. Apollo, visibilmente sovrappeso, riceve grosse critiche dal padre che lo accusa di essersi eccessivamente "rilassato" durante l'ultimo anno e mezzo di forzata inattività. Sul pianeta, i resistenti inviano un ex combattente in missione suicida per uccidere quanti più collaborazionisti possibile oltre al presidente Baltar, ma questi, per un imprevisto legato alla propria pigrizia ed incompetenza, riesce a scampare.

Un collaborazionista "pentito" libera Cally pochi istanti prima dell'esecuzione firmata da Baltar. L'azione si sposta di un'ora indietro con Tigh e Tyrol che pianificano la (vincente) missione di salvataggio dei condannati e, contemporaneamente, Anders e Sharon vengono attaccati nel luogo fissato per l'incontro. La prudenza di quest'ultima evita la disfatta inoltre si scopre che la Signora Tigh è la traditrice.

In sogno, Numero Tre scopre che la bimba metà umana e metà cylone è viva e si mette alla sua ricerca. Scorpion, invece, scopre un lato di sé che non conosceva ed il rapporto con la bimba si fa sempre più stretto. Sul Galactica, i dettagli del piano sono definiti: Apollo condurrà la flotta al sicuro, attenderà 18 ore il Galactica con le altre navi e poi continuerà la ricerca della Terra. Tramite Sharon, la resistenza ed il Galactica coordinano le operazioni: per coprire l'arrivo della nave i ribelli dovranno compiere attacchi simultanei per distrarre le difese cyloni. Cyloni che, dalla loro, paiono molto "demotivati" e valutano seriamente la possibilità di andarsene previa nuclearizzazione di tutti gli esseri umani su New Caprica.

Sharon si infiltra nella base nemica e recupera le "chiavi di lancio" per permettere alle navi di riprendere il volo con Tigh che, disperato, affronta la moglie traditrice. Numero Tre si accorge di Sharon ed, in un intenso confronto, la informa che sua figlia è viva, ma il (nuovamente) tenente non le crede. Le spara e se va. Adesso tutte le pedine sono al proprio posto; il Galactica è pronto ad attaccare.

Tigh consola la moglie e le offre da bere dicendole che ha capito che le sue azioni erano solo per proteggerlo. La donna si accascia lentamente, avvelenata dal marito. In orbita, l’attacco ha inizio: due squadre composte da viper e raptor lanciano dei “droni” per simulare la presenza di due astronavi sul DRADIS cylone. Come previsto due astrobasi cyloni vengono dirottate per fronteggiare il fasullo nemico ed il Galactica si getta nell’atmosfera di New Caprica inviando i viper a supporto dei ribelli. Anders ed i suoi fanno irruzione nel centro di detenzione liberando i prigionieri tra cui una Scorpion priva di sensi.

I cyloni però, si accorgono del trucco e fanno riconvergere le astrobasi in un attacco simultaneo al Galactica. La situazione è disperata per i nostri: i motori FTL sono distrutti, la struttura compromessa, la fine si avvicina. “Onore al merito”, l’Ammiraglio Adamo elogia il coraggio e la perizia dell’equipaggio e si prepara a morire. In quel momento la Pegasus comandata da Apollo giunge in battaglia e sferra l’attacco alle astrobasi cyloni distruggendone subito una e dando la possibilità al Galactica di riparare i motori FTL e riorganizzarsi. Adesso, però, è la Pegasus sotto attacco ed in grossa difficoltà.

Intanto nel Colonial One Gaeta è deciso ad uccidere il presidente ma desiste ed in cambio Baltar giura di rimediare impedendo a Numero Tre D’Anna di nuclearizzare il pianeta. Scorpion, ripresasi, torna nell’alloggio/prigione per riprendere Kacey e lì affronta ed uccide di nuovo Numero Due che le ripete il suo “amore”. In orbita, la Pegasus ormai distrutta viene fatta evacuare da Apollo e scontrare con una astrobase cylone. L’impatto ne distruggerà anche una terza: l’esito della battaglia è capovolto.

I cyloni si ritirano con D’Anna e Numero Sei che trovano la piccola Hera illesa tra le braccia della defunta Maya. Baltar si unisce a loro dopo la promessa di Numero Tre che non attiverà la bomba. Scorpion ritrova Anders, ma anche la vera madre di Kacey che riprende la piccola: le parole di Leoben erano menzogne. Laura Roslin si riappropria del Colonial One e fa rientro sul Galactica insieme agli abitanti di New Caprica che portano l’Ammiraglio Adamo in trionfo. La puntata si chiude sullo sguardo affranto di Tigh senza l’adorata consorte: non tutti si sono salvati su New Caprica.

A bordo della base cylone e del Galactica la situazione è inizialmente diversa. Dai cyloni, la vita di Baltar è appesa a un filo dato che i membri dei sette modelli si stanno consultando poiché incerti se giustiziarlo o no mentre dagli umani a Sharon Agathon viene trovato un adeguato nome di battaglia: Athena. Baltar deve far qualcosa per far cambiare loro idea e si offre di mettere a disposizione le proprie conoscenze per aiutarli nella ricerca della Terra conducendoli ad una “nebulosa dalla testa di leone con occhi rosso e blu”. Qui i cyloni trovano una radio boa abbandonata e molti di loro, poi, la morte, dovuta ad un virus misterioso.

Il grave problema per l’Ammiraglio Adamo è, piuttosto, il comportamento di Scorpion e Tigh che soffrono di una grave forma di stress post traumatico, ma che sfogano la propria rabbia e frustrazione contro “coloro che non hanno combattuto su New Caprica”. Baltar si offre di analizzare la base e scopre la provenienza umana del virus (uno starnuto!!), ma non avverte del fatto i cyloni facendo infuriare Caprica Six e complicando ulteriormente la sua posizione. Successivamente, alla base giunge anche una squadra del Galactica che scopre l’entità del virus (cui sono immuni gli esseri umani ed anche Athena perché ha portato nel suo grembo una bambina umana) portando a bordo alcuni cyloni in gravi condizioni. A bordo del Galactica si assiste ad un vero e proprio caso di coscienza. Da una parte Apollo che vorrebbe approfittare di questa, inaspettata, “arma batteriologica” per spazzare via il nemico tramite il download dei prigionieri infetti ed Helo che reputa questa azione un “crimine contro l’umanità” visto che sterminerebbe totalmente la popolazione cylone. Il Presidente Roslin accoglie la logica di guerra di Apollo ed ordina all’Ammiraglio Adamo di organizzare un piano adeguato, ma nel tempo necessario alla sua realizzazione, Helo uccide i cinque prigionieri senza che avessero la possibilità (causa distanza troppo elevata con la base Resurrection) di effettuare il download.

Ormai il danno è fatto e l’Ammiraglio non vuole alcuna inchiesta. La sua priorità è quella di risolvere la questione con Scorpion e Tigh: li affronta a muso duro intimando loro di riprendersi o mollare. Kara se ne va stizzita (anche se, successivamente, si vedrà con Kacey con cui cercherà di ricostruire il bel rapporto) mentre Tigh è determinato a non voler vedere più nessuno e non uscire più dal suo alloggio.

Gaius, ritornato a bordo dell'astrobase cylone dopo la missione sulla nave infetta, viene torturato dai cyloni perché ritenuto colpevole di averli ingannati e convinti a inviare una loro nave verso il radiofaro infetto rinvenuto nella Nebulosa del Leone. Tale convinzione dei cyloni viene avvalorata dal fatto che Gaius salito a bordo dell'astrobase infetta nasconde deliberatamente al suo ritorno di aver visto il radiofaro. Nel frattempo Apollo insieme ad Athena e ad un gruppo di marines, entrano anch'essi nell'astrobase cylone infetta e riescono a portar via alcuni cyloni gravemente malati prima che l'astrobase resa inutilizzabile dalla diffusione del virus si autodistrugga in una gigantesca esplosione. I cyloni catturati vengono interrogati e indotti a parlare con la promessa di essere curati. È il cylone nº 4 che spiega perché gli altri cyloni li abbiano deliberatamente abbandonati a morte certa. La risposta è che la loro morte avrebbe trasferito le loro entità sulla nave Resurrection insieme al virus, rendendo l'infezione incontrollabile, provocando in tal modo un genocidio tra i cyloni. Apollo propone al presidente e a suo padre Adamo di utilizzare questa situazione a loro vantaggio, uccidendo deliberatamente i cyloni infetti nelle vicinanze di una nave Resurrection. In tal modo i cyloni sarebbero eliminati e il Galactica e gli altri superstiti sarebbero liberi finalmente di raggiungere la terra indisturbati. Helo però esprime il suo dissenso al piano di Apollo, ritenendolo immorale e inumano anche di fronte al genocidio di esseri robotici, ma le sue proteste non vengono ascoltate. Confidatosi con la moglie Sharon (Athena) sul da farsi, nonostante anche questa sia in qualche modo disposta a tollerare lo sterminio della sua stessa razza pur di non tradire la sua scelta di essere "umana", Helo decide che lo sterminio dei cyloni non può e non deve essere attuato per vincere a tutti i costi la guerra. Con questi propositi Helo manomette il sistema di ricambio aria delle celle dei cyloni, provocandone la morte prima che la Resurrection sia a portata di download. La Roslin non ha dubbi su chi possa essere il colpevole di questo "sabotaggio" ma l'ammiraglio Adamo decide di non effettuare nessuna inchiesta.

Un grave imprevisto riduce a pochi giorni le scorte di cibo sulle navi e la sua ricerca su pianeti lontani la massima priorità. Il tenente Sharon "Athena" Agathon grazie alla propria resistenza fisica e, tra mille difficoltà, riesce a trovare un pianeta ricco di alghe di elevate qualità nutritive. Il percorso da attraversare è molto lungo e costantemente attraversato da radiazioni mortali. All’interno della base cylone, Baltar, ormai non più in pericolo di vita, inizia a chiedere a D’Anna i motivi del proprio comportamento, diverso anche da quello di tutti gli altri cyloni.

I piloti della flotta, a bordo dei robusti raptor, fungeranno da guida per le navi durante i salti iperluce dato che il tempo di resistenza alle radiazioni per le navi coloniali è estremamente limitato. A complicare la situazione, una vecchia conoscenza di Kat, il suo “fornitore” per l’esattezza. Katerine non è il suo vero nome e la sua passata occupazione era quella di trafficante di droga e clandestini.

Durante l’ultimo salto, Kat confermerà le sue doti recuperando una nave dispersa, a costo della vita. In punto di morte l’Ammiraglio Adamo non vorrà ascoltare la storia del suo passato, dichiarandosi fiero di lei ed assegnandole (anche se solo per un giorno) il grado di CAG (capo-piloti). Nel finale Baltar scoprirà la verità sui suicidi di D’Anna e l’aiuterà nel proprio percorso di ricerca dei misteriosi cinque modelli cyloni originari, ricerca che fornirà importanti rivelazioni nel tragitto per la Terra.

Baltar, adesso nella prigione del Galactica, tenta il suicidio, impiccandosi, ma viene tratto in salvo e rianimato. Nell’hangar, passata un parete mobile, Apollo invita Tyrol al Joe’s Bar dove iniziano a parlare delle proprie situazioni familiari mentre nell’alloggio dell’Ammiraglio si discute come ottenere informazioni da un Baltar estremamente provato sia dalla prigionia attuale che da quella cylone.

Apollo e Scorpion stanno entrambi vivendo una profonda crisi nei loro matrimoni, ma non sanno come cambiare le cose, soprattutto perché non riescono a fidarsi completamente l’uno dell’altra. In cella, intanto, si vede ribaltata la situazione di New Caprica: è la Roslin, adesso, a far visita da presidente al prigioniero Baltar, ma con gli stessi effetti del precedente colloquio: l’interrogato respinge tutte le accuse. L’Ammiraglio Adama allora propone una soluzione estrema; ricorrere a sostanze allucinogene per ottimizzare gli effetti di un interrogatorio breve ma intenso. Baltar si ritrova in una grande pozza d’acqua al freddo ed al buio con solo la luce di Adama a fargli da guida ed inizia a vuotare il sacco. Parla dei Cinque Cyloni e del proprio coinvolgimento con Numero Sei su Caprica, ma, di nuovo, nega ogni addebito. Di fatto, vede se stesso come una vittima degli eventi.

Anders e Dualla, quasi contemporaneamente esprimono ai loro coniugi tutte le riserve sui loro matrimoni ormai a pezzi e Scorpion ed Apollo avrebbero la possibilità di ricongiungersi, ma, di nuovo, le loro incomprensioni hanno la meglio. Come ultimo tentativo, Adama e Roslin inviano Gaeta a parlare con Baltar ma lo scienziato, accortosi del trucco, insulta il tenente e solo il tempestivo intervento di Roslin, Adama e Tigh gli impedisce di essere ucciso.

Al Joe’s Bar le due famiglie si sono riconciliate, ma… per quanto ancora questa tregua potrà continuare? Da parte sua Roslin rassicura l’Amiraglio Adama sull’affare Baltar: “Gli daremo il suo processo” conclude.

Helo viene assegnato allo smistamento dei civili a bordo del Galactica; molti di essi hanno problemi con gli abitanti della colonia Sagittarian noti per l’estremismo religioso ed il rifiuto di molte soluzioni scientifiche tra le quali la medicina. Il problema è che c’è in corso un'epidemia del Morbo di Mellorak curabile solo col farmaco Bittamusin entro 48 ore dall’insorgenza dei sintomi. Intanto, a bordo del Colonial One, il Presidente Roslin comunica la propria intenzione di processare pubblicamente Baltar al vicepresidente Zarek, ma questi, esponendo la propria contrarietà, si congeda spaventato per le conseguenze di questa situazione.

Una serie di morti sospette inizia a manifestarsi nel presidio del Dott. Roberts tra cui quella di un ragazzo sagittariano diciannovenne la cui madre lo aveva portato a curarsi non oltre 12 ore l’insorgenza dei sintomi ed Helo avvia un’indagine sul medico, ma si scontra con il l’ostilità del Colonnello Tigh (a fianco di Roberts nella resistenza su New Caprica) e lo scetticismo dell’Ammiraglio Adama oltre, poi, a quelle della moglie che lo invita a non tirar troppo la corda coi superiori. In cella, da sola, Caprica Six inizia a “vedere” un Baltar immaginario del tutto simile alla Six che “vede” di solito il dottore.

Dualla, originaria di Sagittarian, si rivolge proprio al Dott. Roberts per essere curata con Helo che, ascoltata la madre del ragazzo ed ormai certo della colpevolezza del medico, si introduce nello studio del Dott. Cottle per effettuare dei controlli incrociati, ma viene scoperto e cacciato. Il Capitano non ha più soluzioni; irrompe nel presidio di Roberts con l’intenzione di portar via Dualla ormai in stato semicosciente, ma viene fermato dalle guardie. Solo l’intervento di Tigh e Cottle, accortisi dell’errore, salva la situazione e mette il Dott. Roberts – che confesserà la propria colpevolezza ed il proprio disprezzo per i sagittariani- di fronte a prove incontestabili e lo arrestano, da notare che in questa scena Cottle rimprovera a Roberts di aver infranto il giuramento di ippocrate, un evidente errore nella sceneggiatura dato che ippocrate non era ancora nato. Il Capitano Helo, risolto il caso, saluta la madre del ragazzo ucciso e torna da Athena ed Hera.

Gravi problemi di rifornimento e controllo carburanti (un incidente ad un raptor, per poco, non distruggeva il Colonial One) fanno mandare Capo Tyrol sulla nave raffineria per riorganizzare il lavoro. Condizioni al limite della schiavitù, problemi manutentivi e malcontento dei lavoratori colpiscono il Capo. Tyrol constata che ciò che riporta il libro proibito di Baltar potrebbe essere vero e cioè che esiste una rigida distinzione tra una classe dominante ed un sottoproletariato impiegato nei lavori più umili e duri senza speranza di miglioramento per i poveri o retrocessioni per i dominanti ("... credi davvero che al comando della flotta potrà mai esserci uno che non porta il cognome Adama?" conclude Baltar di fronte ad un quanto mai pensieroso Tyrol).

Dopo l'ennesimo, grave, incidente sul lavoro, Tyrol, memore della propria esperienza di sindacalista su new Caprica, organizza uno sciopero generale. A complicare la situazione, il fatto che Tyrol, Cally ed i tecnici del Galactica vi aderiscano, configura la situazione in ammutinamento. Tyrol viene incarcerato ed, in un duro faccia a faccia, l'Ammiraglio Adama condanna a morte Cally al che il Capo fa rientrare lo sciopero ed Adama si impegna ad organizzare un incontro con la Roslin.

A rapporto col Presidente, Tyrol riesce ad avere importanti agevolazioni tra cui un impegno concreto per un maggior dinamismo sociale ed a "... far sporcare le mani anche al personale del Coloniale Uno" in lavori di piccole manutenzioni e pulizie nell'ambito della flotta. Seelix, adesso ex meccanica, in virtù del successo nel corso di addestramento, viene promossa ufficiale e guiderà un viper.

Dalla prigionia su New Caprica, Scorpion continua ad essere perseguitata dall’incubo ricorrente di Leoben e, soprattutto, dal ricordo del diadema del Tempio sul pianeta delle alghe. Durante un turno di pattuglia con Hot Dog avvista un caccia cylone non confermato dal DRADIS. Tornata sul Galactica, iniziano una serie di visioni di lei bambina maltrattata a cui Kara cerca di porre rimedio tramite l’incontro con un oracolo e raccontando al marito dolorosi ricordi dell’infanzia, ma la situazione peggiora a tal punto che non riesce neanche a metter piede dentro ad un viper.

Solo l'intervento di Apollo che si rifiuta di consegnarla a terra e che si offre di farle da secondo, la convince a tentare di riprendersi, ma una volta in perlustrazione, le visioni ritornano, ancora più realistiche e pericolose. Kara torna indietro di sei anni con la memoria e si trova a casa della madre. Una madre che la spingeva a seguire la grande missione cui era destinata, ma anche anaffettiva, violenta ed autoritaria che Kara aveva respinto e fatto morire in solitudine. Leoben è ancora con lei, ma stavolta è diverso: la invita a ritornare sui suoi passi, a guardare cosa si celava dietro tutto quel dolore, a “non confondere il messaggio col messaggero”.

In realtà, Scorpion si ritrova nella corrente gravitazionale del pianeta in un punto di non ritorno. Il suo viper esplode e lei non aziona il dispositivo di espulsione. Il Galactica è ammutolito.

A due settimane di distanza, i più provati per la perdita di Scorpion sono naturalmente Sam (che cadendo ubriaco da un Viper su cui era salito si infortuna ad una gamba), Apollo (che ha perso le sue doti di leadership come CAG) e l'Ammiraglio Adamo, che la considerava come una figlia. Viene sorteggiata la giuria che giudicherà Gaius Baltar, composta da 5 comandanti di navi tra cui l'Ammiraglio Adamo. L'avvocato di Baltar viene assassinato, così l'Ammiraglio Adamo decide di rimuovere Apollo dal suo incarico come CAG (assegnando temporaneamente l'incarico ad Helo) e di assegnarlo alla sicurezza del nuovo avvocato di Baltar, un personaggio ambiguo ed ambizioso (vuole difendere Baltar per costruirsi un nome e fama) che in passato aveva lavorato assieme al nonno avvocato di Apollo. Questa decisione dell'Ammiraglio crea un primo contrasto con suo figlio. Un distratto Apollo e l'avvocato di Baltar si salvano fortunosamente da un nuovo attentato: l'Ammiraglio rimprovera duramente Apollo e l'acredine fra i due si accentua. Nel frattempo Apollo, manovrato con abilità dall'avvocato di Baltar, inizia ad appassionarsi alla pratica forense in generale ed al caso di Baltar in particolare. Apollo smaschera con un colpo di fortuna l'attentatore, a questo punto l'ammiraglio vorrebbe restituirgli l'incarico di CAG ma lui rifiuta per restare a collaborare con l'avvocato alla difesa di Baltar. Fra padre e figlio oramai è scontro aperto.

Mentre il Galactica e le altre navi si avvicinano alla Nebulosa indicata dal tempio, Sam sente di continuo una canzone, così come anche il Colonnello Tigh. Inizia il processo a Baltar: Apollo siede in aula di fianco a Baltar. L'avvocato di Baltar si dimostra astuto: la testimonianza del Colonnello Tigh sembra in principio una testimonianza chiave contro Baltar, poiché ne elenca le nefandezze su New Caprica, ma l'avvocato intuisce che c'era qualcosa di torbido nella storia della moglie del Colonnello, lo incalza con numerose domande e Tigh cede, raccontando di avere ucciso lui in prima persona la moglie poiché traditrice. Tigh, tra l'altro brillo in aula, è totalmente screditato: egli stesso per primo si è reso artefice di un gesto tremendo. Lasciando l'aula inoltre, Tigh chiede che venga spenta una certa musica che solo lui riesce a sentire. Molti lo prendono per pazzo. L'ammiraglio Adamo affronta in privato Apollo: lo accusa di aver rivelato lui la triste storia di Tigh all'avvocato e di essere stato per di più codardo per non avere lui personalmente interrogato Tigh. A nulla vale la negazione di Apollo, il padre non gli crede, così Apollo dà le dimissioni da ufficiale restituendo i gradi, il padre le accetta volentieri e butta i suoi gradi in un cassetto. A questo punto tocca al presidente Roslin testimoniare: Apollo (ora Sig. e non più Maggiore) la interroga personalmente, come ovvia sfida al padre. Apollo sa che la Roslin sta nuovamente assumendo l'estratto di Camalla (l'ha vista in sala tattica) e la spinge a confessarlo. Lei confessa, poi guarda Apollo con disapprovazione e confessa davanti a tutti di prendere l'estratto poiché il tumore è ricomparso. Ma anche lei è screditata, un testimone che assume droghe non è attendibile. Apollo viene lasciato anche da Dualla, che lo disprezza per il suo gesto, mentre il Colonnello Tigh chiede all'ammiraglio di ispezionare la nave alla ricerca di un diffusore di musica sicuramente messo dai Cyloni e l'assistente del Presidente Roslin dà evidenti segni di profondo stress e stanchezza.

Il capo Tyrol si sveglia in piena notte: anche lui sente la canzone che perseguita il colonnello Tigh. Sam e l'assistente del presidente vanno a letto assieme, ma lei è chiaramente confusa, ancora una volta da questa canzone che sembra tormentare pure lei. Al processo contro Baltar Gaeta testimonia il falso: afferma di aver visto personalmene Baltar firmare la condanna a morte di molte persone su New Caprica (anche se Baltar aveva dovuto firmare con una pistola puntata alla tempia). La condanna è oramai vicina, ma l'avvocato sente dire ad Apollo in un momento di scoramento che tanto la decisione della condanna di Baltar almeno da parte di suo padre era già stata presa. In aula l'avvocato chiede l'annullamento del processo, poiché uno dei giudici ha dei pre-concetti e chiede proprio ad Apollo di testimoniare contro suo padre. Apollo si rifiuta, ma è proprio l'Ammiraglio che chiede alla corte di farlo testimoniare. Anche se incalzato dall'avvocato, Apollo non depone contro il proprio padre, ma appassionatamente spiega all'aula perché secondo lui Baltar vada assolto: crimini ne sono stati commessi, da parte di tutti, da Apollo stesso per primo. Nessuno ha pagato e non è giusto che Baltar paghi per tutti. La sua appassionata testimonianza fa presa sulla corte, e Baltar viene assolto. La Roslin lascia l'aula visibilmente contrariata. Baltar ritrova subito la sua consueta spocchia ed inizia a fare progetti, ma sia Apollo che l'avvocato lo mollano e tornano alle proprie vite. Il Galactica effettua l'ultimo salto ed arriva vicino alla Nebulosa: qui salta la corrente a tutte le navi della flotta per alcuni minuti, quando torna la corrente una gigastesca flotta Cylone si appresta a contrastare il Galactica. Inizia a suonare la sirena d'allarme: Baltar viene scortato da alcune donne misteriose verso un'area poco presidiata dai militari del Galactica. Il colonnello Tigh, il capo Tyrol, Sam e l'assistente del presidente sono simultaneamente richiamati dalla canzone verso la palestra. Il fatto che la canzone non sia emessa da qualche diffusore ma sia, appunto, un ricordo, fa rendere loro consepevoli di essere Cyloni, fin dal principio. Loro si domandano perché, e da che parte ora devono stare. Da quella degli umani o da quella dei Cyloni. Il colonnello Tigh li convince tutti: "io sono Tigh, l'XO di questa nave, questo è l'uomo che voglio essere" e tutti tornano ai proprio posti. Tutti i piloti salgono sui Viper. Apollo si toglie la cravatta ed anch'egli sale su di un Viper. Mentre sta per affrontare la flotta Cylone, Apollo vede un segno non identificato sul Dradis. Apollo avverte il Galactica che andrà a controllare. Mentre la musica incalza, la scoperta più sconvolgente: l'oggetto non identificato altri che non è che il caccia di Scorpion, che dice ad Apollo di essere stata sulla Terra e di essere pronta a condurli là.

Scorpion (Kara Thrace), data per dispersa due mesi prima, riappare dal nulla e si unisce alla battaglia contro l'armata Cylone. Mentre infuria il combattimento un caccia nemico si trova faccia a faccia con Anders (uno degli ultimi cinque Cyloni ancora nascosti), l'iride dell'occhio sinistro di Anders si illumina di rosso per un attimo, come per rispondere ad un segnale di riconoscimento lanciato dal nemico Cylone. L'intera armata Cylone cessa immediatamente le ostilità lasciando molto perplessi i comandanti del Galactica. La flotta fugge effettuando un salto. Scorpion torna sul Galactica dopo essere scomparsa per più di due mesi, destando molti interrogativi: è convinta infatti di aver trovato la Terra e di essere ritornata per guidare la flotta verso casa. Il presidente Roslin si oppone a questa teoria, poiché condivide il contenuto dei propri sogni con Caprica Sei (prigioniera a bordo), la quale rivela che gli ultimi cinque Cyloni ancora sconosciuti sono sul Galactica, aprendo così l'ipotesi che anche Kara Thrace sia un agente Cylone. Gaius Baltar si salva da un'aggressione e riesce a conquistare ancora più fiducia da parte della comunità che lo ospita in quanto un bambino malato per cui lui aveva pregato guarisce "miracolosamente". Scorpion è convinta di sentire nella sua testa un segnale che indica la direzione per la Terra ma nonostante la propria insistenza non viene creduta. Dopo un altro salto della flotta percepisce che la direzione dettata dal presidente Roslin la sta allontanando dalla Terra così, dopo essersi armata, assale le guardie che proteggono l'alloggio della Roslin. L'episodio termina con Scorpion che punta una pistola al volto del Presidente.

Scorpion (Kara Thrace) con l'arma in pugno supplica la Roslin di crederle, è convinta di sentire il segnale della Terra, e che questo segnale si stia indebolendo. Pur di essere creduta le consegna la pistola, invitandola a fare fuoco; il presidente Roslin spara un colpo colpendo solo una foto sopra un mobile, nella stanza entrano le guardie di sicurezza con l'ammiraglio che intanto erano giunte all'ingresso ed arrestano Scorpion ormai fuori di senno. Sulla nave base cylone si discute di riprogrammare i caccia, visto che questi si rifiutano di attaccare la flotta degli umani, ma altri cyloni si oppongono a questa lobotomia, dopo una votazione si decide per la riprogrammazione scatenando discordie coi cyloni contrari a queste modifiche. Sul Galactica Lee Adama accetta il posto vacante nel consiglio dei dodici offertigli da Tom Zarek (vicepresidente) e si trasferisce sul Colonial One. I cyloni contrari alla lobotomizzazione dei caccia affrontano una discussione con Numero Uno, il modello cylone che sembra comandare sugli altri. Uno non intende fermare la riprogrammazione, allora due centurioni, ai quali è stato rimosso l'inibitore cefalico, uccidono l'intero consiglio cylone, Numero Uno compreso. L'ammiraglio Adama decide di liberare Scorpion e le affida una nave per permetterle di cercare la Terra seguendo un'altra rotta.

L'episodio si apre con il rito funebre per Cally. Il colonnello Tigh fa visita a Caprica Sei in cella, tutti i giorni. Tory e Saul Tigh visitano il neo vedovo Galen Tyrol e lo rimproverano per il suo strano comportamento, potrebbe rivelare la loro identità di cyloni. Tory chiede a Tyrol perché Cally si sia suicidata (ma è stata Tory stessa ad ucciderla, vedi ep. precedente), Tyrol è convinto che il suicidio sia dovuto al fatto che Cally credesse che lui e Tory avessero una relazione, cosa non vera. Saul consiglia a Tyrol di affrontare il dolore da uomo, forte, mentre Tory gli ricorda che loro sono cyloni per cui devono mettere da parte i sentimenti. Un gruppo di uomini col volto mimetizzato (i figli di Ares) gettando una granata fumogena, irrompono nella comunità dove risiede Gaius Baltar, picchiano le donne e devastano gli arredi alla ricerca di Baltar, ma il raid non porta risultati e gli aggressori dopo soli due minuti fuggono. Intanto il capo Galen Tyrol con la mente oppressa dai recenti accadimenti sbaglia a sostituire un ricambio su un caccia e questo provoca un grave incidente di volo. Gaius dopo l'assalto subito assale a sua volta un gruppo di religiosi in preghiera degli antichi dei (Zeus, Afrodite, Artemide), sfiorata la rissa arrivano due marines della sicurezza che lo arrestano. L'ammiraglio ed il presidente Roslin sono preoccupati per l'escalation di violenza a sfondo religioso, dopo una visita a Baltar in cella il presidentre lo fa rilasciare. L'ammiraglio raggiunge Tyrol al bar e cerca di consolarlo per la perdita di Cally, ma lui reagisce male, tanto che Adama gli revoca l'incarico di capo meccanico e lo assegna ad altro. Il presidente Roslin emana un decreto per impedire le assemblee pubbliche sopra un certo numero di partecipanti, il consiglio non è d'accordo con questa misura restrittiva. Saul Tigh visita caprica Sei nella cella, spegne le telecamere di sicurezza e allontana il personale di guardia, dopo un discorso sul dolore Caprica Sei lo picchia a sangue sul volto chiedendogli "Che cosa provi Saul? Riesci a vedere le cose con chiarezza?". Gaius Baltar viene picchiato da un marine che obbediva all'ordine di restrizione delle assemblee, Gaius voleva solamente entrare nei suoi alloggi e andare a dormire, ma dentro c'erano altre persone il cui numero superava quello prefissato dalla legge. Sopraggiunge Lee Adama con altri marines che annuncia l'annullamento delle restrizioni per le assemblee, il consiglio ha votato per la cancellazione del decreto restrittivo. Adama continua a leggere alla Roslin mentre questa si sottopone alle cure. Gaius ferito e sanguinante attira ancora più a sé le sue seguaci. In cella Caprica Sei ammette lo sbaglio di aver picchiato Saul e capisce che lui ha bisogno d'amore, lo bacia. L'episodio si conclude con Gaius che parlando alla folla di seguaci afferma: "Voi dovete amare voi stessi, come potrete amare gli altri se non amate voi stessi? Voi siete perfetti perché Dio vi ama come siete per cui ognuno di voi è perfetto, voi siete perfetti così come siete.". La folla lo applaude.

I Cylon ribelli cercano un accordo con Adama, Roslin e la flotta coloniale per ottenere il ritorno di D'Anna e quindi i Final Five. Ma anche gli umani hanno bisogno dei Final Five per trovare la rotta per la Terra, almeno stando a quanto detto dall'ibrido a Starbuck...

Con la scomparsa del presidente e di metà della flotta Viper, l'ammiraglio Adama conduce le ricerche con scelte tali da rendere la flotta vulnerabile. Lee sconsiglia al vicepresidente (furente per l'operare dell'ammiraglio) di subentrare alla Roslin, poiché Adama con le sue forze militari non lo riconoscerebbe. Lee si mette alla ricerca di un possibile candidato ad interim, con l'aiuto del difensore del processo di Baltar. Nel frattempo l'ammiraglio fa arrestare Athena per l'omicidio della Sei. L'ammiraglio apprende poi dal dottore che la Sei imprigionata è incinta del comandante Tigh. Le ricerche dell'ammiraglio scoprono che la nave Resurrection è stata distrutta, ma nessuna traccia della nave scomparsa. Infine, Romo Lampkin riesce a far ragionare Adama facendogli capire che sta mettendo a rischio l'intera flotta perché coinvolto sentimentalmente nella ricerca dei dispersi e in particolare della Roslin. L'Ammiraglio decide dunque di non dividere più la flotta ma aspettare in un raptor sul punto del randezvous il ritorno della nave ribelle..Per questo rasenta le sue dimissioni, lasciando il comando a Tigh, a cui impartisce di liberare Athena come ultimo ordine. Per quanto riguarda la ricerca di un candidato alla presidenza, alla fine la scelta cade su Lee che presta giuramento.

Negli alloggi dell'ammiraglio, Saul Tigh comunica ad Adama che molte navi si rifiutano di far salire a bordo il personale Cylone (che deve procedere all'upgrade dei motori FTL) e che si registra un'ostilità crescente nella flotta verso i nuovi alleati. Adama, tramite Lee, fa sapere al consiglio dei 12 di essere pronto di imprigionare, al pari di Zarek, chiunque si rifiuti di collaborare.

Nel frattempo Felix Gaeta fa fuggire Zarek, e lo fa tornare sul Colonial One, dove Zarek comunica di essere stato liberato da Adama. Lee alla vista di Zarek resta contrariato e decide di rientrare sul Galactica per chiarire col proprio padre il perché di tali ordini contrastanti.

Sul Galactica intanto i rivoltosi alleati di Gaeta, tra cui anche diversi civili, iniziano ad armarsi. Gaeta ha una posizione privilegiata nel CIC per sabotare le comunicazioni e tirare le fila dell'ammutinamento.

Lee al rientro sul Galactica viene aggredito dai rivoltosi, e solo il pronto intervento di Kara, che nel frattempo di è accorta dell'ammutinamento in corso, gli salva la vita.

I rivoltosi imprigionano nella cella che già ospita Caprica 6, Sam, Helo, Athena e la figlia.

Nel CIC anche Adama e Saul vengono fatti prigionieri: Adama prova ad usare la propria autorità per intimorire i rivoltosi ma senza risultato. Prima di lasciare il CIC verso la cella dove dovranno venire rinchiusi in attesa di processo, Adama minaccia Gaeta: la rivolta non avrà successo, e Gaeta sarebbe morto per nulla. Lungo la strada per la cella Adama e Saul sopraffanno i marines e riescono a liberarsi.

Nel frattempo Lee e Kara recuperano il presidente Roslin e la portano nel rifugio di Baltar, dove Galen Tyrol sta organizzando la resistenza. Il presidente finalmente ritorna in sé, ed utilizzando l'impianto wi-fi di Baltar lancia un appassionato messaggio alla flotta, di non appoggiare i rivoltosi guidati da Gaeta.

In una stiva di carico Tyrol riesce a far arrivare un Raptor dalla nave base, di modo di permettere al presidente e a Baltar di lasciare il Galactica: anche Adama e Tyrol riescono a raggiungere la stiva di carico. Adama saluta la Roslin che sale sul Raptor; lui e il colonnello Tigh restano nella stiva di carico assediata dai marines a copertura della partenza del Raptor, mentre Lee, Kara e Tyrol rientrano nel condotto da cui sono venuti per continuare la resistenza.

Appena decollato, Gaeta vede il Raptor sul dradis ed ordina di abbatterlo.

Hot Dog si rifiuta di abbattere il Raptor con a bordo il presidente Roslin, che atterra sulla nave Cylone. Qui il presidente convince gli alleati Cyloni a non fuggire ed a schierarsi al centro della flotta per non venire attaccati dal Galactica.

L'ammiraglio ed il colonnello Tigh vengono nuovamente catturati: mentre Tigh viene condotto in cella con gli altri Cyloni, l'ammiraglio viene condotto nei suoi ex alloggi, ora occupati da Gaeta, per subire un rapido processo, che vede Gaeta come PM e Zarek come giudice. L'esito del processo farsa è la condanna a morte tramite fucilazione.

Nel frattempo Zarek fa fucilare tutti membri del consiglio del 12 - meno Lee che non è presente - perché questi si rifiutano di schierarsi con lui, portando così a compimento il colpo di stato.

Lee e Kara liberano i prigionieri Cyloni più Helo, durante la fuga della cella però Sam viene colpito da un proiettile vagante alla testa.

L'ammiraglio viene condotto davanti al plotone d'esecuzione, ma Lee e Tigh lo salvano: con le armi in pugno, si dirigono verso il CIC. Lungo la strada reclutano nuovi marines, soldati e ufficiali che oramai non stanno più dalla parte di Gaeta e Zarek. Il CIC ed il Galactica sono riconquistati, Gaeta e Zarek sono condannati a morte per tradimento e fucilati dal plotone di esecuzione.

Determinante è stato il supporto di Tyrol, che ha disattivato i motori FTL impedendo al Galactica di saltare lasciando le navi della flotta non schierate coi rivoltosi: durante questa operazione, Tyrol nota una crepa di grandi dimensioni nello scafo del Galactica.

L'inizio dell'episodio ci porta su Caprica qualche anno prima dell'attacco Cylone: William Adama sta discutendo con qualcuno, sembra aver ricevuto un incarico che non gli piace; Gaius Baltar, in compagnia di Caprica 6 che sembra aver appena conosciuto, si reca a soccorrere il padre infermo che ha assalito la propria badante. Gaius non sa come gestire la situazione e sarà Caprica 6 a trovare una sistemazione adeguata al padre di Gaius, questo è probabilmente il primo gesto che fa invaghire Gaius di Caprica 6. Lee incontra per la prima volta Kara a casa di quest'ultima, dove viene invitato a cena dal fratello Zak, fidanzato di Kara. Quando Lee vede Kara, ne resta folgorato. Rientrato a casa ubriaco, Lee trova un piccione in casa, e lo scaccia con la scopa. Laura Roslin ha da poco festeggiato il compleanno di una delle due sorelle, incinta, quando riceve dalla polizia una tremenda notizia: in un incidente d'auto, provocato da un ubriaco, entrambe le sorelle ed il padre di Laura perdono la vita. Un foto sul comodino li raffigura tutti e 4 assieme, evidentemente la madre è già morta da qualche tempo. Sconvolta, Laura entra in un parco e si immerge sotto il getto d'acqua di una fontana, sotto gli sguardi allibiti dei passanti. Qualche tempo dopo, un conoscente al telefono le offre di partecipare alla nuova campagna presidenziale. Sam, star dello sport, intervistato da una giornalista rivela di non essere attratto dalla fama né dalle vittorie, quanto dalla ricerca della creazione del gesto perfetto.

Nel covo dei Cyloni, nonostante le proteste di Boomer Cavil decide di fare esaminare e sezionare Hera, per scoprire come riuscire a far riprodurre i Cyloni.

Sul Galactica in via di smantellamento Gaius chiede a Lee di poter entrare nel governo, ma questi rifiuta. Il Capo Tyrol è in galera per aver fatto fuggire Boomer, ed in un faccia a faccia con Helo rivela di essere oramai convinto che tutti i Cyloni da lui creati altri non siano che sole macchine. L'ammiraglio passando nel corridoio dove sono affisse le foto di tutti i caduti vede la foto di Hera: dopo un tentennamento iniziale l'afferra, e si reca da Sam. Dopo aver detto a Kara che non gli importa quello che lei sia, per lui è come una figlia, fa "riattivare" Sam, il quale rivela dove sia il covo dei Cyloni, in cui è nascosta Hera. L'Ammiraglio decide di effettuare un'ultima missione di salvataggio, ordina la liberazione di alcuni detenuti dopo l'ammutinamento e traccia una riga rossa sul ponte: chiunque si voglia unire volontario, deve varcare questa linea. Lee, Caprica 6, Hellen, Tigh, Tory, il Capo Tyrol, Helo, addirittura il presidente Roslin che a fatica riesce oramai a stare in piedi per la malattia e tanti altri varcano la soglia, ma non Baltar che, seppur tentato - soprattutto dalla presenza di Caprica 6 - non trova il coraggio. L'ammiraglio impedisce al Dottor Cottol di unirsi ai volontari, affermando che alla gente che resterà serve un dottore.

Racetrack e Skulls fanno una ricognizione e scoprono il covo dei Cyloni: trovandosi in prossimità di un buco nero, esiste un solo punto d'accesso, chiaramente ben difeso. Apollo, che ha re-indossato (finalmente) la divisa mostra sulla mappa come si tratti probabilmente di una missione senza ritorno ma ciò nonostante l'Ammiraglio ordina l'attacco conclusivo di una guerra.

La morente Galactica e il suo eroico equipaggio partono alla volta delle Colonia Cylon per tentare di salvare la piccola Hera Agathon. All'ultimo momento, anche Gaius Baltar decide di rimanere con i volontari a proteggere la nave, mentre la presidente Laura Roslin curerà i feriti in infermeria insieme a Ishay.