Il Numero Uno viene resuscitato, la flotta cylone è divisa in due, fra quelli che vogliono dare il libero arbitrio a tutti e quelli che vogliono mantenere il controllo sugli altri, la nave base cylone dove è avvenuta l'uccisione del Numero Uno è in mano alle Sei ed ai suoi alleati.

Cally, la moglie del capo Tyrol si sveglia col pianto del suo bambino, ma il marito non c'è. Lo trova al bar in compagnia di Tory la quale lo sta accarezzando.

Lee Adama si insedia quale rappresentante della popolazione di Caprica come delegato membro del consiglio e si scopre che Kara Thrace (Scorpion) ha proseguito la ricerca della Terra seguendo un'altra rotta con la nave Demetrius affidatale dall'amimiraglio. Sulla Demetrius intanto dopo ventidue giorni di navigazione l'equipaggio è scontento del comando di Kara, impartisce ordini contrastanti e la ricerca non ha portato ancora a nulla.

Il redivivo Numero Uno tornato sulla nave base cylone controllata dalle Sei discute su come ricomporre la frattura che si è creata nella flotta cylone, gli viene chiesto dalle Sei di smettere di lobotomizzare i caccia e resuscitare le Numero Tre (modello D'Anna) che fino ad ora erano state disattivate. Numero Uno non è d'accordo sul ripristino delle D'Anna, ma le Sei insistono che vogliono ricostruire la grande unita dei cyloni con tutti e dodici i modelli che la compongono. Numero Uno afferma di non credere che ciò sia possibile ma esporrà queste richieste al resto della sua flotta, i centurioni lo scortano fuori dalla nave base cylone. Con un tranello i Numero Uno tendono un'imboscata alle navi delle "ribelli" Sei, le attaccano nello spazio fuori dalla portata della nave resurrection, esse moriranno per sempre.

Sul Galactica Cally con l'assunzione di psicofarmaci è diventata paranoica, segue il marito Tyrol e assiste, nascosta dietro una paratia, ad un incontro del marito con Saul e Tory, capisce che sono tutti e tre cyloni anche il suo amato compagno. Più tardi, tornata al suo alloggio, colpisce il marito Tyrol rubandogli la chiave del quadro comandi che apre il portello di lancio nello spazio. Prende dal lettino suo figlio e raggiunto il ponte di lancio inserisce la chiave nel quadro, pronta al suicidio. Tory raggiunge Cally al portello, Cally l'aggredisce verbalmente dicendole che ormai sa chi è lei, e che conosce anche gli altri cyloni nascosti sul Galactica. Tory però la convince a fidarsi di lei, una volta avuto suo figlio in braccio la colpisce, raggiunto il quadro comandi interno Tory fa aprire il portello e lancia Cally nello spazio uccidendola. L'episodio termina con l'ammiraglio e Tyrol seduti uno di fronte all'altro in silenzio in un piccolo alloggio, Tyrol è molto provato in volto, si capisce che l'ammiraglio in persona è venuto a comunicargli la tragedia del suicidio della moglie.

L'episodio si apre con il rito funebre per Cally. Il colonnello Tigh fa visita a Caprica Sei in cella, tutti i giorni. Tory e Saul Tigh visitano il neo vedovo Galen Tyrol e lo rimproverano per il suo strano comportamento, potrebbe rivelare la loro identità di cyloni. Tory chiede a Tyrol perché Cally si sia suicidata (ma è stata Tory stessa ad ucciderla, vedi ep. precedente), Tyrol è convinto che il suicidio sia dovuto al fatto che Cally credesse che lui e Tory avessero una relazione, cosa non vera. Saul consiglia a Tyrol di affrontare il dolore da uomo, forte, mentre Tory gli ricorda che loro sono cyloni per cui devono mettere da parte i sentimenti. Un gruppo di uomini col volto mimetizzato (i figli di Ares) gettando una granata fumogena, irrompono nella comunità dove risiede Gaius Baltar, picchiano le donne e devastano gli arredi alla ricerca di Baltar, ma il raid non porta risultati e gli aggressori dopo soli due minuti fuggono. Intanto il capo Galen Tyrol con la mente oppressa dai recenti accadimenti sbaglia a sostituire un ricambio su un caccia e questo provoca un grave incidente di volo. Gaius dopo l'assalto subito assale a sua volta un gruppo di religiosi in preghiera degli antichi dei (Zeus, Afrodite, Artemide), sfiorata la rissa arrivano due marines della sicurezza che lo arrestano. L'ammiraglio ed il presidente Roslin sono preoccupati per l'escalation di violenza a sfondo religioso, dopo una visita a Baltar in cella il presidentre lo fa rilasciare. L'ammiraglio raggiunge Tyrol al bar e cerca di consolarlo per la perdita di Cally, ma lui reagisce male, tanto che Adama gli revoca l'incarico di capo meccanico e lo assegna ad altro. Il presidente Roslin emana un decreto per impedire le assemblee pubbliche sopra un certo numero di partecipanti, il consiglio non è d'accordo con questa misura restrittiva. Saul Tigh visita caprica Sei nella cella, spegne le telecamere di sicurezza e allontana il personale di guardia, dopo un discorso sul dolore Caprica Sei lo picchia a sangue sul volto chiedendogli "Che cosa provi Saul? Riesci a vedere le cose con chiarezza?". Gaius Baltar viene picchiato da un marine che obbediva all'ordine di restrizione delle assemblee, Gaius voleva solamente entrare nei suoi alloggi e andare a dormire, ma dentro c'erano altre persone il cui numero superava quello prefissato dalla legge. Sopraggiunge Lee Adama con altri marines che annuncia l'annullamento delle restrizioni per le assemblee, il consiglio ha votato per la cancellazione del decreto restrittivo. Adama continua a leggere alla Roslin mentre questa si sottopone alle cure. Gaius ferito e sanguinante attira ancora più a sé le sue seguaci. In cella Caprica Sei ammette lo sbaglio di aver picchiato Saul e capisce che lui ha bisogno d'amore, lo bacia. L'episodio si conclude con Gaius che parlando alla folla di seguaci afferma: "Voi dovete amare voi stessi, come potrete amare gli altri se non amate voi stessi? Voi siete perfetti perché Dio vi ama come siete per cui ognuno di voi è perfetto, voi siete perfetti così come siete.". La folla lo applaude.

I Cylon ribelli cercano un accordo con Adama, Roslin e la flotta coloniale per ottenere il ritorno di D'Anna e quindi i Final Five. Ma anche gli umani hanno bisogno dei Final Five per trovare la rotta per la Terra, almeno stando a quanto detto dall'ibrido a Starbuck...

Con la scomparsa del presidente e di metà della flotta Viper, l'ammiraglio Adama conduce le ricerche con scelte tali da rendere la flotta vulnerabile. Lee sconsiglia al vicepresidente (furente per l'operare dell'ammiraglio) di subentrare alla Roslin, poiché Adama con le sue forze militari non lo riconoscerebbe. Lee si mette alla ricerca di un possibile candidato ad interim, con l'aiuto del difensore del processo di Baltar. Nel frattempo l'ammiraglio fa arrestare Athena per l'omicidio della Sei. L'ammiraglio apprende poi dal dottore che la Sei imprigionata è incinta del comandante Tigh. Le ricerche dell'ammiraglio scoprono che la nave Resurrection è stata distrutta, ma nessuna traccia della nave scomparsa. Infine, Romo Lampkin riesce a far ragionare Adama facendogli capire che sta mettendo a rischio l'intera flotta perché coinvolto sentimentalmente nella ricerca dei dispersi e in particolare della Roslin. L'Ammiraglio decide dunque di non dividere più la flotta ma aspettare in un raptor sul punto del randezvous il ritorno della nave ribelle..Per questo rasenta le sue dimissioni, lasciando il comando a Tigh, a cui impartisce di liberare Athena come ultimo ordine. Per quanto riguarda la ricerca di un candidato alla presidenza, alla fine la scelta cade su Lee che presta giuramento.

Nella flotta l’idea di rendere permanente l’alleanza genera dissenso. Con la tecnologia cylone gli FTL potrebbero essere aggiornati fino a triplicare le capacità di salto, aumentando le possibilità di trovare un pianeta abitabile, ma i cyloni in cambio chiedono diritti civili (protezione) e politici (rappresentanza al consiglio), suscitando il disappunto di Gaeta che organizza una riunione segreta di soldati scontenti. Nel frattempo il capo Tyrol apprende dal dottore di non essere il padre di suo figlio (in infermeria perché ammalato). L'ammiraglio scopre poi che il presidente ha interrotto le cure perché ha bisogno di ''vivere un po' prima di morire. Ad un sermone di Baltar, il capo Tyrol interviene per picchiare il vero padre del figlio e i due si ritrovano poi insieme in infermeria accanto al bambino. Una nave di propellente si ammutina istigata dal vicepresidente Zarek. Adama ordina di arrestare Zarek, che in cella riceve da Gaeta l’offerta di un colpo di Stato. L'episodio si conclude con la Roslin e Adama che si danno la buonanotte abbracciati a letto.

Negli alloggi dell'ammiraglio, Saul Tigh comunica ad Adama che molte navi si rifiutano di far salire a bordo il personale Cylone (che deve procedere all'upgrade dei motori FTL) e che si registra un'ostilità crescente nella flotta verso i nuovi alleati. Adama, tramite Lee, fa sapere al consiglio dei 12 di essere pronto di imprigionare, al pari di Zarek, chiunque si rifiuti di collaborare.

Nel frattempo Felix Gaeta fa fuggire Zarek, e lo fa tornare sul Colonial One, dove Zarek comunica di essere stato liberato da Adama. Lee alla vista di Zarek resta contrariato e decide di rientrare sul Galactica per chiarire col proprio padre il perché di tali ordini contrastanti.

Sul Galactica intanto i rivoltosi alleati di Gaeta, tra cui anche diversi civili, iniziano ad armarsi. Gaeta ha una posizione privilegiata nel CIC per sabotare le comunicazioni e tirare le fila dell'ammutinamento.

Lee al rientro sul Galactica viene aggredito dai rivoltosi, e solo il pronto intervento di Kara, che nel frattempo di è accorta dell'ammutinamento in corso, gli salva la vita.

I rivoltosi imprigionano nella cella che già ospita Caprica 6, Sam, Helo, Athena e la figlia.

Nel CIC anche Adama e Saul vengono fatti prigionieri: Adama prova ad usare la propria autorità per intimorire i rivoltosi ma senza risultato. Prima di lasciare il CIC verso la cella dove dovranno venire rinchiusi in attesa di processo, Adama minaccia Gaeta: la rivolta non avrà successo, e Gaeta sarebbe morto per nulla. Lungo la strada per la cella Adama e Saul sopraffanno i marines e riescono a liberarsi.

Nel frattempo Lee e Kara recuperano il presidente Roslin e la portano nel rifugio di Baltar, dove Galen Tyrol sta organizzando la resistenza. Il presidente finalmente ritorna in sé, ed utilizzando l'impianto wi-fi di Baltar lancia un appassionato messaggio alla flotta, di non appoggiare i rivoltosi guidati da Gaeta.

In una stiva di carico Tyrol riesce a far arrivare un Raptor dalla nave base, di modo di permettere al presidente e a Baltar di lasciare il Galactica: anche Adama e Tyrol riescono a raggiungere la stiva di carico. Adama saluta la Roslin che sale sul Raptor; lui e il colonnello Tigh restano nella stiva di carico assediata dai marines a copertura della partenza del Raptor, mentre Lee, Kara e Tyrol rientrano nel condotto da cui sono venuti per continuare la resistenza.

Appena decollato, Gaeta vede il Raptor sul dradis ed ordina di abbatterlo.

Hot Dog si rifiuta di abbattere il Raptor con a bordo il presidente Roslin, che atterra sulla nave Cylone. Qui il presidente convince gli alleati Cyloni a non fuggire ed a schierarsi al centro della flotta per non venire attaccati dal Galactica.

L'ammiraglio ed il colonnello Tigh vengono nuovamente catturati: mentre Tigh viene condotto in cella con gli altri Cyloni, l'ammiraglio viene condotto nei suoi ex alloggi, ora occupati da Gaeta, per subire un rapido processo, che vede Gaeta come PM e Zarek come giudice. L'esito del processo farsa è la condanna a morte tramite fucilazione.

Nel frattempo Zarek fa fucilare tutti membri del consiglio del 12 - meno Lee che non è presente - perché questi si rifiutano di schierarsi con lui, portando così a compimento il colpo di stato.

Lee e Kara liberano i prigionieri Cyloni più Helo, durante la fuga della cella però Sam viene colpito da un proiettile vagante alla testa.

L'ammiraglio viene condotto davanti al plotone d'esecuzione, ma Lee e Tigh lo salvano: con le armi in pugno, si dirigono verso il CIC. Lungo la strada reclutano nuovi marines, soldati e ufficiali che oramai non stanno più dalla parte di Gaeta e Zarek. Il CIC ed il Galactica sono riconquistati, Gaeta e Zarek sono condannati a morte per tradimento e fucilati dal plotone di esecuzione.

Determinante è stato il supporto di Tyrol, che ha disattivato i motori FTL impedendo al Galactica di saltare lasciando le navi della flotta non schierate coi rivoltosi: durante questa operazione, Tyrol nota una crepa di grandi dimensioni nello scafo del Galactica.