Der TV-Film spielt unmittelbar nach der Auslöschung der zwölf Kolonien durch die Zylonen und erzählt die bereits in der Serie gezeigte Geschichte aus dem Blickwinkel der Zylonen.

Die Zylonenbrüder Cavil organisieren einen massiven, koordinierten und gleichzeitigen Angriff, um die zwölf Kolonien zu zerstören, aber es gelingt ihnen nicht, menschliches Leben auszulöschen oder den menschlichen Geist zu brechen. Sie inszenieren nun Täuschungsmanöver und infiltrieren die überlebenden Gemeinschaften, insbesondere an Bord des Flaggschiffs Battlestar Galactica und Samuel Anders' menschliche Ausbildungsklasse auf der Kolonie Caprica. Beide Seiten müssen sich im Kampf ums Überleben sowohl existenziellen als auch pragmatischen Herausforderungen stellen.