Kara in qualità di CAG dirige una squadra mista caccia coloniali e incrociatori Cyloni alla ricerca di un pianeta abitabile: i ranghi sono ridotti, le missioni noiose e ripetitive, i motori FTL al limite dell'usura, l'equipaggio demotivato. Kara è distrutta da questa routine e dai continui incubi che riguardano la scoperta del proprio cadavere sulla Terra.

Nel frattempo il Galactica riscontra sempre più problemi dovuti ai danni strutturali: le riparazioni con la sostanza Cylone gli consentiranno solo qualche altro salto.

Il capo Tyrol va a trovare Boomer in cella: la numero 8 dichiara di amarlo ed assieme condividono una "proiezione" di Boomer in cui hanno una vita assieme, una casa ed una figlia.

Una numero 6 di nome Sonia è eletta nel nuovo consiglio dei capitani che sostituirà il consiglio dei 12: la prima richiesta di Sonia è l'estradizione di Boomer, per poterla condannare a morte per i crimini commessi nella guerra civile Cylone. Tyrol è contrario, ma la Roslin firma la richiesta di estradizione. Tyrol, sconvolto, sfrutta la sua conoscenza della nave per far fuggire Boomer.

Nel frattempo Kara al bar incontra un misterioso pianista che sta componendo una melodia. Sul pianoforte il pianista tiene un cappello nero dove raccoglie qualche spicciolo. Affascinata dalla musica (anche il padre di Kara era pianista - vedi prima stagione) i due entrano in confidenza e Kara si confida con lui. In seguito va a trovare Helo perché questi ha uno scatolone contenente alcune sue cose; Kara preleva solo un vecchio album del padre ed un disegno che le regala Hera, un elenco di puntini colorati. Kara, aiutata dal pianista, cerca di suonare una vecchia melodia al piano che le aveva insegnato il padre tanti anni or sono prima di andarsene di casa senza dire nulla: utilizzando il disegno di Hera sovrapposto a un pentagramma, il pianista e Kara suonano la canzone, che è la stessa che aveva riattivato 4 degli ultimi 5. Al termine della canzone, il pianista e Kara hanno un gesto d'intesa identico a quello che Kara faceva nei propri ricordi col padre. Il colonnello Tigh, Ellen e Tory si fanno vicino al piano, il pianista è scomparso.

Boomer va da Athena: la stordisce, la lega e la costringe a vedere se stessa che fa l'amore con Helo - che non l'ha riconosciuta - poi va all'asilo, rapisce Hera e si prepara a decollare con un Raptor. Anche se scoperta, riesce comunque a fuggire, saltando coi motori FTL nei pressi del Galactica e causando ad esso ulteriori danni. Il presidente Roslin avverte che Hera è stata portata via, e cade a terra esanime. Il capo Tyrol, che capisce di essere stato raggirato, è disperato. La fuga di Ellen era quindi l'ennesima macchinazione - riuscita - di Cavil che voleva Hera.

Come ha fatto Hera a comporre la melodia, si domanda Saul? Ellen afferma che ella è "sintonizzata" con qualcosa che li sta manovrando tutti.

Kara assiste Sam: uno stereo riproduce l'album del padre di Kara, Dreilide Thrace - Live at the Helice Opera House. La copertina raffigura un uomo coi capelli lunghi, chino sul piano, che indossa un cappello nero.

Altre 61 persone, di cui 26 Cyloni, perdono la vita durante le riparazioni del Galactica per i danni causati da Boomer al momento del salto FTL. Oramai il Galactica sembra giunto al capolinea: i tecnici Cyloni non gli danno più di 5 ulteriori salti, mentre i capitani delle altre navi litigano per accaparrarsi eventuali pezzi di ricambio estratti dal Galactica stesso.

Ellen afferma che Cavil potrebbe aver portato Hera alla "Colonia", vale a dire dove i centurioni e gli ultimi 5 si erano ritirati dopo la prima guerra con gli umani. Anche se riluttante, l'ammiraglio acconsente a far partire un caccia pesante per verificare se Hera sia stata effettivamente portata lì. Il caccia pesante raggiunge la colonia ma la trova abbandonata. Helo chiede un Raptor per una nuova ricerca ma l'ammiraglio rifiuta.

La Roslin è in infermeria, oramai morente, e confessa ad Adama che gli ultimi mesi passati assieme a lui sono stati i più belli della sua vita. Nel frattempo Athena, Caprica 6 e la stessa Roslin continuano ad avere lo stesso sogno che Hera al teatro dell'Opera che se ne va con Baltar e Caprica 6.

Boomer durante il viaggio si affezione ad Hera: assieme condividono la proiezione di Boomer della casa con Tyrol (che quindi non era fasulla per raggirare il capo). Anche se la bambina è solo per metà Cylone, Hera è in grado di fare la proiezione. Arrivati a destinazione in un misterioso luogo, Boomer consegna Hera a Cavil.

I Cyloni sul Galactica collegano Sam ad un dispositivo neurale simile a quello degli ibridi sulla loro nave: Sam apre gli occhi e si mette a parlare come un ibrido. Tramite la sostanza Cylone con cui si sta riparando il Galactica, Sam si collega a tutti i dispositivi elettronici, inclusi i motori FTL, per questa ragione Tigh ordina di disattivarlo.

Kara porta le piastrine che ha ritrovato sulla terra a Baltar: questi le esamina ed appura che il DNA su di esse è effettivamente di Kara. Al funerale dei 61 morti, Baltar annuncia davanti a tutti che Kara è effettivamente morta ed ora è un angelo in mezzo agli uomini.

Lee dimostra a Kara il suo amore ed il suo affetto indipendentemente da quello che sia successo, ma Kara affigge la propria foto tra quella degli altri morti in battaglia, poi va da Sam e lo riattiva: assieme a lui vuole capire il perché della canzone e la propria vera natura.

Adama e Tigh, nell'alloggio dell'ammiraglio, decidono che è giunto il momento di smantellare ed abbandonare il Galactica.